BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-330N16
Chromosome3 (Build37)
Map Location 125,755,431 - 125,901,723
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneNdst4, Ugt8a
Downstream geneArsj, Camk2d, Ank2, LOC100043749
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-330N16.bB6Ng01-330N16.g
ACCGA117384GA117385
length1,1981,135
definitionB6Ng01-330N16.b B6Ng01-330N16.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(125,755,431 - 125,756,620)(125,900,573 - 125,901,723)
sequence
gaattctggcaacaatgtaatagagcagccccaatagatagcagagggca
atatctaaatgaaggcaaaagccttacctatgggagtgtggtatgatact
cagagaaatgctatactgtgcataaacagactgacttgtctgcctaggta
ttatgaagcctcgtacagcatgatgttcttcctctagaccagtggttctc
aacatgtgcagtgtgataaccagaagggccacatatcagatatttatatt
atgattcacaacagtagcaaaatgagttataaagtagcaacaaaatgatt
ttatggttgagggtaaacacagcatgaagagctgtattaaagggttgcag
cattaggagtgttggaagcattgctctaggtacttcctgttttgcaacaa
gagtggtatagagtatctaaataaaggaagttcccacgatatatctgaca
ccttgatatagtgatgtatactttttcgcatataatggatatgcttcatt
atagctagggcttccagagcctggaaggtggtggtcatggacatcaccat
ccccggtgtcaacagctcaggaacagccaccccttcgggatgtcttctcc
tttcaggtgtcttatttttgctaactctgctgttgctgcttcatagcaaa
actgatttaaaagaataataatattcactgaactctggcagtgttaattt
aaatctttagttttctggggtggaagaagtactgtagatcacttaaaatt
ctgattaacaaagtatttctttggaaagatgaatcttaaaagaagaggca
atgaatttttattttaactgaaatagattcacttcgactaatgtttattt
tattagttgtacttacagtgttttcacaagtacttcaaaattctttcaga
tgtctgaatttgatataaaactcccatgttttccagtgaccattttaagt
accagtatactcagaattttgccagacctagaaaaaaatatgggcttctt
ctgtaaagtgtctagtttcccgagagccactgtttattaatacatgcaca
cacattatatacccaatcactcacacatacattaaatatggcacagtcga
tctcgaggatagacaactttaaggcatacataggcatagcatgatataca
tattccaagagaccaagatgccacccaccaattattctcaaacacaga

gaattcagtgaaatagaaattactgacacttcttgaaatttagtttgaaa
aatactttgggggagagtttgaaacaggatcttgtgtatagcacaggcta
gttttgcatttgtttcttggcccagtctaacctcaagttcacagccattg
ccttgctttgacatgcttctcttgtaaacttcatttgtaagagcaaatgt
ctttaaaagtcagttgaaatgttggtgaaaaagaataataatcagaaggc
ctactgccaacgtccaaatgaaataaagatgagagctgagattgaatggg
attagtacattaatgtgttgcagactaatacaaggtagggatgtcagagc
agcttgtgtttatatagaagtgcaatttgttcaaggttgtttcatatcag
taagaaagacaatattcacttagaggtaaagagaccccatgcaatctatt
tgtgaaagaatcaattattccagggtggtctaagagctacttaggtaaat
ttcacattcctgaaatcggtctaaatcacttagttaataaagacacatag
tttgggatcctttatgttatttcttagatatatgtgcaatataataatca
ccttggtcttagactaaggaatttattgctggtcactagttatcacaatg
tagaagaataaactcgaaaaaggttagggatgcttgtgtatgcacacata
catatacagaggcatgtgtattgcaggcgaaaccagagatgaaaatacaa
ggaatttatacatcattgaggcaaaattctatgtctcatgtccccttgct
gatcatctctcatgggtggaaagcaactccctccactcaagtcacagtca
gcttttctctgttgcttgtgtatcactcagggactccaagttaaacaaaa
agttatcttaaaaattgtatttatattatttatcattcattcattcatca
ttcattcatttattggtttgtctgaaatctttctgtagaccagctgcctc
aacccctgcagtcttcttgcttctgcccacttgagtgtggcaccactgtc
tagccagagatccgagttaatctttcctatcctatgcatgtttcatattt
ataactaccctagtgtcctttgggccagcccgtct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_125755431_125756620
seq2: B6Ng01-330N16.b_48_1245

seq1  GAATTCTGGCAACAATGTAATAGAGCAGCCCCAATAGATAGCAGAGGGCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGGCAACAATGTAATAGAGCAGCCCCAATAGATAGCAGAGGGCA  50

seq1  ATATCTAAATGAAGGCAAAAGCCTTACCTATGGGAGTGTGGTATGATACT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCTAAATGAAGGCAAAAGCCTTACCTATGGGAGTGTGGTATGATACT  100

seq1  CAGAGAAATGCTATACTGTGCATAAACAGACTGACTTGTCTGCCTAGGTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGAAATGCTATACTGTGCATAAACAGACTGACTTGTCTGCCTAGGTA  150

seq1  TTATGAAGCCTCGTACAGCATGATGTTCTTCCTCTAGACCAGTGGTTCTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGAAGCCTCGTACAGCATGATGTTCTTCCTCTAGACCAGTGGTTCTC  200

seq1  AACATGTGCAGTGTGATAACCAGAAGGGCCACATATCAGATATTTATATT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATGTGCAGTGTGATAACCAGAAGGGCCACATATCAGATATTTATATT  250

seq1  ATGATTCACAACAGTAGCAAAATGAGTTATAAAGTAGCAACAAAATGATT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATTCACAACAGTAGCAAAATGAGTTATAAAGTAGCAACAAAATGATT  300

seq1  TTATGGTTGAGGGTAAACACAGCATGAAGAGCTGTATTAAAGGGTTGCAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGGTTGAGGGTAAACACAGCATGAAGAGCTGTATTAAAGGGTTGCAG  350

seq1  CATTAGGAGTGTTGGAAGCATTGCTCTAGGTACTTCCTGTTTTGCAACAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTAGGAGTGTTGGAAGCATTGCTCTAGGTACTTCCTGTTTTGCAACAA  400

seq1  GAGTGGTATAGAGTATCTAAATAAAGGAAGTTCCCACGATATATCTGACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGGTATAGAGTATCTAAATAAAGGAAGTTCCCACGATATATCTGACA  450

seq1  CCTTGATATAGTGATGTATACTTTTTCGCATATAATGGATATGCTTCATT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGATATAGTGATGTATACTTTTTCGCATATAATGGATATGCTTCATT  500

seq1  ATAGCTAGGGCTTCCAGAGCCTGGAAGGTGGTGGTCATGGACATCACCAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCTAGGGCTTCCAGAGCCTGGAAGGTGGTGGTCATGGACATCACCAT  550

seq1  CCCCGGTGTCAACAGCTCAGGAACAGCCACCCCTTCGGGATGTCTTCTCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCGGTGTCAACAGCTCAGGAACAGCCACCCCTTCGGGATGTCTTCTCC  600

seq1  TTTCAGGTGTCTTATTTTTGCTAACTCTGCTGTTGCTGCTTCATAGCAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAGGTGTCTTATTTTTGCTAACTCTGCTGTTGCTGCTTCATAGCAAA  650

seq1  ACTGATTTAAAAGAATAATAATATTCACTGAACTCTGGCAGTGTTAATTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGATTTAAAAGAATAATAATATTCACTGAACTCTGGCAGTGTTAATTT  700

seq1  AAATCTTTAGTTTTCTGGGGTGGAAGAAGTACTGTAGATCACTTAAAATT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCTTTAGTTTTCTGGGGTGGAAGAAGTACTGTAGATCACTTAAAATT  750

seq1  CTGATTAACAAAGTATTTCTTTGGAAAGATGAATCTTAAAAGAAGAGGCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATTAACAAAGTATTTCTTTGGAAAGATGAATCTTAAAAGAAGAGGCA  800

seq1  ATGAATTTTTATTTTAACTGAAATAGATTCACTTCGACTAATGTTTATTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAATTTTTATTTTAACTGAAATAGATTCACTTCGACTAATGTTTATTT  850

seq1  TATTAGTTGTACTTACAGTGTTTTCACAAGTACTTCAAAATTCTTTCAGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAGTTGTACTTACAGTGTTTTCACAAGTACTTCAAAATTCTTTCAGA  900

seq1  TGTCTGAATTTGATATAAAACTCCCATGTTTTCCAGTGACCATTTTAAGT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTGAATTTGATATAAAACTCCCATGTTTTCCAGTGACCATTTTAAGT  950

seq1  ACCAGTATACTCAGAATTTTGCCAGACCTAGAAAAAAATATGGGCTTC-T  999
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  ACCAGTATACTCAGAATTTTGCCAGACCTAGAAAAAAATATGGGCTTCTT  1000

seq1  CTGTAAAGTGTCTAG-TTCCCGAGAGCCACTGTTTATTAATACATGCACA  1048
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTAAAGTGTCTAGTTTCCCGAGAGCCACTGTTTATTAATACATGCACA  1050

seq1  CACA-TATATACACAATCACTCACACATACA-TAAATAT-GCACAGTCAT  1095
      |||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||  
seq2  CACATTATATACCCAATCACTCACACATACATTAAATATGGCACAGTCGA  1100

seq1  ACACAGAGATAGACAAACTTAAAAGCATACATA-GCATAGCAT-AGATAC  1143
       | |   ||||||| ||||| || ||||||||| ||||||||| | ||||
seq2  TCTCGAGGATAGAC-AACTTTAAGGCATACATAGGCATAGCATGATATAC  1149

seq1  ATATACAAAGAGACAAAGATGCCACC--ACACATATACTCAAACACAGA  1190
      |||| | ||||||| |||||||||||   ||  ||| ||||||||||||
seq2  ATATTCCAAGAGACCAAGATGCCACCCACCAATTATTCTCAAACACAGA  1198


seq1: chr3_125900573_125901723
seq2: B6Ng01-330N16.g_70_1204 (reverse)

seq1  AGAC-GGCTGG-CCAAAGG-CACTTAGGTAGATTATAAATATG-AACATG  46
      |||| |||||| ||||||| ||||  ||||| ||||||||||| ||||||
seq2  AGACGGGCTGGCCCAAAGGACACTAGGGTAG-TTATAAATATGAAACATG  49

seq1  GCCAATAGGATAGGAAAGAATTAAAACTCGGGAATCTCTGGCTAGACAGT  96
          ||||||||||||||| |   |||||||  |||||||||||||||||
seq2  ---CATAGGATAGGAAAGATT---AACTCGG--ATCTCTGGCTAGACAGT  91

seq1  GGTGGCCAACACTCAAGTGGGCAGAAGCAGGAAGACCTGCAGGGTTTGAG  146
      ||||  | ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||
seq2  GGTG--CCACACTCAAGTGGGCAGAAGCAAGAAGA-CTGCAGGGGTTGAG  138

seq1  GCCAGCTGGTCTACAGAAAGAATTTCAGGACAAACCAATAAATGAATGAA  196
      | |||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  G-CAGCTGGTCTACAGAAAG-ATTTCA-GACAAACCAATAAATGAATGAA  185

seq1  TGAATGAATGAATGAATGAATAAATAAATAATAAATACAATTTTTAAGAT  246
      || ||||||||||||||| ||||||||   ||||||||||||||||||||
seq2  TG-ATGAATGAATGAATG-ATAAATAA--TATAAATACAATTTTTAAGAT  231

seq1  AACTTTTTGTTTTAACTTGGAGTCCCTGAGTGATACACAAGCAACAGAGA  296
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTTTTG-TTTAACTTGGAGTCCCTGAGTGATACACAAGCAACAGAGA  280

seq1  AAAGCTGACTGTGACTTGAGTGGAGGGAGTTGCTTTCCACCCATGAGAGA  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCTGACTGTGACTTGAGTGGAGGGAGTTGCTTTCCACCCATGAGAGA  330

seq1  TGATCAGCAAGGGGACATGAGACATAGAATTTTGCCTCAATGATGTATAA  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATCAGCAAGGGGACATGAGACATAGAATTTTGCCTCAATGATGTATAA  380

seq1  ATTCCTTGTATTTTCATCTCTGGTTTCGCCTGCAATACACATGCCTCTGT  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCTTGTATTTTCATCTCTGGTTTCGCCTGCAATACACATGCCTCTGT  430

seq1  ATATGTATGTGTGCATACACAAGCATCCCTAACCTTTTTCGAGTTTATTC  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGTATGTGTGCATACACAAGCATCCCTAACCTTTTTCGAGTTTATTC  480

seq1  TTCTACATTGTGATAACTAGTGACCAGCAATAAATTCCTTAGTCTAAGAC  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTACATTGTGATAACTAGTGACCAGCAATAAATTCCTTAGTCTAAGAC  530

seq1  CAAGGTGATTATTATATTGCACATATATCTAAGAAATAACATAAAGGATC  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGTGATTATTATATTGCACATATATCTAAGAAATAACATAAAGGATC  580

seq1  CCAAACTATGTGTCTTTATTAACTAAGTGATTTAGACCGATTTCAGGAAT  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAACTATGTGTCTTTATTAACTAAGTGATTTAGACCGATTTCAGGAAT  630

seq1  GTGAAATTTACCTAAGTAGCTCTTAGACCACCCTGGAATAATTGATTCTT  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAAATTTACCTAAGTAGCTCTTAGACCACCCTGGAATAATTGATTCTT  680

seq1  TCACAAATAGATTGCATGGGGTCTCTTTACCTCTAAGTGAATATTGTCTT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAAATAGATTGCATGGGGTCTCTTTACCTCTAAGTGAATATTGTCTT  730

seq1  TCTTACTGATATGAAACAACCTTGAACAAATTGCACTTCTATATAAACAC  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTACTGATATGAAACAACCTTGAACAAATTGCACTTCTATATAAACAC  780

seq1  AAGCTGCTCTGACATCCCTACCTTGTATTAGTCTGCAACACATTAATGTA  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTGCTCTGACATCCCTACCTTGTATTAGTCTGCAACACATTAATGTA  830

seq1  CTAATCCCATTCAATCTCAGCTCTCATCTTTATTTCATTTGGACGTTGGC  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATCCCATTCAATCTCAGCTCTCATCTTTATTTCATTTGGACGTTGGC  880

seq1  AGTAGGCCTTCTGATTATTATTCTTTTTCACCAACATTTCAACTGACTTT  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGGCCTTCTGATTATTATTCTTTTTCACCAACATTTCAACTGACTTT  930

seq1  TAAAGACATTTGCTCTTACAAATGAAGTTTACAAGAGAAGCATGTCAAAG  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGACATTTGCTCTTACAAATGAAGTTTACAAGAGAAGCATGTCAAAG  980

seq1  CAAGGCAATGGCTGTGAACTTGAGGTTAGACTGGGCCAAGAAACAAATGC  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGCAATGGCTGTGAACTTGAGGTTAGACTGGGCCAAGAAACAAATGC  1030

seq1  AAAACTAGCCTGTGCTATACACAAGATCCTGTTTCAAACTCTCCCCCAAA  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACTAGCCTGTGCTATACACAAGATCCTGTTTCAAACTCTCCCCCAAA  1080

seq1  GTATTTTTCAAACTAAATTTCAAGAAGTGTCAGTAATTTCTATTTCACTG  1146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTTTTCAAACTAAATTTCAAGAAGTGTCAGTAATTTCTATTTCACTG  1130

seq1  AATTC  1151
      |||||
seq2  AATTC  1135


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |