BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-334P15
Chromosome3 (Build37)
Map Location 153,224,323 - 153,371,208
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSt6galnac3, EG545578
Upstream geneAk5, LOC100040705, Pigk, Rpl29-ps1, St6galnac5, LOC100040750
Downstream geneAsb17, Msh4, Rabggtb, Acadm, Slc44a5, LOC100040980, Lhx8, LOC100040810, LOC100040829, Tyw3, Cryz, BC007180
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-334P15.bB6Ng01-334P15.g
ACCGA120347GA120348
length1,0881,176
definitionB6Ng01-334P15.b B6Ng01-334P15.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(153,370,117 - 153,371,208)(153,224,323 - 153,225,492)
sequence
gaattcatagtggctttagttcaccatagtatctaacacctggagaaatg
agccttcagacactgggacgatgggaaggatggatttcaggcagggagaa
tggtgtgcatgaagataaggtgggttgaaggaacaggactttttggggac
atggtagatgtggttatctggcactgagctggcttggattgctggaggag
atgaaatacttggtgccaaatccctttctcatattctatgaactgtagac
tttccctctagccatggggagccactaacgtggaaatagattattaaatc
aaagcaatgttgagccagagagaagcctctgttacctcactgtctgctct
agcacgccatctgtgggacgagccagtgtcttcacatttgggagcgactt
atcccaaccgtgatttcaccacagcagagacacaagcaggtctaaaagaa
caccactgaaattaaatttcacaacaacaaaattaacctatgtgcttgcg
tgtgcagagcatgggattgtgtgttacaggcaatgggctgggcctgagca
catgggcaagcatggctccagctctgcctcacactaaggagtccccactc
actgcggggatcgtaacgttcaccggatcccaagttaggtggatcagcct
ctcgggactcaagactctcagctgcctctcgggactcgagactctcagct
gcttggtggctctaactctcctgttgagttgacagtgctgcttttaggga
ggatactgcgcaactgtccttgagccctgcctggaaggacagcattattg
cccttgaagtagctagtatttattatccacctactatatggcaggtgtat
tagggttctctagagaagcaaaatcaatagatggagactgaatatatatt
gcagaggggattgtttgaggttgacttccatgacatgactgagaggctga
gactaggaactgtcagcccaccaggccagaaggctctgcatgctgaagcc
cagagggttcttggaagagcctctgtcttctgttaacactgcatgcctga
gaaacagggcctgcttgatgtcagggaaagattggtgc
gaattcaagggaaaccaggtaggggctggtagtgcagtcacttatggtgg
gttgtacataaaaatgcacgtaacagaagtaacatcacttaaacacatga
catttcaaatggataggagacaatcctctataagcatcccaagccagcac
actccacacccacccagggctgcaaaaccctaggaagagcagaggaaatg
ttcatgtgataagcagagaggcccacaacacactttccaataggagaggg
gctcccttgctctaggcatccagtgagacatgagagggtcaatctctggg
aaaaaaaatggtagccaggccccaaatgtagacttggcagcactcacata
aaataggtcagaggagcatgagttcatctgtgttctatgtgtaagtcctt
caccccatgggctattcctccagcctatttgctgaattcaggcccattaa
caagaaggttaatttctctttcatttctcaagattaatacattctctcaa
agagaaaaaaagggtcaaactcacctcaaacccagaactgctccaaacag
cttttgattgaatctctttcaagtgtggacgtatgctctgtgcaaaggcc
tcactgagactgggcatcctcagctccacctgagccccaggccatcctca
tccctactccaaatacctaactcccaaccaggaaccaagggaggggtggc
tcagttcttaaagttaaaggatgacgagagatgggagaacccagtacaaa
gttggctactttccaatatactaaaaaattacatccaatggtagaattta
acacaaaggaaaaaatacaggtgcataatttcaaaacaaaataattttaa
atttcacaagccccttggttctttgtgtgtgagcgatatcttctcactag
caattctttggggagtattggatgttaaagtccccaaatctctcatctat
atgatccagactcagcaacaaggctcctgggggagtgcagacatgggtcc
agggggacatttctcagtacagcaagaaaaaggagagcaccgtgctgatg
tcagcaacaataaaacattttgggtctgtcctccacagtctggtgatccg
ggggttgggaggaactcaatagcaggatccagtgatctaaatatgtctgg
ccaatgcctggaatcttcaggaagag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_153370117_153371208
seq2: B6Ng01-334P15.b_49_1136 (reverse)

seq1  GCACC-ATCTTTCCTTGACATC-AGCA-GCCCTGTTTCTTCAGCCATGCA  47
      ||||| |||||||| ||||||| |||| |||||||||| |||| ||||||
seq2  GCACCAATCTTTCCCTGACATCAAGCAGGCCCTGTTTC-TCAGGCATGCA  49

seq1  GTGTTAACAGAAGACCAGAGGCTC-TCCAAGAACCCTCCTGGGCTTCAGC  96
      |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||
seq2  GTGTTAACAGAAGA-CAGAGGCTCTTCCAAGAACCCT-CTGGGCTTCAGC  97

seq1  ATTGCAGAGCCTTCTGGCCTGGTGGGCTGAACAGTTCCTAGTCTCAGCCT  146
      | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  A-TGCAGAGCCTTCTGGCCTGGTGGGCTG-ACAGTTCCTAGTCTCAGCCT  145

seq1  CCTCAGTCAATGTCATGGAAGTCAACCTCAAAACAATCCCCTCTGCAATA  196
       ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  -CTCAGTC-ATGTCATGGAAGTCAACCTC-AAACAATCCCCTCTGCAATA  192

seq1  TATATTCAGTCTCCATCTATTGATTTTGCTTCTCTAGAGAACCCTAATAC  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATTCAGTCTCCATCTATTGATTTTGCTTCTCTAGAGAACCCTAATAC  242

seq1  ACCTGCCATATAGTAGGTGGATAATAAATACTAGCTACTTCAAGGGCAAT  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGCCATATAGTAGGTGGATAATAAATACTAGCTACTTCAAGGGCAAT  292

seq1  AATGCTGTCCTTCCAGGCAGGGCTCAAGGACAGTTGCCCAGTATCCTCCC  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  AATGCTGTCCTTCCAGGCAGGGCTCAAGGACAGTTGCGCAGTATCCTCCC  342

seq1  TAAAAGCAGCACTGTCAACTCAACAGGAGAGTTAGAGCCACCAAGCAGCT  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAGCAGCACTGTCAACTCAACAGGAGAGTTAGAGCCACCAAGCAGCT  392

seq1  GAGAGTCTCGAGTCCCGAGAGGCAGCTGAGAGTCTTGAGTCCCGAGAGGC  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGTCTCGAGTCCCGAGAGGCAGCTGAGAGTCTTGAGTCCCGAGAGGC  442

seq1  TGATCCACCTAACTTGGGATCCGGTGAACGTTACGATCCCCGCAGTGAGT  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATCCACCTAACTTGGGATCCGGTGAACGTTACGATCCCCGCAGTGAGT  492

seq1  GGGGACTCCTTAGTGTGAGGCAGAGCTGGAGCCATGCTTGCCCATGTGCT  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGACTCCTTAGTGTGAGGCAGAGCTGGAGCCATGCTTGCCCATGTGCT  542

seq1  CAGGCCCAGCCCATTGCCTGTAACACACAATCCCATGCTCTGCACACGCA  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCCCAGCCCATTGCCTGTAACACACAATCCCATGCTCTGCACACGCA  592

seq1  AGCACATAGGTTAATTTTGTTGTTGTGAAATTTAATTTCAGTGGTGTTCT  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACATAGGTTAATTTTGTTGTTGTGAAATTTAATTTCAGTGGTGTTCT  642

seq1  TTTAGACCTGCTTGTGTCTCTGCTGTGGTGAAATCACGGTTGGGATAAGT  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGACCTGCTTGTGTCTCTGCTGTGGTGAAATCACGGTTGGGATAAGT  692

seq1  CGCTCCCAAATGTGAAGACACTGGCTCGTCCCACAGATGGCGTGCTAGAG  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCTCCCAAATGTGAAGACACTGGCTCGTCCCACAGATGGCGTGCTAGAG  742

seq1  CAGACAGTGAGGTAACAGAGGCTTCTCTCTGGCTCAACATTGCTTTGATT  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACAGTGAGGTAACAGAGGCTTCTCTCTGGCTCAACATTGCTTTGATT  792

seq1  TAATAATCTATTTCCACGTTAGTGGCTCCCCATGGCTAGAGGGAAAGTCT  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAATCTATTTCCACGTTAGTGGCTCCCCATGGCTAGAGGGAAAGTCT  842

seq1  ACAGTTCATAGAATATGAGAAAGGGATTTGGCACCAAGTATTTCATCTCC  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTTCATAGAATATGAGAAAGGGATTTGGCACCAAGTATTTCATCTCC  892

seq1  TCCAGCAATCCAAGCCAGCTCAGTGCCAGATAACCACATCTACCATGTCC  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGCAATCCAAGCCAGCTCAGTGCCAGATAACCACATCTACCATGTCC  942

seq1  CCAAAAAGTCCTGTTCCTTCAACCCACCTTATCTTCATGCACACCATTCT  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAAAAGTCCTGTTCCTTCAACCCACCTTATCTTCATGCACACCATTCT  992

seq1  CCCTGCCTGAAATCCATCCTTCCCATCGTCCCAGTGTCTGAAGGCTCATT  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGCCTGAAATCCATCCTTCCCATCGTCCCAGTGTCTGAAGGCTCATT  1042

seq1  TCTCCAGGTGTTAGATACTATGGTGAACTAAAGCCACTATGAATTC  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCAGGTGTTAGATACTATGGTGAACTAAAGCCACTATGAATTC  1088

seq1: chr3_153224323_153225492
seq2: B6Ng01-334P15.g_68_1243

seq1  GAATTCAAGGGAAACCAGGTAGGGGCTGGTAGTGCAGTCACTTATGGTGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAGGGAAACCAGGTAGGGGCTGGTAGTGCAGTCACTTATGGTGG  50

seq1  GTTGTACATAAAAATGCACGTAACAGAAGTAACATCACTTAAACACATGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTACATAAAAATGCACGTAACAGAAGTAACATCACTTAAACACATGA  100

seq1  CATTTCAAATGGATAGGAGACAATCCTCTATAAGCATCCCAAGCCAGCAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTCAAATGGATAGGAGACAATCCTCTATAAGCATCCCAAGCCAGCAC  150

seq1  ACTCCACACCCACCCAGGGCTGCAAAACCCTAGGAAGAGCAGAGGAAATG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCACACCCACCCAGGGCTGCAAAACCCTAGGAAGAGCAGAGGAAATG  200

seq1  TTCATGTGATAAGCAGAGAGGCCCACAACACACTTTCCAATAGGAGAGGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATGTGATAAGCAGAGAGGCCCACAACACACTTTCCAATAGGAGAGGG  250

seq1  GCTCCCTTGCTCTAGGCATCCAGTGAGACATGAGAGGGTCAATCTCTGGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCCTTGCTCTAGGCATCCAGTGAGACATGAGAGGGTCAATCTCTGGG  300

seq1  AAAAAAAATGGTAGCCAGGCCCCAAATGTAGACTTGGCAGCACTCACATA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAATGGTAGCCAGGCCCCAAATGTAGACTTGGCAGCACTCACATA  350

seq1  AAATAGGTCAGAGGAGCATGAGTTCATCTGTGTTCTATGTGTAAGTCCTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAGGTCAGAGGAGCATGAGTTCATCTGTGTTCTATGTGTAAGTCCTT  400

seq1  CACCCCATGGGCTATTCCTCCAGCCTATTTGCTGAATTCAGGCCCATTAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCCATGGGCTATTCCTCCAGCCTATTTGCTGAATTCAGGCCCATTAA  450

seq1  CAAGAAGGTTAATTTCTCTTTCATTTCTCAAGATTAATACATTCTCTCAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAAGGTTAATTTCTCTTTCATTTCTCAAGATTAATACATTCTCTCAA  500

seq1  AGAGAAAAAAAGGGTCAAACTCACCTCAAACCCAGAACTGCTCCAAACAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAAAAAAAGGGTCAAACTCACCTCAAACCCAGAACTGCTCCAAACAG  550

seq1  CTTTTGATTGAATCTCTTTCAAGTGTGGACGTATGCTCTGTGCAAAGGCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTGATTGAATCTCTTTCAAGTGTGGACGTATGCTCTGTGCAAAGGCC  600

seq1  TCACTGAGACTGGGCATCCTCAGCTCCACCTGAGCCCCAGGCCATCCTCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTGAGACTGGGCATCCTCAGCTCCACCTGAGCCCCAGGCCATCCTCA  650

seq1  TCCCTACTCCAAATACCTAACTCCCAACCAGGAACCAAGGGAGGGGTGGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTACTCCAAATACCTAACTCCCAACCAGGAACCAAGGGAGGGGTGGC  700

seq1  TCAGTTCTTAAAGTTAAAGGATGACGAGAGATGGGAGAACCCAGTACAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTTCTTAAAGTTAAAGGATGACGAGAGATGGGAGAACCCAGTACAAA  750

seq1  GTTGGCTACTTTCCAATATACTAAAAAATTACATCCAATGGTAGAATTTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGCTACTTTCCAATATACTAAAAAATTACATCCAATGGTAGAATTTA  800

seq1  ACACAAAGGAAAAAATACAGGTGCATAATTTCAAAACAAAATAATTTT-A  849
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  ACACAAAGGAAAAAATACAGGTGCATAATTTCAAAACAAAATAATTTTAA  850

seq1  ATTTCACAAGCCCCTTGGTTCTTTGTGTGTGAGCGATATCTTCTCACTAG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCACAAGCCCCTTGGTTCTTTGTGTGTGAGCGATATCTTCTCACTAG  900

seq1  CAATTCTTTGGGGAGTATT-GATGTTAAAGTCCCCAAATCTCTCATCTAT  948
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTCTTTGGGGAGTATTGGATGTTAAAGTCCCCAAATCTCTCATCTAT  950

seq1  AAGGATCCAGACTCAGC-ACAAGGCTCCTTGGGGAGTGCAGACATGGGTC  997
       | |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  -ATGATCCAGACTCAGCAACAAGGCTCCTGGGGGAGTGCAGACATGGGTC  999

seq1  CAGGGGGACATTTCTCAGTACAGC-AGAAAAA-GAGAGCACCCGTGCTGA  1045
      |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||| 
seq2  CAGGGGGACATTTCTCAGTACAGCAAGAAAAAGGAGAGCA-CCGTGCTG-  1047

seq1  ATGTCAGGCACA--TAAACATTTT-GGTCTGTCCTCCACAGTCTGGTGAT  1092
      |||||||  |||   ||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCAGCAACAATAAAACATTTTGGGTCTGTCCTCCACAGTCTGGTGAT  1097

seq1  -CGGGGGTGGGGAGG-ACTCAATAGCAAGATCCAGGAATCTAGAGTATGT  1140
       ||||||| |||||| ||||||||||| |||||||  ||||| | |||||
seq2  CCGGGGGTTGGGAGGAACTCAATAGCAGGATCCAGTGATCTA-AATATGT  1146

seq1  CTGCAGAGTG-CTGGAATCTTTAGAGAAGAG  1170
      |||   | || |||||||||| || ||||||
seq2  CTGGCCAATGCCTGGAATCTTCAG-GAAGAG  1176