BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-302C24
Chromosome3 (Build37)
Map Location 106,983,560 - 107,109,501
singlet/doubletdoublet
Overlap geneKcna10, Gm131, A630076J17Rik, Prok1, Hbxip, Slc16a4
Upstream geneChi3l4, EG624696, BC051070, 2010016I18Rik, Dennd2d, Cept1, Tmem77, LOC100043608, 4933421E11Rik, Cd53, Olfr266, Kcna3, AI504432, Kcna2
Downstream geneRbm15, LOC383901, Kcnc4, Slc6a17, Ubl4b, Alx3, 6330569M22Rik, Ahcyl1, Csf1, LOC280047, Eps8l3, Gstm5, LOC671031, Gstm7, Gstm6, LOC668674, Gstm3, LOC624701, Gstm2, Gstm1, LOC100043641, Gstm4, Ampd2, Gnat2, Gnai3, Gpr61, LOC100043654, Amigo1, Cyb561d1, Atxn7l2, Sypl2, LOC668686, Psma5, Sort1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-302C24.bB6Ng01-302C24.g
ACCGA096304GA096305
length1,1101,134
definitionB6Ng01-302C24.b B6Ng01-302C24.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(107,108,391 - 107,109,501)(106,983,560 - 106,984,692)
sequence
gaattcttgccttaaggaattttgctgctgctatatttcttgtcatagtc
ataatgataaattatataattatattgcccatgtgatcgctatagatttt
tttaattgtgtagttttgttaaaaattacatgatttctatggttttctta
tgctttttttctttcctagaattattaaaatgttgtaaagaactaacttt
tcttttctttttcattcccatacaggaaagaaaagtatattgtttattta
ctcattggtaccattttaaacaaacattttgactgaggatttactgtttg
ccagattcctacttaaatatgcctatattcttttataggaatttcagctt
ttcatttgttaatagatatgggtaagtaaaaatgagaatctcttacagct
ttgaagattaccaatacacatttagatttaaaggtaaaaatcatagtttc
ccatacctcttaataatcaagttacctgtttttagtttaggttttcaagg
gcttcatgtgcattaggtaagtggtccacccatgagttacatctgcattc
caaagaactgagttaatctgaaagccaacatttgtagtatttctttggta
gttgctgctaaagtcagaacttggaaagagatctaatggtctttataaag
ttgtctttatcatgccatagaggaatgatttagagaaatcagagaactcc
gcgaaacctctccctttaactaggtgcttagccacataacatcactcttg
gtgagatagcttccattgtgtattatgattatcttacttgggatgctgtg
aacaacagactcctagactaaaaatcagtgaaggccttaatgctagccta
accactacctttgacttgttagaaaatgtatgactgtccaagtaaattct
taggattagtggatacaggaggtccatttatccttacatatagttctaag
tattctagactttgggtaagaaaaatctataaagattttttttttttctg
atttatcgaaagcaatttataatgcatttaggtgtgtacatgaaagtatc
acaataaaatgatctgttttctaattgctcttgttgtagtctgtcttttc
aattagaaaa
gaattcctctctggtctttaactgcttcaccctcaaagggtctcttctcc
atggaatgccttcttccctgcacccttttctcagtctccaccatctttgt
tttgattcagatgcccccttgcaaagatgctctcactcaagcagagtcag
ttcctccaccccacagccactagctgccctgcttacaactccttcagccc
atgagcatagagctggtgtcttcaagcccggattcccaattcagctctga
tatctcaaaaccttgagcaactttacttctctagtgacacagtttcccca
tttgtataactggaacaataccagaaatcacttgggtcgctgtgggattg
aatgaactaacacaggcagggcacctggccctgtacctgatctgtcataa
gtgcttgagaaatattaactgctgtgtgtagtgttcagtgaatgctatga
ccagctccaggctatctcctgggtattttctctgtgaatatgtttgcaca
tgaaattcaaacatattcatgtttcacttttctcaattgattcttctaag
aatagaaatgtaaagaacaaataagatatgagaaaggtgaggctttctcc
acccatagaaagtctactcctcatggggcctctattctctcctattattc
agctgtgattctaacagttcttgaccaaggtgagcagcatcctttgagat
catcgatgacatgatgcatatctcccagtagaaaactgaccggttctgtt
ggagtctgttggagcaccctctggaccataagcaccttgaaaggagctcg
tgtttgggctctttgtcactcaagcatccagcagagtttctgcatccaat
aatgaacgtgatggtttatcttagttatcaacttgactggaccaagaagc
acacttctaagtatgtctgcgaggatgctgccacaaacactgggcatgta
ggtcagagacacagatgcaagctgccactctgaaagtggagtggcactgt
cttgtagctggaggcagaaagcagagctcacaagcaaaaaaaaatgccca
cctgattccttcttggagtggggtggtgtcagttgtgatgtcactgtagc
aattcaggtctcgatgctcagctttgtagacaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_107108391_107109501
seq2: B6Ng01-302C24.b_45_1154 (reverse)

seq1  TTTTCTAAATGAAAAAGAACAGACTACAAC-AGAGCAAATTAGAAAACAG  49
      |||||||| ||||||   |||||||||||| ||||| |||||||||||||
seq2  TTTTCTAATTGAAAA--GACAGACTACAACAAGAGC-AATTAGAAAACAG  47

seq1  AATCATTTTATTGTGATACTTTCATGTACACACCT-AATGCATTATAAAT  98
       |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| 
seq2  -ATCATTTTATTGTGATACTTTCATGTACACACCTAAATGCATTATAAA-  95

seq1  TTGCTTTCGATAAATCAG--AAAAAAAAAATCTTTATAGATTTTTCTTAC  146
      ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTTTCGATAAATCAGAAAAAAAAAAAATCTTTATAGATTTTTCTTAC  145

seq1  CCAAAGTCTAGAATACTTAGAACTATATGTAAGGATAAATGGACCTCCTG  196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAAGTCTAGAATACTTAGAACTATATGTAAGGATAAATGGACCTCCTG  195

seq1  TATCCACTAATCCTAAGAATTTACTTGGACAGTCATACATTTTCTAACAA  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCCACTAATCCTAAGAATTTACTTGGACAGTCATACATTTTCTAACAA  245

seq1  GTCAAAGGTAGTGGTTAGGCTAGCATTAAGGCCTTCACTGATTTTTAGTC  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAAAGGTAGTGGTTAGGCTAGCATTAAGGCCTTCACTGATTTTTAGTC  295

seq1  TAGGAGTCTGTTGTTCACAGCATCCCAAGTAAGATAATCATAATACACAA  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGAGTCTGTTGTTCACAGCATCCCAAGTAAGATAATCATAATACACAA  345

seq1  TGGAAGCTATCTCACCAAGAGTGATGTTATGTGGCTAAGCACCTAGTTAA  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAGCTATCTCACCAAGAGTGATGTTATGTGGCTAAGCACCTAGTTAA  395

seq1  AGGGAGAGGTTTCGCGGAGTTCTCTGATTTCTCTAAATCATTCCTCTATG  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAGAGGTTTCGCGGAGTTCTCTGATTTCTCTAAATCATTCCTCTATG  445

seq1  GCATGATAAAGACAACTTTATAAAGACCATTAGATCTCTTTCCAAGTTCT  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGATAAAGACAACTTTATAAAGACCATTAGATCTCTTTCCAAGTTCT  495

seq1  GACTTTAGCAGCAACTACCAAAGAAATACTACAAATGTTGGCTTTCAGAT  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTTAGCAGCAACTACCAAAGAAATACTACAAATGTTGGCTTTCAGAT  545

seq1  TAACTCAGTTCTTTGGAATGCAGATGTAACTCATGGGTGGACCACTTACC  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTCAGTTCTTTGGAATGCAGATGTAACTCATGGGTGGACCACTTACC  595

seq1  TAATGCACATGAAGCCCTTGAAAACCTAAACTAAAAACAGGTAACTTGAT  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGCACATGAAGCCCTTGAAAACCTAAACTAAAAACAGGTAACTTGAT  645

seq1  TATTAAGAGGTATGGGAAACTATGATTTTTACCTTTAAATCTAAATGTGT  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAAGAGGTATGGGAAACTATGATTTTTACCTTTAAATCTAAATGTGT  695

seq1  ATTGGTAATCTTCAAAGCTGTAAGAGATTCTCATTTTTACTTACCCATAT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGTAATCTTCAAAGCTGTAAGAGATTCTCATTTTTACTTACCCATAT  745

seq1  CTATTAACAAATGAAAAGCTGAAATTCCTATAAAAGAATATAGGCATATT  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTAACAAATGAAAAGCTGAAATTCCTATAAAAGAATATAGGCATATT  795

seq1  TAAGTAGGAATCTGGCAAACAGTAAATCCTCAGTCAAAATGTTTGTTTAA  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTAGGAATCTGGCAAACAGTAAATCCTCAGTCAAAATGTTTGTTTAA  845

seq1  AATGGTACCAATGAGTAAATAAACAATATACTTTTCTTTCCTGTATGGGA  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGTACCAATGAGTAAATAAACAATATACTTTTCTTTCCTGTATGGGA  895

seq1  ATGAAAAAGAAAAGAAAAGTTAGTTCTTTACAACATTTTAATAATTCTAG  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAAAAGAAAAGAAAAGTTAGTTCTTTACAACATTTTAATAATTCTAG  945

seq1  GAAAGAAAAAAAGCATAAGAAAACCATAGAAATCATGTAATTTTTAACAA  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGAAAAAAAGCATAAGAAAACCATAGAAATCATGTAATTTTTAACAA  995

seq1  AACTACACAATTAAAAAAATCTATAGCGATCACATGGGCAATATAATTAT  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTACACAATTAAAAAAATCTATAGCGATCACATGGGCAATATAATTAT  1045

seq1  ATAATTTATCATTATGACTATGACAAGAAATATAGCAGCAGCAAAATTCC  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATTTATCATTATGACTATGACAAGAAATATAGCAGCAGCAAAATTCC  1095

seq1  TTAAGGCAAGAATTC  1111
      |||||||||||||||
seq2  TTAAGGCAAGAATTC  1110

seq1: chr3_106983560_106984692
seq2: B6Ng01-302C24.g_65_1198

seq1  GAATTCCTCTCTGGTCTTTAACTGCTTCACCCTCAAAGGGTCTCTTCTCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTCTCTGGTCTTTAACTGCTTCACCCTCAAAGGGTCTCTTCTCC  50

seq1  ATGGAATGCCTTCTTCCCTGCACCCTTTTCTCAGTCTCCACCATCTTTGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAATGCCTTCTTCCCTGCACCCTTTTCTCAGTCTCCACCATCTTTGT  100

seq1  TTTGATTCAGATGCCCCCTTGCAAAGATGCTCTCACTCAAGCAGAGTCAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGATTCAGATGCCCCCTTGCAAAGATGCTCTCACTCAAGCAGAGTCAG  150

seq1  TTCCTCCACCCCACAGCCACTAGCTGCCCTGCTTACAACTCCTTCAGCCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTCCACCCCACAGCCACTAGCTGCCCTGCTTACAACTCCTTCAGCCC  200

seq1  ATGAGCATAGAGCTGGTGTCTTCAAGCCCGGATTCCCAATTCAGCTCTGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGCATAGAGCTGGTGTCTTCAAGCCCGGATTCCCAATTCAGCTCTGA  250

seq1  TATCTCAAAACCTTGAGCAACTTTACTTCTCTAGTGACACAGTTTCCCCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTCAAAACCTTGAGCAACTTTACTTCTCTAGTGACACAGTTTCCCCA  300

seq1  TTTGTATAACTGGAACAATACCAGAAATCACTTGGGTCGCTGTGGGATTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTATAACTGGAACAATACCAGAAATCACTTGGGTCGCTGTGGGATTG  350

seq1  AATGAACTAACACAGGCAGGGCACCTGGCCCTGTACCTGATCTGTCATAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAACTAACACAGGCAGGGCACCTGGCCCTGTACCTGATCTGTCATAA  400

seq1  GTGCTTGAGAAATATTAACTGCTGTGTGTAGTGTTCAGTGAATGCTATGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTTGAGAAATATTAACTGCTGTGTGTAGTGTTCAGTGAATGCTATGA  450

seq1  CCAGCTCCAGGCTATCTCCTGGGTATTTTCTCTGTGAATATGTTTGCACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCTCCAGGCTATCTCCTGGGTATTTTCTCTGTGAATATGTTTGCACA  500

seq1  TGAAATTCAAACATATTCATGTTTCACTTTTCTCAATTGATTCTTCTAAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAATTCAAACATATTCATGTTTCACTTTTCTCAATTGATTCTTCTAAG  550

seq1  AATAGAAATGTAAAGAACAAATAAGATATGAGAAAGGTGAGGCTTTCTCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGAAATGTAAAGAACAAATAAGATATGAGAAAGGTGAGGCTTTCTCC  600

seq1  ACCCATAGAAAGTCTACTCCTCATGGGGCCTCTATTCTCTCCTATTATTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCATAGAAAGTCTACTCCTCATGGGGCCTCTATTCTCTCCTATTATTC  650

seq1  AGCTGTGATTCTAACAGTTCTTGACCAAGGTGAGCAGCATCCTTTGAGAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGTGATTCTAACAGTTCTTGACCAAGGTGAGCAGCATCCTTTGAGAT  700

seq1  CATCGATGACATGATGCATATCTCCCAGTAGAAAACTGACCGGTTCTGTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCGATGACATGATGCATATCTCCCAGTAGAAAACTGACCGGTTCTGTT  750

seq1  GGAGTCTGTTGGAGCACCCTCTGGACCATAAGCACCTTGAAAGGAGCTCG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTCTGTTGGAGCACCCTCTGGACCATAAGCACCTTGAAAGGAGCTCG  800

seq1  TGTTTGGGCTCTTTGTCACTCAAGCATCCAGCAGAGTTTCTGCATCCAAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTGGGCTCTTTGTCACTCAAGCATCCAGCAGAGTTTCTGCATCCAAT  850

seq1  AATGAACGTGATGGTTTATCTTAGTTATCAACTTGACTGGACCAAGAAGC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAACGTGATGGTTTATCTTAGTTATCAACTTGACTGGACCAAGAAGC  900

seq1  ACACTTCTAAGTATGTCTGCGAGGATGCTGCCACAAACACTGGGCATGTA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTTCTAAGTATGTCTGCGAGGATGCTGCCACAAACACTGGGCATGTA  950

seq1  GGTCAGAGAACACAGATGCAAGCTGCCACTCTGAAAGT-GAGTGGCACTG  999
      |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  GGTCAGAG-ACACAGATGCAAGCTGCCACTCTGAAAGTGGAGTGGCACTG  999

seq1  TCTTGTAGGCTGGAGGCAGAAAGCAGAGCTCACAAGC-AAAAAAAATGCC  1048
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TCTTGTA-GCTGGAGGCAGAAAGCAGAGCTCACAAGCAAAAAAAAATGCC  1048

seq1  CACCTGA-TCCTTCTT-GAGTGGG--TGTGTCAGTTGTGATGTCACTTGT  1094
      ||||||| |||||||| |||||||   ||||||||||||||||||| |||
seq2  CACCTGATTCCTTCTTGGAGTGGGGTGGTGTCAGTTGTGATGTCAC-TGT  1097

seq1  AGCCA-TCA-GTCTCCGAATGCTTCAGCTTTTGTAGACAGA  1133
      ||| | ||| |||||   |||| ||||| ||||||||||||
seq2  AGCAATTCAGGTCTC--GATGC-TCAGC-TTTGTAGACAGA  1134