BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-302N13
Chromosome3 (Build37)
Map Location 41,273,461 - 41,416,106
singlet/doubletdoublet
Overlap genePpia-ps3_337.1, LOC100039115, Phf17
Upstream geneLOC100040882, Intu, Slc25a31, Hspa4l, Plk4, Mfsd8, LOC100039027, LOC100039043, 3110057O12Rik, 1700034I23Rik, Larp2, Pgrmc2, EG666004
Downstream geneSclt1, D3Ertd751e, LOC666031, LOC100039204
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-302N13.bB6Ng01-302N13.g
ACCGA096793GA096794
length1,0931,069
definitionB6Ng01-302N13.b B6Ng01-302N13.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(41,415,006 - 41,416,106)(41,273,461 - 41,274,517)
sequence
gaattcataaggaccatggttctataagagtctcaagaccaactacaaaa
cagcaagtctcgatgttttgtctcctcttaagatgtgaaccacaaggttc
agttccattgtgtactacaggaaccctcataagaccttacaacccacaag
accttaacagcaacacagctgaggtcctttttacaagctgctcatctgaa
aatgcctgctttctccgaaaacaatcactggagtcgatcttgatggcatt
tgaagtgtattttttgtttgttttttattgaaatgcccctaaagcaaaca
aagatggagaaggcccagtgttgtctgaactataatttctatctacctga
cttgaagctcaggcaggcctcccttaagtaccacttccactaaagaagct
ctcattccacaaaatgaccctaactagttcccagaatcgcaaaagtttga
gccatgaactctaaaagacacatgtaaagtcatgggcatctcccttgaaa
gtgtctttaagggcaggaaactaagcatcccagcttagaaatgagaaaga
aaagccactcttgggggcttcagctgcatttgcatagcatcccacaacaa
taaagtcttttcaaatggttgtaattgctgttcagctcaaaatgaagaaa
agatttgtttctcttttctgaatttctgcttttgttttctaataacaagg
tctcattctgtagcctagcgtgacctagaactcacaacctagtccagctg
actaaaatgttggcactcctcctacctcagcccccagaatgctaacaagt
ataagccgccatgttcagcagcagcaggacttctggatgaactacatttc
agttctaacccaaaatatgttctgaccccttgagaagagccaagtacaaa
tctcaaccatgatgcaagcagctgccggggatacccataaaataaggact
ccattccagccacacacacatcatccctttatcactgactcttagcagta
ccaaaagcttcactaaggagcctctgtatactaccatcacaatccagaca
caaagagattacagagtggactaagatctaactacattgtctt
gaattcattcattcatctccactcgaagacagtttgttggaattgttgtt
gttgttgttgttactgatctcaatacactgtaaggcttcctaccatgacc
ttggtgagattcagaacaacctaggacacagtcctcagacacagctgtgg
gggattttagactaggttgaaggcagaaggacttccctaactgtggccag
caccagtccactctttttgctggggtattttattgaagttacagaaaaag
tggctactactatgcatcaccttagtaatgtagaggaaaagaaaggcttc
gtcctcaaccatccccagtctcatggttgcaatgcgacagtaaaagatgc
aagcggtaatatagtgctcacagtgacttattatgcacaacatgggaaat
tttatgaagaaatgaatggtcaagaggacacgtaagcttgttatgtcaca
ctttccaatttgataaagagtagacagttataatgtgtatgaatatgtgt
atttttaatcatatatacacacacacacacacacacatatatatgattga
caataaaagaatatggcctaaagttccaggaaagctagggctgttacaca
gagaagccctatctcaaaacatgagagagagagagagagagagagagaga
gagagagagatctcactggggaaatgagaggacctgctagctcaccgtgt
cttctgacagcaaaccccaggcatagctactagaatggtagctctcaaat
gaggattcttataacttgctttacggaaagaaatgggagccagaaaggtg
agtgtagtttccctgtttcctgctgtttcctgaaaaagttctttcaactc
acaaaggtcaacaagctaagaggtgactgagtgatcaaccacttgcctag
attgcacacagccctgggttttgattcccagcactgaaaaaagaaatcag
gtatgttgagaagtcctaatctgggaacccatgccattctaagtctatgg
gaacagattataatgttcttacttatttaaaatatgcttggctgttgaac
acaggcttggtccctagca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_41415006_41416106
seq2: B6Ng01-302N13.b_46_1138 (reverse)

seq1  AAGACAATGTAGTTTAGATTCTTTAAGTTCACTCTGT-ATCTCTTTGGTG  49
      |||||||||||| ||||| ||||  ||| |||||||| |||||||| |||
seq2  AAGACAATGTAG-TTAGA-TCTT--AGTCCACTCTGTAATCTCTTT-GTG  45

seq1  TCTGGGATGGTTGATGGTAGTATACAGAGGCCTCCTAGTTGAAGCTTTTG  99
      |||||  ||  ||||||||||||||||||| |||||   |||||||||||
seq2  TCTGGATTG--TGATGGTAGTATACAGAGG-CTCCTTAGTGAAGCTTTTG  92

seq1  GTACTTGCTAAGGAGTCAGTGATAAA-GGATGATGTGTGTGTGGCTGGAA  148
      |||| |||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  GTAC-TGCTAA-GAGTCAGTGATAAAGGGATGATGTGTGTGTGGCTGGAA  140

seq1  TGGAGTCCTTATTTTATGGGTATCCCCGGCAGCTGCTTGCATCATGGTTG  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGTCCTTATTTTATGGGTATCCCCGGCAGCTGCTTGCATCATGGTTG  190

seq1  AGATTTGTACTTGGCTCTTCTCAAGGGGTCAGAACATATTTTGGGTTAGA  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTTGTACTTGGCTCTTCTCAAGGGGTCAGAACATATTTTGGGTTAGA  240

seq1  ACTGAAATGTAGTTCATCCAGAAGTCCTGCTGCTGCTGAACATGGCGGCT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAAATGTAGTTCATCCAGAAGTCCTGCTGCTGCTGAACATGGCGGCT  290

seq1  TATACTTGTTAGCATTCTGGGGGCTGAGGTAGGAGGAGTGCCAACATTTT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACTTGTTAGCATTCTGGGGGCTGAGGTAGGAGGAGTGCCAACATTTT  340

seq1  AGTCAGCTGGACTAGGTTGTGAGTTCTAGGTCACGCTAGGCTACAGAATG  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCAGCTGGACTAGGTTGTGAGTTCTAGGTCACGCTAGGCTACAGAATG  390

seq1  AGACCTTGTTATTAGAAAACAAAAGCAGAAATTCAGAAAAGAGAAACAAA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCTTGTTATTAGAAAACAAAAGCAGAAATTCAGAAAAGAGAAACAAA  440

seq1  TCTTTTCTTCATTTTGAGCTGAACAGCAATTACAACCATTTGAAAAGACT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTTCTTCATTTTGAGCTGAACAGCAATTACAACCATTTGAAAAGACT  490

seq1  TTATTGTTGTGGGATGCTATGCAAATGCAGCTGAAGCCCCCAAGAGTGGC  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTGTTGTGGGATGCTATGCAAATGCAGCTGAAGCCCCCAAGAGTGGC  540

seq1  TTTTCTTTCTCATTTCTAAGCTGGGATGCTTAGTTTCCTGCCCTTAAAGA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTTTCTCATTTCTAAGCTGGGATGCTTAGTTTCCTGCCCTTAAAGA  590

seq1  CACTTTCAAGGGAGATGCCCATGACTTTACATGTGTCTTTTAGAGTTCAT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTTCAAGGGAGATGCCCATGACTTTACATGTGTCTTTTAGAGTTCAT  640

seq1  GGCTCAAACTTTTGCGATTCTGGGAACTAGTTAGGGTCATTTTGTGGAAT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCAAACTTTTGCGATTCTGGGAACTAGTTAGGGTCATTTTGTGGAAT  690

seq1  GAGAGCTTCTTTAGTGGAAGTGGTACTTAAGGGAGGCCTGCCTGAGCTTC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGCTTCTTTAGTGGAAGTGGTACTTAAGGGAGGCCTGCCTGAGCTTC  740

seq1  AAGTCAGGTAGATAGAAATTATAGTTCAGACAACACTGGGCCTTCTCCAT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCAGGTAGATAGAAATTATAGTTCAGACAACACTGGGCCTTCTCCAT  790

seq1  CTTTGTTTGCTTTAGGGGCATTTCAATAAAAAACAAACAAAAAATACACT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGTTTGCTTTAGGGGCATTTCAATAAAAAACAAACAAAAAATACACT  840

seq1  TCAAATGCCATCAAGATCGACTCCAGTGATTGTTTTCGGAGAAAGCAGGC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAATGCCATCAAGATCGACTCCAGTGATTGTTTTCGGAGAAAGCAGGC  890

seq1  ATTTTCAGATGAGCAGCTTGTAAAAAGGACCTCAGCTGTGTTGCTGTTAA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTCAGATGAGCAGCTTGTAAAAAGGACCTCAGCTGTGTTGCTGTTAA  940

seq1  GGTCTTGTGGGTTGTAAGGTCTTATGAGGGTTCCTGTAGTACACAATGGA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTTGTGGGTTGTAAGGTCTTATGAGGGTTCCTGTAGTACACAATGGA  990

seq1  ACTGAACCTTGTGGTTCACATCTTAAGAGGAGACAAAACATCGAGACTTG  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAACCTTGTGGTTCACATCTTAAGAGGAGACAAAACATCGAGACTTG  1040

seq1  CTGTTTTGTAGTTGGTCTTGAGACTCTTATAGAACCATGGTCCTTATGAA  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTTTGTAGTTGGTCTTGAGACTCTTATAGAACCATGGTCCTTATGAA  1090

seq1  TTC  1101
      |||
seq2  TTC  1093

seq1: chr3_41273461_41274517
seq2: B6Ng01-302N13.g_70_1138

seq1  GAATTCATTCATTCATCTCCACTCGAAGACAGTTTGTTGGAATTGTTGTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTCATTCATCTCCACTCGAAGACAGTTTGTTGGAATTGTTGTT  50

seq1  GTTGTTGTTGTTACTGATCTCAATACACTGTAAGGCTTCCTACCATGACC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTTGTTGTTACTGATCTCAATACACTGTAAGGCTTCCTACCATGACC  100

seq1  TTGGTGAGATTCAGAACAACCTAGGACACAGTCCTCAGACACAGCTGTGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTGAGATTCAGAACAACCTAGGACACAGTCCTCAGACACAGCTGTGG  150

seq1  GGGATTTTAGACTAGGTTGAAGGCAGAAGGACTTCCCTAACTGTGGCCAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATTTTAGACTAGGTTGAAGGCAGAAGGACTTCCCTAACTGTGGCCAG  200

seq1  CACCAGTCCACTCTTTTTGCTGGGGTATTTTATTGAAGTTACAGAAAAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCAGTCCACTCTTTTTGCTGGGGTATTTTATTGAAGTTACAGAAAAAG  250

seq1  TGGCTACTACTATGCATCACCTTAGTAATGTAGAGGAAAAGAAAGGCTTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTACTACTATGCATCACCTTAGTAATGTAGAGGAAAAGAAAGGCTTC  300

seq1  GTCCTCAACCATCCCCAGTCTCATGGTTGCAATGCGACAGTAAAAGATGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTCAACCATCCCCAGTCTCATGGTTGCAATGCGACAGTAAAAGATGC  350

seq1  AAGCGGTAATATAGTGCTCACAGTGACTTATTATGCACAACATGGGAAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCGGTAATATAGTGCTCACAGTGACTTATTATGCACAACATGGGAAAT  400

seq1  TTTATGAAGAAATGAATGGTCAAGAGGACACGTAAGCTTGTTATGTCACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATGAAGAAATGAATGGTCAAGAGGACACGTAAGCTTGTTATGTCACA  450

seq1  CTTTCCAATTTGATAAAGAGTAGACAGTTATAATGTGTATGAATATGTGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCCAATTTGATAAAGAGTAGACAGTTATAATGTGTATGAATATGTGT  500

seq1  ATTTTTAATCATATATACACACACACACACACACACATATATATGATTGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTTAATCATATATACACACACACACACACACACATATATATGATTGA  550

seq1  CAATAAAAGAATATGGCCTAAAGTTCCAGGAAAGCTAGGGCTGTTACACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATAAAAGAATATGGCCTAAAGTTCCAGGAAAGCTAGGGCTGTTACACA  600

seq1  GAGAAGCCCTATCTCAAAACATGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAGCCCTATCTCAAAACATGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGA  650

seq1  GAGAGAGAGATCTCACTGGGGAAATGAGAGGACCTGCTAGCTCACCGTGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGAGAGATCTCACTGGGGAAATGAGAGGACCTGCTAGCTCACCGTGT  700

seq1  CTTCTGACAGCAAACCCCAGGCATAGCTACTAGAATGGTAGCTCTCAAAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTGACAGCAAACCCCAGGCATAGCTACTAGAATGGTAGCTCTCAAAT  750

seq1  GAGGATTCTTATAACTTGCTTTACGG-AAGAAATGGGAGCCAGAAAGGTG  799
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGATTCTTATAACTTGCTTTACGGAAAGAAATGGGAGCCAGAAAGGTG  800

seq1  AGTGTAGTTTCCCTG-TTCCTGCTGTTTCCTGAAAAAGTTC-TTCAACTC  847
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  AGTGTAGTTTCCCTGTTTCCTGCTGTTTCCTGAAAAAGTTCTTTCAACTC  850

seq1  ACAAA-GTCAACAAGCTAAGAGGTGACTGAGTGATCAACCACTTGCCTAG  896
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAGGTCAACAAGCTAAGAGGTGACTGAGTGATCAACCACTTGCCTAG  900

seq1  ATTGCACACAGCCCTGG--TTTGATTCCCAGCACTG-AAAAAGAAATCA-  942
      |||||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||| 
seq2  ATTGCACACAGCCCTGGGTTTTGATTCCCAGCACTGAAAAAAGAAATCAG  950

seq1  GTATGTTGAGAAGTCCTAATCTGG--AACCATG-CATTCTAAGTCTATGG  989
      ||||||||||||||||||||||||  | ||||| ||||||||||||||||
seq2  GTATGTTGAGAAGTCCTAATCTGGGAACCCATGCCATTCTAAGTCTATGG  1000

seq1  --ACAGATTATAAATGTTCTTTACTTTATTTAAAATATGCTT-GCTGT--  1034
        ||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||  
seq2  GAACAGATTAT-AATGTTC-TTAC-TTATTTAAAATATGCTTGGCTGTTG  1047

seq1  GACACAGGCCTTTGTTCCTAGCA  1057
       ||||||| ||| || |||||||
seq2  AACACAGG-CTTGGTCCCTAGCA  1069