BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-295J02
Chromosome3 (Build37)
Map Location 81,812,381 - 81,949,482
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAccn5, Gucy1b3, Gucy1a3
Upstream genePdgfc, LOC229443, LOC100041901, Ctso, Tdo2
Downstream geneMtap9, Npy2r, LOC100041940, EG633285, Lrat, Fgg, Fga, Fgb, Plrg1, EG627094
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-295J02.bB6Ng01-295J02.g
ACCGA091400GA091401
length1,0941,110
definitionB6Ng01-295J02.b B6Ng01-295J02.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(81,948,390 - 81,949,482)(81,812,381 - 81,813,463)
sequence
gaattctttgggtcatggcagggaaaaacaaaggcgagaagtgactacag
cacggtgggaaccagctctgggggtgtttcgtgggtccctccgcgccact
agcgcaggttaaccatgatgtgctctgtgtggccttgagtgccctgggtg
aacccgctcgggaccgacaggtgcgactccagtgtcacctctcagtccat
caccagcgccaccgcccttcatctgtgatctagtgcggctgtgctctgct
gggtggcagctccaggaggttgcggtccccaggtctggatatcactaagt
aagtgatagcggtgccctcgctggccggccgggactccctgtgcatacag
ccctctaccaagtcttggctaaatcctttcccacaccctcccctgatctc
gttcacccctgggaagcaagatcactgttcccacgctggggagaagcgag
gaagggactcccgggagggatagcggtcagggagcagctatggctgagct
ctgtggtcccgcagtgggaacgtgcgaggcgtgggcgactgtctcccacg
caaggccgccagccctgggcagctgggtggcatccttcactcgggagcaa
ttcaaggacgccaggacctaagagtccagcttgtggccctcatgcgggct
ttcctccgaggatggaggagctgctcaaagccccagagtatacaaactgc
aaagttccagccactgctgggaccagagcaaagtgtgcctgcacaaaggg
tatgtgagtgtgactgcttctaagctgcttttctcttattattgactgag
atgcattggaaaggtaatggccaggcatcacaacattctcccgggcctat
ctgagttgacagcctgtcctgggtccacagtgttatctctaagtgagttt
tgtgtgaggggctgcatcccagtgtggtcacatgatttccaggtatgggt
ttcctgagccctttcttttgcttttctgggagttattcctttcgttttgc
atttaaaaaagcactttacattttctgagtaatcaaatggctgcccagct
cgctctcagaagtgattagatgcctctgattcaacatattgcat
gaattcactgacaacccagtccctggttttgctgatgctggtgtcatctt
tgttattcactcaccaaagaaggagccacagtttgatggcttaggtttgt
cttctcctgtgggaatgcatgcacgggtgaccatccgccaactgaaggta
agaacttgagagatgtgcaggcagaaggaattagctggtgatgaaatcca
ttaaacacacaacctttcctatgggacatcttcttctccagtgcttttaa
ctatggttgaacaggccagcattacacttcagatccctgtcctgtaactg
taggctcctaggcagtatatctctatgtccaacctaagttagcctatgga
gaaaaatcccacagaagcctattgaatccaaggtaacttcagatctgttt
aaaaacaggaccaaaagtaagctttagaattgaatgcttcctttgggcag
tcacccaaaaaactaaagtggaagagaagcagccatgagaccagctagcc
cttgtggcagccttccacatgacagtgttttactcaggaaattcactaat
tagctttctgaatttgcatccactcccttgttctcttggcatgtagacag
cttgtcctttccagagttagaaagtttaagtgaagtaacataaaatgccc
cctacttactgcacattagatggtggttgctctgtaaaggacagacttct
gtcatattgatggatgagtcgtgagtaccctgagtacaaccaggacataa
tatttgcataaatgttttttgttctaatgtgaattaagtttttgaatggt
tggcctatatgttttcattaacattttagcttacatgtttaaaggctgct
attgatagtggccttcaggactttcatgatagaagtgtggaataaaatga
gtaaatttagtgtatgaaaaaaattaaagaactggtgaggtaaagccaaa
agtgttacagcatacatgggatcaacagaaggtcagtcccctaaacaacc
catctggttcttgcctttcagacgtgtccaccaggagttacccaatgggg
ggaagaatgcaatccccaaacatcaagctggaagaaacttcaattaacct
acaggcactt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_81948390_81949482
seq2: B6Ng01-295J02.b_44_1137 (reverse)

seq1  ATGCAATATGTTGGAAATCAAGAGGCATCTAATCACTTCTGAGAGCGAGC  50
      |||||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCAATATGTTG--AATC-AGAGGCATCTAATCACTTCTGAGAGCGAGC  47

seq1  T-GGCAGCCATTTGATTTACCTCAGAAAATGTAAAGTGC-TTTTTAAATG  98
      | |||||||||||||||   ||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TGGGCAGCCATTTGATT--ACTCAGAAAATGTAAAGTGCTTTTTTAAATG  95

seq1  CAAAACG-AAGGAATAACTCCCAG-AAAGCAAAAGAAA-GGCTCAGGAAA  145
      ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||
seq2  CAAAACGAAAGGAATAACTCCCAGAAAAGCAAAAGAAAGGGCTCAGGAAA  145

seq1  CCCATACCCTGGAATCATGTGACCACACTGGGATGCAGCCCCTCACACAA  195
      ||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATACCTGGAAATCATGTGACCACACTGGGATGCAGCCCCTCACACAA  195

seq1  AACTCACTTAGAGATAACACTGTGGACCCAGGACAGGCTGTCAACTCAGA  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCACTTAGAGATAACACTGTGGACCCAGGACAGGCTGTCAACTCAGA  245

seq1  TAGGCCCGGGAGAATGTTGTGATGCCTGGCCATTACC-TTCCAATGCATC  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TAGGCCCGGGAGAATGTTGTGATGCCTGGCCATTACCTTTCCAATGCATC  295

seq1  TCAGTCAATAATAAGAGAAAAGCAGCTTAGAAGCAGTCACACTCACATAC  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTCAATAATAAGAGAAAAGCAGCTTAGAAGCAGTCACACTCACATAC  345

seq1  CCTTTGTGCAGGCACACTTTGCTCTGGTCCCAGCAGTGGCTGGAACTTTG  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTGTGCAGGCACACTTTGCTCTGGTCCCAGCAGTGGCTGGAACTTTG  395

seq1  CAGTTTGTATACTCTGGGGCTTTGAGCAGCTCCTCCATCCTCGGAGGAAA  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTTGTATACTCTGGGGCTTTGAGCAGCTCCTCCATCCTCGGAGGAAA  445

seq1  GCCCGCATGAGGGCCACAAGCTGGACTCTTAGGTCCTGGCGTCCTTGAAT  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCGCATGAGGGCCACAAGCTGGACTCTTAGGTCCTGGCGTCCTTGAAT  495

seq1  TGCTCCCGAGTGAAGGATGCCACCCAGCTGCCCAGGGCTGGCGGCCTTGC  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCCCGAGTGAAGGATGCCACCCAGCTGCCCAGGGCTGGCGGCCTTGC  545

seq1  GTGGGAGACAGTCGCCCACGCCTCGCACGTTCCCACTGCGGGACCACAGA  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGAGACAGTCGCCCACGCCTCGCACGTTCCCACTGCGGGACCACAGA  595

seq1  GCTCAGCCATAGCTGCTCCCTGACCGCTATCCCTCCCGGGAGTCCCTTCC  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCAGCCATAGCTGCTCCCTGACCGCTATCCCTCCCGGGAGTCCCTTCC  645

seq1  TCGCTTCTCCCCAGCGTGGGAACAGTGATCTTGCTTCCCAGGGGTGAACG  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGCTTCTCCCCAGCGTGGGAACAGTGATCTTGCTTCCCAGGGGTGAACG  695

seq1  AGATCAGGGGAGGGTGTGGGAAAGGATTTAGCCAAGACTTGGTAGAGGGC  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCAGGGGAGGGTGTGGGAAAGGATTTAGCCAAGACTTGGTAGAGGGC  745

seq1  TGTATGCACAGGGAGTCCCGGCCGGCCAGCGAGGGCACCGCTATCACTTA  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATGCACAGGGAGTCCCGGCCGGCCAGCGAGGGCACCGCTATCACTTA  795

seq1  CTTAGTGATATCCAGACCTGGGGACCGCAACCTCCTGGAGCTGCCACCCA  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGTGATATCCAGACCTGGGGACCGCAACCTCCTGGAGCTGCCACCCA  845

seq1  GCAGAGCACAGCCGCACTAGATCACAGATGAAGGGCGGTGGCGCTGGTGA  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAGCACAGCCGCACTAGATCACAGATGAAGGGCGGTGGCGCTGGTGA  895

seq1  TGGACTGAGAGGTGACACTGGAGTCGCACCTGTCGGTCCCGAGCGGGTTC  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACTGAGAGGTGACACTGGAGTCGCACCTGTCGGTCCCGAGCGGGTTC  945

seq1  ACCCAGGGCACTCAAGGCCACACAGAGCACATCATGGTTAACCTGCGCTA  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCAGGGCACTCAAGGCCACACAGAGCACATCATGGTTAACCTGCGCTA  995

seq1  GTGGCGCGGAGGGACCCACGAAACACCCCCAGAGCTGGTTCCCACCGTGC  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCGCGGAGGGACCCACGAAACACCCCCAGAGCTGGTTCCCACCGTGC  1045

seq1  TGTAGTCACTTCTCGCCTTTGTTTTTCCCTGCCATGACCCAAAGAATTC  1093
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGTCACTTCTCGCCTTTGTTTTTCCCTGCCATGACCCAAAGAATTC  1094

seq1: chr3_81812381_81813463
seq2: B6Ng01-295J02.g_69_1178

seq1  GAATTCACTGACAACCCAGTCCCTGGTTTTGCTGATGCTGGTGTCATCTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTGACAACCCAGTCCCTGGTTTTGCTGATGCTGGTGTCATCTT  50

seq1  TGTTATTCACTCACCAAAGAAGGAGCCACAGTTTGATGGCTTAGGTTTGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTATTCACTCACCAAAGAAGGAGCCACAGTTTGATGGCTTAGGTTTGT  100

seq1  CTTCTCCTGTGGGAATGCATGCACGGGTGACCATCCGCCAACTGAAGGTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTCCTGTGGGAATGCATGCACGGGTGACCATCCGCCAACTGAAGGTA  150

seq1  AGAACTTGAGAGATGTGCAGGCAGAAGGAATTAGCTGGTGATGAAATCCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACTTGAGAGATGTGCAGGCAGAAGGAATTAGCTGGTGATGAAATCCA  200

seq1  TTAAACACACAACCTTTCCTATGGGACATCTTCTTCTCCAGTGCTTTTAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAACACACAACCTTTCCTATGGGACATCTTCTTCTCCAGTGCTTTTAA  250

seq1  CTATGGTTGAACAGGCCAGCATTACACTTCAGATCCCTGTCCTGTAACTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGGTTGAACAGGCCAGCATTACACTTCAGATCCCTGTCCTGTAACTG  300

seq1  TAGGCTCCTAGGCAGTATATCTCTATGTCCAACCTAAGTTAGCCTATGGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGCTCCTAGGCAGTATATCTCTATGTCCAACCTAAGTTAGCCTATGGA  350

seq1  GAAAAATCCCACAGAAGCCTATTGAATCCAAGGTAACTTCAGATCTGTTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAATCCCACAGAAGCCTATTGAATCCAAGGTAACTTCAGATCTGTTT  400

seq1  AAAAACAGGACCAAAAGTAAGCTTTAGAATTGAATGCTTCCTTTGGGCAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAACAGGACCAAAAGTAAGCTTTAGAATTGAATGCTTCCTTTGGGCAG  450

seq1  TCACCCAAAAAACTAAAGTGGAAGAGAAGCAGCCATGAGACCAGCTAGCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCCAAAAAACTAAAGTGGAAGAGAAGCAGCCATGAGACCAGCTAGCC  500

seq1  CTTGTGGCAGCCTTCCACATGACAGTGTTTTACTCAGGAAATTCACTAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTGGCAGCCTTCCACATGACAGTGTTTTACTCAGGAAATTCACTAAT  550

seq1  TAGCTTTCTGAATTTGCATCCACTCCCTTGTTCTCTTGGCATGTAGACAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTTTCTGAATTTGCATCCACTCCCTTGTTCTCTTGGCATGTAGACAG  600

seq1  CTTGTCCTTTCCAGAGTTAGAAAGTTTAAGTGAAGTAACATAAAATGCCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTCCTTTCCAGAGTTAGAAAGTTTAAGTGAAGTAACATAAAATGCCC  650

seq1  CCTACTTACTGCACATTAGATGGTGGTTGCTCTGTAAAGGACAGACTTCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTACTTACTGCACATTAGATGGTGGTTGCTCTGTAAAGGACAGACTTCT  700

seq1  GTCATATTGATGGATGAGTCGTGAGTACCCTGAGTACAACCAGGACATAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATATTGATGGATGAGTCGTGAGTACCCTGAGTACAACCAGGACATAA  750

seq1  TATTTGCATAAATGTTTTTTGTTCTAATGTGAATTAAGTTTTTGAATGGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTGCATAAATGTTTTTTGTTCTAATGTGAATTAAGTTTTTGAATGGT  800

seq1  TGGCCTATATGTTTTCATTAACA-TTTAGCTTACATGTTTAAAGGCTGCT  849
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCTATATGTTTTCATTAACATTTTAGCTTACATGTTTAAAGGCTGCT  850

seq1  ATTGATAGTGGCCTTCAGGGACTTTCATGATAGAAGTGTGGA--TAAATG  897
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||   |||||
seq2  ATTGATAGTGGCCTTCA-GGACTTTCATGATAGAAGTGTGGAATAAAATG  899

seq1  AGTAAATTTAGTGTATG-AAAAAATTAAAGAACT-GTGAGGTAA--GCAA  943
      ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||   |||
seq2  AGTAAATTTAGTGTATGAAAAAAATTAAAGAACTGGTGAGGTAAAGCCAA  949

seq1  AAGTG-TACAGCATACAT-GGATCAACAG-AGGTCAGTCCCCT-AACAA-  988
      ||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| ||||| 
seq2  AAGTGTTACAGCATACATGGGATCAACAGAAGGTCAGTCCCCTAAACAAC  999

seq1  CCATCT-GTTC-TGCC-TTCAGACG-GTCCACCAGGAG-TACCC-ATGGG  1032
      |||||| |||| |||| |||||||| |||||||||||| ||||| |||||
seq2  CCATCTGGTTCTTGCCTTTCAGACGTGTCCACCAGGAGTTACCCAATGGG  1049

seq1  G---AGAATGCAATCCC--AACATCAAGCTG--AGAAACTTCA--TTACC  1073
      |   |||||||||||||  ||||||||||||  ||||||||||  | |||
seq2  GGGAAGAATGCAATCCCCAAACATCAAGCTGGAAGAAACTTCAATTAACC  1099

seq1  TACA-GCACTT  1083
      |||| ||||||
seq2  TACAGGCACTT  1110