BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-335A16
Chromosome3 (Build37)
Map Location 80,886,757 - 80,997,082
singlet/doubletdoublet
Overlap genePdgfc
Upstream geneEG626797, Gria2, Glrb, EG626841
Downstream geneLOC229443, LOC100041901, Ctso, Tdo2, Accn5, Gucy1b3, Gucy1a3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-335A16.bB6Ng01-335A16.g
ACCGA120393GA120394
length1,1111,197
definitionB6Ng01-335A16.b B6Ng01-335A16.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(80,995,964 - 80,997,082)(80,886,757 - 80,887,965)
sequence
gaattccacagccactgtaatgttctcatctctccatggacaaattatga
cctttaggtaagatccagaagagagagaaggtgccgagtgctgtgtgagc
aatgatagcatgtaagaaccactctgagagcagagctgaagggtaacgtt
ctgcagtatggtgtagtcagagcatcacagcacttgggaagctgaggcag
aatcactgtgtattttaagccaatctgggccaaacagagagacctagtct
gaggcaagcaaagtctatcacattccttataaaaagaaataaaccgataa
actcaacaccaagccccccaaaacccaaaacccccgaagccaaaatgttg
gtagttatgggcagaggggtatagtaggagacaactagactaagcagatg
catgttctactagagttttaagaatacaaaatcacttgtatagatcagaa
gcactgcagatatttatgagggcgtaataggggagggcattcatttgact
tctcagcatgtacatgaacattgctcttgtttggggaaatgatgcaggtt
gtgaggctgcaacgataggagtggtctgggttcgagtctgctgtgtttgg
aatctggatatcgatggaggagtccagaaaggtgagagagtctgaaggct
ttctagctttcctccatgtggggaggtattccacaggaacactcttatgg
gagtcacagaatttccctctgtaggtagtctcctttgctatatgggaatc
atcacataccattggagaaacctcctcttgtagtaggctctactaataac
atgatttttctcttcaatctacttgacaataagattaaataatagtctac
aataagcttattttaaaggcaaaccgataacaccagtttgggttaaactt
tttcagtacttgaactcagaagtgtgaaaagcccatacagggtttgagca
ctcatttgacgtaatagtgagactaatggggctattttttgtgtctcttt
ttaccatggtgggacatacattgaattgggtcatcaagatgggagaagta
tctttatcctgaggcatctcactgttcttcaataggctaccttatcaagt
agaaaataaaa
gaattccatacatgagtgagcaccaccctccacctcactcaaaagtagca
ggagaaggtgtaaaatcagcactaggattactatgcaaggaaattaaacc
cagaataaaatgcagacttgtactgtatattaaaatcttaaagctatatt
ctcagtacataattatgataagttaataatttagacaaggtgtttcagct
ttaagttttagtttttcttcacaattaaagagctgtcatcacaaggccac
aaagaaatgtctttttaatgagtctacaggcagttcacattaattcccat
cttcaaaaccatttgcatttggggtaggtacacagatcttccactgatca
ggtcaagtctctgtctttcaaccttaggtgtatactaaggagttctctca
gctctgggctttggtggtgtttttccatgagttttggatgagtgttttta
atcttctgtctgactttgctccacctgtctacctggaaaaatgatgtatg
tcaacagggtgtgctatgcagaattgtatgaaacaaatttacctgtaaat
gggattagctcctaaaattgtaattttaaagaagtattcgtagtttttac
acagtgggtggattccctggtattcatcgattactacctaataatacgct
ttggagggatgtctgagacacatcagtattagctgagcaaatcatttggt
ttagagccataatttagtgactgtcgattttgtgttcaaacatctggcat
atcaccatgtgtgacctgaggaattttttcaacaactctacttgtgtggg
ctttggtgtagggctttatgcttctcaggacattgcaagctctggcttgt
cagcactggtatcttcaaaggaccgtttgaaatgttcgagagcaaacttt
taaatcccctagttaaaagcgttatcaatgattgctgatgtcatgagcac
aggcagatgaggagcaggactctctcccattcttctctgcattggctggg
acaggactcccactttgttcttagctgaccggactacccttttgacatca
gtcattactgatagaggcagaggagaaagagaatttttttttcttgggta
tcctttgtctttcacctacttctgtgcattgagaaaattagaaactttca
tgtatctggatttcatggtagcaaacagctgtaatcctgtggacttg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_80995964_80997082
seq2: B6Ng01-335A16.b_47_1157 (reverse)

seq1  TTTTATTTTTCCTACTTGGATAA-GTAGCCTATTGAAGAACAGTGAGATG  49
      |||||||||  |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATTTT--CTACTT-GATAAGGTAGCCTATTGAAGAACAGTGAGATG  47

seq1  CCTCAGGGATAAAGATACTTTCTCCCAATCCTGATGACCCAAATTCAATG  99
      ||||| |||||||||||| ||||||| ||| ||||||||| |||||||||
seq2  CCTCA-GGATAAAGATAC-TTCTCCC-ATCTTGATGACCC-AATTCAATG  93

seq1  TATGGTTCCCA-CATGGTAAAAAGAGAACACAAAAAATAGCCCCATTAGT  148
      ||||  ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  TATG--TCCCACCATGGTAAAAAGAG-ACACAAAAAATAGCCCCATTAGT  140

seq1  CTCACTATTACGTCAAATGAGTGCTCAACCCTTGTATGGGCTTTTCACAC  198
      |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||
seq2  CTCACTATTACGTCAAATGAGTGCTCAAACCCTGTATGGGCTTTTCACAC  190

seq1  TTCTGAGTTTCAAGTACTG-AAAAGTTTAACCCAAACTGGTGTTATCGGT  247
      ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGAG-TTCAAGTACTGAAAAAGTTTAACCCAAACTGGTGTTATCGGT  239

seq1  TTGCCTTTAAAATAAGCTTATTGTAGACTATTATTTAATCTTATTGTCAA  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCTTTAAAATAAGCTTATTGTAGACTATTATTTAATCTTATTGTCAA  289

seq1  GTAGATTGAAGAGAAAAATCATGTTATTAGTAGAGCCTACTACAAGAGGA  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGATTGAAGAGAAAAATCATGTTATTAGTAGAGCCTACTACAAGAGGA  339

seq1  GGTTTCTCCAATGGTATGTGATGATTCCCATATAGCAAAGGAGACTACCT  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTCTCCAATGGTATGTGATGATTCCCATATAGCAAAGGAGACTACCT  389

seq1  ACAGAGGGAAATTCTGTGACTCCCATAAGAGTGTTCCTGTGGAATACCTC  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAGGGAAATTCTGTGACTCCCATAAGAGTGTTCCTGTGGAATACCTC  439

seq1  CCCACATGGAGGAAAGCTAGAAAGCCTTCAGACTCTCTCACCTTTCTGGA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACATGGAGGAAAGCTAGAAAGCCTTCAGACTCTCTCACCTTTCTGGA  489

seq1  CTCCTCCATCGATATCCAGATTCCAAACACAGCAGACTCGAACCCAGACC  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTCCATCGATATCCAGATTCCAAACACAGCAGACTCGAACCCAGACC  539

seq1  ACTCCTATCGTTGCAGCCTCACAACCTGCATCATTTCCCCAAACAAGAGC  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCTATCGTTGCAGCCTCACAACCTGCATCATTTCCCCAAACAAGAGC  589

seq1  AATGTTCATGTACATGCTGAGAAGTCAAATGAATGCCCTCCCCTATTACG  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTTCATGTACATGCTGAGAAGTCAAATGAATGCCCTCCCCTATTACG  639

seq1  CCCTCATAAATATCTGCAGTGCTTCTGATCTATACAAGTGATTTTGTATT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCATAAATATCTGCAGTGCTTCTGATCTATACAAGTGATTTTGTATT  689

seq1  CTTAAAACTCTAGTAGAACATGCATCTGCTTAGTCTAGTTGTCTCCTACT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAAAACTCTAGTAGAACATGCATCTGCTTAGTCTAGTTGTCTCCTACT  739

seq1  ATACCCCTCTGCCCATAACTACCAACATTTTGGCTTCGGGGGTTTTGGGT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACCCCTCTGCCCATAACTACCAACATTTTGGCTTCGGGGGTTTTGGGT  789

seq1  TTTGGGGGGCTTGGTGTTGAGTTTATCGGTTTATTTCTTTTTATAAGGAA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGGGGGCTTGGTGTTGAGTTTATCGGTTTATTTCTTTTTATAAGGAA  839

seq1  TGTGATAGACTTTGCTTGCCTCAGACTAGGTCTCTCTGTTTGGCCCAGAT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGATAGACTTTGCTTGCCTCAGACTAGGTCTCTCTGTTTGGCCCAGAT  889

seq1  TGGCTTAAAATACACAGTGATTCTGCCTCAGCTTCCCAAGTGCTGTGATG  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTTAAAATACACAGTGATTCTGCCTCAGCTTCCCAAGTGCTGTGATG  939

seq1  CTCTGACTACACCATACTGCAGAACGTTACCCTTCAGCTCTGCTCTCAGA  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGACTACACCATACTGCAGAACGTTACCCTTCAGCTCTGCTCTCAGA  989

seq1  GTGGTTCTTACATGCTATCATTGCTCACACAGCACTCGGCACCTTCTCTC  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTTCTTACATGCTATCATTGCTCACACAGCACTCGGCACCTTCTCTC  1039

seq1  TCTTCTGGATCTTACCTAAAGGTCATAATTTGTCCATGGAGAGATGAGAA  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCTGGATCTTACCTAAAGGTCATAATTTGTCCATGGAGAGATGAGAA  1089

seq1  CATTACAGTGGCTGTGGAATTC  1119
      ||||||||||||||||||||||
seq2  CATTACAGTGGCTGTGGAATTC  1111

seq1: chr3_80886757_80887965
seq2: B6Ng01-335A16.g_68_1264

seq1  GAATTCCATACATGAGTGAGCACCACCCTCCACCTCACTCAAAAGTAGCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATACATGAGTGAGCACCACCCTCCACCTCACTCAAAAGTAGCA  50

seq1  GGAGAAGGTGTAAAATCAGCACTAGGATTACTATGCAAGGAAATTAAACC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAAGGTGTAAAATCAGCACTAGGATTACTATGCAAGGAAATTAAACC  100

seq1  CAGAATAAAATGCAGACTTGTACTGTATATTAAAATCTTAAAGCTATATT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAATAAAATGCAGACTTGTACTGTATATTAAAATCTTAAAGCTATATT  150

seq1  CTCAGTACATAATTATGATAAGTTAATAATTTAGACAAGGTGTTTCAGCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGTACATAATTATGATAAGTTAATAATTTAGACAAGGTGTTTCAGCT  200

seq1  TTAAGTTTTAGTTTTTCTTCACAATTAAAGAGCTGTCATCACAAGGCCAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGTTTTAGTTTTTCTTCACAATTAAAGAGCTGTCATCACAAGGCCAC  250

seq1  AAAGAAATGTCTTTTTAATGAGTCTACAGGCAGTTCACATTAATTCCCAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAAATGTCTTTTTAATGAGTCTACAGGCAGTTCACATTAATTCCCAT  300

seq1  CTTCAAAACCATTTGCATTTGGGGTAGGTACACAGATCTTCCACTGATCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAAAACCATTTGCATTTGGGGTAGGTACACAGATCTTCCACTGATCA  350

seq1  GGTCAAGTCTCTGTCTTTCAACCTTAGGTGTATACTAAGGAGTTCTCTCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCAAGTCTCTGTCTTTCAACCTTAGGTGTATACTAAGGAGTTCTCTCA  400

seq1  GCTCTGGGCTTTGGTGGTGTTTTTCCATGAGTTTTGGATGAGTGTTTTTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTGGGCTTTGGTGGTGTTTTTCCATGAGTTTTGGATGAGTGTTTTTA  450

seq1  ATCTTCTGTCTGACTTTGCTCCACCTGTCTACCTGGAAAAATGATGTATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTCTGTCTGACTTTGCTCCACCTGTCTACCTGGAAAAATGATGTATG  500

seq1  TCAACAGGGTGTGCTATGCAGAATTGTATGAAACAAATTTACCTGTAAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACAGGGTGTGCTATGCAGAATTGTATGAAACAAATTTACCTGTAAAT  550

seq1  GGGATTAGCTCCTAAAATTGTAATTTTAAAGAAGTATTCGTAGTTTTTAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATTAGCTCCTAAAATTGTAATTTTAAAGAAGTATTCGTAGTTTTTAC  600

seq1  ACAGTGGGTGGATTCCCTGGTATTCATCGATTACTACCTAATAATACGCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTGGGTGGATTCCCTGGTATTCATCGATTACTACCTAATAATACGCT  650

seq1  TTGGAGGGATGTCTGAGACACATCAGTATTAGCTGAGCAAATCATTTGGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAGGGATGTCTGAGACACATCAGTATTAGCTGAGCAAATCATTTGGT  700

seq1  TTAGAGCCATAATTTAGTGACTGTCGATTTTGTGTTCAAACATCTGGCAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGAGCCATAATTTAGTGACTGTCGATTTTGTGTTCAAACATCTGGCAT  750

seq1  ATCACCATGTGTGACCTGAGGAATTTTTTCAACAACTCTACTTGTGTGGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACCATGTGTGACCTGAGGAATTTTTTCAACAACTCTACTTGTGTGGG  800

seq1  CTTTGGTGTAGGGCTTTATGCTTCTCAGGACATTGCAAGCTCTGGCTTGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGGTGTAGGGCTTTATGCTTCTCAGGACATTGCAAGCTCTGGCTTGT  850

seq1  CAGCACTGGTATCTTCAAAGGACCGTTTGAAATGTTCGAGAGCAAACTTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCACTGGTATCTTCAAAGGACCGTTTGAAATGTTCGAGAGCAAACTTT  900

seq1  TAAATCCCCTAGTTAAAAGCGTTATCAATGATTGCTGATGTCATGAGCAC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATCCCCTAGTTAAAAGCGTTATCAATGATTGCTGATGTCATGAGCAC  950

seq1  AGGCAGATGAGGAAGCAAGGACTCTCTCCCATTCTTCTCTGCATTGGCTG  1000
      |||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAGATGAGG-AGC-AGGACTCTCTCCCATTCTTCTCTGCATTGGCTG  998

seq1  GGACAGGGACTCCCACTTTGTTCTTAGCTGACCGGAACTAACCCTTTTTG  1050
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||  
seq2  GGACA-GGACTCCCACTTTGTTCTTAGCTGACCGG-ACT-ACCCTTTT--  1043

seq1  AACATCAAGTCATTAACTGATAGAGGCAGAGGAAGAAAGAGAAATATTTT  1100
       ||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||   |||||
seq2  GACATC-AGTCATT-ACTGATAGAGGCAGAGG-AGAAAGAGA---ATTTT  1087

seq1  TTTTCCTTGGGTTAATTCCTTTGTCTTTCA-CTACTTCTGTGAATTTGAG  1149
      |||| |||||||    |||||||||||||| ||||||||||| | |||||
seq2  TTTTTCTTGGGT---ATCCTTTGTCTTTCACCTACTTCTGTGCA-TTGAG  1133

seq1  -AAATTAGAAA-TTTCATG-ATCT-GATTTCAT-GTAGCAAAACCAGCTG  1194
       |||||||||| ||||||| |||| |||||||| ||||||||  ||||||
seq2  AAAATTAGAAACTTTCATGTATCTGGATTTCATGGTAGCAAA--CAGCTG  1181

seq1  TA--TCTGTGGAACTTG  1209
      ||   |||||| |||||
seq2  TAATCCTGTGG-ACTTG  1197