BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-329D19
Chromosome3 (Build37)
Map Location 124,348,817 - 124,475,160
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneNdst3, LOC100043333, EG668809, Tram1l1, LOC100043740, 1700006A11Rik, 1700003H04Rik, LOC668817
Downstream geneLOC668820, Ndst4
LinkOpen Mouse BAC browser

no map image available.



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-329D19.bB6Ng01-329D19.g
ACCGA116261GA116262
length1,0181,122
definitionB6Ng01-329D19.b B6Ng01-329D19.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(124,348,817 - 124,349,806)(124,474,030 - 124,475,160)
sequence
gaattcctctcaactaagccatttctaacctcaggacaacctgagaccac
attcttatattttagcacaagctgctctgcccagataagacatagaaaca
aacaaacaaacaaacaaaatccataagttaatatatgacaaaagaaaaat
acaaaaatgaaatattgacacagtatgttctctccaaatcctaccagtat
tgtagaaatgttttcccataggagttagccagttaaacctaaggaacaag
aatttaaaataacaataataggctttatcagaaaattcaaggaatttaat
gaaagtacacacaagtaaagaaacaaaccaaccaagcaaagcaaagcgaa
caaaacaacaacaaaataaaaaccaacaaaccaacaaagcaaacaaaaac
caaccaaccaaccaaacaaacaaaaaaacaacaataaaaaacaaagaata
aaataaaacagttcattgaaaatcttcattctcatccactccgaagaata
catgctccactatgttcatagcagccttgtttataatagccagaagctgg
aaagaacccagatgcccctcaacagaggaatggatacagaaaatgtggta
catttacacaatggaatactactcagctatttaaaaaatgaatttatgaa
attcctaggcaaatggatggacctggagggtatcatcctgagtgaagtaa
cccaatcacaaaggaactcgcacaatatgtactcactgataagtggatat
tagcccagaaacttaggatacccaagatataagatacaacttgccaaacg
catgaaattcaagaagaacgaagaccaaagtgtggacactttaccctttc
ttagaaatgggaacaaaacacccatgcaaggagttacagagacaaaattt
ggagctgtaacgaaaggatggaccatctagtgattgccatatgcggggat
tcatctcataatcagcttccaaatgctgacaccattgcatacactaacaa
gattttgctgaaaggacc

gaattccagagcatcctctccagtgtaaaaattcctgaagaatgggaaga
ttattaccagcctctcagggtgaactacttatgctccatttagtagcctt
atgtttgctttaccaagtaacaccccaaaatcagcagctcacaagttaaa
tatgaatatattcagcaccctttttgaatatagtaaatatatttaacata
taattataaaaaatgaatgtgaattattttattttaaatgctttaacaca
atctgaaaaattacttgctagatatgctttaaaagtaactcagttaaaca
taacttaaatatatgcattagaaaaatattttgagcagaatcatcaaatt
ccacataaaatatgatcatccagccatgctcacataatttaagataaaaa
cggccatataatactacatttcatgtggtgctaatttaaaaaccaactct
cattcacaaaatatgtctattatttatacagtgctatttatataagttgt
tttatttatataatatatatgatttatgtaaaaatagaagttttgtctca
aaacaagcatcaattagtaaggtatagctatttttcttctggcaatgaga
acattatttacattgtctaaatatatttacaaacaagatgctattttaca
gtcttgctggatgtttgtgttgcagacatatacacacacacacacactca
cacacacaattacaatgaaaacgtgttctaagttgttattttgtcataaa
gttatttgcgataaattttgcatgatatttgatcaagaattgaaaaaaga
ggctgcagtgtttgcttaggggctaaaagctcactatgatcttttagaag
gtatgtttagttcctgccaaccatgctggttagctctcaactgtcaataa
cctccactccagaaacctttcaagcttcggcagacaccagtacccaggtg
cacatccccataacagaatacatttaaacttaattgaaaaacaatcttta
aagcacagagtaaaataacagggattggagttaaaacttacataatatga
aattgtatgataataacataaatatgatagtgatgcaatgtgtgccatat
aaggtggtcttacttagacttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_124348817_124349806
seq2: B6Ng01-329D19.b_46_1035

seq1  GAATTCCTCTCAACTAAGCCATTTCTAACCTCAGGACAACCTGAGACCAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTCTCAACTAAGCCATTTCTAACCTCAGGACAACCTGAGACCAC  50

seq1  ATTCTTATATTTTAGCACAAGCTGCTCTGCCCAGATAAGACATAGAAACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTTATATTTTAGCACAAGCTGCTCTGCCCAGATAAGACATAGAAACA  100

seq1  AACAAACAAACAAACAAAATCCATAAGTTAATATATGACAAAAGAAAAAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAACAAACAAACAAAATCCATAAGTTAATATATGACAAAAGAAAAAT  150

seq1  ACAAAAATGAAATATTGACACAGTATGTTCTCTCCAAATCCTACCAGTAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAAATGAAATATTGACACAGTATGTTCTCTCCAAATCCTACCAGTAT  200

seq1  TGTAGAAATGTTTTCCCATAGGAGTTAGCCAGTTAAACCTAAGGAACAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGAAATGTTTTCCCATAGGAGTTAGCCAGTTAAACCTAAGGAACAAG  250

seq1  AATTTAAAATAACAATAATAGGCTTTATCAGAAAATTCAAGGAATTTAAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTAAAATAACAATAATAGGCTTTATCAGAAAATTCAAGGAATTTAAT  300

seq1  GAAAGTACACACAAGTAAAGAAACAAACCAACCAAGCAAAGCAAAGCGAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGTACACACAAGTAAAGAAACAAACCAACCAAGCAAAGCAAAGCGAA  350

seq1  CAAAACAACAACAAAATAAAAACCAACAAACCAACAAAGCAAACAAAAAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAACAACAACAAAATAAAAACCAACAAACCAACAAAGCAAACAAAAAC  400

seq1  CAACCAACCAACCAAACAAACAAAAAAACAACAATAAAAAACAAAGAATA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACCAACCAACCAAACAAACAAAAAAACAACAATAAAAAACAAAGAATA  450

seq1  AAATAAAACAGTTCATTGAAAATCTTCATTCTCATCCACTCCGAAGAATA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAAAACAGTTCATTGAAAATCTTCATTCTCATCCACTCCGAAGAATA  500

seq1  CATGCTCCACTATGTTCATAGCAGCCTTGTTTATAATAGCCAGAAGCTGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCTCCACTATGTTCATAGCAGCCTTGTTTATAATAGCCAGAAGCTGG  550

seq1  AAAGAACCCAGATGCCCCTCAACAGAGGAATGGATACAGAAAATGTGGTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAACCCAGATGCCCCTCAACAGAGGAATGGATACAGAAAATGTGGTA  600

seq1  CATTTACACAATGGAATACTACTCAGCTATTTAAAAAATGAATTTATGAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTACACAATGGAATACTACTCAGCTATTTAAAAAATGAATTTATGAA  650

seq1  ATTCCTAGGCAAATGGATGGACCTGGAGGGTATCATCCTGAGTGAAGTAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCTAGGCAAATGGATGGACCTGGAGGGTATCATCCTGAGTGAAGTAA  700

seq1  CCCAATCACAAAGGAACTCGCACAATATGTACTCACTGATAAGTGGATAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAATCACAAAGGAACTCGCACAATATGTACTCACTGATAAGTGGATAT  750

seq1  TAGCCCAGAAACTTAGGATACCCAAGATATAAGATACAACTTGCCAAACG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCCCAGAAACTTAGGATACCCAAGATATAAGATACAACTTGCCAAACG  800

seq1  CATGAAATTCAAGAAGAACGAAGACCAAAGTGTGGACACTTTACCCTTTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAAATTCAAGAAGAACGAAGACCAAAGTGTGGACACTTTACCCTTTC  850

seq1  TTAGAAATGGGAACAAAACACCCATGCAAGGAGTTACAGAGACAAAATTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGAAATGGGAACAAAACACCCATGCAAGGAGTTACAGAGACAAAATTT  900

seq1  GGAGCTGTAACGAAAGGATGGACCATCTAGTGATTGCCATATGCGGGGAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCTGTAACGAAAGGATGGACCATCTAGTGATTGCCATATGCGGGGAT  950

seq1  TCATCTCATAATCAGCTTCCAAATGCTGACACCATTGCAT  990
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCTCATAATCAGCTTCCAAATGCTGACACCATTGCAT  990


seq1: chr3_124474030_124475160
seq2: B6Ng01-329D19.g_63_1184 (reverse)

seq1  AAAGTCTTAATTAAAGACCACTTTTATAT-GCACACACTGCATCACTATC  49
      ||||||| | |  ||||||||  |||||| ||||||| ||||||||||||
seq2  AAAGTCTAAGT--AAGACCAC-CTTATATGGCACACATTGCATCACTATC  47

seq1  AATATTTATGTTTAATTATCATACAATTTCATATTAATGTAAAGTTTTTA  99
       |||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||| ||||||| |
seq2  -ATATTTATGTT--ATTATCATACAATTTCATATT-ATGT-AAGTTTTAA  92

seq1  CTCCAATCCCTG-TATTTTACTTCTGTGCTTTTAAAGATTTGTTTTCAAT  148
      |||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||  ||||||||
seq2  CTCCAATCCCTGTTATTTTAC-TCTGTGC-TTTAAAGATTGTTTTTCAAT  140

seq1  TAAGTTTAAATGTATTTCTGTTATGGGGATGTGCACCTGGGTACTGGTGT  198
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTTTAAATGTA-TTCTGTTATGGGGATGTGCACCTGGGTACTGGTGT  189

seq1  CTGCCGAAGCTTGAAAGGTTTCTGGAGTGGAGGTTATTGACAGTTGAGAG  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCGAAGCTTGAAAGGTTTCTGGAGTGGAGGTTATTGACAGTTGAGAG  239

seq1  CTAACCAGCATGGTTGGCAGGAACTAAACATACCTTCTAAAAGATCATAG  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACCAGCATGGTTGGCAGGAACTAAACATACCTTCTAAAAGATCATAG  289

seq1  TGAGCTTTTAGCCCCTAAGCAAACACTGCAGCCTCTTTTTTCAATTCTTG  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCTTTTAGCCCCTAAGCAAACACTGCAGCCTCTTTTTTCAATTCTTG  339

seq1  ATCAAATATCATGCAAAATTTATCGCAAATAACTTTATGACAAAATAACA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAAATATCATGCAAAATTTATCGCAAATAACTTTATGACAAAATAACA  389

seq1  ACTTAGAACACGTTTTCATTGTAATTGTGTGTGTGAGTGTGTGTGTGTGT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTAGAACACGTTTTCATTGTAATTGTGTGTGTGAGTGTGTGTGTGTGT  439

seq1  GTATATGTCTGCAACACAAACATCCAGCAAGACTGTAAAATAGCATCTTG  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATATGTCTGCAACACAAACATCCAGCAAGACTGTAAAATAGCATCTTG  489

seq1  TTTGTAAATATATTTAGACAATGTAAATAATGTTCTCATTGCCAGAAGAA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTAAATATATTTAGACAATGTAAATAATGTTCTCATTGCCAGAAGAA  539

seq1  AAATAGCTATACCTTACTAATTGATGCTTGTTTTGAGACAAAACTTCTAT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAGCTATACCTTACTAATTGATGCTTGTTTTGAGACAAAACTTCTAT  589

seq1  TTTTACATAAATCATATATATTATATAAATAAAACAACTTATATAAATAG  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTACATAAATCATATATATTATATAAATAAAACAACTTATATAAATAG  639

seq1  CACTGTATAAATAATAGACATATTTTGTGAATGAGAGTTGGTTTTTAAAT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGTATAAATAATAGACATATTTTGTGAATGAGAGTTGGTTTTTAAAT  689

seq1  TAGCACCACATGAAATGTAGTATTATATGGCCGTTTTTATCTTAAATTAT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCACCACATGAAATGTAGTATTATATGGCCGTTTTTATCTTAAATTAT  739

seq1  GTGAGCATGGCTGGATGATCATATTTTATGTGGAATTTGATGATTCTGCT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGCATGGCTGGATGATCATATTTTATGTGGAATTTGATGATTCTGCT  789

seq1  CAAAATATTTTTCTAATGCATATATTTAAGTTATGTTTAACTGAGTTACT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAATATTTTTCTAATGCATATATTTAAGTTATGTTTAACTGAGTTACT  839

seq1  TTTAAAGCATATCTAGCAAGTAATTTTTCAGATTGTGTTAAAGCATTTAA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAGCATATCTAGCAAGTAATTTTTCAGATTGTGTTAAAGCATTTAA  889

seq1  AATAAAATAATTCACATTCATTTTTTATAATTATATGTTAAATATATTTA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAAATAATTCACATTCATTTTTTATAATTATATGTTAAATATATTTA  939

seq1  CTATATTCAAAAAGGGTGCTGAATATATTCATATTTAACTTGTGAGCTGC  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATATTCAAAAAGGGTGCTGAATATATTCATATTTAACTTGTGAGCTGC  989

seq1  TGATTTTGGGGTGTTACTTGGTAAAGCAAACATAAGGCTACTAAATGGAG  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTTTGGGGTGTTACTTGGTAAAGCAAACATAAGGCTACTAAATGGAG  1039

seq1  CATAAGTAGTTCACCCTGAGAGGCTGGTAATAATCTTCCCATTCTTCAGG  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAAGTAGTTCACCCTGAGAGGCTGGTAATAATCTTCCCATTCTTCAGG  1089

seq1  AATTTTTACACTGGAGAGGATGCTCTGGAATTC  1131
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTTTACACTGGAGAGGATGCTCTGGAATTC  1122


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |