BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-350C09
Chromosome3 (Build37)
Map Location 44,020,545 - 44,130,279
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC677788, LOC100039264
Downstream geneLOC676484, LOC100039296
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-350C09.bB6Ng01-350C09.g
ACCGA130910GA130911
length1,113898
definitionB6Ng01-350C09.b B6Ng01-350C09.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(44,020,545 - 44,021,683)(44,129,446 - 44,130,279)
sequence
gaattcaattattcaataaaaattgttttatctatttttacattaaattg
ggataatccagattaagagtcatttattatatttttataataaaggtgac
tttaatattctttccttagtagaaagattagcttgcatatgcaacataat
gccattaatctgtgctatgtatgctcacaaatctctccctagcttatgtg
atagcatcctcatgaaaatgctaaaaatatgagttgtatcagcttctctc
tctctctcaatggttttagagctttattgtagaaaggcagggagaaagga
aataatgtagaatgtagaatggccaagcaaaccctttataaaggcaagga
gaaaggagagaaggtagaaagagaggggcaggacatggccacatggagag
agtgagaaaaagagaaagagagaaggagggatagagagtaagaaaggtta
gggcttaaagcaagtctcttaactaacacaattactaataaaaatataat
gtcactgataaactcactttcaagcaataaggtaacaataaatttgagaa
aatctattgcaaatcagagagatttggttttactcctttttaatttaaac
actgcttttgctggagaatacaccccttcttcatgctacaagcatgagaa
ctaagattttagttcagggcctcttggaagctgtttaagatccaaaccat
gacatgaagaatattttttcttttctttgtttttagatattttatttatt
tacatattaaatgttatcccctctcctggtttccactctgaaaaatccct
atcccatctctgctctcccagctcaccaacccacccacttctgcttccct
atcctggcataccctacactggggcatcaagccatctcaggtccaagggc
ctctcctcccactgatgtccaacaaggccaccctctgctacatatacagt
agagccatagatccctctatatgtactctttgatgtgatatccctgggag
tctgggggtactgtgctcatatgtatctctatgggctgcagctctcactc
tcagtcatttttctagctctctgtggcagcccatgtgcattgccaagtgt
gcctggctactgc

gaattctttcacctatagttaagtgggaaaaatccacttctacaaaattc
ctatcaagcacatctgcaccttctttcctagttaattcctagttaattca
aattggttattaatattaaccatcacaacacttcatttctcaaatatggt
actgggataaaatttagcaatttatgtatacaaaggtcccattactaaac
attgcactaggcctttcttagttttttaattaatgttctatttatttcgc
atttatttaatatgtatttgaatgttataatcactatatctgttccattc
ctgactttccttccttcattctagttcctataaaatgcatatttattttc
tttataattcacacacatatgtaaatctgtatgtatatattgatatatta
tatgtaaatatctatatttatatctaaatggacacatacacatatacatg
tgtacatgcatgtacatatatatggagacagagcgacagacagggatagt
aagacagtgacacagtgggatagcgagaagaaagacaaagagacagagat
acagtgagagagttgtcatatggtgctggtgccaacaagatcccattgat
aggcaggggaaccacctcttaagtacttgtctagggaatacaatagtctc
ctaaagctattgacattgtccttggttgccttccagaacttagaggtaag
actctattgttgatgataccatatactttgaacatagaacttatcaaggt
gattgtgactgactgactctcaaagtaccagaaggtgctgtgcaggctgc
aatcttccaaggaaggagattagtctgtaattctactgagcacaaatggt
ccaaaagcatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_44020545_44021683
seq2: B6Ng01-350C09.b_47_1159

seq1  GAATTCAATTATTCAATAAAAATTGTTTTATCTATTTTTACATTAAATTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAATTATTCAATAAAAATTGTTTTATCTATTTTTACATTAAATTG  50

seq1  GGATAATCCAGATTAAGAGTCATTTATTATATTTTTATAATAAAGGTGAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATAATCCAGATTAAGAGTCATTTATTATATTTTTATAATAAAGGTGAC  100

seq1  TTTAATATTCTTTCCTTAGTAGAAAGATTAGCTTGCATATGCAACATAAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAATATTCTTTCCTTAGTAGAAAGATTAGCTTGCATATGCAACATAAT  150

seq1  GCCATTAATCTGTGCTATGTATGCTCACAAATCTCTCCCTAGCTTATGTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATTAATCTGTGCTATGTATGCTCACAAATCTCTCCCTAGCTTATGTG  200

seq1  ATAGCATCCTCATGAAAATGCTAAAAATATGAGTTGTATCAGCTTCTCTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCATCCTCATGAAAATGCTAAAAATATGAGTTGTATCAGCTTCTCTC  250

seq1  TCTCTCTCAATGGTTTTAGAGCTTTATTGTAGAAAGGCAGGGAGAAAGGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCTCAATGGTTTTAGAGCTTTATTGTAGAAAGGCAGGGAGAAAGGA  300

seq1  AATAATGTAGAATGTAGAATGGCCAAGCAAACCCTTTATAAAGGCAAGGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAATGTAGAATGTAGAATGGCCAAGCAAACCCTTTATAAAGGCAAGGA  350

seq1  GAAAGGAGAGAAGGTAGAAAGAGAGGGGCAGGACATGGCCACATGGAGAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGGAGAGAAGGTAGAAAGAGAGGGGCAGGACATGGCCACATGGAGAG  400

seq1  AGTGAGAAAAAGAGAAAGAGAGAAGGAGGGATAGAGAGTAAGAAAGGTTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAGAAAAAGAGAAAGAGAGAAGGAGGGATAGAGAGTAAGAAAGGTTA  450

seq1  GGGCTTAAAGCAAGTCTCTTAACTAACACAATTACTAATAAAAATATAAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTTAAAGCAAGTCTCTTAACTAACACAATTACTAATAAAAATATAAT  500

seq1  GTCACTGATAAACTCACTTTCAAGCAATAAGGTAACAATAAATTTGAGAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACTGATAAACTCACTTTCAAGCAATAAGGTAACAATAAATTTGAGAA  550

seq1  AATCTATTGCAAATCAGAGAGATTTGGTTTTACTCCTTTTTAATTTAAAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTATTGCAAATCAGAGAGATTTGGTTTTACTCCTTTTTAATTTAAAC  600

seq1  ACTGCTTTTGCTGGAGAATACACCCCTTCTTCATGCTACAAGCATGAGAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCTTTTGCTGGAGAATACACCCCTTCTTCATGCTACAAGCATGAGAA  650

seq1  CTAAGATTTTAGTTCAGGGCCTCTTGGAAGCTGTTTAAGATCCAAACCAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGATTTTAGTTCAGGGCCTCTTGGAAGCTGTTTAAGATCCAAACCAT  700

seq1  GACATGAAGAATATTTTTTCTTTTCTTTGTTTTTAGATATTTTATTTATT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATGAAGAATATTTTTTCTTTTCTTTGTTTTTAGATATTTTATTTATT  750

seq1  TACATATTAAATGTTATCCCCTCTCCTGGTTTCCACTCTGAAAAATCCCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATATTAAATGTTATCCCCTCTCCTGGTTTCCACTCTGAAAAATCCCT  800

seq1  ATCCCATCTCTGCTCTCCCAGCTCACCAACCCACCCACTTCTGCTTCCCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCATCTCTGCTCTCCCAGCTCACCAACCCACCCACTTCTGCTTCCCT  850

seq1  ATCCTGGCATACCCTACACTGGGGCATCAAGCCATCTCAGGTCCAAGGGC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTGGCATACCCTACACTGGGGCATCAAGCCATCTCAGGTCCAAGGGC  900

seq1  CTCTCCTCCCACTGATGTCCAACAAGGCCACCCTCTGCTACATATACAGT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCCTCCCACTGATGTCCAACAAGGCCACCCTCTGCTACATATACAGT  950

seq1  AGGAGCCATAGATCCCTCTATATGTACTCTTTGGTTGGTGGATTAATCCC  1000
      | ||||||||||||||||||||||||||||||| |  || |||  |||||
seq2  A-GAGCCATAGATCCCTCTATATGTACTCTTTGAT--GT-GAT--ATCCC  994

seq1  TGGGAGTTCTGGGGGTACTGGTTGGCTCATAATGTTATTCCTCCTATGGG  1050
      |||||| |||||||||||||    |||||| ||| |||  || |||| ||
seq2  TGGGAG-TCTGGGGGTACTG---TGCTCAT-ATG-TAT--CT-CTAT-GG  1034

seq1  GCTGCAAGCTCCTTCAACTTCTTCAGTCATTTTTCTAGCTCCTCTGTGGG  1100
      ||||| |||||  || |||   |||||||||||||||||| |||||| ||
seq2  GCTGC-AGCTC--TC-ACT--CTCAGTCATTTTTCTAGCT-CTCTGT-GG  1076

seq1  AAGCCACATGTGCCTTTGCAGAGTGGTGCTGGCTACTGC  1139
       |||| |||||| | ||||  ||||   |||||||||||
seq2  CAGCC-CATGTG-CATTGCCAAGTGTGCCTGGCTACTGC  1113


seq1: chr3_44129446_44130279
seq2: B6Ng01-350C09.g_67_900 (reverse)

seq1  AGAATTACAGACTAATCTCCTTCCTTGGAAGATTGCAGCCTGCACAGCAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATTACAGACTAATCTCCTTCCTTGGAAGATTGCAGCCTGCACAGCAC  50

seq1  CTTCTGGTACTTTGAGAGTCAGTCAGTCACAATCACCTTGATAAGTTCTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTGGTACTTTGAGAGTCAGTCAGTCACAATCACCTTGATAAGTTCTA  100

seq1  TGTTCAAAGTATATGGTATCATCAACAATAGAGTCTTACCTCTAAGTTCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCAAAGTATATGGTATCATCAACAATAGAGTCTTACCTCTAAGTTCT  150

seq1  GGAAGGCAACCAAGGACAATGTCAATAGCTTTAGGAGACTATTGTATTCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGGCAACCAAGGACAATGTCAATAGCTTTAGGAGACTATTGTATTCC  200

seq1  CTAGACAAGTACTTAAGAGGTGGTTCCCCTGCCTATCAATGGGATCTTGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGACAAGTACTTAAGAGGTGGTTCCCCTGCCTATCAATGGGATCTTGT  250

seq1  TGGCACCAGCACCATATGACAACTCTCTCACTGTATCTCTGTCTCTTTGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCACCAGCACCATATGACAACTCTCTCACTGTATCTCTGTCTCTTTGT  300

seq1  CTTTCTTCTCGCTATCCCACTGTGTCACTGTCTTACTATCCCTGTCTGTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCTTCTCGCTATCCCACTGTGTCACTGTCTTACTATCCCTGTCTGTC  350

seq1  GCTCTGTCTCCATATATATGTACATGCATGTACACATGTATATGTGTATG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTGTCTCCATATATATGTACATGCATGTACACATGTATATGTGTATG  400

seq1  TGTCCATTTAGATATAAATATAGATATTTACATATAATATATCAATATAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCATTTAGATATAAATATAGATATTTACATATAATATATCAATATAT  450

seq1  ACATACAGATTTACATATGTGTGTGAATTATAAAGAAAATAAATATGCAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATACAGATTTACATATGTGTGTGAATTATAAAGAAAATAAATATGCAT  500

seq1  TTTATAGGAACTAGAATGAAGGAAGGAAAGTCAGGAATGGAACAGATATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATAGGAACTAGAATGAAGGAAGGAAAGTCAGGAATGGAACAGATATA  550

seq1  GTGATTATAACATTCAAATACATATTAAATAAATGCGAAATAAATAGAAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATTATAACATTCAAATACATATTAAATAAATGCGAAATAAATAGAAC  600

seq1  ATTAATTAAAAAACTAAGAAAGGCCTAGTGCAATGTTTAGTAATGGGACC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAATTAAAAAACTAAGAAAGGCCTAGTGCAATGTTTAGTAATGGGACC  650

seq1  TTTGTATACATAAATTGCTAAATTTTATCCCAGTACCATATTTGAGAAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTATACATAAATTGCTAAATTTTATCCCAGTACCATATTTGAGAAAT  700

seq1  GAAGTGTTGTGATGGTTAATATTAATAACCAATTTGAATTAACTAGGAAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTGTTGTGATGGTTAATATTAATAACCAATTTGAATTAACTAGGAAT  750

seq1  TAACTAGGAAAGAAGGTGCAGATGTGCTTGATAGGAATTTTGTAGAAGTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTAGGAAAGAAGGTGCAGATGTGCTTGATAGGAATTTTGTAGAAGTG  800

seq1  GATTTTTCCCACTTAACTATAGGTGAAAGAATTC  834
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTTTCCCACTTAACTATAGGTGAAAGAATTC  834


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |