BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-296N07
Chromosome3 (Build37)
Map Location 81,299,938 - 81,433,453
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC229443
Upstream geneGria2, Glrb, EG626841, Pdgfc
Downstream geneLOC100041901, Ctso, Tdo2, Accn5, Gucy1b3, Gucy1a3, Mtap9, Npy2r
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-296N07.bB6Ng01-296N07.g
ACCGA092341GA092342
length1,0951,061
definitionB6Ng01-296N07.b B6Ng01-296N07.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(81,432,357 - 81,433,453)(81,299,938 - 81,301,002)
sequence
gaattcctcctaattaggtacaaatggtgtgctactgtgtttgcaaaaac
taagtgaacctttgatagagcactggttctgaaggagcctctgaagaggg
aaagtgagtgattcataagaccaaagtttgggtaaccacgctggaaatgc
ctggatgactcaagacaggctactcactggcccagagcaattcagcagag
gatagacggtttcctcagacaggaaatggagcttagtaggagtgaagtgg
taggagacagctgggcaagtagatgaataaaagactccttggtctccaaa
agtaggattatccactctggaaaatttatttccactgaggtgacaaggct
gaggcaccagctcagtaaagaggtgatagaattaggtatttaagaaacaa
aacgtaatgtctcacacaggaagactccatgctgatgaagagagacttgg
ggaataatgttttatcaacttatatcatctacttaataaaattacattta
aattgtctttcttccctggatttgtaaggcagtatcttgctctttagtcc
tgttggccccaatctcctgagccattaattcacctcctgagttctagaat
agagatgtgcggcatccactcaccgataaattattcaacttcaagtgcag
cacatgtctttgatatagttggttgtatttggtggacagaactatgcaag
ccaggatagaatgtagagagttgatggcaaaagtagctagtggtgttaaa
tatttgtcaatatggcaaacatgagttcttcacatccaaaatgctgccat
gctctgttaagatacgattagacaaggctgtaatggagtatgtgaacttc
tttttctggtgcatcatccagaggcaaacagaagacactcaaagcatagt
aagcaaaacacataaaacttgtggtgtataaattcaaactgcttctatat
gtttattctttttatccttaacatttatgtattggaagatattttgtaat
gttcttttaaagagatccaaaattttctaatctaaatgtaagtacaggag
ctggagatatggctcatggtagaactcttttttgttgttgttgtt
gaattcacaggaccacttgatcctcccactccactgctatctatcctgaa
gcaaggcttctcgtttttacctggctggccaactctgccagttcccacac
agtgtctctggtcctgccacacaaattaatctggagagcaacctggttcc
aaggcacctccaattcctagatatccattattaataactgcaccccaggg
aagtttctaccttatctccttcatgaagtgcttgtaccaagaaatgtcca
gccacagagtaatccacagacctcatcttgctgtgatggaaccagcaaga
gttgtaaaacaaactgtgatttcttttgaagatgacagcttatgaatgag
tggtcataggccaaaaggatgactctggattgttgggaaaactattggtc
ttatcttaaatagtaatcatgtgtggcatttgccacaaagggaggctgta
aaaggaactcccacaaagtgacatagagtcagggccataatgggcctttg
gttggggttagaaccaaggaggaataatacaggatgggaccataaacagc
cctacaactggcaaagacatggcttacctaggccaagcaaagttgttcat
acaggattaggaatgaataacaaaacctgattaacaacaaaaaagggaca
tattaaactggatcacatgatcaggtcataggaaagtcccagtgtggggg
aaaaaaaagggactgtaccaaactatgaacagttactggtaaagaacagt
agctcctaatagtattcacatcaccagtccctgtcgcatccgctctcgac
cagcaagaacgacacgaccaccagttcttctaacagcagtttattcagca
agcttcagtcttcatctctctccctcttcatctctctcgaaccccaggcc
tctcactcttatagactctcagcccccatccactcatggcaggccatgtc
acctcaccaggcacagggcttcagcccatcaggtggcagggggtgcgtct
ccacaaatacggactgtttacacccacagctctgcatcagcagtgcatct
ttcaaggtgtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_81432357_81433453
seq2: B6Ng01-296N07.b_47_1141 (reverse)

seq1  AACAACAACAACAAAAAAGAGTTCTACCATTGAGCCATATCTCCAGCTTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |
seq2  AACAACAACAACAAAAAAGAGTTCTACCA-TGAGCCATATCTCCAGCTCC  49

seq1  TGTACTTACATTTTAGATTAGAAAATTTTGGATCTCTTTAAAAAGAAACA  100
      |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||
seq2  TGTACTTACA-TTTAGATTAGAAAATTTTGGATCTCTTTAAAA--GAACA  96

seq1  TTAC-AAATATCTTCCAATACATAAATGTTAAGGATAAAAAGAATAAACA  149
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACAAAATATCTTCCAATACATAAATGTTAAGGATAAAAAGAATAAACA  146

seq1  TATAGAAGCAGTTTG-ATTTATACACCACAAGTTTTATGTGTTTTGCTTA  198
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGAAGCAGTTTGAATTTATACACCACAAGTTTTATGTGTTTTGCTTA  196

seq1  CTATGCTTTGAGTGTCTTCTGTTTGCCTCTGGATGATGCACCAGAAAAAG  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGCTTTGAGTGTCTTCTGTTTGCCTCTGGATGATGCACCAGAAAAAG  246

seq1  AAGTTCACATACTCCATTACAGCCTTGTCTAATCGTATCTTAACAGAGCA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTCACATACTCCATTACAGCCTTGTCTAATCGTATCTTAACAGAGCA  296

seq1  TGGCAGCATTTTGGATGTGAAGAACTCATGTTTGCCATATTGACAAATAT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCAGCATTTTGGATGTGAAGAACTCATGTTTGCCATATTGACAAATAT  346

seq1  TTAACACCACTAGCTACTTTTGCCATCAACTCTCTACATTCTATCCTGGC  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACACCACTAGCTACTTTTGCCATCAACTCTCTACATTCTATCCTGGC  396

seq1  TTGCATAGTTCTGTCCACCAAATACAACCAACTATATCAAAGACATGTGC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCATAGTTCTGTCCACCAAATACAACCAACTATATCAAAGACATGTGC  446

seq1  TGCACTTGAAGTTGAATAATTTATCGGTGAGTGGATGCCGCACATCTCTA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACTTGAAGTTGAATAATTTATCGGTGAGTGGATGCCGCACATCTCTA  496

seq1  TTCTAGAACTCAGGAGGTGAATTAATGGCTCAGGAGATTGGGGCCAACAG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAGAACTCAGGAGGTGAATTAATGGCTCAGGAGATTGGGGCCAACAG  546

seq1  GACTAAAGAGCAAGATACTGCCTTACAAATCCAGGGAAGAAAGACAATTT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTAAAGAGCAAGATACTGCCTTACAAATCCAGGGAAGAAAGACAATTT  596

seq1  AAATGTAATTTTATTAAGTAGATGATATAAGTTGATAAAACATTATTCCC  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGTAATTTTATTAAGTAGATGATATAAGTTGATAAAACATTATTCCC  646

seq1  CAAGTCTCTCTTCATCAGCATGGAGTCTTCCTGTGTGAGACATTACGTTT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTCTCTCTTCATCAGCATGGAGTCTTCCTGTGTGAGACATTACGTTT  696

seq1  TGTTTCTTAAATACCTAATTCTATCACCTCTTTACTGAGCTGGTGCCTCA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTCTTAAATACCTAATTCTATCACCTCTTTACTGAGCTGGTGCCTCA  746

seq1  GCCTTGTCACCTCAGTGGAAATAAATTTTCCAGAGTGGATAATCCTACTT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTGTCACCTCAGTGGAAATAAATTTTCCAGAGTGGATAATCCTACTT  796

seq1  TTGGAGACCAAGGAGTCTTTTATTCATCTACTTGCCCAGCTGTCTCCTAC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAGACCAAGGAGTCTTTTATTCATCTACTTGCCCAGCTGTCTCCTAC  846

seq1  CACTTCACTCCTACTAAGCTCCATTTCCTGTCTGAGGAAACCGTCTATCC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTCACTCCTACTAAGCTCCATTTCCTGTCTGAGGAAACCGTCTATCC  896

seq1  TCTGCTGAATTGCTCTGGGCCAGTGAGTAGCCTGTCTTGAGTCATCCAGG  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCTGAATTGCTCTGGGCCAGTGAGTAGCCTGTCTTGAGTCATCCAGG  946

seq1  CATTTCCAGCGTGGTTACCCAAACTTTGGTCTTATGAATCACTCACTTTC  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTCCAGCGTGGTTACCCAAACTTTGGTCTTATGAATCACTCACTTTC  996

seq1  CCTCTTCAGAGGCTCCTTCAGAACCAGTGCTCTATCAAAGGTTCACTTAG  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTTCAGAGGCTCCTTCAGAACCAGTGCTCTATCAAAGGTTCACTTAG  1046

seq1  TTTTTGCAAACACAGTAGCACACCATTTGTACCTAATTAGGAGGAATTC  1097
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTGCAAACACAGTAGCACACCATTTGTACCTAATTAGGAGGAATTC  1095

seq1: chr3_81299938_81301002
seq2: B6Ng01-296N07.g_69_1129

seq1  GAATTCACAGGACCACTTGATCCTCCCACTCCACTGCTATCTATCCTGAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACAGGACCACTTGATCCTCCCACTCCACTGCTATCTATCCTGAA  50

seq1  GCAAGGCTTCTCGTTTTTACCTGGCTGGCCAACTCTGCCAGTTCCCACAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGGCTTCTCGTTTTTACCTGGCTGGCCAACTCTGCCAGTTCCCACAC  100

seq1  AGTGTCTCTGGTCCTGCCACACAAATTAATCTGGAGAGCAACCTGGTTCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTCTCTGGTCCTGCCACACAAATTAATCTGGAGAGCAACCTGGTTCC  150

seq1  AAGGCACCTCCAATTCCTAGATATCCATTATTAATAACTGCACCCCAGGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCACCTCCAATTCCTAGATATCCATTATTAATAACTGCACCCCAGGG  200

seq1  AAGTTTCTACCTTATCTCCTTCATGAAGTGCTTGTACCAAGAAATGTCCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTTCTACCTTATCTCCTTCATGAAGTGCTTGTACCAAGAAATGTCCA  250

seq1  GCCACAGAGTAATCCACAGACCTCATCTTGCTGTGATGGAACCAGCAAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACAGAGTAATCCACAGACCTCATCTTGCTGTGATGGAACCAGCAAGA  300

seq1  GTTGTAAAACAAACTGTGATTTCTTTTGAAGATGACAGCTTATGAATGAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTAAAACAAACTGTGATTTCTTTTGAAGATGACAGCTTATGAATGAG  350

seq1  TGGTCATAGGCCAAAAGGATGACTCTGGATTGTTGGGAAAACTATTGGTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCATAGGCCAAAAGGATGACTCTGGATTGTTGGGAAAACTATTGGTC  400

seq1  TTATCTTAAATAGTAATCATGTGTGGCATTTGCCACAAAGGGAGGCTGTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCTTAAATAGTAATCATGTGTGGCATTTGCCACAAAGGGAGGCTGTA  450

seq1  AAAGGAACTCCCACAAAGTGACATAGAGTCAGGGCCATAATGGGCCTTTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGAACTCCCACAAAGTGACATAGAGTCAGGGCCATAATGGGCCTTTG  500

seq1  GTTGGGGTTAGAACCAAGGAGGAATAATACAGGATGGGACCATAAACAGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGGGTTAGAACCAAGGAGGAATAATACAGGATGGGACCATAAACAGC  550

seq1  CCTACAACTGGCAAAGACATGGCTTACCTAGGCCAAGCAAAGTTGTTCAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTACAACTGGCAAAGACATGGCTTACCTAGGCCAAGCAAAGTTGTTCAT  600

seq1  ACAGGATTAGGAATGAATAACAAAACCTGATTAACAACAAAAAAGGGACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGATTAGGAATGAATAACAAAACCTGATTAACAACAAAAAAGGGACA  650

seq1  TATTAAACTGGATCACATGATCAGGTCATAGGAAAGTCCCAGTGTGGGGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAAACTGGATCACATGATCAGGTCATAGGAAAGTCCCAGTGTGGGGG  700

seq1  AAAAAAAAGGGACTGTACCAAACTATGAACAGTTACTGGTAAAGAACAGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAAGGGACTGTACCAAACTATGAACAGTTACTGGTAAAGAACAGT  750

seq1  AGCTCCTAATAGTATTCACATCACCAGTCCCTGTCGCATCCGCTCTCGAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCCTAATAGTATTCACATCACCAGTCCCTGTCGCATCCGCTCTCGAC  800

seq1  CAGCAAGAACGACACGACCACCAGTTCTTCTAACAGCAGTTTATTCAGCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAAGAACGACACGACCACCAGTTCTTCTAACAGCAGTTTATTCAGCA  850

seq1  AGCTTCAGTCTTCATCTCTCTCCCTCTTCATCTCTCTCGAACCCCAGGCC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTCAGTCTTCATCTCTCTCCCTCTTCATCTCTCTCGAACCCCAGGCC  900

seq1  TCTCACTCTTATAGACTCTCAGCCCCCATCCACTCATGGCAGGCCATGTC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCACTCTTATAGACTCTCAGCCCCCATCCACTCATGGCAGGCCATGTC  950

seq1  ACCTCACCAGGCACAGGGCTTCAGCCAATCAGGGTGGCA-GGGGTGCGTC  999
      |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||
seq2  ACCTCACCAGGCACAGGGCTTCAGCCCATCA-GGTGGCAGGGGGTGCGTC  999

seq1  TCCAACAAATACGGACTTGTTTACACCACCAGCTCTGCATCCAGCAGGTG  1049
      ||| |||||||||||| ||||||||||  ||||||||||| ||||| |||
seq2  TCC-ACAAATACGGAC-TGTTTACACCCACAGCTCTGCAT-CAGCA-GTG  1045

seq1  CCATCTTTC-AGGTGTG  1065
       |||||||| |||||||
seq2  -CATCTTTCAAGGTGTG  1061