BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-293B19
Chromosome3 (Build37)
Map Location 109,719,774 - 109,852,641
singlet/doubletdoublet
Overlap geneNtng1
Upstream gene4921515J06Rik, B430201A12Rik, 4930443G12Rik, Slc25a24, Vav3
Downstream geneLOC100043181, LOC100043183, Prmt6
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-293B19.bB6Ng01-293B19.g
ACCGA089572GA089573
length1,1501,043
definitionB6Ng01-293B19.b B6Ng01-293B19.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(109,719,774 - 109,720,929)(109,851,605 - 109,852,641)
sequence
gaattcaggtcctgttgcttatgtggtaggtattttactaacataatctt
cgtgaaattattctcccagtagttaataaatacatgcctgcctttgttca
atggctcagctggaactttctaacccagaggagtttcagaatgaaggtaa
gtgttctggaatccatatgacatatgcacacatattaaaggagtggtttg
aagtttttcaaatcactgggctatcattgggcataagacagtggcccaat
cctcaaaaaaatgcagcagactgacactgttgctgacaaggaactcacca
aatggacttgaaacaaaaactaaaacaccaacagatggggtatgtttaaa
ttccctccctgctggtattatgtgtgtcactaaatatcagcagaatgcac
caaggaggccccacaggatcctgccgtgacagcagtgaccctcaatccgc
ttccctttgcagagggctcaaggttgatgaacgcagctggcttctgttgg
ctttgcgtagctctctaggtggtctgtcctattctttaaaaaaaaatcaa
accataattttagatcaaagaaactgtccatttaaatttccataaacact
tactaagtatcatctgtaggttctaagaatcaatcctcctgctccttgta
attaagtgggaaaatgaattagtgaatgtttccaaacataaacgggaaaa
aaacaataaatatgccttggtggcgaagttatacttttggagggaaagaa
gtaacaaaatctaaattaaattaaagtggtgttatgggaaccagagtggt
aatacagctcaataaacgaatgtaattagacaatgtaaaggattattttt
tttctaggctacaatctaaaacatgggctctatccctgctcaggatcacc
gttagaagccaatacaataatcgagctcaaattcacagctagcatgttct
gcccttttaggtattgcttgtctgatatgctgccagtctttccatctccg
aatggtttttgtgtaactttcaagtgaagcagctcccgtttggaaataga
cagtgttcgtttttgaatgagtcatcaaatgcgagcagtctcagagctct
cttccatgagaacaaacaaaggaaatgtttttagtaccaatcccgtttta

cgcggaattctctctctctctctctctctcacacacacacacacacacac
acaagcatgcacacatacattaaagatattgatgttggtataaggaaacc
taatttaaaatccatcctgcagaccgtgagcatttccaccaagttctttt
tttttttttttttttttttggtaaggcaaatgaaacaaggcacatttatt
acttaatctaatatctagcatctaaaacttaataaaggttagtagttact
aatcactactcctgctagtgctcttagttcattcacccacaccacagctc
taaggaattaaaagtttgtatcaagcaaaacaggaatgtatcttccaacc
agacctaagaattaagtgggatggaagtggatgaagcagcaatttccttc
cagtgctcagggacctaggatggaaacttgactttgcgaagatgttctgt
gggtttgacagatatcacaatcaatgctgtgtatgtccctttagtaggtc
aaggtgtctgagaagcaccttttgataggacaaagggaaactggggggca
cattaaactgatccttcttatcttcaaccatgaatgctgtatggaaatac
ataaaagatctctacaaagtcttctgcataattaagagaacatgaattgg
cgattcaagtgttgctttgggattagatcggtcttggtttgaatcccaga
taagtcactttatagctatgggcacataagccagatgcagagccttcttc
aaaccatctcttcttccttttgtgagatttaattttaaatactgaaagta
aattagcagggagtatgctatgagctaagtaatcaataaatgttatattt
tactgtatatagaacatgaccttggagtgtatccaggcagacagtgtatt
tttttttaaatacccaagaaagttcctcatgtggtaagatgaagtggaga
acttcttttccaatcctcattatgctattaatatagaaaactgggaatag
ctagattaaaaaaaaatatatttttccagtagttagtgtctga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_109719774_109720929
seq2: B6Ng01-293B19.b_44_1193

seq1  GAATTCAGGTCCTGTTGCTTATGTGGTAGGTATTTTACTAACATAATCTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGGTCCTGTTGCTTATGTGGTAGGTATTTTACTAACATAATCTT  50

seq1  CGTGAAATTATTCTCCCAGTAGTTAATAAATACATGCCTGCCTTTGTTCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGAAATTATTCTCCCAGTAGTTAATAAATACATGCCTGCCTTTGTTCA  100

seq1  ATGGCTCAGCTGGAACTTTCTAACCCAGAGGAGTTTCAGAATGAAGGTAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCTCAGCTGGAACTTTCTAACCCAGAGGAGTTTCAGAATGAAGGTAA  150

seq1  GTGTTCTGGAATCCATATGACATATGCACACATATTAAAGGAGTGGTTTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTCTGGAATCCATATGACATATGCACACATATTAAAGGAGTGGTTTG  200

seq1  AAGTTTTTCAAATCACTGGGCTATCATTGGGCATAAGACAGTGGCCCAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTTTTCAAATCACTGGGCTATCATTGGGCATAAGACAGTGGCCCAAT  250

seq1  CCTCAAAAAAATGCAGCAGACTGACACTGTTGCTGACAAGGAACTCACCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCAAAAAAATGCAGCAGACTGACACTGTTGCTGACAAGGAACTCACCA  300

seq1  AATGGACTTGAAACAAAAACTAAAACACCAACAGATGGGGTATGTTTAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGACTTGAAACAAAAACTAAAACACCAACAGATGGGGTATGTTTAAA  350

seq1  TTCCCTCCCTGCTGGTATTATGTGTGTCACTAAATATCAGCAGAATGCAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCTCCCTGCTGGTATTATGTGTGTCACTAAATATCAGCAGAATGCAC  400

seq1  CAAGGAGGCCCCACAGGATCCTGCCGTGACAGCAGTGACCCTCAATCCGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGAGGCCCCACAGGATCCTGCCGTGACAGCAGTGACCCTCAATCCGC  450

seq1  TTCCCTTTGCAGAGGGCTCAAGGTTGATGAACGCAGCTGGCTTCTGTTGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCTTTGCAGAGGGCTCAAGGTTGATGAACGCAGCTGGCTTCTGTTGG  500

seq1  CTTTGCGTAGCTCTCTAGGTGGTCTGTCCTATTCTTTAAAAAAAAATCAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGCGTAGCTCTCTAGGTGGTCTGTCCTATTCTTTAAAAAAAAATCAA  550

seq1  ACCATAATTTTAGATCAAAGAAACTGTCCATTTAAATTTCCATAAACACT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATAATTTTAGATCAAAGAAACTGTCCATTTAAATTTCCATAAACACT  600

seq1  TACTAAGTATCATCTGTAGGTTCTAAGAATCAATCCTCCTGCTCCTTGTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTAAGTATCATCTGTAGGTTCTAAGAATCAATCCTCCTGCTCCTTGTA  650

seq1  ATTAAGTGGGAAAATGAATTAGTGAATGTTTCCAAACATAAACGGGAAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAGTGGGAAAATGAATTAGTGAATGTTTCCAAACATAAACGGGAAAA  700

seq1  AAACAATAAATATGCCTTGGTGGCGAAGTTATACTTTTGGAGGGAAAGAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAATAAATATGCCTTGGTGGCGAAGTTATACTTTTGGAGGGAAAGAA  750

seq1  GTAACAAAATCTAAATTAAATTAAAGTGGTGTTATGGGAACCAGAGTGGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAACAAAATCTAAATTAAATTAAAGTGGTGTTATGGGAACCAGAGTGGT  800

seq1  AATACAGCTCAATAAACGAATGTAATTAGACAATGT-AAGGATTA-TTTT  848
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||
seq2  AATACAGCTCAATAAACGAATGTAATTAGACAATGTAAAGGATTATTTTT  850

seq1  TTTCTAGGCTACAATCTAAAACATGGGCTCTATCCCTGCTCAGGATCACC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTAGGCTACAATCTAAAACATGGGCTCTATCCCTGCTCAGGATCACC  900

seq1  GTTAGAAGCCAATACAATAATCGAGCTCAAATTCACAGCTAGCATGTTCT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAGAAGCCAATACAATAATCGAGCTCAAATTCACAGCTAGCATGTTCT  950

seq1  G-CCTTTTAGGTATTGCTTGTCTGATTATGCTGCCAGTCTTTCCATCTCC  997
      | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTTTTAGGTATTGCTTGTCTGA-TATGCTGCCAGTCTTTCCATCTCC  999

seq1  GAATGG-TTTTGTGTAACTTTCAAGTGAAGCAGC-CCCGTTTGGAAATAG  1045
      |||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  GAATGGTTTTTGTGTAACTTTCAAGTGAAGCAGCTCCCGTTTGGAAATAG  1049

seq1  ACAAGTGTTCGTTTTTGAAATGGAGTCATCAAATGCGAGCAGTCTTCAGG  1095
      || ||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||| |||| 
seq2  AC-AGTGTTCGTTTTTGAA--TGAGTCATCAAATGCGAGCAGTC-TCAGA  1095

seq1  AGGCTCTTCTTTTCATGAGAACAAACAAAGGGAAATGTTTTTAGTACAAA  1145
         ||||||    |||||||||||||||| |||||||||||||||||  |
seq2  GCTCTCTTC----CATGAGAACAAACAAA-GGAAATGTTTTTAGTAC-CA  1139

seq1  ATCCCTTTTTA  1156
      ||||| |||||
seq2  ATCCCGTTTTA  1150

seq1: chr3_109851605_109852641
seq2: B6Ng01-293B19.g_64_1102 (reverse)

seq1  TCAGACACTACCTACTTGGAAAATATATTTTTTTTTAATTCTTGGCTATT  50
      |||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||   | ||||||
seq2  TCAGACACTAACTACTGGAAAAATATATTTTTTTTTAAT--CTAGCTATT  48

seq1  -CCAG-TTTCTATATTAATAGCATAATTGAGGATT-GAAAAGAAGTTCTC  97
       |||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||
seq2  CCCAGTTTTCTATATTAATAGCATAA-TGAGGATTGGAAAAGAAGTTCTC  97

seq1  CACTTCATCTTTACCCACATGA-GAACTTTCTT-GGTATTTAAAAAAAAA  145
      |||||||||||   |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||
seq2  CACTTCATCTT--ACCACATGAGGAACTTTCTTGGGTATTTAAAAAAAAA  145

seq1  TACACTGTCTGCCTGGATACACTCCAAGGTCATGTTCTATATACAGT-AA  194
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  TACACTGTCTGCCTGGATACACTCCAAGGTCATGTTCTATATACAGTAAA  195

seq1  ATATAACATTTATTGATTACTTAGCTCATAGCATACTCCCTGCTAATTTA  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAACATTTATTGATTACTTAGCTCATAGCATACTCCCTGCTAATTTA  245

seq1  CTTTCAGTATTT-AAATTAAATCTCACAAAAGGAAGAAGAGATGGTTTGA  293
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCAGTATTTAAAATTAAATCTCACAAAAGGAAGAAGAGATGGTTTGA  295

seq1  AGAAGGCTCTGCATCTGGCTTATGTGCCCATAGCTATAAAGTGACTTATC  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGGCTCTGCATCTGGCTTATGTGCCCATAGCTATAAAGTGACTTATC  345

seq1  TGGGATTCAAACCAAGACCGATCTAATCCCAAAGCAACACTTGAATCGCC  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGATTCAAACCAAGACCGATCTAATCCCAAAGCAACACTTGAATCGCC  395

seq1  AATTCATGTTCTCTTAATTATGCAGAAGACTTTGTAGAGATCTTTTATGT  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCATGTTCTCTTAATTATGCAGAAGACTTTGTAGAGATCTTTTATGT  445

seq1  ATTTCCATACAGCATTCATGGTTGAAGATAAGAAGGATCAGTTTAATGTG  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCCATACAGCATTCATGGTTGAAGATAAGAAGGATCAGTTTAATGTG  495

seq1  CCCCCCAGTTTCCCTTTGTCCTATCAAAAGGTGCTTCTCAGACACCTTGA  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCCAGTTTCCCTTTGTCCTATCAAAAGGTGCTTCTCAGACACCTTGA  545

seq1  CCTACTAAAGGGACATACACAGCATTGATTGTGATATCTGTCAAACCCAC  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTACTAAAGGGACATACACAGCATTGATTGTGATATCTGTCAAACCCAC  595

seq1  AGAACATCTTCGCAAAGTCAAGTTTCCATCCTAGGTCCCTGAGCACTGGA  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACATCTTCGCAAAGTCAAGTTTCCATCCTAGGTCCCTGAGCACTGGA  645

seq1  AGGAAATTGCTGCTTCATCCACTTCCATCCCACTTAATTCTTAGGTCTGG  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAATTGCTGCTTCATCCACTTCCATCCCACTTAATTCTTAGGTCTGG  695

seq1  TTGGAAGATACATTCCTGTTTTGCTTGATACAAACTTTTAATTCCTTAGA  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAAGATACATTCCTGTTTTGCTTGATACAAACTTTTAATTCCTTAGA  745

seq1  GCTGTGGTGTGGGTGAATGAACTAAGAGCACTAGCAGGAGTAGTGATTAG  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTGGTGTGGGTGAATGAACTAAGAGCACTAGCAGGAGTAGTGATTAG  795

seq1  TAACTACTAACCTTTATTAAGTTTTAGATGCTAGATATTAGATTAAGTAA  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTACTAACCTTTATTAAGTTTTAGATGCTAGATATTAGATTAAGTAA  845

seq1  TAAATGTGCCTTGTTTCATTTGCCTTACCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATGTGCCTTGTTTCATTTGCCTTACCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA  895

seq1  AAGAACTTGGTGGAAATGCTCACGGTCTGCAGGATGGATTTTAAATTAGG  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAACTTGGTGGAAATGCTCACGGTCTGCAGGATGGATTTTAAATTAGG  945

seq1  TTTCCTTATACCAACATCAATATCTTTAATGTATGTGTGCATGCTTGTGT  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCTTATACCAACATCAATATCTTTAATGTATGTGTGCATGCTTGTGT  995

seq1  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAATTC  1037
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAATTC  1039