BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-326C08
Chromosome3 (Build37)
Map Location 53,189,173 - 53,331,014
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC666413, 8030451K01Rik, 2810046L04Rik, Stoml3, Frem2
Upstream geneLOC100039762, LOC100039832, Cog6, Lhfp, LOC100039808
Downstream genePpia-ps3_416.1, LOC621155, Ufm1, EG666444, LOC100039937, Trpc4, Postn, LOC100039951, LOC434807
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-326C08.bB6Ng01-326C08.g
ACCGA114026GA114027
length1,1331,162
definitionB6Ng01-326C08.b B6Ng01-326C08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(53,189,173 - 53,190,315)(53,329,862 - 53,331,014)
sequence
gaattcaaatcctagcaaccacatggtggctcacaaccatctgtaacaag
atctgatgccttcttctggggtgtctgaagacagcaacagtgtacttaca
tataataaataactaaatcttaaaaaaaactgctcagtgtattttgcgta
tggctaaggcaagaaaagattctcatctcgcttcttctggtcacatatat
ggatcaccagctatgcacactctattttaaaagcatggtcctaaagagat
tctaagaaggcttatattaatttttccaggctgtcattaaatacaataga
ttggattgcttcaataacaacaaatttgtattttctctcagttcaagaga
ttttaaatctcagagaaaggtgtcaccatgctgaagcttctttctgaggc
ctcccacctccataggtggccactttttccctgtgtttgaaagaaaatta
aaattcaaggtccatgactcatgcagcttgctagttgggagggctttttg
ggcctagagcaaagaacaaaggctgtaaagtcatcccaggaaccaactag
ccataaagatagagaagacatacaagaatgtccggactggcctggcacct
ccctatctcccacccttctgacctgggttaaatgttaaccagatgctctg
ctgttaccttgctctgcacgtacagtttgctgatctttaaaatgtccaat
catgtaaaactgcgccaattccccccagctccagacccttttcctataaa
aacccctatctttcaagcctcatggtcgacaacctctgtctcccgtgtga
gacacttgttggcccggagctccgtcattaaactaccttgtgtgtttgca
tcaatacggtctctcatgattccttgggtgtgcgccaactcgggacttga
gtggggatttccccactaggtctttcatgttctcaacccagtcttccctg
tgtatgtatttatactgattttgacctattagaatactggccatactaaa
gtagggatcactctaatggctctctgtcaagatagtcatgtctggagtac
agagacgaagctcaacatttgacttctgagatggagtcagctcataatga
tgctaaagctacatccactggaatgctctactg

gaattctgctgagagggctgcactgaaggagagatggctctgtggctaag
agcactggctgctcccatatggcttcactcagagcactcacaagttggct
cacaactgtgtgtagctcctgtaccaagatacctgaatgccttcttccga
cttctgtgggcaccagccatataccatgtggtacacatatgtagatgcag
gcactatattatgcacttaatataaaaatacattttcaaatcttttggtg
agctcgcctgagtccttttcgagttccctctcctgcttcttttctgtcca
tcatccattcgcccgtcaaaccaccttgcatacacacagattcaattatg
agaataaaataataaagctgttattaataaccaatacattgtctgaaatt
cggtaggtacttgacagggattaatttatcctcccgacttcccttacctc
atctgttgactaccaaaagaaggaaaatatgaaattctaaaacagttcat
ctaattattttgaagacattggaactgcaccatgtcattgctaaatatgc
ttggttttgcttctttaatgttcatcctagcttcctctaaatgatttaaa
aataagtttatagatgcatttttgcataagagttccaaacttacggtagc
aaatcatcctctgatggagatcaataaagtagaatgtagctatatgtctg
gttgatatcccataacagaagggagtgaagcgccaaaacctgcaactgac
aagattcatttctagtgtcagaagaggcaaattcaaggagtgcatctgtg
tttgcccctccggttcaaactggcgtgatggctgccggactccttgcaca
tataaaaaaaactttgaattcttcacttaactgggtgaattatgtggtat
gagacctgtatcttgataaaactgctcaaaagtaaaaaggacttactttg
ctgaaaatagtgttatttttaaaggaactctggcgcacgtccctgttgca
tgtgcgcactgggaaaagtgaagggatgccttgccgtgctgagaaaggct
gttgttttattctgtgcactaaatggccacaaaatctgggcgttcggcat
aagtggcctggatttggattaacgcctgctgcaatgtcaaatgtttaagt
tccctcaacctc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_53189173_53190315
seq2: B6Ng01-326C08.b_49_1181

seq1  GAATTCAAATCCTAGCAACCACATGGTGGCTCACAACCATCTGTAACAAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAATCCTAGCAACCACATGGTGGCTCACAACCATCTGTAACAAG  50

seq1  ATCTGATGCCTTCTTCTGGGGTGTCTGAAGACAGCAACAGTGTACTTACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGATGCCTTCTTCTGGGGTGTCTGAAGACAGCAACAGTGTACTTACA  100

seq1  TATAATAAATAACTAAATCTTAAAAAAAACTGCTCAGTGTATTTTGCGTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAATAAATAACTAAATCTTAAAAAAAACTGCTCAGTGTATTTTGCGTA  150

seq1  TGGCTAAGGCAAGAAAAGATTCTCATCTCGCTTCTTCTGGTCACATATAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTAAGGCAAGAAAAGATTCTCATCTCGCTTCTTCTGGTCACATATAT  200

seq1  GGATCACCAGCTATGCACACTCTATTTTAAAAGCATGGTCCTAAAGAGAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATCACCAGCTATGCACACTCTATTTTAAAAGCATGGTCCTAAAGAGAT  250

seq1  TCTAAGAAGGCTTATATTAATTTTTCCAGGCTGTCATTAAATACAATAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAGAAGGCTTATATTAATTTTTCCAGGCTGTCATTAAATACAATAGA  300

seq1  TTGGATTGCTTCAATAACAACAAATTTGTATTTTCTCTCAGTTCAAGAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGATTGCTTCAATAACAACAAATTTGTATTTTCTCTCAGTTCAAGAGA  350

seq1  TTTTAAATCTCAGAGAAAGGTGTCACCATGCTGAAGCTTCTTTCTGAGGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAAATCTCAGAGAAAGGTGTCACCATGCTGAAGCTTCTTTCTGAGGC  400

seq1  CTCCCACCTCCATAGGTGGCCACTTTTTCCCTGTGTTTGAAAGAAAATTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCACCTCCATAGGTGGCCACTTTTTCCCTGTGTTTGAAAGAAAATTA  450

seq1  AAATTCAAGGTCCATGACTCATGCAGCTTGCTAGTTGGGAGGGCTTTTTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTCAAGGTCCATGACTCATGCAGCTTGCTAGTTGGGAGGGCTTTTTG  500

seq1  GGCCTAGAGCAAAGAACAAAGGCTGTAAAGTCATCCCAGGAACCAACTAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTAGAGCAAAGAACAAAGGCTGTAAAGTCATCCCAGGAACCAACTAG  550

seq1  CCATAAAGATAGAGAAGACATACAAGAATGTCCGGACTGGCCTGGCACCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATAAAGATAGAGAAGACATACAAGAATGTCCGGACTGGCCTGGCACCT  600

seq1  CCCTATCTCCCACCCTTCTGACCTGGGTTAAATGTTAACCAGATGCTCTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTATCTCCCACCCTTCTGACCTGGGTTAAATGTTAACCAGATGCTCTG  650

seq1  CTGTTACCTTGCTCTGCACGTACAGTTTGCTGATCTTTAAAATGTCCAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTACCTTGCTCTGCACGTACAGTTTGCTGATCTTTAAAATGTCCAAT  700

seq1  CATGTAAAACTGCGCCAATTCCCCCCAGCTCCAGACCCTTTTCCTATAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTAAAACTGCGCCAATTCCCCCCAGCTCCAGACCCTTTTCCTATAAA  750

seq1  AACCCCTATCTTTCAAGCCTCATGGTCGACAACCTCTGTCTCCCGTGTGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCCTATCTTTCAAGCCTCATGGTCGACAACCTCTGTCTCCCGTGTGA  800

seq1  GACACTTGTTGGCCCGGAGCTCCGTCATTAAACTACCTTGTGTGTTTGCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACTTGTTGGCCCGGAGCTCCGTCATTAAACTACCTTGTGTGTTTGCA  850

seq1  TCAATACGGTCTCTCATGATTCCTTGGGTGTGCGCCAACTCGGGACTTGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATACGGTCTCTCATGATTCCTTGGGTGTGCGCCAACTCGGGACTTGA  900

seq1  GTGGGGATTTCCCCACTAGGTTCTTTCATGTTCTCAACCCAGTCTTCCCT  950
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGGATTTCCCCACTAGG-TCTTTCATGTTCTCAACCCAGTCTTCCCT  949

seq1  GTGTATGTATTTATACTGATTTTGACCTATTAGAATACTGGCCATACTAA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTATGTATTTATACTGATTTTGACCTATTAGAATACTGGCCATACTAA  999

seq1  AGTAGGGATCACTCTAATGGCTCTCTGTCAAAGATAGTCATGTTCTGAGT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||   ||||
seq2  AGTAGGGATCACTCTAATGGCTCTCTGTC-AAGATAGTCATGTCTGGAGT  1048

seq1  ACAGAGAACGAAAGCTTCAACATTTGACTTCTGGAGGATTGAGTTCAGCT  1100
      |||||| ||| |||| |||||||||||||||||   ||| ||| ||||||
seq2  ACAGAG-ACG-AAGC-TCAACATTTGACTTCTG--AGATGGAG-TCAGCT  1092

seq1  CATAATGATGCTTAAAGCTACATCCACTGGAGATGCTCTACTG  1143
      ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  CATAATGATGC-TAAAGCTACATCCACTGGA-ATGCTCTACTG  1133


seq1: chr3_53329862_53331014
seq2: B6Ng01-326C08.g_67_1228 (reverse)

seq1  GAGGTTGA-GGACCTAAAACAATTGAACCATTTGCAGCA-GCGTTAA-CC  47
      |||||||| ||| || ||||| ||||  || |||||||| ||||||| ||
seq2  GAGGTTGAGGGAACTTAAACATTTGA--CA-TTGCAGCAGGCGTTAATCC  47

seq1  AAAT-CAGCCCACTTATGCCG-ACG-CCAGATTTTGT-GCCA-TTAGTGC  92
      |||| ||| |||||||||||| ||| ||||||||||| |||| |||||||
seq2  AAATCCAGGCCACTTATGCCGAACGCCCAGATTTTGTGGCCATTTAGTGC  97

seq1  ACAGAAT-AAACAACAGCCTTTCTCAGCACGGCAA-GCATCCCTTCACTT  140
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  ACAGAATAAAACAACAGCCTTTCTCAGCACGGCAAGGCATCCCTTCACTT  147

seq1  CTCCCAGTGCGCACATGCAACAGGGACGTGCGCCAGAGTTCCTT--AAAA  188
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||
seq2  TTCCCAGTGCGCACATGCAACAGGGACGTGCGCCAGAGTTCCTTTAAAAA  197

seq1  TAACACTATTTTCAGCAAAGTAAGTCCTTTTTACTTTTGAGCAGTTTTAT  238
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACACTATTTTCAGCAAAGTAAGTCCTTTTTACTTTTGAGCAGTTTTAT  247

seq1  CAAGATACAGGTCTCATACCACATAATTCACCCAGTTAAGTGAAGAATTC  288
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGATACAGGTCTCATACCACATAATTCACCCAGTTAAGTGAAGAATTC  297

seq1  AAAGTTTTTTTTATATGTGCAAGGAGTCCGGCAGCCATCACGCCAGTTTG  338
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTTTTTTTTATATGTGCAAGGAGTCCGGCAGCCATCACGCCAGTTTG  347

seq1  AACCGGAGGGGCAAACACAGATGCACTCCTTGAATTTGCCTCTTCTGACA  388
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCGGAGGGGCAAACACAGATGCACTCCTTGAATTTGCCTCTTCTGACA  397

seq1  CTAGAAATGAATCTTGTCAGTTGCAGGTTTTGGCGCTTCACTCCCTTCTG  438
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGAAATGAATCTTGTCAGTTGCAGGTTTTGGCGCTTCACTCCCTTCTG  447

seq1  TTATGGGATATCAACCAGACATATAGCTACATTCTACTTTATTGATCTCC  488
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGGGATATCAACCAGACATATAGCTACATTCTACTTTATTGATCTCC  497

seq1  ATCAGAGGATGATTTGCTACCGTAAGTTTGGAACTCTTATGCAAAAATGC  538
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGAGGATGATTTGCTACCGTAAGTTTGGAACTCTTATGCAAAAATGC  547

seq1  ATCTATAAACTTATTTTTAAATCATTTAGAGGAAGCTAGGATGAACATTA  588
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTATAAACTTATTTTTAAATCATTTAGAGGAAGCTAGGATGAACATTA  597

seq1  AAGAAGCAAAACCAAGCATATTTAGCAATGACATGGTGCAGTTCCAATGT  638
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAGCAAAACCAAGCATATTTAGCAATGACATGGTGCAGTTCCAATGT  647

seq1  CTTCAAAATAATTAGATGAACTGTTTTAGAATTTCATATTTTCCTTCTTT  688
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAAAATAATTAGATGAACTGTTTTAGAATTTCATATTTTCCTTCTTT  697

seq1  TGGTAGTCAACAGATGAGGTAAGGGAAGTCGGGAGGATAAATTAATCCCT  738
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTAGTCAACAGATGAGGTAAGGGAAGTCGGGAGGATAAATTAATCCCT  747

seq1  GTCAAGTACCTACCGAATTTCAGACAATGTATTGGTTATTAATAACAGCT  788
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAAGTACCTACCGAATTTCAGACAATGTATTGGTTATTAATAACAGCT  797

seq1  TTATTATTTTATTCTCATAATTGAATCTGTGTGTATGCAAGGTGGTTTGA  838
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTATTTTATTCTCATAATTGAATCTGTGTGTATGCAAGGTGGTTTGA  847

seq1  CGGGCGAATGGATGATGGACAGAAAAGAAGCAGGAGAGGGAACTCGAAAA  888
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGGCGAATGGATGATGGACAGAAAAGAAGCAGGAGAGGGAACTCGAAAA  897

seq1  GGACTCAGGCGAGCTCACCAAAAGATTTGAAAATGTATTTTTATATTAAG  938
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACTCAGGCGAGCTCACCAAAAGATTTGAAAATGTATTTTTATATTAAG  947

seq1  TGCATAATATAGTGCCTGCATCTACATATGTGTACCACATGGTATATGGC  988
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATAATATAGTGCCTGCATCTACATATGTGTACCACATGGTATATGGC  997

seq1  TGGTGCCCACAGAAGTCGGAAGAAGGCATTCAGGTATCTTGGTACAGGAG  1038
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGCCCACAGAAGTCGGAAGAAGGCATTCAGGTATCTTGGTACAGGAG  1047

seq1  CTACACACAGTTGTGAGCCAACTTGTGAGTGCTCTGAGTGAAGCCATATG  1088
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACACACAGTTGTGAGCCAACTTGTGAGTGCTCTGAGTGAAGCCATATG  1097

seq1  GGAGCAGCCAGTGCTCTTAGCCACAGAGCCATCTCTCCTTCAGTGCAGCC  1138
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCAGCCAGTGCTCTTAGCCACAGAGCCATCTCTCCTTCAGTGCAGCC  1147

seq1  CTCTCAGCAGAATTC  1153
      |||||||||||||||
seq2  CTCTCAGCAGAATTC  1162


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |