BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-304G20
Chromosome3 (Build37)
Map Location 29,904,413 - 30,043,752
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream gene6130401L20Rik, LOC100040676, Evi1
Downstream geneMds1, LOC100040727, LOC100040734, LOC100040749, Arpm1, Mynn, Lrrc34, 4930558O21Rik, E230002P03Rik, Samd7, Tloc1, Gpr160, Phc3, LOC100040809, Prkci, Skil
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-304G20.bB6Ng01-304G20.g
ACCGA097987GA097988
length1,1071,096
definitionB6Ng01-304G20.b B6Ng01-304G20.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(30,042,642 - 30,043,752)(29,904,413 - 29,905,486)
sequence
gaattctcatggtggtccaggggtgtcagaggcttaaggctaatactatt
cttaatgagaaaagagaaataatggagcaattgtttatacatcaatacac
actctggtgagagccacagacaatgaactctccataggatccggcctatc
gtctgtgcattacatgttcccagagacttttattttgcctcggtgactca
gggagacgcttttgcagtgtagcacctctgatagttcccccactaggagg
aatcaaattggttcactttcaactcaaagtgcaattaagagttccttagg
gttagggaatacaatcctgagacttgcatgattaatggagtggatttgaa
ttttgctggggcagatgggaaagggcatctctctgggagaaaccctggtt
gggagtcaagaagaatgtttttgtggaatgagtcccctcgctgcagcctt
gtttaggggttggagcagagttcacatctgggaccccttggagaattcag
taccgcgagaacagggaaccgggaggaagcagaagtaatatattttgaaa
ggcttaatctgatctcttgcctgtcttcaaaggaagcgtcatttgtaaaa
gacacgcatgctcctgaagagagggcccctattaggcaatgcagaaataa
taaaagactgtctgtccccagcctccggaacagggagcaaggaggtaaag
ggactcgctccatgctcagttgggagagactgctggaactgctcaaaaca
ccctgtctgtgggttcgttcctgaaccctctgtgcagcggagcacagtcc
cttccctttgtttctgctataaattaagatatgtctgacaaggggcttcc
acgtggaacagctaagttagaactcaaccgagcagagtggactctcatcc
cccatcatttctcttgcctctcagaagtttccatctcttcttcaagttag
gaactgtcttcacacgtcttgttttcaaggagggtacacatttaagctgc
ccaccagcttccagagtttacaccacgtagccatttctaagaagcaggga
acagaagaaaatctctaccttgatgggcgatctccactgctgtcattcat
tctctaa
gaattcaaatgactatgttcctttccatgatgcagaatcctaatacacac
acacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacag
acagacaaaacatcctacagaatatgcctaggtcattctgatcaccataa
tagaaagactggcttggttttcatctgaaagatcaacttatgtgtactga
gtattaatggcctctctcagggaaattcaaagagtctgagttttcggggg
tgggggggaagaaagatgcttcagggtaaaaaaaaaaaagtacacaaaac
ttgtggctatattcaacgatgataagaaaagcattgcttgtggacaataa
taccctgtaggtaggcatgcctttgattttaggtaaagaatatagaaagg
taagattaagaggagatttatcaaggatggagagagatgcacaggtaaga
tgagaccaagtctaaagaaatgtgctacttattccaatcaaactggtttg
taaaggggagctatgtaagacttcaagagaaaggtattatcataacaaga
aattttaaaagcctgagcaaatcattagatgtctggactatttgacttta
actatgtagtaatgggaggagctcctggagataaagaaaaatctctgaac
aattgataaagctctttcaggtgtcctttctgtgtttggtccccttgagg
actgaggttgggacaacttccagtatccaacttaactcctgcctttgctg
ctgccccgccctactgctcagaaccagttgctgctttctgtaagccaccc
aagctctctaatgtgtccactcattgtctgtcactgtgaagatgtcccag
ctcaatactgggtgtcagcagtgaagctatgtgctgttgaatacaaactt
taaaggaacatggggaaaaccattctagaccaccaagaaggcaggacacc
gtggatgttttgaatgggtcgtggtattctatggggtgtctgtgatttga
ggtctccacctcccccttggtgtctttgggtgttggcctttccttcataa
agataaattacctacagtaacctctggtacttcccagtttgggaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_30042642_30043752
seq2: B6Ng01-304G20.b_47_1153 (reverse)

seq1  TTAGAGAAAGGATGGACAGGCAGT-GAGATCG-CCATCAAGGGTAGAGAT  48
      |||||||| | || |||| ||||| ||||||| ||||||| |||||||||
seq2  TTAGAGAATGAAT-GACA-GCAGTGGAGATCGCCCATCAA-GGTAGAGAT  47

seq1  TTTCTTCTTGTTCCCTGCTTCTTAGAAATGGCTACGTTGGTTGTAAACTC  98
      ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  | |||||||||
seq2  TTTCTTC-TGTTCCCTGCTTCTTAGAAATGGCTACGT--GGTGTAAACTC  94

seq1  TGGAAGCTGGTGGGCAGCTTAAATGTGTACCCTCCTTGAAAACAAGACGT  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAGCTGGTGGGCAGCTTAAATGTGTACCCTCCTTGAAAACAAGACGT  144

seq1  GTGAAGACAGTTCCTAACTTGAAGAAGAGATGGAAACTTCTGAGAGGCAA  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAAGACAGTTCCTAACTTGAAGAAGAGATGGAAACTTCTGAGAGGCAA  194

seq1  GAGAAATGATGGGGGATGAGAGTCCACTCTGCTCGGTTGAGTTCTAACTT  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAATGATGGGGGATGAGAGTCCACTCTGCTCGGTTGAGTTCTAACTT  244

seq1  AGCTGTTCCACGTGGAAGCCCCTTGTCAGACATATCTTAATTTATAGCAG  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGTTCCACGTGGAAGCCCCTTGTCAGACATATCTTAATTTATAGCAG  294

seq1  AAACAAAGGGAAGGGACTGTGCTCCGCTGCACAGAGGGTTCAGGAACGAA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAAAGGGAAGGGACTGTGCTCCGCTGCACAGAGGGTTCAGGAACGAA  344

seq1  CCCACAGACAGGGTGTTTTGAGCAGTTCCAGCAGTCTCTCCCAACTGAGC  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACAGACAGGGTGTTTTGAGCAGTTCCAGCAGTCTCTCCCAACTGAGC  394

seq1  ATGGAGCGAGTCCCTTTACCTCCTTGCTCCCTGTTCCGGAGGCTGGGGAC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAGCGAGTCCCTTTACCTCCTTGCTCCCTGTTCCGGAGGCTGGGGAC  444

seq1  AGACAGTCTTTTATTATTTCTGCATTGCCTAATAGGGGCCCTCTCTTCAG  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAGTCTTTTATTATTTCTGCATTGCCTAATAGGGGCCCTCTCTTCAG  494

seq1  GAGCATGCGTGTCTTTTACAAATGACGCTTCCTTTGAAGACAGGCAAGAG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCATGCGTGTCTTTTACAAATGACGCTTCCTTTGAAGACAGGCAAGAG  544

seq1  ATCAGATTAAGCCTTTCAAAATATATTACTTCTGCTTCCTCCCGGTTCCC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGATTAAGCCTTTCAAAATATATTACTTCTGCTTCCTCCCGGTTCCC  594

seq1  TGTTCTCGCGGTACTGAATTCTCCAAGGGGTCCCAGATGTGAACTCTGCT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCTCGCGGTACTGAATTCTCCAAGGGGTCCCAGATGTGAACTCTGCT  644

seq1  CCAACCCCTAAACAAGGCTGCAGCGAGGGGACTCATTCCACAAAAACATT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACCCCTAAACAAGGCTGCAGCGAGGGGACTCATTCCACAAAAACATT  694

seq1  CTTCTTGACTCCCAACCAGGGTTTCTCCCAGAGAGATGCCCTTTCCCATC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTTGACTCCCAACCAGGGTTTCTCCCAGAGAGATGCCCTTTCCCATC  744

seq1  TGCCCCAGCAAAATTCAAATCCACTCCATTAATCATGCAAGTCTCAGGAT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCCAGCAAAATTCAAATCCACTCCATTAATCATGCAAGTCTCAGGAT  794

seq1  TGTATTCCCTAACCCTAAGGAACTCTTAATTGCACTTTGAGTTGAAAGTG  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATTCCCTAACCCTAAGGAACTCTTAATTGCACTTTGAGTTGAAAGTG  844

seq1  AACCAATTTGATTCCTCCTAGTGGGGGAACTATCAGAGGTGCTACACTGC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCAATTTGATTCCTCCTAGTGGGGGAACTATCAGAGGTGCTACACTGC  894

seq1  AAAAGCGTCTCCCTGAGTCACCGAGGCAAAATAAAAGTCTCTGGGAACAT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGCGTCTCCCTGAGTCACCGAGGCAAAATAAAAGTCTCTGGGAACAT  944

seq1  GTAATGCACAGACGATAGGCCGGATCCTATGGAGAGTTCATTGTCTGTGG  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATGCACAGACGATAGGCCGGATCCTATGGAGAGTTCATTGTCTGTGG  994

seq1  CTCTCACCAGAGTGTGTATTGATGTATAAACAATTGCTCCATTATTTCTC  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCACCAGAGTGTGTATTGATGTATAAACAATTGCTCCATTATTTCTC  1044

seq1  TTTTCTCATTAAGAATAGTATTAGCCTTAAGCCTCTGACACCCCTGGACC  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTCATTAAGAATAGTATTAGCCTTAAGCCTCTGACACCCCTGGACC  1094

seq1  ACCATGAGAATTC  1111
      |||||||||||||
seq2  ACCATGAGAATTC  1107

seq1: chr3_29904413_29905486
seq2: B6Ng01-304G20.g_65_1160

seq1  GAATTCAAATGACTATGTTCCTTTCCATGATGCAGAATCCTAATACACAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAATGACTATGTTCCTTTCCATGATGCAGAATCCTAATACACAC  50

seq1  ACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACAG  100

seq1  ACAGACAAAACATCCTACAGAATATGCCTAGGTCATTCTGATCACCATAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGACAAAACATCCTACAGAATATGCCTAGGTCATTCTGATCACCATAA  150

seq1  TAGAAAGACTGGCTTGGTTTTCATCTGAAAGATCAACTTATGTGTACTGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAAGACTGGCTTGGTTTTCATCTGAAAGATCAACTTATGTGTACTGA  200

seq1  GTATTAATGGCCTCTCTCAGGGAAATTCAAAGAGTCTGAGTTTTCGGGGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTAATGGCCTCTCTCAGGGAAATTCAAAGAGTCTGAGTTTTCGGGGG  250

seq1  TGGGGGGGAAGAAAGATGCTTCAGGGTAAAAAAAAAAAAGTACACAAAAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGGGGAAGAAAGATGCTTCAGGGTAAAAAAAAAAAAGTACACAAAAC  300

seq1  TTGTGGCTATATTCAACGATGATAAGAAAAGCATTGCTTGTGGACAATAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGGCTATATTCAACGATGATAAGAAAAGCATTGCTTGTGGACAATAA  350

seq1  TACCCTGTAGGTAGGCATGCCTTTGATTTTAGGTAAAGAATATAGAAAGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCCTGTAGGTAGGCATGCCTTTGATTTTAGGTAAAGAATATAGAAAGG  400

seq1  TAAGATTAAGAGGAGATTTATCAAGGATGGAGAGAGATGCACAGGTAAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGATTAAGAGGAGATTTATCAAGGATGGAGAGAGATGCACAGGTAAGA  450

seq1  TGAGACCAAGTCTAAAGAAATGTGCTACTTATTCCAATCAAACTGGTTTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGACCAAGTCTAAAGAAATGTGCTACTTATTCCAATCAAACTGGTTTG  500

seq1  TAAAGGGGAGCTATGTAAGACTTCAAGAGAAAGGTATTATCATAACAAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGGGGAGCTATGTAAGACTTCAAGAGAAAGGTATTATCATAACAAGA  550

seq1  AATTTTAAAAGCCTGAGCAAATCATTAGATGTCTGGACTATTTGACTTTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTTAAAAGCCTGAGCAAATCATTAGATGTCTGGACTATTTGACTTTA  600

seq1  ACTATGTAGTAATGGGAGGAGCTCCTGGAGATAAAGAAAAATCTCTGAAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATGTAGTAATGGGAGGAGCTCCTGGAGATAAAGAAAAATCTCTGAAC  650

seq1  AATTGATAAAGCTCTTTCAGGTGTCCTTTCTGTGTTTGGTCCCCTTGAGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGATAAAGCTCTTTCAGGTGTCCTTTCTGTGTTTGGTCCCCTTGAGG  700

seq1  ACTGAGGTTGGGACAACTTCCAGTATCCAACTTAACTCCTGCCTTTGCTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAGGTTGGGACAACTTCCAGTATCCAACTTAACTCCTGCCTTTGCTG  750

seq1  CTGCCCCGCCCTACTGCTCAGAACCAGTTGCTGC-TTCTGTAAGCCACCC  799
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  CTGCCCCGCCCTACTGCTCAGAACCAGTTGCTGCTTTCTGTAAGCCACCC  800

seq1  AAGCTCTCTAATGTGTCCACTCATTGTCTGTCACTGTGAAGATGTCCCAG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTCTCTAATGTGTCCACTCATTGTCTGTCACTGTGAAGATGTCCCAG  850

seq1  CTCAATACTGGGTGTCAGCAGTGAAGCTATGTGCTGTTGAATACAAACTT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAATACTGGGTGTCAGCAGTGAAGCTATGTGCTGTTGAATACAAACTT  900

seq1  T-AAGGAACATGGG--AAAACAATCTAGA-CACCAAG-AGGCAGGACA-C  943
      | ||||||||||||  ||| || |||||| ||||||| |||||||||| |
seq2  TAAAGGAACATGGGGAAAACCATTCTAGACCACCAAGAAGGCAGGACACC  950

seq1  GTGGATG-TTTGAAT-GGTCGTGGTATTCTATGGGTTGTCTGTGA-TTGA  990
      ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||
seq2  GTGGATGTTTTGAATGGGTCGTGGTATTCTATGGGGTGTCTGTGATTTGA  1000

seq1  GGTCTC--ACTCCCC--TGGTGTCTTT-GGTG-TGGCC-TTCCTTCATAA  1033
      ||||||   ||||||  |||||||||| |||| ||||| |||||||||||
seq2  GGTCTCCACCTCCCCCTTGGTGTCTTTGGGTGTTGGCCTTTCCTTCATAA  1050

seq1  AGATAAATTA-CTACAGTTAACTCT-GTACTT-CCAGTT--GGAGA  1074
      |||||||||| ||||||| | |||| |||||| ||||||  |||||
seq2  AGATAAATTACCTACAGTAACCTCTGGTACTTCCCAGTTTGGGAGA  1096