BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-329C24
Chromosome3 (Build37)
Map Location 156,899,866 - 157,031,926
singlet/doubletdoublet
Overlap geneNegr1
Upstream geneLOC100040901, 4930570G19Rik, LOC100041152, LOC668853
Downstream geneLOC546818, Zranb2, Ptger3, LOC433686, LOC624684, Cth, Ankrd13c, Sfrs11, Lrrc40, Lrrc7
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-329C24.bB6Ng01-329C24.g
ACCGA116231GA116232
length1,175564
definitionB6Ng01-329C24.b B6Ng01-329C24.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(156,899,866 - 156,901,054)(157,031,346 - 157,031,926)
sequence
gaattctgtattaatgtcttaaatgtctaagatttgcacccaaaactaaa
gggacctggctaactttcttacatgggattctccaagctcattgacgggg
caaatacaaatctcctttttattatctaatagccagttttgcagaagtca
atgagcttgctacatgtttggattaaatatgcaggttaaaaaaatgacta
caaaataatcaaaatgttctcttcattttattccttgccctcaaaggcac
tcttcaacttcatctttgcctatatcagtaatcatctaccaggtccactc
tttagtcctagactcattttttaaaaaatatggaatgcttcatgaatttg
cgtgtcatccttggtcaggggccatgctaatattctctatatcattccaa
ttttagtatatgtgctgccaaagcgatcacaagtcctagactcattttaa
cattgttgcaaggtttcagagaaaataaattatgtctttcgagacagccc
taagaaatgaattcacagagacgtagtcttcagatactcatagtacttct
ttccagaagacctgacctctgccctaataaccaaagtgtgaacctaggta
tatattcaagtttgtaacaaacctgaaatttaaataaaattatcttttcc
taatcattaactatttcaaatattttgcatttggaaagcaaaacaagggc
tctgttgagacagagtggtattacaggtaggggattattacagaaatgtc
tctcatgcattagatcaaacaactgatttggtccagtaggcctgtgtgtg
tgttgccaagggatgggcattctgtgtatgattgtgaccatgaatgtcca
cattcagagggcgacctaaggttgttgaccctcacctttatgtgataggg
tctcggctgatgtacacaccaggccatctggagggtagtctttcatttcc
gatagctcatggtattacagcactccaccctcttcatctgcctatatgtg
gattttggatatatgaactcaatcatagggttacacagccagacttctct
gactgagccctactcagcccacagtcttttggaatgtgtttgcttccttg
tttttggaattacaggtgttccctgtaaccataggactccgaataagttc
cagtgaatctatctctacaaagaga
gaattctggggaaagaatgcttatccaactaattcttattttccacactt
gctgtttaaataaagtcatatggccattgtcagtctgtctatctctatct
atctatctatctatctatctatctatctatctatctatcatctatctatc
tatctatctatctatctatcatctatctatcatctatctatctatctatc
tatctatctatctatctatctatctaaattctatctaaatatctatctat
tggcttcatgaaacgagtttaaggacttttcttcttgttctactcaataa
gataatatgaggagtattgatgttaattcttcgaagttcctgaagaatcc
aaagagcccatcttatcctgggcttttgttcttacttagttgagagatct
tttatctttgctttagtcttactgatgactatggaactgtttaattattt
atttcaccttggtttaattttggcacattgtatacatatggaattaccat
ttctgttaggttccatgtcacagacacagcgttaatgtccttatgacttc
tggattccattggc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_156899866_156901054
seq2: B6Ng01-329C24.b_47_1221

seq1  GAATTCTGTATTAATGTCTTAAATGTCTAAGATTTGCACCCAAAACTAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGTATTAATGTCTTAAATGTCTAAGATTTGCACCCAAAACTAAA  50

seq1  GGGACCTGGCTAACTTTCTTACATGGGATTCTCCAAGCTCATTGACGGGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGACCTGGCTAACTTTCTTACATGGGATTCTCCAAGCTCATTGACGGGG  100

seq1  CAAATACAAATCTCCTTTTTATTATCTAATAGCCAGTTTTGCAGAAGTCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATACAAATCTCCTTTTTATTATCTAATAGCCAGTTTTGCAGAAGTCA  150

seq1  ATGAGCTTGCTACATGTTTGGATTAAATATGCAGGTTAAAAAAATGACTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGCTTGCTACATGTTTGGATTAAATATGCAGGTTAAAAAAATGACTA  200

seq1  CAAAATAATCAAAATGTTCTCTTCATTTTATTCCTTGCCCTCAAAGGCAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAATAATCAAAATGTTCTCTTCATTTTATTCCTTGCCCTCAAAGGCAC  250

seq1  TCTTCAACTTCATCTTTGCCTATATCAGTAATCATCTACCAGGTCCACTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCAACTTCATCTTTGCCTATATCAGTAATCATCTACCAGGTCCACTC  300

seq1  TTTAGTCCTAGACTCATTTTTTAAAAAATATGGAATGCTTCATGAATTTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGTCCTAGACTCATTTTTTAAAAAATATGGAATGCTTCATGAATTTG  350

seq1  CGTGTCATCCTTGGTCAGGGGCCATGCTAATATTCTCTATATCATTCCAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGTCATCCTTGGTCAGGGGCCATGCTAATATTCTCTATATCATTCCAA  400

seq1  TTTTAGTATATGTGCTGCCAAAGCGATCACAAGTCCTAGACTCATTTTAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAGTATATGTGCTGCCAAAGCGATCACAAGTCCTAGACTCATTTTAA  450

seq1  CATTGTTGCAAGGTTTCAGAGAAAATAAATTATGTCTTTCGAGACAGCCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGTTGCAAGGTTTCAGAGAAAATAAATTATGTCTTTCGAGACAGCCC  500

seq1  TAAGAAATGAATTCACAGAGACGTAGTCTTCAGATACTCATAGTACTTCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAAATGAATTCACAGAGACGTAGTCTTCAGATACTCATAGTACTTCT  550

seq1  TTCCAGAAGACCTGACCTCTGCCCTAATAACCAAAGTGTGAACCTAGGTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAGAAGACCTGACCTCTGCCCTAATAACCAAAGTGTGAACCTAGGTA  600

seq1  TATATTCAAGTTTGTAACAAACCTGAAATTTAAATAAAATTATCTTTTCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATTCAAGTTTGTAACAAACCTGAAATTTAAATAAAATTATCTTTTCC  650

seq1  TAATCATTAACTATTTCAAATATTTTGCATTTGGAAAGCAAAACAAGGGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATCATTAACTATTTCAAATATTTTGCATTTGGAAAGCAAAACAAGGGC  700

seq1  TCTGTTGAGACAGAGTGGTATTACAGGTAGGGGATTATTACAGAAATGTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTTGAGACAGAGTGGTATTACAGGTAGGGGATTATTACAGAAATGTC  750

seq1  TCTCATGCATTAGATCAAACAACTGATTTGGTCCAGTAGGCCTGTGTGTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCATGCATTAGATCAAACAACTGATTTGGTCCAGTAGGCCTGTGTGTG  800

seq1  TGTTGCCAAGGGATGGGCATTCTGTGTATGATTGTGACCATGAATGTCCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGCCAAGGGATGGGCATTCTGTGTATGATTGTGACCATGAATGTCCA  850

seq1  CATTCAGAGGGCGACCTAAGGTTGTTGACCCTCACCTTTATGTGATAGGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCAGAGGGCGACCTAAGGTTGTTGACCCTCACCTTTATGTGATAGGG  900

seq1  TCTCGGCTGATGTACACACCAGGCCATCTGGAGGGTAGTCTTTCATTTCC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCGGCTGATGTACACACCAGGCCATCTGGAGGGTAGTCTTTCATTTCC  950

seq1  GATAGGCTCATGGTATTACAAGCACTCCACCCTCTTCATCTGCCTATTAT  1000
      |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  GATA-GCTCATGGTATTAC-AGCACTCCACCCTCTTCATCTGCCTA-TAT  997

seq1  GTGGATTTTGGATATATGAACTCAATCAATAGGGTTACACAGCCAGGACT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||
seq2  GTGGATTTTGGATATATGAACTCAATC-ATAGGGTTACACAGCCA-GACT  1045

seq1  TCTCCTGACTGAGCCCTAACTCCAGCCCAACAGTCTTT--GGATGTGTTT  1098
      ||| ||||||||||||| ||| |||||| |||||||||  | ||||||||
seq2  TCT-CTGACTGAGCCCT-ACT-CAGCCC-ACAGTCTTTTGGAATGTGTTT  1091

seq1  GCTTCTTGTTTTTTGGATTTACA-GTGTCCCCTGTTAACAATTAAGACTC  1147
      ||||| |  |||||||| ||||| |||| |||||| | ||  || |||||
seq2  GCTTCCTTGTTTTTGGAATTACAGGTGTTCCCTGTAACCA--TAGGACTC  1139

seq1  CAAAATAAAGTTTTCAAGTTGAATCCTTAT-TCTACAAAGAGA  1189
      |  |||||    ||| || ||||||  ||| ||||||||||||
seq2  C-GAATAA---GTTCCAG-TGAATC--TATCTCTACAAAGAGA  1175

seq1: chr3_157031346_157031926
seq2: B6Ng01-329C24.g_63_626 (reverse)

seq1  GCCAATGGAATCCAGAAAGTCATAAGGACATTTTAAAACGCTGTGTTCTG  50
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||    ||||||||| ||||
seq2  GCCAATGGAATCCAG-AAGTCATAAGGACATT----AACGCTGTG-TCTG  44

seq1  TGACATTGGAAAACCTAACAGAAATGGGGAAATTTCCATATGTATACAAT  100
      |||||| |   ||||||||||||||||    | |||||||||||||||||
seq2  TGACATGG---AACCTAACAGAAATGG---TAATTCCATATGTATACAAT  88

seq1  GTGCCAAAATTAAACCAAGGTGAAATAAATAATTTAAACAGTTCCATAGT  150
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  GTGCCAAAATTAAACCAAGGTGAAATAAATAA-TTAAACAGTTCCATAGT  137

seq1  CATCAGTAAGACTAAAGCAAAGATAAAAGATCTCTCAACTAAGTAAGAAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCAGTAAGACTAAAGCAAAGATAAAAGATCTCTCAACTAAGTAAGAAC  187

seq1  AAAAGCCCAGGATAAGATGGGCTCTTTGGATTCTTCAGGAACTTCGAAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGCCCAGGATAAGATGGGCTCTTTGGATTCTTCAGGAACTTCGAAGA  237

seq1  ATTAACATCAATACTCCTCATATTATCTTATTGAGTAGAACAAGAAGAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAACATCAATACTCCTCATATTATCTTATTGAGTAGAACAAGAAGAAA  287

seq1  AGTCCTTAAACTCGTTTCATGAAGCCAATAGATAGATATTTAGATAGAAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCTTAAACTCGTTTCATGAAGCCAATAGATAGATATTTAGATAGAAT  337

seq1  TTAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGAT  400
      |    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  T----TAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGAT  383

seq1  GATAGATAGATGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATGATAGATA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGATAGATGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATGATAGATA  433

seq1  GATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGAGATAGACAGACT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGAGATAGACAGACT  483

seq1  GACAATGGCCATATGACTTTATTTAAACAGCAAGTGTGGAAAATAAGAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAATGGCCATATGACTTTATTTAAACAGCAAGTGTGGAAAATAAGAAT  533

seq1  TAGTTGGATAAGCATTCTTTCCCCAGAATTC  581
      |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTGGATAAGCATTCTTTCCCCAGAATTC  564