BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-298J03
Chromosome3 (Build37)
Map Location 154,895,022 - 155,060,375
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG383956
Upstream geneSlc44a5, Lhx8, LOC100040810, LOC100040829, Tyw3, Cryz, BC007180, Tnni3k, Fpgt, Lrrc44
Downstream geneScp2-ps1, EG668902, LOC624519, LOC100040901
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-298J03.bB6Ng01-298J03.g
ACCGA093642GA093643
length1,1881,160
definitionB6Ng01-298J03.b B6Ng01-298J03.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(155,059,199 - 155,060,375)(154,895,022 - 154,896,181)
sequence
gaattcacatataaaatacctaattatagaagtgataaaatatttttata
gatttatttttaaaatatgttcagaaatataactaaatgtccctctttta
tagagtcttggcctgaagcccatggtgttttgagatgctaagaagagcac
gtgcctgtttaatctataaagagagagctagtgcttttcttactctgcag
gcgcagaggtccaggttcttagaatgggaagactcacttcacatgctcca
agcagtatgacttctgaaacccctctaggaaaggtgtttcatgatttggg
gcatgagtctggcaaaatcattttctccatgtatccaagtaccttagtat
ggtaggtctgttgatcaagacataaggatggccgagtcatcctgagaacc
gacattggtgacatccagcggtccagtgctggccttaggttaggatgatg
tgactccagagggcgtggtttcatacattggaataaaggagacaatgcca
tctagttataagcaggtcagcataagaaagcacagcttctaaatggacat
cttccttgtgcacagccacttaacatcctttactgtgtttgactgccgag
aggctaataagctacttatggcaaagactttgcacctctccctcaccaaa
ccatcgtttgcataaaggctgctgggcggtgactagaataaggtgctggt
atcaaacccttctctactataatgtagccattaacttcctgtagcatact
atgggacgacttattctttcagtgccatcgtttcttaataattgctttcc
ctaggtgtttctataattatttgtgaagattatatatgaaaaacccttat
ttggatatgtgaaatatataataaagaagtgattattaattttctaaata
tacccattctttttcagaatctatactcaaacaatcttgcacattgcaat
tttaacctttgacagtgatacactgcaacgttaaagaaaggaatctgata
tcccacagaaggacgtacctgacctactttccaaggcctgcacagacaga
gctgggcctcctctgaggtttcagagattatagaaaggatggagaaggga
ttaaggttagtggagtggatcaagctgctgcatgtcaaggcaagagcctg
aatgggaggagtcattacaagccaagtgtggaaagggg
gaattctatttttgtgctatttgaataaaactgacatgagttgtcctgtg
cattgttttgttaaatatgccaaggcagaaggtggggtgtaaatactgtc
tacatacatccagattatgtgtatatcgatgacatttgccaggacttaat
acaacagtttcactcccccagtagcaatataagagacttcacattgtctc
acaagcaacatcccgggcattgttttctgtacatttctgcatcttccagt
gactgaaaagttgttatgtgtcattatggctttgagttttcacctgatga
catgtttattattttggggatgactctcactgaatatctagattatttaa
tccacaaatgaaaagagcttgaaatcctcccagacttgactctcagtaca
tccgtcttcccacaaggccctgtaatttgtacaactttgcagtcataaga
actccaagcaccacacttctctccagccttcacagtagaagaacatggtc
attgaggacacttacctctcttgctacctggtcagaagagggtgtggcta
aaaaaaaaacccttagccttcacctgtaaagtttagcctatctagggtag
tatcaaattacatacacaatatcaagaattgttattaagaattaagagaa
taataatgaaagtaccaaatatcagttttcctgatttttaccataaatat
tatgacctggtaaaattgccttaaaatataagaaacacaccactgaaata
caagaaatatgaattcttcataaaggtacagactctcaatgtattttcac
caattgagtgatccagaacagatataagtaatattgctatagaagatagt
ggtggcgcacgcctttaatcccagcacttgggaggcagaagcaggcagat
ttctgagtttgaggccagtctggtctacagagtgagttccacgacagtca
ggactatacagagaaaccctgtctcaaaaaacaaaaaacaacaaacaaac
caaaaaaagagatacaagcaactcattactactagtggagtgtggatttc
tcttatctaattatcacctaacaactgcaaatgtgcaccttgaacctgct
gtggtgcatgttaagcttcccagtgacagcttggacatacgaatgcagga
aagcttcaag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_155059199_155060375
seq2: B6Ng01-298J03.b_48_1235 (reverse)

seq1  CCCCTTTCCAC---TGCTCTGT-ATGACTCCTCC--ATCTGCCTCCTTCC  44
      |||||||||||   ||   ||| |||||||||||   || | ||| | ||
seq2  CCCCTTTCCACACTTGGCTTGTAATGACTCCTCCCATTCAGGCTCTTGCC  50

seq1  TTCACATGCAGCAGCTTTTGATCCACT-CACT-ACCTTTATCCTTTCT-C  91
      || ||||||||||||  |||||||||| |||| ||||| |||| |||| |
seq2  TTGACATGCAGCAGC--TTGATCCACTCCACTAACCTTAATCCCTTCTCC  98

seq1  ATCCTTTCTATAATCTCTG-AACCTCAGAGGA-GCCCAGCTCTGTTCTGT  139
      ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| |||||
seq2  ATCCTTTCTATAATCTCTGAAACCTCAGAGGAGGCCCAGCTCTG-TCTGT  147

seq1  GCAGG-CTTGG-AAGTAGGTCAGGTACGTCC-TCTGTGGGATATCAGATT  186
      ||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  GCAGGCCTTGGAAAGTAGGTCAGGTACGTCCTTCTGTGGGATATCAGATT  197

seq1  CCTTTCTTTAACGTTGCAGTGTATCACTGTC-AAGGTTAAAATTTGCAAT  235
      ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||
seq2  CCTTTCTTTAACGTTGCAGTGTATCACTGTCAAAGGTTAAAA-TTGCAAT  246

seq1  GTGCAAGATTGTTTGAGTATAGATTCTGAAAAAGAATGGGTATATTTAGA  285
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCAAGATTGTTTGAGTATAGATTCTGAAAAAGAATGGGTATATTTAGA  296

seq1  AAATTAATAATCACTTCTTTATTATATATTTCACATATCCAAATAAGGGT  335
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTAATAATCACTTCTTTATTATATATTTCACATATCCAAATAAGGGT  346

seq1  TTTTCATATATAATCTTCACAAATAATTATAGAAACACCTAGGGAAAGCA  385
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCATATATAATCTTCACAAATAATTATAGAAACACCTAGGGAAAGCA  396

seq1  ATTATTAAGAAACGATGGCACTGAAAGAATAAGTCGTCCCATAGTATGCT  435
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATTAAGAAACGATGGCACTGAAAGAATAAGTCGTCCCATAGTATGCT  446

seq1  ACAGGAAGTTAATGGCTACATTATAGTAGAGAAGGGTTTGATACCAGCAC  485
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGAAGTTAATGGCTACATTATAGTAGAGAAGGGTTTGATACCAGCAC  496

seq1  CTTATTCTAGTCACCGCCCAGCAGCCTTTATGCAAACGATGGTTTGGTGA  535
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATTCTAGTCACCGCCCAGCAGCCTTTATGCAAACGATGGTTTGGTGA  546

seq1  GGGAGAGGTGCAAAGTCTTTGCCATAAGTAGCTTATTAGCCTCTCGGCAG  585
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGAGGTGCAAAGTCTTTGCCATAAGTAGCTTATTAGCCTCTCGGCAG  596

seq1  TCAAACACAGTAAAGGATGTTAAGTGGCTGTGCACAAGGAAGATGTCCAT  635
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAACACAGTAAAGGATGTTAAGTGGCTGTGCACAAGGAAGATGTCCAT  646

seq1  TTAGAAGCTGTGCTTTCTTATGCTGACCTGCTTATAACTAGATGGCATTG  685
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGAAGCTGTGCTTTCTTATGCTGACCTGCTTATAACTAGATGGCATTG  696

seq1  TCTCCTTTATTCCAATGTATGAAACCACGCCCTCTGGAGTCACATCATCC  735
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCTTTATTCCAATGTATGAAACCACGCCCTCTGGAGTCACATCATCC  746

seq1  TAACCTAAGGCCAGCACTGGACCGCTGGATGTCACCAATGTCGGTTCTCA  785
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACCTAAGGCCAGCACTGGACCGCTGGATGTCACCAATGTCGGTTCTCA  796

seq1  GGATGACTCGGCCATCCTTATGTCTTGATCAACAGACCTACCATACTAAG  835
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGACTCGGCCATCCTTATGTCTTGATCAACAGACCTACCATACTAAG  846

seq1  GTACTTGGATACATGGAGAAAATGATTTTGCCAGACTCATGCCCCAAATC  885
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACTTGGATACATGGAGAAAATGATTTTGCCAGACTCATGCCCCAAATC  896

seq1  ATGAAACACCTTTCCTAGAGGGGTTTCAGAAGTCATACTGCTTGGAGCAT  935
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAACACCTTTCCTAGAGGGGTTTCAGAAGTCATACTGCTTGGAGCAT  946

seq1  GTGAAGTGAGTCTTCCCATTCTAAGAACCTGGACCTCTGCGCCTGCAGAG  985
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAAGTGAGTCTTCCCATTCTAAGAACCTGGACCTCTGCGCCTGCAGAG  996

seq1  TAAGAAAAGCACTAGCTCTCTCTTTATAGATTAAACAGGCACGTGCTCTT  1035
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAAAAGCACTAGCTCTCTCTTTATAGATTAAACAGGCACGTGCTCTT  1046

seq1  CTTAGCATCTCAAAACACCATGGGCTTCAGGCCAAGACTCTATAAAAGAG  1085
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGCATCTCAAAACACCATGGGCTTCAGGCCAAGACTCTATAAAAGAG  1096

seq1  GGACATTTAGTTATATTTCTGAACATATTTTAAAAATAAATCTATAAAAA  1135
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACATTTAGTTATATTTCTGAACATATTTTAAAAATAAATCTATAAAAA  1146

seq1  TATTTTATCACTTCTATAATTAGGTATTTTATATGTGAATTC  1177
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTATCACTTCTATAATTAGGTATTTTATATGTGAATTC  1188

seq1: chr3_154895022_154896181
seq2: B6Ng01-298J03.g_67_1226

seq1  GAATTCTATTTTTGTGCTATTTGAATAAAACTGACATGAGTTGTCCTGTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTATTTTTGTGCTATTTGAATAAAACTGACATGAGTTGTCCTGTG  50

seq1  CATTGTTTTGTTAAATATGCCAAGGCAGAAGGTGGGGTGTAAATACTGTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGTTTTGTTAAATATGCCAAGGCAGAAGGTGGGGTGTAAATACTGTC  100

seq1  TACATACATCCAGATTATGTGTATATCGATGACATTTGCCAGGACTTAAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATACATCCAGATTATGTGTATATCGATGACATTTGCCAGGACTTAAT  150

seq1  ACAACAGTTTCACTCCCCCAGTAGCAATATAAGAGACTTCACATTGTCTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACAGTTTCACTCCCCCAGTAGCAATATAAGAGACTTCACATTGTCTC  200

seq1  ACAAGCAACATCCCGGGCATTGTTTTCTGTACATTTCTGCATCTTCCAGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGCAACATCCCGGGCATTGTTTTCTGTACATTTCTGCATCTTCCAGT  250

seq1  GACTGAAAAGTTGTTATGTGTCATTATGGCTTTGAGTTTTCACCTGATGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGAAAAGTTGTTATGTGTCATTATGGCTTTGAGTTTTCACCTGATGA  300

seq1  CATGTTTATTATTTTGGGGATGACTCTCACTGAATATCTAGATTATTTAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTTTATTATTTTGGGGATGACTCTCACTGAATATCTAGATTATTTAA  350

seq1  TCCACAAATGAAAAGAGCTTGAAATCCTCCCAGACTTGACTCTCAGTACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACAAATGAAAAGAGCTTGAAATCCTCCCAGACTTGACTCTCAGTACA  400

seq1  TCCGTCTTCCCACAAGGCCCTGTAATTTGTACAACTTTGCAGTCATAAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCGTCTTCCCACAAGGCCCTGTAATTTGTACAACTTTGCAGTCATAAGA  450

seq1  ACTCCAAGCACCACACTTCTCTCCAGCCTTCACAGTAGAAGAACATGGTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCAAGCACCACACTTCTCTCCAGCCTTCACAGTAGAAGAACATGGTC  500

seq1  ATTGAGGACACTTACCTCTCTTGCTACCTGGTCAGAAGAGGGTGTGGCTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGAGGACACTTACCTCTCTTGCTACCTGGTCAGAAGAGGGTGTGGCTA  550

seq1  AAAAAAAAACCCTTAGCCTTCACCTGTAAAGTTTAGCCTATCTAGGGTAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAAACCCTTAGCCTTCACCTGTAAAGTTTAGCCTATCTAGGGTAG  600

seq1  TATCAAATTACATACACAATATCAAGAATTGTTATTAAGAATTAAGAGAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCAAATTACATACACAATATCAAGAATTGTTATTAAGAATTAAGAGAA  650

seq1  TAATAATGAAAGTACCAAATATCAGTTTTCCTGATTTTTACCATAAATAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAATGAAAGTACCAAATATCAGTTTTCCTGATTTTTACCATAAATAT  700

seq1  TATGACCTGGTAAAATTGCCTTAAAATATAAGAAACACACCACTGAAATA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGACCTGGTAAAATTGCCTTAAAATATAAGAAACACACCACTGAAATA  750

seq1  CAAGAAATATGAATTCTTCATAAAGGTACAGACTCTCAATGTATTTTCAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAAATATGAATTCTTCATAAAGGTACAGACTCTCAATGTATTTTCAC  800

seq1  CAATTGAGTGATCCAGAACAGATATAAGTAATATTGCTATAGAAGATAGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTGAGTGATCCAGAACAGATATAAGTAATATTGCTATAGAAGATAGT  850

seq1  GGTGGCGCACGCCTTTAATCCCAGCACTTGGGAGGCAGAAGCAGGCAGAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGCGCACGCCTTTAATCCCAGCACTTGGGAGGCAGAAGCAGGCAGAT  900

seq1  TTCTGAGTTTGAGGCCAGTCTGGTCTACAGAGTGAGTTCCACGACAGTCA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGAGTTTGAGGCCAGTCTGGTCTACAGAGTGAGTTCCACGACAGTCA  950

seq1  GGACTATACAGAGAAACCCTGTCTCAAAAAACAAAAAACAAACAAACAAA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  GGACTATACAGAGAAACCCTGTCTCAAAAAACAAAAAAC-AACAAACAAA  999

seq1  CAAAAAAAGAAGATACAAGCAACTTCATTTACTACTAGT-GAGTGT-GAT  1048
      | ||||||  ||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||| |||
seq2  CCAAAAAAAGAGATACAAGCAAC-TCA-TTACTACTAGTGGAGTGTGGAT  1047

seq1  TTCTC-TATCTAATTATCACCTAACAACTGGAAAATGTGCACCCTGACAC  1097
      ||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||  |
seq2  TTCTCTTATCTAATTATCACCTAACAACT-GCAAATGTGCACCTTGAACC  1096

seq1  TGCTGTGGTGCATGTAAAGCTCCACAGTGACAGC-TGGACATACG-ATGC  1145
      ||||||||||||||| ||||| | |||||||||| |||||||||| ||||
seq2  TGCTGTGGTGCATGTTAAGCTTCCCAGTGACAGCTTGGACATACGAATGC  1146

seq1  AGGGAAAAGC-TCAAG  1160
      |||  ||||| |||||
seq2  AGG--AAAGCTTCAAG  1160