BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-002P12
Chromosome4 (Build37)
Map Location 48,091,956 - 48,237,593
singlet/doubletdoublet
Overlap geneNr4a3, Stx17, Txndc4
Upstream geneGalnt12, Col15a1, Tgfbr1, LOC666236, LOC666473, Alg2, Sec61b, LOC100040788
Downstream geneInvs, Tex10, 5730528L13Rik, Tmeff1, 2310039E09Rik, E130309F12Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-002P12.bB6Ng01-002P12.g
ACCDH840834DH840835
length8901,116
definitionDH840834|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-002P12, 5' end.DH840835|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-002P12, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(48,236,704 - 48,237,593)(48,091,956 - 48,093,077)
sequence
gaattcatcaaggaaaacttagtgaccattgaagcaaagtacatgctaat
tttctagtcatgaagttattaacctcctgaaatttctaattcctttgaca
tccattttaacatttgatctatctagttaattttttaaaaagcatttatt
atacccctgaagtcattctttgttacattgttaaaatgttaagctgtaat
tattttaaaatcacgtttggccaaagcttatgaaaagccacctttatgtc
tggacttactgatcaatgtaattttaagggtttttcttcttaataattaa
aagttacctcattgtgcagcacacctgctaccgtgatgtttgagaattaa
ctcactgactagtcccctaatagtcttcaaatattaggtaacttttttct
tcataaccagatttttaaggcagcctgatggttataatgacagagtatgg
aaacaggctctggcagcctatatcaggagtcgggcagcagttctttacag
tacttctgttcctgctgggtgaatattttcaaagtccaaccccatagcta
tctggccaagctatcacagacaggatagcattcaaatgctgttaatagaa
ctgcaggccctcagggtctctctgatcttagtatcctctgctgtataaaa
cctttttcttttagtgtattaagttttcattacactcattgatttatcag
gtttagaaagttaaaaggggaaaacaagagagaccaaaactgtgaatgca
gtttggttaggtaggtagggcttggggagaatctaggagaagttatggga
gaggggtgaaaatgatcaaaacacattgtatgaaattctcaaagaactaa
ttaagatgttatttttccaaaagaaaattgaaaacattat
gaattctattcgcaggttaaaatgtctgacctgccagggtaggtggaacc
tgattctggggtttgtaatgccgtaagtgcagattcttctcttaggtggg
agtttaaacaaagcagataaaatctcttctcatgtacatgcacagtgttt
ttgatgtatgtctagtacttagccacgactctaagagttctgtcttgaca
tcttggaaacataaccctgaaatgcaggattgtataaacccagtgtataa
agctcgtttggttaaatcattggagggggtgacaacaatttttttggttg
ctgttgctgacgaggattcaacccagggcgtgtgtgctaagcgagcactc
caccactaagctacacccctcctgcccagagaaatgttaatcctccatgt
ataaatctctgtgaaatgagaaaatatctgactccctctctccctctgta
ttatggactccacacttcagctctgtagctgtttgctaatctgcaagggg
tgggggaagttccctttaactaaatgtcagtgattagaattttaaggaat
tttaaattgctgagaaggtcccagacagttggtgactccctggtgaactg
aaaaccttgctggctgctggcaggagtatacacagaggctgaattttatc
ttagctcctatggaaaactaaagaagccacagctcctgtgagtgttcaca
acaaacaaagacaggatgaggtgtctttggctcctaacaggagtgtctat
gaattcctcaaggaattccaggcccggtagatccagctggcaggaggtat
cgatctccacttcaattcactgaataaataatggttgccatagttattga
gcagccgccactggctggagagcagagaaaattccatgctcccttctgtg
atttggcccagagaagtctagctctaagtttccacaatcaattgacagcc
ccgcccccaaccaccacatcacacccgacaaattgcctcagtttcttcat
cctgatatgagcatggaatctggatgttctgtgagacagaaggctctgga
gggatgaggacctcagttatggacctggcatttgattggtgagaaaactt
ccttttcagcttgtaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_48236704_48237593
seq2: B6Ng01-002P12.b_50_939 (reverse)

seq1  ATAATGTTTTCAATTTTCTTTTTGTAAAATAACATCTTAATTAGTTCTTT  50
      |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATGTTTTCAATTTTCTTTTGGAAAAATAACATCTTAATTAGTTCTTT  50

seq1  GAGAATTTCATACAATGTATTTTGATCATTTTCACCCCTCTCCCATAACT  100
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAATTTCATACAATGTGTTTTGATCATTTTCACCCCTCTCCCATAACT  100

seq1  TCTCCTAGATTCTCCCCAAGCCCTACCTACCTAACCAAACTGCATTCACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCTAGATTCTCCCCAAGCCCTACCTACCTAACCAAACTGCATTCACA  150

seq1  GTTTTGGTCTCTCTTGTTTTCCCCTTTTAACTTTCTAAACCTGATAAATC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTGGTCTCTCTTGTTTTCCCCTTTTAACTTTCTAAACCTGATAAATC  200

seq1  AATGAGTGTAATGAAAACTTAATACACTAAAAGAAAAAGGTTTTATACAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAGTGTAATGAAAACTTAATACACTAAAAGAAAAAGGTTTTATACAG  250

seq1  CAGAGGATACTAAGATCAGAGAGACCCTGAGGGCCTGCAGTTCTATTAAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGGATACTAAGATCAGAGAGACCCTGAGGGCCTGCAGTTCTATTAAC  300

seq1  AGCATTTGAATGCTATCCTGTCTGTGATAGCTTGGCCAGATAGCTATGGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATTTGAATGCTATCCTGTCTGTGATAGCTTGGCCAGATAGCTATGGG  350

seq1  GTTGGACTTTGAAAATATTCACCCAGCAGGAACAGAAGTACTGTAAAGAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGACTTTGAAAATATTCACCCAGCAGGAACAGAAGTACTGTAAAGAA  400

seq1  CTGCTGCCCGACTCCTGATATAGGCTGCCAGAGCCTGTTTCCATACTCTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTGCCCGACTCCTGATATAGGCTGCCAGAGCCTGTTTCCATACTCTG  450

seq1  TCATTATAACCATCAGGCTGCCTTAAAAATCTGGTTATGAAGAAAAAAGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTATAACCATCAGGCTGCCTTAAAAATCTGGTTATGAAGAAAAAAGT  500

seq1  TACCTAATATTTGAAGACTATTAGGGGACTAGTCAGTGAGTTAATTCTCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTAATATTTGAAGACTATTAGGGGACTAGTCAGTGAGTTAATTCTCA  550

seq1  AACATCACGGTAGCAGGTGTGCTGCACAATGAGGTAACTTTTAATTATTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATCACGGTAGCAGGTGTGCTGCACAATGAGGTAACTTTTAATTATTA  600

seq1  AGAAGAAAAACCCTTAAAATTACATTGATCAGTAAGTCCAGACATAAAGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGAAAAACCCTTAAAATTACATTGATCAGTAAGTCCAGACATAAAGG  650

seq1  TGACTTTTCATAAGCTTTGGCCAAACGTGATTTTAAAATAATTACAGCTT  700
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTTTTCATAAGCTTTGGCCAAACGTGATTTTAAAATAATTACAGCTT  700

seq1  AACATTTTAACAATGTAACAAAGAATGACTTCAGGGGTATAATAAATGCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATTTTAACAATGTAACAAAGAATGACTTCAGGGGTATAATAAATGCT  750

seq1  TTTTAAAAAATTAACTAGATAGATCAAATGTTAAAATGGATGTCAAAGGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAAAAAATTAACTAGATAGATCAAATGTTAAAATGGATGTCAAAGGA  800

seq1  ATTAGAAATTTCAGGAGGTTAATAACTTCATGACTAGAAAATTAGCATGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGAAATTTCAGGAGGTTAATAACTTCATGACTAGAAAATTAGCATGT  850

seq1  ACTTTGCTTCAATGGTCACTAAGTTTTCCTTGATGAATTC  890
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTGCTTCAATGGTCACTAAGTTTTCCTTGATGAATTC  890

seq1: chr4_48091956_48093077
seq2: B6Ng01-002P12.g_71_1186

seq1  GAATTCTATTCGCAGGTTAAAATGTCTGACCTGCCAGGGTAGGTGGAACC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTATTCGCAGGTTAAAATGTCTGACCTGCCAGGGTAGGTGGAACC  50

seq1  TGATTCTGGGGTTTGTAATGCCGTAAGTGCAGATTCTTCTCTTAGGTGGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTCTGGGGTTTGTAATGCCGTAAGTGCAGATTCTTCTCTTAGGTGGG  100

seq1  AGTTTAAACAAAGCAGATAAAATCTCTTCTCATGTACATGCACAGTGTTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTAAACAAAGCAGATAAAATCTCTTCTCATGTACATGCACAGTGTTT  150

seq1  TTGATGTATGTCTAGTACTTAGCCACGACTCTAAGAGTTCTGTCTTGACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATGTATGTCTAGTACTTAGCCACGACTCTAAGAGTTCTGTCTTGACA  200

seq1  TCTTGGAAACATAACCCTGAAATGCAGGATTGTATAAACCCAGTGTATAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGGAAACATAACCCTGAAATGCAGGATTGTATAAACCCAGTGTATAA  250

seq1  AGCTCGTTTGGTTAAATCATTGGAGGGGGTGACAACAATTTTTTTGGTTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCGTTTGGTTAAATCATTGGAGGGGGTGACAACAATTTTTTTGGTTG  300

seq1  CTGTTGCTGACGAGGATTCAACCCAGGGCGTGTGTGCTAAGCGAGCACTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTGCTGACGAGGATTCAACCCAGGGCGTGTGTGCTAAGCGAGCACTC  350

seq1  CACCACTAAGCTACACCCCTCCTGCCCAGAGAAATGTTAATCCTCCATGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCACTAAGCTACACCCCTCCTGCCCAGAGAAATGTTAATCCTCCATGT  400

seq1  ATAAATCTCTGTGAAATGAGAAAATATCTGACTCCCTCTCTCCCTCTGTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAATCTCTGTGAAATGAGAAAATATCTGACTCCCTCTCTCCCTCTGTA  450

seq1  TTATGGACTCCACACTTCAGCTCTGTAGCTGTTTGCTAATCTGCAAGGGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGGACTCCACACTTCAGCTCTGTAGCTGTTTGCTAATCTGCAAGGGG  500

seq1  TGGGGGAAGTTCCCTTTAACTAAATGTCAGTGATTAGAATTTTAAGGAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGGAAGTTCCCTTTAACTAAATGTCAGTGATTAGAATTTTAAGGAAT  550

seq1  TTTAAATTGCTGAGAAGGTCCCAGACAGTTGGTGACTCCCTGGTGAACTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAATTGCTGAGAAGGTCCCAGACAGTTGGTGACTCCCTGGTGAACTG  600

seq1  AAAACCTTGCTGGCTGCTGGCAGGAGTATACACAGAGGCTGAATTTTATC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACCTTGCTGGCTGCTGGCAGGAGTATACACAGAGGCTGAATTTTATC  650

seq1  TTAGCTCCTATGGAAAACTAAAGAAGCCACAGCTCCTGTGAGTGTTCACA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGCTCCTATGGAAAACTAAAGAAGCCACAGCTCCTGTGAGTGTTCACA  700

seq1  AC-AACAAAGACAGGATGAGGTGTCTTTGGCTCCTAACAGGAGTGTCTAT  749
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAACAAAGACAGGATGAGGTGTCTTTGGCTCCTAACAGGAGTGTCTAT  750

seq1  GAATTCCTCAAGGAATTCCAGGCCCGGTAGATCCAGCTGGCAGGAGGTAT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTCAAGGAATTCCAGGCCCGGTAGATCCAGCTGGCAGGAGGTAT  800

seq1  CGATCTCCACTTCAATTCACTGAATAAATAATGGTTGCCATAGTTATTGA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGATCTCCACTTCAATTCACTGAATAAATAATGGTTGCCATAGTTATTGA  850

seq1  GCAGCCGCCACTGGCTGGAGAGCAGAGAAAACTCCATGCTCCCTTCTGTG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  GCAGCCGCCACTGGCTGGAGAGCAGAGAAAATTCCATGCTCCCTTCTGTG  900

seq1  AGTTTGGCCAAGAGAAAGTCTAGCTCTAAGGTTCCACAATCAATTGACAG  949
      | ||||||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  A-TTTGGCCCAGAG-AAGTCTAGCTCTAAGTTTCCACAATCAATTGACAG  948

seq1  CCCCGCCCCCAACCACCACATCACACCCGACAAATTG-CTCAGTTTCTTC  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  CCCCGCCCCCAACCACCACATCACACCCGACAAATTGCCTCAGTTTCTTC  998

seq1  ATCCTGATAATGAGCATGGAATCTTGGATGTTCTGTGAGACAGGAGGCCC  1048
      |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| |
seq2  ATCCTGAT-ATGAGCATGGAATC-TGGATGTTCTGTGAGACAGAAGGCTC  1046

seq1  TGGAAGGATGGAAGGACCTCAGTTAATGGA-CTGGCATTTGATT-GTGAG  1096
      |||| |||||  |||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||
seq2  TGGAGGGATG--AGGACCTCAGTT-ATGGACCTGGCATTTGATTGGTGAG  1093

seq1  AGACACCTCCTCTTCCCAGCTTGTAA  1122
      | | || |||| ||  ||||||||||
seq2  A-AAACTTCCTTTT--CAGCTTGTAA  1116