BAC Information

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BAC

Clone NameB6Ng01-004K24
Chromosome4 (Build37)
Map Location 18,669,355 - 18,800,672
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC667251, LOC435772
Upstream geneMmp16
Downstream geneCngb3, LOC623122, Cpne3, LOC100040306, 2410005O16Rik, Wwp1, Slc7a13
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-004K24.bB6Ng01-004K24.g
ACCDH842030DH842031
length9141,123
definitionDH842030|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-004K24, 5' end.DH842031|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-004K24, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(18,799,762 - 18,800,672)(18,669,355 - 18,670,483)
sequence
gaattcattcatgaatgaatgttggattttattagagatcatttttgcat
gcagtaaagtgatcatgtgcttcctgttcttagagttaatttctttcaaa
tattgcatttgctgatatcattatgtatctttgagatgatgctatgagat
gatgctatctttggttgtggtggaaaatctttctgatgtactcctgaatc
ccatttctaagttatttattgaaaatgtttgtgattatttcatcaaaaat
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atatttgcaggacatgagaaaactgttagacacacaaacttctagcaact
attgctctctgcacagacctataccaatcacccatggatgaatggatgat
aatattgatgagataacactatatcctaggatcctttcatatcaatcaag
aatagacatatcaagagaagacagaccttcttcgagtgttattctttggg
gagtccattcatgctccatagat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_18799762_18800672
seq2: B6Ng01-004K24.b_47_960 (reverse)

seq1  ATAA-CTTATGTTAAGGGGTAAATAAAATTAACTACCCAGGCAGCTTGAT  49
      |||| |||||| ||| ||| |||||||||| | ||||||| ||||| |||
seq2  ATAAGCTTATGATAAAGGGGAAATAAAATTTATTACCCAGACAGCTAGAT  50

seq1  GCTGGGGAGGCACTAATTACCTTTTTCTGCT-AGCATCTGTTAACTGTGT  98
      |||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||| ||||||||||| 
seq2  GCTGGGGAGGCACTAATTACTTTTTTATGCTAAGCATTTGTTAACTGTG-  99

seq1  TAGATTTTATCTTTTGGTCATATCAGTCTACTCTCTGACTGACTATTCTA  148
       ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  AAGATTTTATCTATTGGTCATATCAGTCTACTCTCTGAATGACTATTCTA  149

seq1  TTCTGATTATTTCCCTATCAAAGTTTCTCTGTATTTTTC-TTATCAGACT  197
       ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  -TCTGATTATTTCCATATCAAAGTTTCTCTGTATTTTTCTTTATCAGACT  198

seq1  CTGTGTTATGGTACTTA-TAATCTACTTGAAAATTTCGGATATAGTCA-T  245
      ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  CTGTGTTATGGTACTTATTAATCTACTTGAAAATTTCGGATATAGTCATT  248

seq1  TCATTAACATACTTTGCCATAGCTGGGCAGTGGTGGCACACACCACCACT  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTAACATACTTTGCCATAGCTGGGCAGTGGTGGCACACACCACCACT  298

seq1  CAATCCCAGCACATGGGAGGCAGAGGAGGGTGGATTTCTGAGTTTGAGGC  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCCCAGCACATGGGAGGCAGAGGAGGGTGGATTTCTGAGTTTGAGGC  348

seq1  CAGCCTGGTCTATACAGAGTGAGTTCCAGGAGAGCCAGGGCTACACAGAG  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCTGGTCTATACAGAGTGAGTTCCAGGAGAGCCAGGGCTACACAGAG  398

seq1  AAACCGTGTCTCAAAAAAACAACAACAACAAAAAAATACAAACAAACAAA  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCGTGTCTCAAAAAAACAACAACAACAAAAAAATACAAACAAACAAA  448

seq1  ATAAATAAACATAGTTTGCCATATTACATGTGAATTAGTCATTTGGCAAA  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAATAAACATAGTTTGCCATATTACATGTGAATTAGTCATTTGGCAAA  498

seq1  TAAATTAGCAATTTTGACTTCTGATAAGTGTGTGTGTAGATAGATAGATA  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATTAGCAATTTTGACTTCTGATAAGTGTGTGTGTAGATAGATAGATA  548

seq1  GGTAGACAGATAGATAGAGATAGAGATATATTTGAAGTCATTTCTATGCC  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAGACAGATAGATAGAGATAGAGATATATTTGAAGTCATTTCTATGCC  598

seq1  TATTACAATAGCCAAAAGAATATAAGAAGCAAGTAAAACCCTTCAAAAAT  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTACAATAGCCAAAAGAATATAAGAAGCAAGTAAAACCCTTCAAAAAT  648

seq1  AAAATTATAAACTATTATTTTTGATGAAATAATCACAAACATTTTCAATA  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTATAAACTATTATTTTTGATGAAATAATCACAAACATTTTCAATA  698

seq1  AATAACTTAGAAATGGGATTCAGGAGTACATCAGAAAGATTTTCCACCAC  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAACTTAGAAATGGGATTCAGGAGTACATCAGAAAGATTTTCCACCAC  748

seq1  AACCAAAGATAGCATCATCTCATAGCATCATCTCAAAGATACATAATGAT  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCAAAGATAGCATCATCTCATAGCATCATCTCAAAGATACATAATGAT  798

seq1  ATCAGCAAATGCAATATTTGAAAGAAATTAACTCTAAGAACAGGAAGCAC  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGCAAATGCAATATTTGAAAGAAATTAACTCTAAGAACAGGAAGCAC  848

seq1  ATGATCACTTTACTGCATGCAAAAATGATCTCTAATAAAATCCAACATTC  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATCACTTTACTGCATGCAAAAATGATCTCTAATAAAATCCAACATTC  898

seq1  ATTCATGAATGAATTC  911
      ||||||||||||||||
seq2  ATTCATGAATGAATTC  914

seq1: chr4_18669355_18670483
seq2: B6Ng01-004K24.g_68_1190

seq1  GAATTCTTTGTTTTGCTCTTTATCCCATTTTTAAATAGGGTTATTTGGTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTGTTTTGCTCTTTATCCCATTTTTAAATAGGGTTATTTGGTT  50

seq1  TTCTGGAATCCAACTTCTTGAGTTCTTTATATATATTGGATACTAGTCCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGGAATCCAACTTCTTGAGTTCTTTATATATATTGGATACTAGTCCC  100

seq1  CTATCAGATTTAGGATTGGTAAAGATCTTTTCCCAATTTATTGGTTACTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCAGATTTAGGATTGGTAAAGATCTTTTCCCAATTTATTGGTTACTG  150

seq1  TTTTTCCTTATTGACAGTGTCCTTTGCCTTACAATTTGCTTTGCAATTTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTCCTTATTGACAGTGTCCTTTGCCTTACAATTTGCTTTGCAATTTT  200

seq1  ATGAGATCCTATGTGTCGATACTTGATCTTACAGCACAAGCCGTTGGTGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGATCCTATGTGTCGATACTTGATCTTACAGCACAAGCCGTTGGTGT  250

seq1  TCTGTTCAGGAATTTTTCCCCCTGTGCCCAGATTATCAAGGCTTTTCCCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTTCAGGAATTTTTCCCCCTGTGCCCAGATTATCAAGGCTTTTCCCC  300

seq1  ACTTTCTCCTCTATAACTTTCAGTGTTTCTGGTTTTAAATGGCATTCCTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTCTCCTCTATAACTTTCAGTGTTTCTGGTTTTAAATGGCATTCCTT  350

seq1  GATCCACTTAGACTTGAGCTTTGTACACTATTAAACTTTTTAAAGATTGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCCACTTAGACTTGAGCTTTGTACACTATTAAACTTTTTAAAGATTGT  400

seq1  TTAATTGAAATGTTTATTAAACATGTAAAACTTTCCTACCAGTAAAATAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATTGAAATGTTTATTAAACATGTAAAACTTTCCTACCAGTAAAATAG  450

seq1  ACGGGTAAACTATTTAACGAAAATATATTGGCAACATTTATCACTCACAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGGGTAAACTATTTAACGAAAATATATTGGCAACATTTATCACTCACAA  500

seq1  ACATAACTCTTGCACATCCACAAATTTTCTCAACAAAAATATTTGCATGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATAACTCTTGCACATCCACAAATTTTCTCAACAAAAATATTTGCATGC  550

seq1  ACAATACATTCTTTTTATAGTTAAGGGTCAAAAATGCAATAAAAGGAATA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATACATTCTTTTTATAGTTAAGGGTCAAAAATGCAATAAAAGGAATA  600

seq1  TTAAAATTCTGAACCAAGTGTATAACTTTTACTTTTAGCAACTTCTAAAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAATTCTGAACCAAGTGTATAACTTTTACTTTTAGCAACTTCTAAAT  650

seq1  AAAATACACATATATTATTATTAAAATCTACTATTATTACAATTTATTAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATACACATATATTATTATTAAAATCTACTATTATTACAATTTATTAT  700

seq1  TACAATTTATTATGCACACATATGCAAACACACACTTCTATTCCACTGAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAATTTATTATGCACACATATGCAAACACACACTTCTATTCCACTGAC  750

seq1  CAATGTATTTGTTTTTATACCAATTCCATGCTGTTTTTAATACAATAACT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGTATTTGTTTTTATACCAATTCCATGCTGTTTTTAATACAATAACT  800

seq1  CTGTTTCATTGTTCATGATTGCATTTGCATTCCTGTTTTATTTCCATTGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTTCATTGTTCATGATTGCATTTGCATTCCTGTTTTATTTCCATTGG  850

seq1  AGTTTTGAAATTACTTTTAGTAGAATTTGTGAAGAATTACTTTGGAGAAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTTGAAATTACTTTTAGTAGAATTTGTGAAGAATTACTTTGGAGAAA  900

seq1  ATATTTGCAGGACATGAGAAAACTGTTAGACACACAAACTTCTAGCAACT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTTGCAGGACATGAGAAAACTGTTAGACACACAAACTTCTAGCAACT  950

seq1  ATTGCTCTCTGCACAGACCTATACCAAATCAACCCATGGATGAATGGATG  1000
      ||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||
seq2  ATTGCTCTCTGCACAGACCTATACC-AATC-ACCCATGGATGAATGGATG  998

seq1  ATAAATATTGATGAGATAACACTAATATCCTAGGAT-CTTTCATAATCAA  1049
      || |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||
seq2  AT-AATATTGATGAGATAACACT-ATATCCTAGGATCCTTTCAT-ATCAA  1045

seq1  TCAAAGAATAGACATAATCAAAGAAGAGACAGA-CTTCTTCAGAGTGTAA  1098
      || |||||||||||| ||| ||||  ||||||| ||||||| |||||| |
seq2  TC-AAGAATAGACAT-ATC-AAGAGAAGACAGACCTTCTTC-GAGTGTTA  1091

seq1  TTCTT--GGGAGTCCATTCATGCTCCAATAGAT  1129
      |||||  ||||||||||||||||||| ||||||
seq2  TTCTTTGGGGAGTCCATTCATGCTCC-ATAGAT  1123