BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-337B08
Chromosome3 (Build37)
Map Location 26,520,053 - 26,639,510
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSpata16
Upstream geneNlgn1, LOC621017, LOC229152
Downstream geneLOC665258, Ect2, Aadacl1, LOC100040527, Tnfsf10, Ghsr, Fndc3b
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-337B08.bB6Ng01-337B08.g
ACCGA121816GA121817
length1,1011,112
definitionB6Ng01-337B08.b B6Ng01-337B08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(26,638,416 - 26,639,510)(26,520,053 - 26,521,162)
sequence
gaattctgcattgtataactaatggtgtgagctatttataaacaaaatat
cctgattaatttattttatgaaatgtatttgtttgatgatgtgtcaggct
ctgttttcaaagcctgggaactttgaaaatggtttactacagaaatcatg
ggtactgcctctgtagcgctacccatgtgacatgcacagtaaaatggctg
ctttgtcttgctacagtattgttttaattgaccacttaatctctgtatat
tcacatttattacttactgttcaaatttagaagtggaaacaaaagctgtt
ttacacaagaaaacagtagactaaagttaatccccacatgtcaagttctt
cttcatcatcatcgtcgtcgtcatcatcatcatcatatcatcatatttga
ccccagtaatttcaatggttttgaaaaagcatcactatttttaaaacaga
aaatatcttcctctaaacagtgagcagattcttccagcaccaggaacagt
agctccaccttattgcccttccatttaaattacagattcctgattctctg
ttctcattacatgttgtaataaagtgaacagattttttacatggcccttt
cttttgaggtactttcacaattaaatgtgatgtgaaacctcttcaaccca
ttctgacatttaagagatattttccatagtggtttttcttttggtgtgtg
ataaagcatgaaagggtgacatataattgcattctgcacatctaaaccta
ttattgcttacctatacctacatagtttctagaaaactagttacaattgt
aatgggtttttcacactatactcccaaataatcctgaattctaatatttt
ttgacatactgaaatatgtgtttccattactgcctctttcaaatggaatc
agaacaaaattctctgaaaggctatgtatcctgttactgagttaggctat
gattatgggaaatgtttccagagagactagtgaagggaagaattttcctt
tgggggttgggttctgcagtttacgtacataggagagcttcttttcaggg
ttatcttatggagttccaaagtgctttttgttgtctgtagggtctttgat
t
gaattcaacactccaagcattagaaatccatgaagcaaagttgcccaaca
tgaactgtagtcatttttaaatatggaaatgcaaatcatatgaatagaat
ttatattaagatataattcagacagatttacattcatggattcaatgact
ggcaaggcatattttcactttttttgtcctggagactttctaaatgcatt
aaaaacaactctttctgcaatacataagaaaattaagtgaactaatgatt
ggtcctccataatgagacagccttcaacaaaaatctgacatttgagcaac
aatggaccacaaaattgttgtaattttccagtttagagcagtgtaataag
agtgtgtacacagtcccaaacttcatactgttattgtaccaagaaatata
attcagcattcatattgagctcaaggaacccagacgtttgtctatatctc
ctaatgtacttttctttcttttcttttaaagatgtatttatttaatgtac
ctctgcatgccagaagaaggcattagaccgcattacaaatagttgtgagc
cactatgtggctgctgggaattgaactcaggacctctggaagagcagcta
gtgttcggaaccactgagccatctctccagcctcctaatggactttccaa
accactcacttttaacctggaatgtgtgtgatcttgtccacaacaaaacc
gtgttagtcatggcacgctagttacagccatacattttaatactgtcagt
gtgtttgttacttggttttcatgtttcacatgtaaccccatttctgttca
atatcatagatcttattaaaacattcataattaaagtttgtaagtcataa
ccaatgtaagtatttataaagactttcaatgacactttgtgttcatttta
aaggtccactcttagggttgggagagatagttgagtggtttagaagtact
tactgctctcccaaaggaagcgagctgggtctcagcacaactttggacag
ctcacaactgcctatgataccactctagtttaatgtctggttctgttttc
atcccttacccaccccccaaacacacgattaggtataaacctaacacaaa
cctcacatatgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_26638416_26639510
seq2: B6Ng01-337B08.b_50_1150 (reverse)

seq1  AATCAAAGA-CCTACAGACAAC-AAAAGCACTTTGGAACT-CATAAGATA  47
      ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||
seq2  AATCAAAGACCCTACAGACAACAAAAAGCACTTTGGAACTCCATAAGATA  50

seq1  ACCCTG-AAAGAAGCTCTCCTATGTACGTAAACTGCAGAACCCAAACCCC  96
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  ACCCTGAAAAGAAGCTCTCCTATGTACGTAAACTGCAGAACCCAACCCCC  100

seq1  AAAGGAAAATTCTT-CCTTCACTAGTCTCTCTGGAAACATTTTCCATAAT  145
      |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  AAAGGAAAATTCTTCCCTTCACTAGTCTCTCTGGAAACATTTCCCATAAT  150

seq1  CATAGCCTAACTCAGTAACAGGATACATAGCCTTTCAGAGAATTTTGTTC  195
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGCCTAACTCAGTAACAGGATACATAGCCTTTCAGAGAATTTTGTTC  200

seq1  TGATTCCATTTGAAAGAGGCAGTAATGGAAACACATATTTCAGTATGTC-  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  TGATTCCATTTGAAAGAGGCAGTAATGGAAACACATATTTCAGTATGTCA  250

seq1  AAAAATATTAGAATTCAGGATTATTTGGGAGTATAGTGTGAAAAACCCAT  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATATTAGAATTCAGGATTATTTGGGAGTATAGTGTGAAAAACCCAT  300

seq1  TACAATTGTAACTAGTTTTCTAGAAACTATGTAGGTATAGGTAAGCAATA  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAATTGTAACTAGTTTTCTAGAAACTATGTAGGTATAGGTAAGCAATA  350

seq1  ATAGGTTTAGATGTGCAGAATGCAATTATATGTCACCCTTTCATGCTTTA  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGTTTAGATGTGCAGAATGCAATTATATGTCACCCTTTCATGCTTTA  400

seq1  TCACACACCAAAAGAAAAACCACTATGGAAAATATCTCTTAAATGTCAGA  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACACACCAAAAGAAAAACCACTATGGAAAATATCTCTTAAATGTCAGA  450

seq1  ATGGGTTGAAGAGGTTTCACATCACATTTAATTGTGAAAGTACCTCAAAA  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGTTGAAGAGGTTTCACATCACATTTAATTGTGAAAGTACCTCAAAA  500

seq1  GAAAGGGCCATGTAAAAAATCTGTTCACTTTATTACAACATGTAATGAGA  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGGGCCATGTAAAAAATCTGTTCACTTTATTACAACATGTAATGAGA  550

seq1  ACAGAGAATCAGGAATCTGTAATTTAAATGGAAGGGCAATAAGGTGGAGC  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAGAATCAGGAATCTGTAATTTAAATGGAAGGGCAATAAGGTGGAGC  600

seq1  TACTGTTCCTGGTGCTGGAAGAATCTGCTCACTGTTTAGAGGAAGATATT  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGTTCCTGGTGCTGGAAGAATCTGCTCACTGTTTAGAGGAAGATATT  650

seq1  TTCTGTTTTAAAAATAGTGATGCTTTTTCAAAACCATTGAAATTACTGGG  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGTTTTAAAAATAGTGATGCTTTTTCAAAACCATTGAAATTACTGGG  700

seq1  GTCAAATATGATGATATGATGATGATGATGACGACGACGATGATGATGAA  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAAATATGATGATATGATGATGATGATGACGACGACGATGATGATGAA  750

seq1  GAAGAACTTGACATGTGGGGATTAACTTTAGTCTACTGTTTTCTTGTGTA  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAACTTGACATGTGGGGATTAACTTTAGTCTACTGTTTTCTTGTGTA  800

seq1  AAACAGCTTTTGTTTCCACTTCTAAATTTGAACAGTAAGTAATAAATGTG  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAGCTTTTGTTTCCACTTCTAAATTTGAACAGTAAGTAATAAATGTG  850

seq1  AATATACAGAGATTAAGTGGTCAATTAAAACAATACTGTAGCAAGACAAA  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATACAGAGATTAAGTGGTCAATTAAAACAATACTGTAGCAAGACAAA  900

seq1  GCAGCCATTTTACTGTGCATGTCACATGGGTAGCGCTACAGAGGCAGTAC  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCCATTTTACTGTGCATGTCACATGGGTAGCGCTACAGAGGCAGTAC  950

seq1  CCATGATTTCTGTAGTAAACCATTTTCAAAGTTCCCAGGCTTTGAAAACA  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGATTTCTGTAGTAAACCATTTTCAAAGTTCCCAGGCTTTGAAAACA  1000

seq1  GAGCCTGACACATCATCAAACAAATACATTTCATAAAATAAATTAATCAG  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCTGACACATCATCAAACAAATACATTTCATAAAATAAATTAATCAG  1050

seq1  GATATTTTGTTTATAAATAGCTCACACCATTAGTTATACAATGCAGAATT  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATATTTTGTTTATAAATAGCTCACACCATTAGTTATACAATGCAGAATT  1100

seq1  C  1095
      |
seq2  C  1101

seq1: chr3_26520053_26521162
seq2: B6Ng01-337B08.g_67_1178

seq1  GAATTCAACACTCCAAGCATTAGAAATCCATGAAGCAAAGTTGCCCAACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAACACTCCAAGCATTAGAAATCCATGAAGCAAAGTTGCCCAACA  50

seq1  TGAACTGTAGTCATTTTTAAATATGGAAATGCAAATCATATGAATAGAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACTGTAGTCATTTTTAAATATGGAAATGCAAATCATATGAATAGAAT  100

seq1  TTATATTAAGATATAATTCAGACAGATTTACATTCATGGATTCAATGACT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATATTAAGATATAATTCAGACAGATTTACATTCATGGATTCAATGACT  150

seq1  GGCAAGGCATATTTTCACTTTTTTTGTCCTGGAGACTTTCTAAATGCATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAAGGCATATTTTCACTTTTTTTGTCCTGGAGACTTTCTAAATGCATT  200

seq1  AAAAACAACTCTTTCTGCAATACATAAGAAAATTAAGTGAACTAATGATT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAACAACTCTTTCTGCAATACATAAGAAAATTAAGTGAACTAATGATT  250

seq1  GGTCCTCCATAATGAGACAGCCTTCAACAAAAATCTGACATTTGAGCAAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCCTCCATAATGAGACAGCCTTCAACAAAAATCTGACATTTGAGCAAC  300

seq1  AATGGACCACAAAATTGTTGTAATTTTCCAGTTTAGAGCAGTGTAATAAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGACCACAAAATTGTTGTAATTTTCCAGTTTAGAGCAGTGTAATAAG  350

seq1  AGTGTGTACACAGTCCCAAACTTCATACTGTTATTGTACCAAGAAATATA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTGTACACAGTCCCAAACTTCATACTGTTATTGTACCAAGAAATATA  400

seq1  ATTCAGCATTCATATTGAGCTCAAGGAACCCAGACGTTTGTCTATATCTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCAGCATTCATATTGAGCTCAAGGAACCCAGACGTTTGTCTATATCTC  450

seq1  CTAATGTACTTTTCTTTCTTTTCTTTTAAAGATGTATTTATTTAATGTAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATGTACTTTTCTTTCTTTTCTTTTAAAGATGTATTTATTTAATGTAC  500

seq1  CTCTGCATGCCAGAAGAAGGCATTAGACCGCATTACAAATAGTTGTGAGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGCATGCCAGAAGAAGGCATTAGACCGCATTACAAATAGTTGTGAGC  550

seq1  CACTATGTGGCTGCTGGGAATTGAACTCAGGACCTCTGGAAGAGCAGCTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTATGTGGCTGCTGGGAATTGAACTCAGGACCTCTGGAAGAGCAGCTA  600

seq1  GTGTTCGGAACCACTGAGCCATCTCTCCAGCCTCCTAATGGACTTTCCAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTCGGAACCACTGAGCCATCTCTCCAGCCTCCTAATGGACTTTCCAA  650

seq1  ACCACTCACTTTTAACCTGGAATGTGTGTGATCTTGTCCACAACAAAACC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACTCACTTTTAACCTGGAATGTGTGTGATCTTGTCCACAACAAAACC  700

seq1  GTGTTAGTCATGGCACGCTAGTTACAGCCATACATTTTAATACTGTCAGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTAGTCATGGCACGCTAGTTACAGCCATACATTTTAATACTGTCAGT  750

seq1  GTGTTTGTTACTTGGTTTTCATGTTTCACATGTAACCCCATTTCTGTTCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTTGTTACTTGGTTTTCATGTTTCACATGTAACCCCATTTCTGTTCA  800

seq1  ATATCATAGATCTTATTAAAACATTCATAATTAAAGTTTGTAAGTCATAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCATAGATCTTATTAAAACATTCATAATTAAAGTTTGTAAGTCATAA  850

seq1  CCAATGTAAGTATTTATAAAGACTTTCAATGACACTTTGTGTTCATTTT-  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  CCAATGTAAGTATTTATAAAGACTTTCAATGACACTTTGTGTTCATTTTA  900

seq1  AAGGTCCACTCTTAGGGTT-GGAGAGATAGTTGAGTGG-TTAGAAGTACT  947
      ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  AAGGTCCACTCTTAGGGTTGGGAGAGATAGTTGAGTGGTTTAGAAGTACT  950

seq1  TACTGCTCTTCCAAAGGAAGCGAGCTGGGTCTCAGCACCAACTTTGGACA  997
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TACTGCTCTCCCAAAGGAAGCGAGCTGGGTCTCAGCA-CAACTTTGGACA  999

seq1  GCTCACAACTGCCTATGATACCACTTCTAGTTTTAATGTCTGGTTCTGTT  1047
      |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||
seq2  GCTCACAACTGCCTATGATACCAC-TCTAG-TTTAATGTCTGGTTCTGTT  1047

seq1  TTCTATCCCCTACCCACCCCCCAAACACACAAATA-GTATAAA-CTAACA  1095
      ||| ||||| |||||||||||||||||||| | || ||||||| ||||||
seq2  TTC-ATCCCTTACCCACCCCCCAAACACACGATTAGGTATAAACCTAACA  1096

seq1  CAAA-CTCACATATGT  1110
      |||| |||||||||||
seq2  CAAACCTCACATATGT  1112