BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-333C19
Chromosome3 (Build37)
Map Location 146,970,340 - 147,084,576
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneSsx2ip, Ctbs, Spata1, Gng5, Bxdc5, LOC100040473, Dnase2b, Uox, 4930503B20Rik, Gm1652, LOC670100, Prkacb, LOC100040540, Ttll7, Ppia-ps3_1528.1
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-333C19.bB6Ng01-333C19.g
ACCGA119064GA119065
length1,1811,127
definitionB6Ng01-333C19.b B6Ng01-333C19.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(147,083,394 - 147,084,576)(146,970,340 - 146,971,479)
sequence
gaattcctatatactatactaccccccactccgcctttcctggcagctgg
tgagtagatagtctctgccatatggggttctaattgtctttatgattccc
tctgccctatcttggaaagattctgatcctggaagtagaacatcagtctt
gtaccccgaacgtcactatgagacatgaagtcatattattttaaggccat
cctggagccactatcagaatctttacactctctcctccctcactgagttg
aactaaagatgagtctcatacaatcccttgataagatttttgtatggtag
catagctatgtgtatcacaacacaactataacagagtagatataggatac
ttagcagtttagtttctttataactacccgtatgattgacacattttgta
agcattgcccttgtttagagatgggggatgcatgaagatggaaaacactg
gcaggatacctcaaaacccaaggaatttaaagggttgagtaatatgaaat
tattccttctttgcataacaaatctggtatgatttatatccttaattgtt
atctaaaactgtcattccccaaacatctggagctgtaaagatatacaact
aaaatttattcttgtgcagctactgtgcctcaccagcacagagtaatgtg
atgctgactcttcccatttgaccttcctccattatcagaggcatttttaa
tcacacccataatctcaatggataagaaagacttttgctactaactaagt
atttggaacttgtcttaggatagaaatgggacaatcaggtaaccagtctt
gcagagattagaaagttgttcatagcctgagtatgggcagggcaaatgtg
atatctggtataccagcatgtatggatgaagaattcttacctatgaacaa
atgcatactgagcaaaggccaaggtgactgcatgctacctcctcccaggg
gaaccttcaataagtagctaaatcacactcttaccatcaacaactcctat
tttgtcagtgacagtttccccaaactcacagtattgaagtgataattagt
agatatttctcacaaagaaatatcatagatatttctatgcctgtactaca
tggcctgtggtgcatgctgtcttaaccctcataattcttagtaaattatt
catggatagggaggatttcatccacttggaa
gaattccagaaggtatcgaggtctatattgcttgggtgcttggggtaaca
ccaagcaatatagaccttaaagaaatacaggcttataaatagatcctgta
gagtatcggagaggctgtgcaggaaaataagataatttgagagagcagca
gagagagagctaacttgaaatgatttatcgacttgtgttttcctgagaaa
gtaccatggaactggagtgttgagaaatatgggtgttagtcagtcaaaga
gtacagagagtatattccatgtagatggcatggcaggcaggactctgatc
gtggagaaacctatgctcatgctagacctgagatcctgcaggttcatata
aaagtatgtgagcaggccatctctaggattgattagcaagccttccatcc
cagtcattttctttccatctcctgattctatgtgtcctcttgccctatcc
tcagacacttcatttaattgctaggttggatactggaaatcactaggcta
catcattattataggttctgctcagataaaaagagactttctcatttaaa
aaatcagcaggatttatatatcattctatatatttttgcaataataacac
tgtacagtctgtgttggtatgggcagaaggtaattcaccctacactatgc
acttaaagataggcaatatcagagaaactgtgagagatgatatcagaggg
atatgacatatttaaagcagaatctttcaggtaatatttagcatttagaa
cttaaataaaccaaagtgagaatctatggtgaattttaatcagagagtaa
caaaattcttgttaattactgttaagatgcctgagttttgaagtaaacaa
ccttttctgtcctgaagtatgtgtcagcagtggtgtccccaagtataatc
ctgagagcagtgccactatcaccctacagttgtacttcccaagacaggga
acctgccaccaaggtatcacccacatacaatgagtcactaagcccaaaga
ctttctttcctgattctctgtttacctgcttctgctttgtacagattgta
catctgcagattcttatcagaactttggcctcttgtcatgcttctgctgc
ttgtttatttcctagcttcaagttatc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_147083394_147084576
seq2: B6Ng01-333C19.b_46_1226 (reverse)

seq1  TTCC-AGTGGATTTGAAATCCT-CCTATCCATGATAAATTTACTAAGATA  48
      |||| ||||||  ||||||||| |||||||||||  ||||||||||||  
seq2  TTCCAAGTGGA--TGAAATCCTCCCTATCCATGAATAATTTACTAAGAAT  48

seq1  TATGAGGGTTAAAGACAGCATTGCA-CACAGGCCATGTAGTTACAGGCAT  97
      |||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||
seq2  TATGAGGGTT-AAGACAGCA-TGCACCACAGGCCATGTAG-TACAGGCAT  95

seq1  AGAAATATCTATGATATTTCTTTGTGAGAAATATCTACTAATTATCACTT  147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAATATCTATGATATTTCTTTGTGAGAAATATCTACTAATTATCACTT  145

seq1  CAATACTGTGAGTTTGGGGAAACTGTCACTGAC-AAATAGGAGTTGTTGA  196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  CAATACTGTGAGTTTGGGGAAACTGTCACTGACAAAATAGGAGTTGTTGA  195

seq1  TTGGTAAGAGTGTGATTTAGCTACTTATTGAAGGTTCCCCTGGGAGGAGG  246
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -TGGTAAGAGTGTGATTTAGCTACTTATTGAAGGTTCCCCTGGGAGGAGG  244

seq1  TAGCATGCAGTCACCTTGGCCTTTGCTCAGTATGCATTTGTTCATAGGTA  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCATGCAGTCACCTTGGCCTTTGCTCAGTATGCATTTGTTCATAGGTA  294

seq1  AGAATTCTTCATCCATACATGCTGGTATACCAGATATCACATTTGCCCTG  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATTCTTCATCCATACATGCTGGTATACCAGATATCACATTTGCCCTG  344

seq1  CCCATACTCAGGCTATGAACAACTTTCTAATCTCTGCAAGACTGGTTACC  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATACTCAGGCTATGAACAACTTTCTAATCTCTGCAAGACTGGTTACC  394

seq1  TGATTGTCCCATTTCTATCCTAAGACAAGTTCCAAATACTTAGTTAGTAG  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTGTCCCATTTCTATCCTAAGACAAGTTCCAAATACTTAGTTAGTAG  444

seq1  CAAAAGTCTTTCTTATCCATTGAGATTATGGGTGTGATTAAAAATGCCTC  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAGTCTTTCTTATCCATTGAGATTATGGGTGTGATTAAAAATGCCTC  494

seq1  TGATAATGGAGGAAGGTCAAATGGGAAGAGTCAGCATCACATTACTCTGT  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATAATGGAGGAAGGTCAAATGGGAAGAGTCAGCATCACATTACTCTGT  544

seq1  GCTGGTGAGGCACAGTAGCTGCACAAGAATAAATTTTAGTTGTATATCTT  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGTGAGGCACAGTAGCTGCACAAGAATAAATTTTAGTTGTATATCTT  594

seq1  TACAGCTCCAGATGTTTGGGGAATGACAGTTTTAGATAACAATTAAGGAT  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGCTCCAGATGTTTGGGGAATGACAGTTTTAGATAACAATTAAGGAT  644

seq1  ATAAATCATACCAGATTTGTTATGCAAAGAAGGAATAATTTCATATTACT  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAATCATACCAGATTTGTTATGCAAAGAAGGAATAATTTCATATTACT  694

seq1  CAACCCTTTAAATTCCTTGGGTTTTGAGGTATCCTGCCAGTGTTTTCCAT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACCCTTTAAATTCCTTGGGTTTTGAGGTATCCTGCCAGTGTTTTCCAT  744

seq1  CTTCATGCATCCCCCATCTCTAAACAAGGGCAATGCTTACAAAATGTGTC  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCATGCATCCCCCATCTCTAAACAAGGGCAATGCTTACAAAATGTGTC  794

seq1  AATCATACGGGTAGTTATAAAGAAACTAAACTGCTAAGTATCCTATATCT  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCATACGGGTAGTTATAAAGAAACTAAACTGCTAAGTATCCTATATCT  844

seq1  ACTCTGTTATAGTTGTGTTGTGATACACATAGCTATGCTACCATACAAAA  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTGTTATAGTTGTGTTGTGATACACATAGCTATGCTACCATACAAAA  894

seq1  ATCTTATCAAGGGATTGTATGAGACTCATCTTTAGTTCAACTCAGTGAGG  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTATCAAGGGATTGTATGAGACTCATCTTTAGTTCAACTCAGTGAGG  944

seq1  GAGGAGAGAGTGTAAAGATTCTGATAGTGGCTCCAGGATGGCCTTAAAAT  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAGAGAGTGTAAAGATTCTGATAGTGGCTCCAGGATGGCCTTAAAAT  994

seq1  AATATGACTTCATGTCTCATAGTGACGTTCGGGGTACAAGACTGATGTTC  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATGACTTCATGTCTCATAGTGACGTTCGGGGTACAAGACTGATGTTC  1044

seq1  TACTTCCAGGATCAGAATCTTTCCAAGATAGGGCAGAGGGAATCATAAAG  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTCCAGGATCAGAATCTTTCCAAGATAGGGCAGAGGGAATCATAAAG  1094

seq1  ACAATTAGAACCCCATATGGCAGAGACTATCTACTCACCAGCTGCCAGGA  1146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATTAGAACCCCATATGGCAGAGACTATCTACTCACCAGCTGCCAGGA  1144

seq1  AAGGCGGAGTGGGGGGTAGTATAGTATATAGGAATTC  1183
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCGGAGTGGGGGGTAGTATAGTATATAGGAATTC  1181

seq1: chr3_146970340_146971479
seq2: B6Ng01-333C19.g_65_1191

seq1  GAATTCCAGAAGGTATCGAGGTCTATATTGCTTGGGTGCTTGGGGTAACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGAAGGTATCGAGGTCTATATTGCTTGGGTGCTTGGGGTAACA  50

seq1  CCAAGCAATATAGACCTTAAAGAAATACAGGCTTATAAATAGATCCTGTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGCAATATAGACCTTAAAGAAATACAGGCTTATAAATAGATCCTGTA  100

seq1  GAGTATCGGAGAGGCTGTGCAGGAAAATAAGATAATTTGAGAGAGCAGCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTATCGGAGAGGCTGTGCAGGAAAATAAGATAATTTGAGAGAGCAGCA  150

seq1  GAGAGAGAGCTAACTTGAAATGATTTATCGACTTGTGTTTTCCTGAGAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGAGAGCTAACTTGAAATGATTTATCGACTTGTGTTTTCCTGAGAAA  200

seq1  GTACCATGGAACTGGAGTGTTGAGAAATATGGGTGTTAGTCAGTCAAAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACCATGGAACTGGAGTGTTGAGAAATATGGGTGTTAGTCAGTCAAAGA  250

seq1  GTACAGAGAGTATATTCCATGTAGATGGCATGGCAGGCAGGACTCTGATC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACAGAGAGTATATTCCATGTAGATGGCATGGCAGGCAGGACTCTGATC  300

seq1  GTGGAGAAACCTATGCTCATGCTAGACCTGAGATCCTGCAGGTTCATATA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGAGAAACCTATGCTCATGCTAGACCTGAGATCCTGCAGGTTCATATA  350

seq1  AAAGTATGTGAGCAGGCCATCTCTAGGATTGATTAGCAAGCCTTCCATCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTATGTGAGCAGGCCATCTCTAGGATTGATTAGCAAGCCTTCCATCC  400

seq1  CAGTCATTTTCTTTCCATCTCCTGATTCTATGTGTCCTCTTGCCCTATCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCATTTTCTTTCCATCTCCTGATTCTATGTGTCCTCTTGCCCTATCC  450

seq1  TCAGACACTTCATTTAATTGCTAGGTTGGATACTGGAAATCACTAGGCTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGACACTTCATTTAATTGCTAGGTTGGATACTGGAAATCACTAGGCTA  500

seq1  CATCATTATTATAGGTTCTGCTCAGATAAAAAGAGACTTTCTCATTTAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCATTATTATAGGTTCTGCTCAGATAAAAAGAGACTTTCTCATTTAAA  550

seq1  AAATCAGCAGGATTTATATATCATTCTATATATTTTTGCAATAATAACAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCAGCAGGATTTATATATCATTCTATATATTTTTGCAATAATAACAC  600

seq1  TGTACAGTCTGTGTTGGTATGGGCAGAAGGTAATTCACCCTACACTATGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACAGTCTGTGTTGGTATGGGCAGAAGGTAATTCACCCTACACTATGC  650

seq1  ACTTAAAGATAGGCAATATCAGAGAAACTGTGAGAGATGATATCAGAGGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTAAAGATAGGCAATATCAGAGAAACTGTGAGAGATGATATCAGAGGG  700

seq1  ATATGACATATTTAAAGCAGAATCTTTCAGGTAATATTTAGCATTTAGAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGACATATTTAAAGCAGAATCTTTCAGGTAATATTTAGCATTTAGAA  750

seq1  CTTAAATAAACCAAAGTGAGAATCTATGGTGAATTTTAATCAGAGAGTAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAAATAAACCAAAGTGAGAATCTATGGTGAATTTTAATCAGAGAGTAA  800

seq1  CAAAATTCTTGTTAATTACTGTTAAGATGCCTGAGTTTTGAAGTAAACAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAATTCTTGTTAATTACTGTTAAGATGCCTGAGTTTTGAAGTAAACAA  850

seq1  CCTTTTCTGTCCTGAAGTATGTGTCAGCAGT-GTGTCCCCAAGTATAATC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  CCTTTTCTGTCCTGAAGTATGTGTCAGCAGTGGTGTCCCCAAGTATAATC  900

seq1  ---TGAGCAGTGCCACTATCACCCTACAGTTGTACTTCCCAAGACAGGGA  946
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGAGCAGTGCCACTATCACCCTACAGTTGTACTTCCCAAGACAGGGA  950

seq1  ACCTGCCACCAAGGTATCACCCACATACAATGAGTCACTAAGCCCCAAAG  996
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  ACCTGCCACCAAGGTATCACCCACATACAATGAGTCACTAAG-CCCAAAG  999

seq1  ACTTTCTTTCCTGATTCTCTTGGTTTTACCTTGCTTCTGCTTTGTACAGA  1046
      ||||||||||||||||||||    |||||| |||||||||||||||||||
seq2  ACTTTCTTTCCTGATTCTCT---GTTTACC-TGCTTCTGCTTTGTACAGA  1045

seq1  TTGTTACATCCTGCAGATTCTTATCCAAGACTTTGG-CTCTTGTCATTGT  1095
      ||| ||||| |||||||||||||| ||  ||||||| ||||||||||   
seq2  TTG-TACAT-CTGCAGATTCTTAT-CAGAACTTTGGCCTCTTGTCAT--G  1090

seq1  CTTCTGCTTGCTTCTGTTTTATTTTCTCCTGGCTTCTAAGTTATC  1140
      ||||||| |||||    ||||||   |||| ||||| ||||||||
seq2  CTTCTGC-TGCTT---GTTTATT---TCCTAGCTTC-AAGTTATC  1127