BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-335J20
Chromosome3 (Build37)
Map Location 124,018,520 - 124,110,942
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTram1l1, LOC100043740, 1700006A11Rik
Upstream geneSec24d, G430022H21Rik, Prss12, EG668804, Ndst3, LOC100043333, EG668809
Downstream gene1700003H04Rik, LOC668817, LOC668820
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-335J20.bB6Ng01-335J20.g
ACCGA120785GA120786
length1,131850
definitionB6Ng01-335J20.b B6Ng01-335J20.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(124,109,818 - 124,110,942)(124,018,520 - 124,019,368)
sequence
gaattcaaacctagtcaacaaaggatagaatcgtaatatccctgtttatt
tttagtagctgcttatgtccaagtaaagtcctttgaactgagaataagtt
cattttattgccaccatgtccagaactctgtttcttagactccacttctc
ggtgagaaaagctacactttctgggtcctttggtcgactttgaggtgaga
ttctggatgatgtcaggcagagaatatcttaagaaattacatttaaactg
atattcctcaataaaaatgatttccaataatttcatcaaagtatactgac
aattacatttttatatatgtaaggaatttattaggaatattccaggaagc
ttactttgctctaatctgtatggaaaatggcttgctgtccttgatcaaga
attccatgatcaaaagatttctgctatccaaaggtaaggatacattagtt
acttggataacaacaaacacacatatgagtaatatgttctagggtaggtg
ttagcttctatttacaagattatccactgaaatgatgatgagtggcaaga
ggcttcttttgctcacatgtgtaaagttaggttataaacagatatctttg
tcaggcatatgtcttgactcatgcctttagtcccaccactagggaggcat
caacattataatagtcatggtttggaagtcaggctcagccatatagtagg
gtccatcccagcctggaatacaatctaaattcctctgtggaacaagttaa
attcattttttcaaccattaaaagctggaggcatccatatcaggtttagc
tttgatttcgatgtcctctatactgactccacggaatgatgtcttagata
aaagaggaagaactttgatgccccatgagtagccaggacaccagcatatt
tgctttatttgttaaaacaccttttataagtgcatcgcttagcttcatca
gtgtgctttcagcccaacaattctagaatgccagtggattgctacaatgt
gtttattattaaattatttatgttaaatatgttctcatgggtgactagag
agatggttcaggttcacagcttcttgctggctctcctgatgaacattggt
caactatccatatgggtggtgtggcaaatat

gaattcactccttaaagttgtcctctgacccacatgttgtgacacacatg
tatgtgcacaaacacacaaataaatgaatgtagcaacaaacttttaaatg
ataagctgtttaaatttttctaatactgttttggcaactatatttacacc
ttagataaccctatttatttttactttcaaataatttaatgcttttaaaa
tcatgctgcatatttttattaattacatagttatacataaatgaacatta
gtttctttcagcttatatgttgatgaacagattcaaaggtagaatgcaag
aagatctgaaaacaatcttttaatgggtatgcaaatatgaaagttaaata
gaaactaaaaaagtagttgtagggttttatgtatgaccttcaaaagggtc
tttagcacaatgctctgaaggagactgtcaatacttccaattattagtat
tttttattctgtaggagaaaagaatgatgacatttttaaaggatgttaag
aaaccttttctttctttgattgtaatttattatattttgaataagtctac
tcagaaaggcaataaaacagtgaagaggcaattgaatcttctttgtacat
tagcactgaaatgtgatatcagtaatgtgcaaaatgattatacatactcg
atcatccatccacttaccatctgtttttctgtatatatgtctgtctgtct
gccttcctgcctgcctgcttacctatctatccatctatcatctacatatc
acctatagatatgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtatgtatctacctttct
acctatcattcatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgcatg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_124109818_124110942
seq2: B6Ng01-335J20.b_49_1179 (reverse)

seq1  ATATTTG-CACACCA-CCATATGGATAG-TGA-CAATGTTCATCAGGAAG  46
      ||||||| ||||||| |||||||||||| ||| |||||||||||||| ||
seq2  ATATTTGCCACACCACCCATATGGATAGTTGACCAATGTTCATCAGG-AG  49

seq1  AG-CAGCA--GAGCTGTTGAACCCTGAACCATCTCTCTAGTCA-CCATGG  92
      || |||||   ||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||| 
seq2  AGCCAGCAAGAAGCTG-TGAA-CCTGAACCATCTCTCTAGTCACCCATGA  97

seq1  AGACATATTTAACATAAATAATTTAAT-ATAAACACATTGTAGCAATCCA  141
        ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  GAACATATTTAACATAAATAATTTAATAATAAACACATTGTAGCAATCCA  147

seq1  CTGGCATTCTAGAATTGTTGGGCTGAAAGCACACTGATGAAGCTAAGCGA  191
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCATTCTAGAATTGTTGGGCTGAAAGCACACTGATGAAGCTAAGCGA  197

seq1  TGCACTTATAAAAGGTGTTTTAACAAATAAAGCAAATATGCTGGTGTCCT  241
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACTTATAAAAGGTGTTTTAACAAATAAAGCAAATATGCTGGTGTCCT  247

seq1  GGCTACTCATGGGGCATCAAAGTTCTTCCTCTTTTATCTAAGACATCATT  291
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTACTCATGGGGCATCAAAGTTCTTCCTCTTTTATCTAAGACATCATT  297

seq1  CCGTGGAGTCAGTATAGAGGACATCGAAATCAAAGCTAAACCTGATATGG  341
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGTGGAGTCAGTATAGAGGACATCGAAATCAAAGCTAAACCTGATATGG  347

seq1  ATGCCTCCAGCTTTTAATGGTTGAAAAAATGAATTTAACTTGTTCCACAG  391
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCTCCAGCTTTTAATGGTTGAAAAAATGAATTTAACTTGTTCCACAG  397

seq1  AGGAATTTAGATTGTATTCCAGGCTGGGATGGACCCTACTATATGGCTGA  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAATTTAGATTGTATTCCAGGCTGGGATGGACCCTACTATATGGCTGA  447

seq1  GCCTGACTTCCAAACCATGACTATTATAATGTTGATGCCTCCCTAGTGGT  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGACTTCCAAACCATGACTATTATAATGTTGATGCCTCCCTAGTGGT  497

seq1  GGGACTAAAGGCATGAGTCAAGACATATGCCTGACAAAGATATCTGTTTA  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGACTAAAGGCATGAGTCAAGACATATGCCTGACAAAGATATCTGTTTA  547

seq1  TAACCTAACTTTACACATGTGAGCAAAAGAAGCCTCTTGCCACTCATCAT  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACCTAACTTTACACATGTGAGCAAAAGAAGCCTCTTGCCACTCATCAT  597

seq1  CATTTCAGTGGATAATCTTGTAAATAGAAGCTAACACCTACCCTAGAACA  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTCAGTGGATAATCTTGTAAATAGAAGCTAACACCTACCCTAGAACA  647

seq1  TATTACTCATATGTGTGTTTGTTGTTATCCAAGTAACTAATGTATCCTTA  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTACTCATATGTGTGTTTGTTGTTATCCAAGTAACTAATGTATCCTTA  697

seq1  CCTTTGGATAGCAGAAATCTTTTGATCATGGAATTCTTGATCAAGGACAG  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTGGATAGCAGAAATCTTTTGATCATGGAATTCTTGATCAAGGACAG  747

seq1  CAAGCCATTTTCCATACAGATTAGAGCAAAGTAAGCTTCCTGGAATATTC  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCCATTTTCCATACAGATTAGAGCAAAGTAAGCTTCCTGGAATATTC  797

seq1  CTAATAAATTCCTTACATATATAAAAATGTAATTGTCAGTATACTTTGAT  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATAAATTCCTTACATATATAAAAATGTAATTGTCAGTATACTTTGAT  847

seq1  GAAATTATTGGAAATCATTTTTATTGAGGAATATCAGTTTAAATGTAATT  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATTATTGGAAATCATTTTTATTGAGGAATATCAGTTTAAATGTAATT  897

seq1  TCTTAAGATATTCTCTGCCTGACATCATCCAGAATCTCACCTCAAAGTCG  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAAGATATTCTCTGCCTGACATCATCCAGAATCTCACCTCAAAGTCG  947

seq1  ACCAAAGGACCCAGAAAGTGTAGCTTTTCTCACCGAGAAGTGGAGTCTAA  991
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAAAGGACCCAGAAAGTGTAGCTTTTCTCACCGAGAAGTGGAGTCTAA  997

seq1  GAAACAGAGTTCTGGACATGGTGGCAATAAAATGAACTTATTCTCAGTTC  1041
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACAGAGTTCTGGACATGGTGGCAATAAAATGAACTTATTCTCAGTTC  1047

seq1  AAAGGACTTTACTTGGACATAAGCAGCTACTAAAAATAAACAGGGATATT  1091
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGACTTTACTTGGACATAAGCAGCTACTAAAAATAAACAGGGATATT  1097

seq1  ACGATTCTATCCTTTGTTGACTAGGTTTGAATTC  1125
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGATTCTATCCTTTGTTGACTAGGTTTGAATTC  1131


seq1: chr3_124018520_124019368
seq2: B6Ng01-335J20.g_64_913

seq1  GAATTCACTCCTTAAAGTTGTCCTCTGACCCACATGTTGTGACACACATG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTCCTTAAAGTTGTCCTCTGACCCACATGTTGTGACACACATG  50

seq1  TATGTGCACAAACACACAAATAAATGAATGTAGCAACAAACTTTTAAATG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTGCACAAACACACAAATAAATGAATGTAGCAACAAACTTTTAAATG  100

seq1  ATAAGCTGTTTAAATTTTTCTAATACTGTTTTGGCAACTATATTTACACC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGCTGTTTAAATTTTTCTAATACTGTTTTGGCAACTATATTTACACC  150

seq1  TTAGATAACCCTATTTATTTTTACTTTCAAATAATTTAATGCTTTTAAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGATAACCCTATTTATTTTTACTTTCAAATAATTTAATGCTTTTAAAA  200

seq1  TCATGCTGCATATTTTTATTAATTACATAGTTATACATAAATGAACATTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGCTGCATATTTTTATTAATTACATAGTTATACATAAATGAACATTA  250

seq1  GTTTCTTTCAGCTTATATGTTGATGAACAGATTCAAAGGTAGAATGCAAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCTTTCAGCTTATATGTTGATGAACAGATTCAAAGGTAGAATGCAAG  300

seq1  AAGATCTGAAAACAATCTTTTAATGGGTATGCAAATATGAAAGTTAAATA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATCTGAAAACAATCTTTTAATGGGTATGCAAATATGAAAGTTAAATA  350

seq1  GAAACTAAAAAAGTAGTTGTAGGGTTTTATGTATGACCTTCAAAAGGGTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACTAAAAAAGTAGTTGTAGGGTTTTATGTATGACCTTCAAAAGGGTC  400

seq1  TTTAGCACAATGCTCTGAAGGAGACTGTCAATACTTCCAATTATTAGTAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGCACAATGCTCTGAAGGAGACTGTCAATACTTCCAATTATTAGTAT  450

seq1  TTTTTATTCTGTAGGAGAAAAGAATGATGACATTTTTAAAGGATGTTAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTATTCTGTAGGAGAAAAGAATGATGACATTTTTAAAGGATGTTAAG  500

seq1  AAACCTTTTCTTTCTTTGATTGTAATTTATTATATTTTGAATAAGTCTAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCTTTTCTTTCTTTGATTGTAATTTATTATATTTTGAATAAGTCTAC  550

seq1  TCAGAAAGGCAATAAAACAGTGAAGAGGCAATTGAATCTTCTTTGTACAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAAAGGCAATAAAACAGTGAAGAGGCAATTGAATCTTCTTTGTACAT  600

seq1  TAGCACTGAAATGTGATATCAGTAATGTGCAAAATGATTATACATACTCG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCACTGAAATGTGATATCAGTAATGTGCAAAATGATTATACATACTCG  650

seq1  ATCATCCATCCACTTACCATCTGTTTTTCTGTATATATGTCTGTCTGTCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATCCATCCACTTACCATCTGTTTTTCTGTATATATGTCTGTCTGTCT  700

seq1  GCCTTCCTGCCTGCCTGCTTACCTATCTATCCATCTATCATCTACATATC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTCCTGCCTGCCTGCTTACCTATCTATCCATCTATCATCTACATATC  750

seq1  ACCTATAGATATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGTATCTACC-TTCT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  ACCTATAGATATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGTATCTACCTTTCT  800

seq1  ACCTATCATTCATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATG  849
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  ACCTATCATTCATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGCATG  850


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |