BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-321H05
Chromosome3 (Build37)
Map Location 42,514,884 - 42,660,338
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneSclt1, D3Ertd751e, LOC666031, LOC100039204
Downstream geneLOC100039219, LOC677788, LOC100039264
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-321H05.bB6Ng01-321H05.g
ACCGA110552GA110553
length1,0921,108
definitionB6Ng01-321H05.b B6Ng01-321H05.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(42,514,884 - 42,515,986)(42,659,227 - 42,660,338)
sequence
gaattcactttatatacaggcattgctttgtaaactcaaacaattacact
aaacattatggctcttgttaaagtttaaagaatgcctatgtctcaataga
tttaattatttttttctaagatgagactctgatggtgacaaatgaaataa
aaatgagatagcagaatacatcagaaggattggatgggaaaatagcattg
tagatctctttagtagtgttggttttatggcctacacacacacacacaca
cacacacacacacacacacacacacacacactcacacacacaaacacaca
cacacacacacaaagagagagagagagagacagagagagagagagagaga
gagagagagaggtgcacacatgcacaaacttttaaatatacattccaaat
gtaagagagaccataatatttttcattctgaaatttaattacttttctta
agataatgtgttcaagttccatccatttctctttgaatgttaagattttt
taaaaataaatttattacatttatttattttacttaagagtgtggaaggt
atacatgccacagtgtgcattgggggagagaagtcagcttcctgttgtag
ctagtcagttcctttcttccaacatgtggctctttggacttggactcata
tcctcaggcttggttgcaaatatctttgtccactgaaccctctctctagt
tcatggttttatctttctttgcagataagtaaaattacatatgttaaata
ttttattacctactcaagtattatgtatatctagactcattctttttttt
ttctagccaaagtaaataaagcagccatcaaaatggctataaagatgtta
caatggtgtgtgtgtgtgtacgtatgtatgtatgtatgtatgttataaaa
ctaaaaaggatcatgaaaatgaaggaagtaataagactgagacaaagaca
caggccatgaacatccccttcaacgaccccccccccacacaaaaaaaact
ttgagaagaaatgagccagacaaattggacgagactagaggagacattgg
agaaggaaacaaatagaaatatttgtacctaatgatgaaaat
gaattctgtaagtttatgaacatgtgggatttggtttatcctgaaatata
atcaaccctgtgctctataagaaataagcagagggaggttggagagacac
agcacagatcagcatacaaggacaacagagacctagtgataatgtcatat
actagggatggccagcagaggaaaaaaaggcaggggcaggatctccatag
taacctctgacttatgaacttcagcaactccatttcagaatgccctctcc
cagaacttagacaatgtgtgcctgttgttttaagtcacacttcttactcc
cacagttacaggaatcctatgtagcctctaaagctatagttactttggct
actgtcctctttgtgacactttctagctacttcctcacttggggatttgc
atcaaaagtaatactggtgaaaatattccttccaatgtccaattggcttc
tccagttctcttgtgaagtacaacctacttctgtagctgtgccctgagtt
agaactgcaatctgcaagcacctctgtcctctctttcattgctctcccag
ggtgtagctcagatgctttgttttacttaacaaatgtgcttattatctga
ctctgtcaagggcaacacaaactagtttaaagctccaggtctctttttca
ctcctgagtccccagtgcatatatcagatgccacagaaagtattgggtat
atatttgaagaatgctttagcagacaggaggtcctgatcattgtgacagc
ttctcttcctgaattagaccagtggctcaagacaaacacctcatattact
actttagaaaagttttttttcagtaagttttattgttataatatagtcta
tttcttttttgtgatcttactcaaataaaattttaatgcttttgttatga
gacgccatatttttattatttcagtgcttattttgcattttctattctac
tttgtacgttttatttttaacgtaggttttatggatcagcacatctcttt
atagcctttacctacactttctgctctttatgactagtttgatttatctc
attattacattttatgcaaataaacagcattaggaggagttgagcatgta
atctctgc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_42514884_42515986
seq2: B6Ng01-321H05.b_45_1136

seq1  GAATTCACTTTATATACAGGCATTGCTTTGTAAACTCAAACAATTACACT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTTTATATACAGGCATTGCTTTGTAAACTCAAACAATTACACT  50

seq1  AAACATTATGGCTCTTGTTAAAGTTTAAAGAATGCCTATGTCTCAATAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACATTATGGCTCTTGTTAAAGTTTAAAGAATGCCTATGTCTCAATAGA  100

seq1  TTTAATTATTTTTTTCTAAGATGAGACTCTGATGGTGACAAATGAAATAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAATTATTTTTTTCTAAGATGAGACTCTGATGGTGACAAATGAAATAA  150

seq1  AAATGAGATAGCAGAATACATCAGAAGGATTGGATGGGAAAATAGCATTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGAGATAGCAGAATACATCAGAAGGATTGGATGGGAAAATAGCATTG  200

seq1  TAGATCTCTTTAGTAGTGTTGGTTTTATGGCCTACACACACACACACACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATCTCTTTAGTAGTGTTGGTTTTATGGCCTACACACACACACACACA  250

seq1  CACACACACACACACACACACACACACACACTCACACACACAAACACACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACACACACACACACACACACACACTCACACACACAAACACACA  300

seq1  CACACACACACAAAGAGAGAGAGAGAGAGACAGAGAGAGAGAGAGAGAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACACAAAGAGAGAGAGAGAGAGACAGAGAGAGAGAGAGAGAGA  350

seq1  GAGAGAGAGAGGTGCACACATGCACAAACTTTTAAATATACATTCCAAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGAGAGAGGTGCACACATGCACAAACTTTTAAATATACATTCCAAAT  400

seq1  GTAAGAGAGACCATAATATTTTTCATTCTGAAATTTAATTACTTTTCTTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGAGAGACCATAATATTTTTCATTCTGAAATTTAATTACTTTTCTTA  450

seq1  AGATAATGTGTTCAAGTTCCATCCATTTCTCTTTGAATGTTAAGATTTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAATGTGTTCAAGTTCCATCCATTTCTCTTTGAATGTTAAGATTTTT  500

seq1  TAAAAATAAATTTATTACATTTATTTATTTTACTTAAGAGTGTGGAAGGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAATAAATTTATTACATTTATTTATTTTACTTAAGAGTGTGGAAGGT  550

seq1  ATACATGCCACAGTGTGCATTGGGGGAGAGAAGTCAGCTTCCTGTTGTAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACATGCCACAGTGTGCATTGGGGGAGAGAAGTCAGCTTCCTGTTGTAG  600

seq1  CTAGTCAGTTCCTTTCTTCCAACATGTGGCTCTTTGGACTTGGACTCATA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGTCAGTTCCTTTCTTCCAACATGTGGCTCTTTGGACTTGGACTCATA  650

seq1  TCCTCAGGCTTGGTTGCAAATATCTTTGTCCACTGAACCCTCTCTCTAGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCAGGCTTGGTTGCAAATATCTTTGTCCACTGAACCCTCTCTCTAGT  700

seq1  TCATGGTTTTATCTTTCTTTGCAGATAAGTAAAATTACATATGTTAAATA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGGTTTTATCTTTCTTTGCAGATAAGTAAAATTACATATGTTAAATA  750

seq1  TTTTATTACCTACTCAAGTATTATGTATATCTAGACTCATTC-TTTTTTT  799
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TTTTATTACCTACTCAAGTATTATGTATATCTAGACTCATTCTTTTTTTT  800

seq1  TTCTAGCCAAAGTAAATAAAGCAGCCATCAAAATGGCTATAAAGATGTTA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAGCCAAAGTAAATAAAGCAGCCATCAAAATGGCTATAAAGATGTTA  850

seq1  CAATGGTGTGTGTGTGTGTACGTATGTATGTATGTATGTATGTTATAAAA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGGTGTGTGTGTGTGTACGTATGTATGTATGTATGTATGTTATAAAA  900

seq1  CTAAAAAGGATCATGAAAATGAAGGAAGTAATAAGACTGAGACAAAGACA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAAAAGGATCATGAAAATGAAGGAAGTAATAAGACTGAGACAAAGACA  950

seq1  CAGGGCCATGAACATCCCC-TCAACGACCCCCCCCCACCACCAAAAAAAA  998
      || |||||||||||||||| |||||||||||||||  ||||  |||||||
seq2  CA-GGCCATGAACATCCCCTTCAACGACCCCCCCC--CCACACAAAAAAA  997

seq1  ACTTTGAGAAGAAATGAGCCAGACAAAATTGGAACAGAAGACATAGAGAA  1048
      |||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||     ||||| |
seq2  ACTTTGAGAAGAAATGAGCCAGAC-AAATTGGACGAGA----CTAGAGGA  1042

seq1  GGACATTGGAGAAAGGGAAACAAATTAGAAATATTGTAACCTAAATGATG  1098
       ||||||||||||  ||||||||| ||||||||||   |||| |||||||
seq2  -GACATTGGAGAA--GGAAACAAA-TAGAAATATTTGTACCT-AATGATG  1087

seq1  AAAAT  1103
      |||||
seq2  AAAAT  1092

seq1: chr3_42659227_42660338
seq2: B6Ng01-321H05.g_64_1171 (reverse)

seq1  GCAGAGATTACATGCTCAACTCCT-CTAATGCTGTTTATTTGCATAAAAT  49
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAGATTACATGCTCAACTCCTCCTAATGCTGTTTATTTGCATAAAAT  50

seq1  GTAAATAATGAGATAAAATCAAACTAGTCATAAAGAGCAGAAAGTTGTAG  99
      || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  GT-AATAATGAGAT-AAATCAAACTAGTCATAAAGAGCAGAAAG-TGTAG  97

seq1  GTAAAGGCTATAAAGAAGATGTGCTGATCCATAAAACCTACGTTAAAAAA  149
      ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  GTAAAGGCTATAAAG-AGATGTGCTGATCCATAAAACCTACGTT-AAAAA  145

seq1  TAAAACGTACAAAGTAGAATAGAAAATGCAAAATAAGCACTGAAATAATA  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAACGTACAAAGTAGAATAGAAAATGCAAAATAAGCACTGAAATAATA  195

seq1  AAAATATGGCGTCTCATAACAAAAGCATTAAAATTTTATTTGAGTAAGAT  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATATGGCGTCTCATAACAAAAGCATTAAAATTTTATTTGAGTAAGAT  245

seq1  CACAAAAAAGAAATAGACTATATTATAACAATAAAACTTACTGAAAAAAA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAAAAAGAAATAGACTATATTATAACAATAAAACTTACTGAAAAAAA  295

seq1  ACTTTTCTAAAGTAGTAATATGAGGTGTTTGTCTTGAGCCACTGGTCTAA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTTCTAAAGTAGTAATATGAGGTGTTTGTCTTGAGCCACTGGTCTAA  345

seq1  TTCAGGAAGAGAAGCTGTCACAATGATCAGGACCTCCTGTCTGCTAAAGC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGGAAGAGAAGCTGTCACAATGATCAGGACCTCCTGTCTGCTAAAGC  395

seq1  ATTCTTCAAATATATACCCAATACTTTCTGTGGCATCTGATATATGCACT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTTCAAATATATACCCAATACTTTCTGTGGCATCTGATATATGCACT  445

seq1  GGGGACTCAGGAGTGAAAAAGAGACCTGGAGCTTTAAACTAGTTTGTGTT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGACTCAGGAGTGAAAAAGAGACCTGGAGCTTTAAACTAGTTTGTGTT  495

seq1  GCCCTTGACAGAGTCAGATAATAAGCACATTTGTTAAGTAAAACAAAGCA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTTGACAGAGTCAGATAATAAGCACATTTGTTAAGTAAAACAAAGCA  545

seq1  TCTGAGCTACACCCTGGGAGAGCAATGAAAGAGAGGACAGAGGTGCTTGC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAGCTACACCCTGGGAGAGCAATGAAAGAGAGGACAGAGGTGCTTGC  595

seq1  AGATTGCAGTTCTAACTCAGGGCACAGCTACAGAAGTAGGTTGTACTTCA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTGCAGTTCTAACTCAGGGCACAGCTACAGAAGTAGGTTGTACTTCA  645

seq1  CAAGAGAACTGGAGAAGCCAATTGGACATTGGAAGGAATATTTTCACCAG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAGAACTGGAGAAGCCAATTGGACATTGGAAGGAATATTTTCACCAG  695

seq1  TATTACTTTTGATGCAAATCCCCAAGTGAGGAAGTAGCTAGAAAGTGTCA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTACTTTTGATGCAAATCCCCAAGTGAGGAAGTAGCTAGAAAGTGTCA  745

seq1  CAAAGAGGACAGTAGCCAAAGTAACTATAGCTTTAGAGGCTACATAGGAT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGAGGACAGTAGCCAAAGTAACTATAGCTTTAGAGGCTACATAGGAT  795

seq1  TCCTGTAACTGTGGGAGTAAGAAGTGTGACTTAAAACAACAGGCACACAT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGTAACTGTGGGAGTAAGAAGTGTGACTTAAAACAACAGGCACACAT  845

seq1  TGTCTAAGTTCTGGGAGAGGGCATTCTGAAATGGAGTTGCTGAAGTTCAT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTAAGTTCTGGGAGAGGGCATTCTGAAATGGAGTTGCTGAAGTTCAT  895

seq1  AAGTCAGAGGTTACTATGGAGATCCTGCCCCTGCCTTTTTTTCCTCTGCT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCAGAGGTTACTATGGAGATCCTGCCCCTGCCTTTTTTTCCTCTGCT  945

seq1  GGCCATCCCTAGTATATGACATTATCACTAGGTCTCTGTTGTCCTTGTAT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCATCCCTAGTATATGACATTATCACTAGGTCTCTGTTGTCCTTGTAT  995

seq1  GCTGATCTGTGCTGTGTCTCTCCAACCTCCCTCTGCTTATTTCTTATAGA  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGATCTGTGCTGTGTCTCTCCAACCTCCCTCTGCTTATTTCTTATAGA  1045

seq1  GCACAGGGTTGATTATATTTCAGGATAAACCAAATCCCACATGTTCATAA  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACAGGGTTGATTATATTTCAGGATAAACCAAATCCCACATGTTCATAA  1095

seq1  ACTTACAGAATTC  1112
      |||||||||||||
seq2  ACTTACAGAATTC  1108