BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-329D23
Chromosome3 (Build37)
Map Location 5,232,146 - 5,374,937
singlet/doubletdoublet
Overlap geneZfhx4
Upstream geneLOC620283
Downstream genePxmp3, EG620382, EG667759, LOC100041165, LOC100041193, EG620570, LOC100041214
LinkOpen Mouse BAC browser

no map image available.



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-329D23.bB6Ng01-329D23.g
ACCGA116267GA116268
length1,2111,117
definitionB6Ng01-329D23.b B6Ng01-329D23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(5,232,146 - 5,233,351)(5,373,811 - 5,374,937)
sequence
gaattcataccaggaagagagtaagagtaaactaggatcagcgtggagta
gggctgaagaacaaggcttcccacccactggttagccatacttatttgag
gagcttcatttctattacttcataaatgatgctctactcagatgctcatg
ttgagagtgcaggaaatacatttaaaagacctgtctcgtgtgcagtagcc
agagatttagtggtgacttacagtttactctagagtttccctacttcaaa
tccagttcacactcacttctcttttctctttgaatggagttggtttctta
ttacacacggagcacatatttacacacacacacacacacacacacacaca
cacacacaaattctttctccaagctttcacaatacattgcaggaacctag
aagagccatattaaggatggtgatgagagttaatgatgtatctgtagata
aagctgtgcagtcacatcagaggcatcagcttgtttgtcatgactggagt
gaagatgtcaagaccaatgagtgtacgagcacagaaggaacaaaagggct
ttgcagagacacatttttgtactgggagccagcaatggcttggatttagc
tccagggaaagatttggattagacaacactatgtacaaatcctgaggata
acagaacgagttggtgaaatgggggaggaaatgtaagaatggacacagtt
ctcaatatgcattttagactgcagctgggaaactatggaatttccaaggt
atatgtcatgtgggggattaatgatttaagccaaactgaagctacaggtt
tgagatagtattaattgtaaaattttcttgtcatatgctaaacatgtgta
catatactgaacatgaatatatatgcccaacatctggacattaaatttag
ctgcattaaaaaagtttcaatttttgcttctatgtaaaacctacatagag
aaacagtatttgcatctacagaggtaacattcaggtttgaaatgcttttc
acattacagtggactttagtacttaatttcaatacattatggcaatgcca
taacttgtacttgctgaatttacgtaaaaccagaatgctaacttctcttg
accagaactttcatttctggaaacatttactgaaaagtacagaaatttcc
ttccgtaacctggattcttatctggataggccaatattagaccaggtgat
tatctccattt

gaattcattgcaatgtctatgttgtacaaagtactttccattccacagtt
acttctgctggctagaaatatttcaggttcccaaactgaaacttgatcta
ctcaagtagagtcatgtcaagcaatggactgttcaattcttttcctatga
cttgtagctagctttatgtatacaaaaacaatctacagttggttaatcct
gttatattttcatatgtatgtcacagcatagaagaatctagttataatgc
tatatagtatgtttctagagcataccagatgattaaccaagattttatgc
tctttgtctagagacacttcattcctccttcctctattacactactatca
acaactctcttatggtcctacaaatctctctacatttgatatcttataat
tagactcagaaaatatttgttttgcctgattggcttatttcacttatctt
aatattatgaaagtttatccttgttttttcatagttaagctttaatgcat
aaaagcattgattcactggtccttggtcactgagttttctcaatacctac
atacagaccaaaagacttctgaaatgtcttaattaaaggaaaaaccaatg
gtcaccttgttgtattcttatttcttgttgttgtttttttttagtttgaa
atacttctatcttgaaatcctttagacagtttcttataagggtgccactt
agcctgagggaagggtcatttgttcaactcagacatagaagctttgatag
tatctctgccatttcatctcaaaactttctgtaacgatagttgtttcatt
ctgggtctgcactgctcacaaatgaatagaaatgtagagttatttttatt
attcttgatggggttagggtagtgcaggtgccactgaggtctggggtatt
atatccctctggagctagagtcataggtatttgcagccaccctatgttgg
gctagaaacagaacctaggtctatgcaggagtagtacacataacatgagc
agttcttcagatactgtgccactggtggggcattggctatgccacagaac
agcctgcttcagtcagctagatcttggatctagggagaaatcatgggtgt
atcgcaccttacatggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_5232146_5233351
seq2: B6Ng01-329D23.b_43_1253

seq1  GAATTCATACCAGGAAGAGAGTAAGAGTAAACTAGGATCAGCGTGGAGTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATACCAGGAAGAGAGTAAGAGTAAACTAGGATCAGCGTGGAGTA  50

seq1  GGGCTGAAGAACAAGGCTTCCCACCCACTGGTTAGCCATACTTATTTGAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTGAAGAACAAGGCTTCCCACCCACTGGTTAGCCATACTTATTTGAG  100

seq1  GAGCTTCATTTCTATTACTTCATAAATGATGCTCTACTCAGATGCTCATG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTTCATTTCTATTACTTCATAAATGATGCTCTACTCAGATGCTCATG  150

seq1  TTGAGAGTGCAGGAAATACATTTAAAAGACCTGTCTCGTGTGCAGTAGCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGAGTGCAGGAAATACATTTAAAAGACCTGTCTCGTGTGCAGTAGCC  200

seq1  AGAGATTTAGTGGTGACTTACAGTTTACTCTAGAGTTTCCCTACTTCAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGATTTAGTGGTGACTTACAGTTTACTCTAGAGTTTCCCTACTTCAAA  250

seq1  TCCAGTTCACACTCACTTCTCTTTTCTCTTTGAATGGAGTTGGTTTCTTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGTTCACACTCACTTCTCTTTTCTCTTTGAATGGAGTTGGTTTCTTA  300

seq1  TTACACACGGAGCACATATTTACACACACACACACACACACACACACACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACACACGGAGCACATATTTACACACACACACACACACACACACACACA  350

seq1  CACACACAAATTCTTTCTCCAAGCTTTCACAATACATTGCAGGAACCTAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACAAATTCTTTCTCCAAGCTTTCACAATACATTGCAGGAACCTAG  400

seq1  AAGAGCCATATTAAGGATGGTGATGAGAGTTAATGATGTATCTGTAGATA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGCCATATTAAGGATGGTGATGAGAGTTAATGATGTATCTGTAGATA  450

seq1  AAGCTGTGCAGTCACATCAGAGGCATCAGCTTGTTTGTCATGACTGGAGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTGTGCAGTCACATCAGAGGCATCAGCTTGTTTGTCATGACTGGAGT  500

seq1  GAAGATGTCAAGACCAATGAGTGTACGAGCACAGAAGGAACAAAAGGGCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGATGTCAAGACCAATGAGTGTACGAGCACAGAAGGAACAAAAGGGCT  550

seq1  TTGCAGAGACACATTTTTGTACTGGGAGCCAGCAATGGCTTGGATTTAGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCAGAGACACATTTTTGTACTGGGAGCCAGCAATGGCTTGGATTTAGC  600

seq1  TCCAGGGAAAGATTTGGATTAGACAACACTATGTACAAATCCTGAGGATA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGGGAAAGATTTGGATTAGACAACACTATGTACAAATCCTGAGGATA  650

seq1  ACAGAACGAGTTGGTGAAATGGGGGAGGAAATGTAAGAATGGACACAGTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAACGAGTTGGTGAAATGGGGGAGGAAATGTAAGAATGGACACAGTT  700

seq1  CTCAATATGCATTTTAGACTGCAGCTGGGAAACTATGGAATTTCCAAGGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAATATGCATTTTAGACTGCAGCTGGGAAACTATGGAATTTCCAAGGT  750

seq1  ATATGTCATGTGGGGGATTAATGATTTAAGCCAAACTGAAGCTACAGGTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGTCATGTGGGGGATTAATGATTTAAGCCAAACTGAAGCTACAGGTT  800

seq1  TGAGATAGTATTAATTGTAAAATTTTCTTGTCATATGCTAAACATGTGTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGATAGTATTAATTGTAAAATTTTCTTGTCATATGCTAAACATGTGTA  850

seq1  CATATACTGAACATGAATATATATGCCCAACATCTGGACATTAAATTTAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATACTGAACATGAATATATATGCCCAACATCTGGACATTAAATTTAG  900

seq1  CTGCATTAAAAAAGTTTCAATTTTTGCTTCTATGTAAAACCTACATAGAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCATTAAAAAAGTTTCAATTTTTGCTTCTATGTAAAACCTACATAGAG  950

seq1  AAACAGTATTTGCATCTACAGAGGTAACATTCAGGTTTGAAATGCTTTTC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAGTATTTGCATCTACAGAGGTAACATTCAGGTTTGAAATGCTTTTC  1000

seq1  ACATTACAGTGGACTTTAGTACTTAATTTCAATAACAATTATGGCAATGC  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||
seq2  ACATTACAGTGGACTTTAGTACTTAATTTCAATA--CATTATGGCAATGC  1048

seq1  CAT-ACTTGTTACCTTGCTGAATTTACGTAAAACCAAGATGCTAAACTCT  1099
      ||| ||||||   |||||||||||||||||||||||  |||||||  |||
seq2  CATAACTTGT--ACTTGCTGAATTTACGTAAAACCAGAATGCTAACTTCT  1096

seq1  CTTTACACAGA--CTTCA-TTCT-GAAACATTAACTGAAAAGTAACAG-A  1144
      ||| || ||||   |||| |||| |||||||| |||||||||| |||| |
seq2  CTTGAC-CAGAACTTTCATTTCTGGAAACATTTACTGAAAAGT-ACAGAA  1144

seq1  TTTTCTTTCCGT-ACCTGAGTTCTTATCCTTGATAGGCCAATATTAG--C  1191
       |||| |||||| |||||  ||||||| || ||||||||||||||||  |
seq2  ATTTCCTTCCGTAACCTGGATTCTTAT-CTGGATAGGCCAATATTAGACC  1193

seq1  AGGT--TTAT-TCCATTT  1206
      ||||  |||| |||||||
seq2  AGGTGATTATCTCCATTT  1211


seq1: chr3_5373811_5374937
seq2: B6Ng01-329D23.g_64_1180 (reverse)

seq1  CCCATGT-AGGTGCGAATTACCACCCATTGGGTTCTCCCGGGGTTCAAGA  49
      ||||||| ||||||||  || |||||| ||  |||||||  | | |||||
seq2  CCCATGTAAGGTGCGA--TA-CACCCA-TGATTTCTCCCTAGATCCAAGA  46

seq1  TCTAGCCTTGACTGGAAACCAGGCTG-TCTGT-GCATAGCCCAATGCCCC  97
      ||||||  ||||||  || ||||||| ||||| |||||| ||||||||||
seq2  TCTAGC--TGACTG--AAGCAGGCTGTTCTGTGGCATAG-CCAATGCCCC  91

seq1  A-CAGTGCACCAGGTATCTGGAGAACTTGCTCATTGGTTATGTGTACTAC  146
      | |||||   || ||||||| ||||| |||||||  ||||||||||||||
seq2  ACCAGTGGCACA-GTATCTGAAGAAC-TGCTCAT--GTTATGTGTACTAC  137

seq1  TCTTGCATAGACCTAGGTTCTGTTTCTAGCCCAACATAGGGTGGCTTGCA  196
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  TCCTGCATAGACCTAGGTTCTGTTTCTAGCCCAACATAGGGTGGC-TGCA  186

seq1  AATACCTATGACTCTAGCTCCAGAGGGATATAATACCCCAGACCTCAGTG  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACCTATGACTCTAGCTCCAGAGGGATATAATACCCCAGACCTCAGTG  236

seq1  GCACCTGCACTACCCTAACCCCATCAAGAATAATAAAAATAACTCTACAT  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACCTGCACTACCCTAACCCCATCAAGAATAATAAAAATAACTCTACAT  286

seq1  TTCTATTCATTTGTGAGCAGTGCAGACCCAGAATGAAACAACTATCGTTA  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTATTCATTTGTGAGCAGTGCAGACCCAGAATGAAACAACTATCGTTA  336

seq1  CAGAAAGTTTTGAGATGAAATGGCAGAGATACTATCAAAGCTTCTATGTC  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAAGTTTTGAGATGAAATGGCAGAGATACTATCAAAGCTTCTATGTC  386

seq1  TGAGTTGAACAAATGACCCTTCCCTCAGGCTAAGTGGCACCCTTATAAGA  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTTGAACAAATGACCCTTCCCTCAGGCTAAGTGGCACCCTTATAAGA  436

seq1  AACTGTCTAAAGGATTTCAAGATAGAAGTATTTCAAACTAAAAAAAAACA  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGTCTAAAGGATTTCAAGATAGAAGTATTTCAAACTAAAAAAAAACA  486

seq1  ACAACAAGAAATAAGAATACAACAAGGTGACCATTGGTTTTTCCTTTAAT  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACAAGAAATAAGAATACAACAAGGTGACCATTGGTTTTTCCTTTAAT  536

seq1  TAAGACATTTCAGAAGTCTTTTGGTCTGTATGTAGGTATTGAGAAAACTC  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGACATTTCAGAAGTCTTTTGGTCTGTATGTAGGTATTGAGAAAACTC  586

seq1  AGTGACCAAGGACCAGTGAATCAATGCTTTTATGCATTAAAGCTTAACTA  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGACCAAGGACCAGTGAATCAATGCTTTTATGCATTAAAGCTTAACTA  636

seq1  TGAAAAAACAAGGATAAACTTTCATAATATTAAGATAAGTGAAATAAGCC  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAAAACAAGGATAAACTTTCATAATATTAAGATAAGTGAAATAAGCC  686

seq1  AATCAGGCAAAACAAATATTTTCTGAGTCTAATTATAAGATATCAAATGT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCAGGCAAAACAAATATTTTCTGAGTCTAATTATAAGATATCAAATGT  736

seq1  AGAGAGATTTGTAGGACCATAAGAGAGTTGTTGATAGTAGTGTAATAGAG  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGATTTGTAGGACCATAAGAGAGTTGTTGATAGTAGTGTAATAGAG  786

seq1  GAAGGAGGAATGAAGTGTCTCTAGACAAAGAGCATAAAATCTTGGTTAAT  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGAGGAATGAAGTGTCTCTAGACAAAGAGCATAAAATCTTGGTTAAT  836

seq1  CATCTGGTATGCTCTAGAAACATACTATATAGCATTATAACTAGATTCTT  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTGGTATGCTCTAGAAACATACTATATAGCATTATAACTAGATTCTT  886

seq1  CTATGCTGTGACATACATATGAAAATATAACAGGATTAACCAACTGTAGA  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGCTGTGACATACATATGAAAATATAACAGGATTAACCAACTGTAGA  936

seq1  TTGTTTTTGTATACATAAAGCTAGCTACAAGTCATAGGAAAAGAATTGAA  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTTTGTATACATAAAGCTAGCTACAAGTCATAGGAAAAGAATTGAA  986

seq1  CAGTCCATTGCTTGACATGACTCTACTTGAGTAGATCAAGTTTCAGTTTG  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCCATTGCTTGACATGACTCTACTTGAGTAGATCAAGTTTCAGTTTG  1036

seq1  GGAACCTGAAATATTTCTAGCCAGCAGAAGTAACTGTGGAATGGAAAGTA  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACCTGAAATATTTCTAGCCAGCAGAAGTAACTGTGGAATGGAAAGTA  1086

seq1  CTTTGTACAACATAGACATTGCAATGAATTC  1127
      |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGTACAACATAGACATTGCAATGAATTC  1117


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |