BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-315C17
Chromosome3 (Build37)
Map Location 144,627,613 - 144,739,746
singlet/doubletdoublet
Overlap geneClca6, Clca3, Clca5
Upstream geneLOC100039952, Lmo4, LOC545572, Hs2st1, Sep15, LOC435761, Sh3glb1, LOC668890, Clca1, Clca2, Clca4, EG622139, AI747448
Downstream geneOdf2l, Col24a1, 2410019A14Rik, Cyr61, Ddah1, LOC100040331, Bcl10, 2410004B18Rik, Syde2, Wdr63
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-315C17.bB6Ng01-315C17.g
ACCGA105887GA105888
length1,0921,157
definitionB6Ng01-315C17.b B6Ng01-315C17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(144,627,613 - 144,628,693)(144,738,579 - 144,739,746)
sequence
gaattccagagtttaaactcaagttgttagggttagccaaaaacactttt
gcccactgagcgctctgagcgatctctctgcctttatcacaaatatcatc
agcagcagcatcatttatttttattggtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgt
tatggttatagtgtccatgtggagatcagaagatagttttgagaagtcag
ttctcttctgattctttttaactagtattggtattttacctgctgagtca
tcataccagccctactttgcctttaaacacaggtctaccaggaccctatc
tggggtagttagtctattcatctctcaatcggctttctcttctcagtgac
atttcttgggctatttgtgatttttgaatgttctgacttccaggaaaccc
catgtcactgtggctcaccttgtcattccctgccattctttgccctttca
ataacaactttcccttccttgctgacgctttaatttctgctttagcatgt
ctgtcccaccacacagtgcagtcactcagtgctttatcacataacacctg
cttgtctgtgcctcatattcattttaacagctatctattggtcacacata
tattatgaactctggatcggatgaggttctagttccaagtggaactctta
gtctaatcgggcgagtcacaggcagtatcaataaaatatacagtaccgga
aacatgcaaaagacagttttggaactggcatagggttagctcctatatag
taccccaagtgcccagcccttctcttggtgaaattaatgtgtctactaaa
ttgtgggggacaggaatgactttatgtaggcaggtaatgctgagacagag
agaaaaacatttctggactaataatgatatctggtttttttggtttgttt
tatgagacagagtctaaatgcaacccaactgatctttgaacttgcttagt
cccccaaatgctaggattacagaaacgtactttcattgctcattctagta
aattatcaactttcctcaggtatggtgcagcacctggattaaaagttcta
agcagcactggctttgctattctctgccatgataaaaaggaa
gaattcatatcttggagacatgttttatttcaaaaggggaataaatatga
ccgtatggtgatcaatcatcttgagaatgtgcttcgtttttatagaaact
attattagctttttagttgaaaatagattggctcataggaatggaagctg
tcaagatgacttttaagtgttatcgctgaaatagacagaggccatctacc
gtctgaggaggttgggcgcattcagagtaatgtagtcataggttgtttgg
ccttagaagacaacctttcagaaattaagcagtcccaggtagaaattatg
ataccatcatattttaaaccttgtgataatatcaaaagtagctacaataa
catataccgtatggaaatgatattacatgggtggtggtatctgtgttctt
cccaggcctacagagagacaatctgcgggagacaagaaggccatttggtt
caaatttcaaaatctgacaccaggttgttattttaagcatacttaagtat
agtgtgatttgatgaaaaaacttttctggtgatgatgaactcaaacgcac
cggcccagcaaagcatacatgaatctcttagaggaacaaagtaaagatca
aacgtgacgactacattgaaactctctgtaaagttaacgtgatagttcca
taataaaaggttctataaactgactgagaaaaacaagcttaggatggttt
gagggagcatctgctgcagtttctagccactcagaaaacacaagtgtcac
taggctacagagcacatctgctcccagccgtggggtgggtaaccggtctg
acattccgtcccttgaaggaacaccagtgtgcttaacacctcaggtcccc
cttgtgcttctctgggagcacaaagaactccatgtgctctacatcaagag
gaataatgtttcaataactcattaatagtagcggtcactgtacaacatat
taacgctgaatttctgactctatacacacaggtgcagatgtatagaaatg
atgggatttactcagtatttttctcttgctgtagtggtagctatagcctg
aacaagtgccatgtcgttcactctccaaggcaaggcacaccttagccttc
cctgttccagagcatgctatggatgttacagtacataacaacggtagaaa
aaccatt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_144627613_144628693
seq2: B6Ng01-315C17.b_47_1138

seq1  GAATTCCAGAGTTTAAACTCAAGTTGTTAGGGTTAGCCAAAAACACTTTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGAGTTTAAACTCAAGTTGTTAGGGTTAGCCAAAAACACTTTT  50

seq1  GCCCACTGAGCGCTCTGAGCGATCTCTCTGCCTTTATCACAAATATCATC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCACTGAGCGCTCTGAGCGATCTCTCTGCCTTTATCACAAATATCATC  100

seq1  AGCAGCAGCATCATTTATTTTTATTGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGCAGCATCATTTATTTTTATTGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  150

seq1  TATGGTTATAGTGTCCATGTGGAGATCAGAAGATAGTTTTGAGAAGTCAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGTTATAGTGTCCATGTGGAGATCAGAAGATAGTTTTGAGAAGTCAG  200

seq1  TTCTCTTCTGATTCTTTTTAACTAGTATTGGTATTTTACCTGCTGAGTCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCTTCTGATTCTTTTTAACTAGTATTGGTATTTTACCTGCTGAGTCA  250

seq1  TCATACCAGCCCTACTTTGCCTTTAAACACAGGTCTACCAGGACCCTATC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATACCAGCCCTACTTTGCCTTTAAACACAGGTCTACCAGGACCCTATC  300

seq1  TGGGGTAGTTAGTCTATTCATCTCTCAATCGGCTTTCTCTTCTCAGTGAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGTAGTTAGTCTATTCATCTCTCAATCGGCTTTCTCTTCTCAGTGAC  350

seq1  ATTTCTTGGGCTATTTGTGATTTTTGAATGTTCTGACTTCCAGGAAACCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCTTGGGCTATTTGTGATTTTTGAATGTTCTGACTTCCAGGAAACCC  400

seq1  CATGTCACTGTGGCTCACCTTGTCATTCCCTGCCATTCTTTGCCCTTTCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTCACTGTGGCTCACCTTGTCATTCCCTGCCATTCTTTGCCCTTTCA  450

seq1  ATAACAACTTTCCCTTCCTTGCTGACGCTTTAATTTCTGCTTTAGCATGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACAACTTTCCCTTCCTTGCTGACGCTTTAATTTCTGCTTTAGCATGT  500

seq1  CTGTCCCACCACACAGTGCAGTCACTCAGTGCTTTATCACATAACACCTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCCCACCACACAGTGCAGTCACTCAGTGCTTTATCACATAACACCTG  550

seq1  CTTGTCTGTGCCTCATATTCATTTTAACAGCTATCTATTGGTCACACATA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTCTGTGCCTCATATTCATTTTAACAGCTATCTATTGGTCACACATA  600

seq1  TATTATGAACTCTGGATCGGATGAGGTTCTAGTTCCAAGTGGAACTCTTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTATGAACTCTGGATCGGATGAGGTTCTAGTTCCAAGTGGAACTCTTA  650

seq1  GTCTAATCGGGCGAGTCACAGGCAGTATCAATAAAATATACAGTACCGGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTAATCGGGCGAGTCACAGGCAGTATCAATAAAATATACAGTACCGGA  700

seq1  AACATGCAAAAGACAGTTTTGGAACTGGCATAGGGTTAGCTCCTATATAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATGCAAAAGACAGTTTTGGAACTGGCATAGGGTTAGCTCCTATATAG  750

seq1  TACCCCAAGTGCCCAGCCCTTCTCTTGGTGAAAATTAATGTGTCTACTAA  800
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TACCCCAAGTGCCCAGCCCTTCTCTTGGTG-AAATTAATGTGTCTACTAA  799

seq1  ATTGTGGGGGACAGGAATGAC-TTATGTAGGCAGGTAATGCTGAGACAGA  849
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTGGGGGACAGGAATGACTTTATGTAGGCAGGTAATGCTGAGACAGA  849

seq1  GAGAAAAACATTTCTGGACT-ATAATGATATCTGG-TTTTTTGGTTTGTT  897
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  GAGAAAAACATTTCTGGACTAATAATGATATCTGGTTTTTTTGGTTTGTT  899

seq1  TTATGAGACAGAGTCTAAATGCAACCCAACTGA-CTTTGAACTTGCTTAG  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  TTATGAGACAGAGTCTAAATGCAACCCAACTGATCTTTGAACTTGCTTAG  949

seq1  TCCCCCAAATGCTAGGATTACAAGAACGTACTTTCATTGCTCATTCTAAG  996
      ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||
seq2  TCCCCCAAATGCTAGGATTACAGAAACGTACTTTCATTGCTCATTCT-AG  998

seq1  TAAATTATCAACTT--CTCAAGTAT-GTGCAGCAC--TGATTTAAAG-TC  1040
      ||||||||||||||  |||| |||| |||||||||   |||| |||| ||
seq2  TAAATTATCAACTTTCCTCAGGTATGGTGCAGCACCTGGATTAAAAGTTC  1048

seq1  T-AGCA-CACTG--CTTGCTATTCTCTG-CATGATAAAAGAAGGAA  1081
      | |||| |||||   ||||||||||||| |||||||||  ||||||
seq2  TAAGCAGCACTGGCTTTGCTATTCTCTGCCATGATAAA--AAGGAA  1092

seq1: chr3_144738579_144739746
seq2: B6Ng01-315C17.g_64_1220 (reverse)

seq1  AATGGTTCT--TACCGTTTGTTATGTAACCTGGTACATACATAGCATGGT  48
      ||||||| |  ||||| ||||||||||  |||  |||| ||||||||| |
seq2  AATGGTTTTTCTACCG-TTGTTATGTA--CTGTAACATCCATAGCATGCT  47

seq1  TTCCTGGGACAGGGAGGGCTA--GTGTGCTTGTGCTGGGAGAGTGACGGA  96
         |||| ||||||| |||||  |||||| |   || |||||||||  ||
seq2  ---CTGGAACAGGGAAGGCTAAGGTGTGCCTTGCCTTGGAGAGTGAACGA  94

seq1  CAT-GCACT--GTCAGGCTATAGCTACCACTTACAGCAAAGGAGGAAAAA  143
      ||| |||||   |||||||||||||||||| ||||||||  || ||||||
seq2  CATGGCACTTGTTCAGGCTATAGCTACCAC-TACAGCAA--GA-GAAAAA  140

seq1  TACCTGGAGTAAATCCCATCATTTCTTATAACATCTGCACCTGTGTGTAT  193
      |||   ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||
seq2  TAC--TGAGTAAATCCCATCATTTC-TAT-ACATCTGCACCTGTGTGTAT  186

seq1  AGAGTCAGAAATTCAGCGTTAATATGTTGTTACAGTTGACCGCTACTATT  243
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| |
seq2  AGAGTCAGAAATTCAGCGTTAATATGTTG-TACAG-TGACCGCTACTA-T  233

seq1  TAATGAGTTATTGAAACATTTATTCCTCTTGATGTAGAGCACATGGAGTT  293
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGAGTTATTGAAACA-TTATTCCTCTTGATGTAGAGCACATGGAGTT  282

seq1  CTTTGTGCTCCCAGAGAAGCACAAGGGGGACCTGAGGTGTTAAGCACACT  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGTGCTCCCAGAGAAGCACAAGGGGGACCTGAGGTGTTAAGCACACT  332

seq1  GGTGTTCCTTCAAGGGACGGAATGTCAGACCGGTTACCCACCCCACGGCT  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTTCCTTCAAGGGACGGAATGTCAGACCGGTTACCCACCCCACGGCT  382

seq1  GGGAGCAGATGTGCTCTGTAGCCTAGTGACACTTGTGTTTTCTGAGTGGC  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGCAGATGTGCTCTGTAGCCTAGTGACACTTGTGTTTTCTGAGTGGC  432

seq1  TAGAAACTGCAGCAGATGCTCCCTCAAACCATCCTAAGCTTGTTTTTCTC  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAACTGCAGCAGATGCTCCCTCAAACCATCCTAAGCTTGTTTTTCTC  482

seq1  AGTCAGTTTATAGAACCTTTTATTATGGAACTATCACGTTAACTTTACAG  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCAGTTTATAGAACCTTTTATTATGGAACTATCACGTTAACTTTACAG  532

seq1  AGAGTTTCAATGTAGTCGTCACGTTTGATCTTTACTTTGTTCCTCTAAGA  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTTTCAATGTAGTCGTCACGTTTGATCTTTACTTTGTTCCTCTAAGA  582

seq1  GATTCATGTATGCTTTGCTGGGCCGGTGCGTTTGAGTTCATCATCACCAG  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCATGTATGCTTTGCTGGGCCGGTGCGTTTGAGTTCATCATCACCAG  632

seq1  AAAAGTTTTTTCATCAAATCACACTATACTTAAGTATGCTTAAAATAACA  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGTTTTTTCATCAAATCACACTATACTTAAGTATGCTTAAAATAACA  682

seq1  ACCTGGTGTCAGATTTTGAAATTTGAACCAAATGGCCTTCTTGTCTCCCG  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGGTGTCAGATTTTGAAATTTGAACCAAATGGCCTTCTTGTCTCCCG  732

seq1  CAGATTGTCTCTCTGTAGGCCTGGGAAGAACACAGATACCACCACCCATG  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATTGTCTCTCTGTAGGCCTGGGAAGAACACAGATACCACCACCCATG  782

seq1  TAATATCATTTCCATACGGTATATGTTATTGTAGCTACTTTTGATATTAT  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATATCATTTCCATACGGTATATGTTATTGTAGCTACTTTTGATATTAT  832

seq1  CACAAGGTTTAAAATATGATGGTATCATAATTTCTACCTGGGACTGCTTA  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAGGTTTAAAATATGATGGTATCATAATTTCTACCTGGGACTGCTTA  882

seq1  ATTTCTGAAAGGTTGTCTTCTAAGGCCAAACAACCTATGACTACATTACT  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCTGAAAGGTTGTCTTCTAAGGCCAAACAACCTATGACTACATTACT  932

seq1  CTGAATGCGCCCAACCTCCTCAGACGGTAGATGGCCTCTGTCTATTTCAG  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAATGCGCCCAACCTCCTCAGACGGTAGATGGCCTCTGTCTATTTCAG  982

seq1  CGATAACACTTAAAAGTCATCTTGACAGCTTCCATTCCTATGAGCCAATC  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGATAACACTTAAAAGTCATCTTGACAGCTTCCATTCCTATGAGCCAATC  1032

seq1  TATTTTCAACTAAAAAGCTAATAATAGTTTCTATAAAAACGAAGCACATT  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTCAACTAAAAAGCTAATAATAGTTTCTATAAAAACGAAGCACATT  1082

seq1  CTCAAGATGATTGATCACCATACGGTCATATTTATTCCCCTTTTGAAATA  1143
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAGATGATTGATCACCATACGGTCATATTTATTCCCCTTTTGAAATA  1132

seq1  AAACATGTCTCCAAGATATGAATTC  1168
      |||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACATGTCTCCAAGATATGAATTC  1157