BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-305G07
Chromosome3 (Build37)
Map Location 103,286,986 - 103,418,046
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSyt6
Upstream geneNgfb, Tspan2, Tshb, Sycp1, LOC668425, LOC100043517, Nr1h5, 5730470L24Rik, Csde1, Nras, Ampd1, Dennd2c, Bcas2, Trim33
Downstream geneAtg4a-ps, LOC100043538, Olfml3, Hipk1, Dclre1b, Ap4b1, Gm566, Ptpn22, LOC668452, Rsbn1, Phtf1, Magi3, EG433634, LOC668622, Lrig2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-305G07.bB6Ng01-305G07.g
ACCGA098695GA098696
length6631,074
definitionB6Ng01-305G07.b B6Ng01-305G07.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(103,286,986 - 103,287,648)(103,416,983 - 103,418,046)
sequence
gaattcactaacctcttggccacaccaaaaggtacgtggtgtgtgtgttc
tttgggactaatcctctgtatagccctctcacagttcatacaggatgatc
aaccagaactccatgtcctggtccatgtggtaccccagctattatattat
cagggagagaggtgttggccagcaacacctacagacctctcatcatcatt
tgtgccactccaggcccaacattatctgtgccccccaaaatggaaatagg
ctgtccgtagtgtttaggcttttcccaaccaagcaagatttcagggatga
ttcttaaagccacatcttgcttcatgaaacatcagagagaaatctggtca
ggaaactccagaaaataatttctcagccatctgtcttcccctgaatggca
gccagagatcgctcaccaagtcatgtgtggcagctcagttggaaagagac
ccaagccaaggtgccagggtagctgtgctctgtttggtgatggcagctgc
tggcaggctgctcctgggtcagggggaacagatgacttaaggacaagaaa
atgggctccccaaaccttcccagttattcaatgattgaacttcacttcca
tctgacaaggctgattcactggccaagccctgactggggtgtgtgtgtga
ggggtggatggtg
gaattcactacatgccatcctgtcctaagtgtgtatgtccatcaagctcc
gtcatcacccaaaagccttgtggtaccgtctgtacccacccatctcagtt
atttatcccgttgcataacgagggaccccgtcaaaggcaacttaagggag
acatggcaattttggctcacggttcaaggtgagccatccatcctggcagg
ggagtcatggcatgaggcagcggatcacatggcatccacagtaaagaaac
agagagcactgtgtgagtgccagtgctcaggtcacttcacatggcatcca
ggacccatgtccaggaagtggtcccattcacagttaagatgtgtgtcttc
ccatatcaattaactcaatcaagacagtccgtcctaggcattcccagagg
ctgaataatccttcacagatacacacatacacaaacacacaaacacacac
acacacacacacatacacacacacacatgcttcctacatgggtacactga
tgtcaaaggtgatacaagtggccccagacagagctaggatgtgaagcgca
aaagcccacactttcagtactgtaccaaacgacctcatctcccatcttca
aattttccccagatcttctgtatctcaatgctatcaccttcttcccactg
cttgaaatgaagcctcattgcttttgatgatagcacttggccttgggtca
tcttcccttctctaacctcttggcctgttttgagagtgttttctcatgtt
agggacaaatgtggcagttgccataatgaagaggcaggatatatgtaaga
taaagcagtaggatataatgcctactggatgactgggctagtgttgggga
aagtgaacgacaccgagaacgccccacacccgcatggctggcttggcttc
ctgcagagagagagccaaggaggtgggaactctttcccagggtgccaact
gggggatgcctgctgtgagcaccaggccctggggggtggggaagggagtt
tggattcctctggtgtcactcaagcctgggttcccagggctccgacagac
aaagtggaagggatgccagaggtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_103286986_103287648
seq2: B6Ng01-305G07.b_44_706

seq1  GAATTCACTAACCTCTTGGCCACACCAAAAGGTACGTGGTGTGTGTGTTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTAACCTCTTGGCCACACCAAAAGGTACGTGGTGTGTGTGTTC  50

seq1  TTTGGGACTAATCCTCTGTATAGCCCTCTCACAGTTCATACAGGATGATC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGGACTAATCCTCTGTATAGCCCTCTCACAGTTCATACAGGATGATC  100

seq1  AACCAGAACTCCATGTCCTGGTCCATGTGGTACCCCAGCTATTATATTAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCAGAACTCCATGTCCTGGTCCATGTGGTACCCCAGCTATTATATTAT  150

seq1  CAGGGAGAGAGGTGTTGGCCAGCAACACCTACAGACCTCTCATCATCATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGAGAGAGGTGTTGGCCAGCAACACCTACAGACCTCTCATCATCATT  200

seq1  TGTGCCACTCCAGGCCCAACATTATCTGTGCCCCCCAAAATGGAAATAGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCCACTCCAGGCCCAACATTATCTGTGCCCCCCAAAATGGAAATAGG  250

seq1  CTGTCCGTAGTGTTTAGGCTTTTCCCAACCAAGCAAGATTTCAGGGATGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCCGTAGTGTTTAGGCTTTTCCCAACCAAGCAAGATTTCAGGGATGA  300

seq1  TTCTTAAAGCCACATCTTGCTTCATGAAACATCAGAGAGAAATCTGGTCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTAAAGCCACATCTTGCTTCATGAAACATCAGAGAGAAATCTGGTCA  350

seq1  GGAAACTCCAGAAAATAATTTCTCAGCCATCTGTCTTCCCCTGAATGGCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAACTCCAGAAAATAATTTCTCAGCCATCTGTCTTCCCCTGAATGGCA  400

seq1  GCCAGAGATCGCTCACCAAGTCATGTGTGGCAGCTCAGTTGGAAAGAGAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGAGATCGCTCACCAAGTCATGTGTGGCAGCTCAGTTGGAAAGAGAC  450

seq1  CCAAGCCAAGGTGCCAGGGTAGCTGTGCTCTGTTTGGTGATGGCAGCTGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGCCAAGGTGCCAGGGTAGCTGTGCTCTGTTTGGTGATGGCAGCTGC  500

seq1  TGGCAGGCTGCTCCTGGGTCAGGGGGAACAGATGACTTAAGGACAAGAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCAGGCTGCTCCTGGGTCAGGGGGAACAGATGACTTAAGGACAAGAAA  550

seq1  ATGGGCTCCCCAAACCTTCCCAGTTATTCAATGATTGAACTTCACTTCCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGCTCCCCAAACCTTCCCAGTTATTCAATGATTGAACTTCACTTCCA  600

seq1  TCTGACAAGGCTGATTCACTGGCCAAGCCCTGACTGGGGTGTGTGTGTGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGACAAGGCTGATTCACTGGCCAAGCCCTGACTGGGGTGTGTGTGTGA  650

seq1  GGGGTGGATGGTG  663
      |||||||||||||
seq2  GGGGTGGATGGTG  663

seq1: chr3_103416983_103418046
seq2: B6Ng01-305G07.g_68_1141 (reverse)

seq1  CACCTCTGCCA--CCCTCCACTTTG-CTGTCGGAGCCTTGGAAACCCAGG  47
      |||||||| ||  || ||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||
seq2  CACCTCTGGCATCCCTTCCACTTTGTCTGTCGGAGCCCTGGGAACCCAGG  50

seq1  CTTGAGTGACA-CAGA-GAAT-CAAACTCCCT--CCCA-CCCCCAGGGCC  91
      ||||||||||| |||| |||| ||||||||||  |||| |||||||||||
seq2  CTTGAGTGACACCAGAGGAATCCAAACTCCCTTCCCCACCCCCCAGGGCC  100

seq1  TGGTGCTCACAGCAGGCAT-CCCCAGTTGGCACCCTGGGAAAGAGTTCCC  140
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGCTCACAGCAGGCATCCCCCAGTTGGCACCCTGGGAAAGAGTTCCC  150

seq1  ACCTCCTTGGCTCTCTCTCTGCAGGAAGCCAAGCCAGCCATGCGGGTGTG  190
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCCTTGGCTCTCTCTCTGCAGGAAGCCAAGCCAGCCATGCGGGTGTG  200

seq1  GGGCGTTCTCGGTGTCGTTCACTTTCCCCAACACTAGCCCAGTCATCCAG  240
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCGTTCTCGGTGTCGTTCACTTTCCCCAACACTAGCCCAGTCATCCAG  250

seq1  TAGGCATTATATCCTACTGCTTTATCTTACATATATCCTGCCTCTTCATT  290
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGCATTATATCCTACTGCTTTATCTTACATATATCCTGCCTCTTCATT  300

seq1  ATGGCAACTGCCACATTTGTCCCTAACATGAGAAAACACTCTCAAAACAG  340
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCAACTGCCACATTTGTCCCTAACATGAGAAAACACTCTCAAAACAG  350

seq1  GCCAAGAGGTTAGAGAAGGGAAGATGACCCAAGGCCAAGTGCTATCATCA  390
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAAGAGGTTAGAGAAGGGAAGATGACCCAAGGCCAAGTGCTATCATCA  400

seq1  AAAGCAATGAGGCTTCATTTCAAGCAGTGGGAAGAAGGTGATAGCATTGA  440
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCAATGAGGCTTCATTTCAAGCAGTGGGAAGAAGGTGATAGCATTGA  450

seq1  GATACAGAAGATCTGGGGAAAATTTGAAGATGGGAGATGAGGTCGTTTGG  490
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATACAGAAGATCTGGGGAAAATTTGAAGATGGGAGATGAGGTCGTTTGG  500

seq1  TACAGTACTGAAAGTGTGGGCTTTTGCGCTTCACATCCTAGCTCTGTCTG  540
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGTACTGAAAGTGTGGGCTTTTGCGCTTCACATCCTAGCTCTGTCTG  550

seq1  GGGCCACTTGTATCACCTTTGACATCAGTGTACCCATGTAGGAAGCATGT  590
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCCACTTGTATCACCTTTGACATCAGTGTACCCATGTAGGAAGCATGT  600

seq1  GTGTGTGTGTATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTTGTGTGTTTGTGTATGT  640
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTTGTGTGTTTGTGTATGT  650

seq1  GTGTATCTGTGAAGGATTATTCAGCCTCTGGGAATGCCTAGGACGGACTG  690
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTATCTGTGAAGGATTATTCAGCCTCTGGGAATGCCTAGGACGGACTG  700

seq1  TCTTGATTGAGTTAATTGATATGGGAAGACACACATCTTAACTGTGAATG  740
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGATTGAGTTAATTGATATGGGAAGACACACATCTTAACTGTGAATG  750

seq1  GGACCACTTCCTGGACATGGGTCCTGGATGCCATGTGAAGTGACCTGAGC  790
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACCACTTCCTGGACATGGGTCCTGGATGCCATGTGAAGTGACCTGAGC  800

seq1  ACTGGCACTCACACAGTGCTCTCTGTTTCTTTACTGTGGATGCCATGTGA  840
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGCACTCACACAGTGCTCTCTGTTTCTTTACTGTGGATGCCATGTGA  850

seq1  TCCGCTGCCTCATGCCATGACTCCCCTGCCAGGATGGATGGCTCACCTTG  890
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCGCTGCCTCATGCCATGACTCCCCTGCCAGGATGGATGGCTCACCTTG  900

seq1  AACCGTGAGCCAAAATTGCCATGTCTCCCTTAAGTTGCCTTTGACGGGGT  940
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCGTGAGCCAAAATTGCCATGTCTCCCTTAAGTTGCCTTTGACGGGGT  950

seq1  CCCTCGTTATGCAACGGGATAAATAACTGAGATGGGTGGGTACAGACGGT  990
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCGTTATGCAACGGGATAAATAACTGAGATGGGTGGGTACAGACGGT  1000

seq1  ACCACAAGGCTTTTGGGTGATGACGGAGCTTGATGGACATACACACTTAG  1040
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACAAGGCTTTTGGGTGATGACGGAGCTTGATGGACATACACACTTAG  1050

seq1  GACAGGATGGCATGTAGTGAATTC  1064
      ||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGGATGGCATGTAGTGAATTC  1074