BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-042L17
Chromosome4 (Build37)
Map Location 85,734,050 - 85,880,660
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneD530005L17Rik, LOC100040303, Sh3gl2, A930009N24, LOC668052
Downstream geneAdamtsl1, 4930500O09Rik, Rraga, 6230416J20Rik, LOC100040388, Adfp, EG624685, Dennd4c, Rps6, Asah3l, Slc24a2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-042L17.bB6Ng01-042L17.g
ACCDH869014DH869015
length1,1471,134
definitionDH869014|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-042L17, 5' end.DH869015|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-042L17, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(85,734,050 - 85,735,208)(85,879,519 - 85,880,660)
sequence
gaattctttgtagaatgtatgagttatggtgataataataacatcaacat
tccattgttaccagacagttataggcattctggtagaagttattccttaa
ggctgttgagtttcataagtgatggattttaatgtaagaaagtttggaaa
gatagaaacttctacagaaactgtggcatgactattgagagagataaccc
agagacagaggttgccaatggcttctaggcagaatggaaaatgcccgggc
ccttagaatggaaaatttttactaagagtaataataattcaaagctgctt
tctgagctgtgtggtcttatgactagacgtgtctcaaaactataaaatag
aaagtaccatggcagtgttttttaatgaaagattttatttgacaatgaaa
agtgttaaaggcgggacgctcagtcaacatcactgagcaatagaaagtgc
ggggagaggaatgcacatgtacaccaattctcttagacatttttgggttt
taactttaaaagttttcacacaagtatatatcatgtgttgagcacactgc
ctgcatagcaccccaccgtccttcttggtcccttttactcttgtaagtgg
ccttgctgatcttcaacagtttcactgctactttcacatcatatgtccac
agataggtttatgtatacatggaataacaatgaggataaaatatagtagt
ttgtctttctaagacaaatgagattaagcccagctacatagattttcctg
aaaaggaacattgctattccttttgactgtaaaaaaaaatgcattattca
tattctgtatcccatcctccattgttgggcaactgacattggcttcacga
cttagtggcttgtgctacagtaagctttgatgtgtggtttctctgatatg
ttaactgaaactctctagataatactcaggagtggtctagccttattttc
tcttctggttttattcctatagctagactttaagtatgacattttatatg
agtggagaaagaggtatacttgtcttcttcatgaatttggtggccatgcc
tgagttttccctattaaggttagtggttgggttagatctatcatataaag
cctttctgtcttgaggaagttcttatagtctaccaaggtcctcataa
gaattcagaagagctgcacacaaaatagctccacgaactccacaggagca
cttaaagctgggctgtagacccacaccccataagccactttccttaagta
tctcctattgctaagtcctaatgtttacagctttgtctcattctgtcttc
aataagaagtagcttctgatatgagcttccatcttctttttcccttttct
ttcttcttttttgatagccacctgtccccaacatgtatgcctgtgctata
ttagatattttaaaatgacacagaatatagactgaacaggcagcctttca
atgtagctttttttttttttttttgcttttggacaataagaaatgggcca
aaaatgttactcccacagagaagagtgggtaaagatcagagactggaaac
aaaggataaattcttctcattacaaacattttcttccaattgttaacaac
agtgctttcatttcaagccctctttcatagctatctcttcactgaaggca
tgttttcccaagcaaggaaaagctcaatggaactgtggggaaatgaatct
atctctcctagaaatgaacatataaaatttcacacgactaggtgaagctt
ttagtctctctgtgactgagctgggaataatgaacgctcatctgaattgg
gataaatctgttctttcctgttatagagatggataaaaatgtatacatcg
aatcatttccaaaataaggttcactaatagttaaaaatatttcaactgct
caatatttctaaagcaaacaaagcaaacatttaataccttatttactttt
atattacacctaacatttactatccaataccctgatgtaaacacaaagct
aaattaaactagaatgtcaagctataaagtatctattctttatgctcctt
caatgagtttacatttatgtctatggtttctaaacattaattattaatag
taagttcaaatcacatatataatttagaactcatggtagaaagagcataa
gcatactcttactcttaagtacataagcatacataagttagcatggaata
caaagttgcatctctcccattgtacggaggaacattctccactactcacc
atgtagcagcttagtttttcgacctttctttcat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_85734050_85735208
seq2: B6Ng01-042L17.b_41_1187

seq1  GAATTCTTTGTAGAATGTATGAGTTATGGTGATAATAATAACATCAACAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTGTAGAATGTATGAGTTATGGTGATAATAATAACATCAACAT  50

seq1  TCCATTGTTACCAGACAGTTATAGGCATTCTGGTAGAAGTTATTCCTTAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATTGTTACCAGACAGTTATAGGCATTCTGGTAGAAGTTATTCCTTAA  100

seq1  GGCTGTTGAGTTTCATAAGTGATGGATTTTAATGTAAGAAAGTTTGGAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGTTGAGTTTCATAAGTGATGGATTTTAATGTAAGAAAGTTTGGAAA  150

seq1  GATAGAAACTTCTACAGAAACTGTGGCATGACTATTGAGAGAGATAACCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGAAACTTCTACAGAAACTGTGGCATGACTATTGAGAGAGATAACCC  200

seq1  AGAGACAGAGGTTGCCAATGGCTTCTAGGCAGAATGGAAAATGCCCGGGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGACAGAGGTTGCCAATGGCTTCTAGGCAGAATGGAAAATGCCCGGGC  250

seq1  CCTTAGAATGGAAAATTTTTACTAAGAGTAATAATAATTCAAAGCTGCTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTAGAATGGAAAATTTTTACTAAGAGTAATAATAATTCAAAGCTGCTT  300

seq1  TCTGAGCTGTGTGGTCTTATGACTAGACGTGTCTCAAAACTATAAAATAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAGCTGTGTGGTCTTATGACTAGACGTGTCTCAAAACTATAAAATAG  350

seq1  AAAGTACCATGGCAGTGTTTTTTAATGAAAGATTTTATTTGACAATGAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTACCATGGCAGTGTTTTTTAATGAAAGATTTTATTTGACAATGAAA  400

seq1  AGTGTTAAAGGCGGGACGCTCAGTCAACATCACTGAGCAATAGAAAGTGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTTAAAGGCGGGACGCTCAGTCAACATCACTGAGCAATAGAAAGTGC  450

seq1  GGGGAGAGGAATGCACATGTACACCAATTCTCTTAGACATTTTTGGGTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGAGAGGAATGCACATGTACACCAATTCTCTTAGACATTTTTGGGTTT  500

seq1  TAACTTTAAAAGTTTTCACACAAGTATATATCATGTGTTGAGCACACTGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTTTAAAAGTTTTCACACAAGTATATATCATGTGTTGAGCACACTGC  550

seq1  CTGCATAGCACCCCACCGTCCTTCTTGGTCCCTTTTACTCTTGTAAGTGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCATAGCACCCCACCGTCCTTCTTGGTCCCTTTTACTCTTGTAAGTGG  600

seq1  CCTTGCTGATCTTCAACAGTTTCACTGCTACTTTCACATCATATGTCCAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGCTGATCTTCAACAGTTTCACTGCTACTTTCACATCATATGTCCAC  650

seq1  AGATAGGTTTATGTATACATGGAATAACAATGAGGATAAAATATAGTAGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAGGTTTATGTATACATGGAATAACAATGAGGATAAAATATAGTAGT  700

seq1  TTGTCTTTCTAAGACAAATGAGATTAAGCCCAGCTACATAGATTTTCCTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCTTTCTAAGACAAATGAGATTAAGCCCAGCTACATAGATTTTCCTG  750

seq1  AAAAGGAACATTGCTATTCCTTTTGACTGTAAAAAAAAATGCATTATTCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGGAACATTGCTATTCCTTTTGACTGTAAAAAAAAATGCATTATTCA  800

seq1  TATTCTGTATCCCATCCTCCATTGTTGGGCAACTGACATTGGCTTCACGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCTGTATCCCATCCTCCATTGTTGGGCAACTGACATTGGCTTCACGA  850

seq1  CTTAGTGGCTTGTGCTACAGTAAGCTTTGATGTGTGGTTTTCTCTGATAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  CTTAGTGGCTTGTGCTACAGTAAGCTTTGATGTGTGG-TTTCTCTGATAT  899

seq1  GTTAACTGAAACTCTCTAGATAAATACTCAGGAGTGGTCTAGCCTTATTT  950
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAACTGAAACTCTCTAGAT-AATACTCAGGAGTGGTCTAGCCTTATTT  948

seq1  TCTCTTCTGGTTTTATTCCTATAGCTAAGACTTTAAGTATGACATTTTAT  1000
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTTCTGGTTTTATTCCTATAGCT-AGACTTTAAGTATGACATTTTAT  997

seq1  ATGAGTGGAGAAAAGAGGTATACTTGTCTTCTTCATGAATTTGGTGGCAA  1050
      |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  ATGAGTGGAG-AAAGAGGTATACTTGTCTTCTTCATGAATTTGGTGGCCA  1046

seq1  TGCTTGAGTTTTTCCCCTATTAAGTTTAGTGTTGGGTTTAGATCTATCAT  1100
      ||| ||||||||  |||||||||| |||||| | || |||||||||||||
seq2  TGCCTGAGTTTT--CCCTATTAAGGTTAGTGGTTGGGTTAGATCTATCAT  1094

seq1  ATAGAGCCTTTCCTGTCTTGAGGAAAGTTTCTTATAGTCTCACCAAGGTT  1150
      ||| ||||||| |||||||||||||   |||||||||||| |||||||  
seq2  ATAAAGCCTTT-CTGTCTTGAGGAA--GTTCTTATAGTCT-ACCAAGG--  1138

seq1  TCCTCATAA  1159
      |||||||||
seq2  TCCTCATAA  1147

seq1: chr4_85879519_85880660
seq2: B6Ng01-042L17.g_67_1200 (reverse)

seq1  ATGAAAGAAAAGTTCTGAAGAACTAGGCTGCTACATGGGTGGAGTAGGTG  50
      |||||||||| ||   ||| ||||| ||||||||||||   ||||| |||
seq2  ATGAAAGAAAGGT--CGAAAAACTAAGCTGCTACATGG--TGAGTA-GTG  45

seq1  GAGAATGGTCTCTCGTACATTGTGAGAGATGCAACTTTTGTATTCCATTG  100
      ||||||| ||   |||||| || |||||||||||| ||||||||||| ||
seq2  GAGAATGTTCCTCCGTACAATGGGAGAGATGCAAC-TTTGTATTCCA-TG  93

seq1  CTAACTTATGTATGCTTATGTACTTAAGAGTTAAGAGTATGCTTATGCTC  150
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  CTAACTTATGTATGCTTATGTACTTAAGAG-TAAGAGTATGCTTATGCTC  142

seq1  TTTCTACCATGAGTTCTAAATTATATATGTGATTTGAACTTACTATTAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTACCATGAGTTCTAAATTATATATGTGATTTGAACTTACTATTAAT  192

seq1  AATTAATGTTTAGAAACCATAGACATAAATGTAAACTCATTGAAGGAGCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTAATGTTTAGAAACCATAGACATAAATGTAAACTCATTGAAGGAGCA  242

seq1  TAAAGAATAGATACTTTATAGCTTGACATTCTAGTTTAATTTAGCTTTGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGAATAGATACTTTATAGCTTGACATTCTAGTTTAATTTAGCTTTGT  292

seq1  GTTTACATCAGGGTATTGGATAGTAAATGTTAGGTGTAATATAAAAGTAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTACATCAGGGTATTGGATAGTAAATGTTAGGTGTAATATAAAAGTAA  342

seq1  ATAAGGTATTAAATGTTTGCTTTGTTTGCTTTAGAAATATTGAGCAGTTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGGTATTAAATGTTTGCTTTGTTTGCTTTAGAAATATTGAGCAGTTG  392

seq1  AAATATTTTTAACTATTAGTGAACCTTATTTTGGAAATGATTCGATGTAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATTTTTAACTATTAGTGAACCTTATTTTGGAAATGATTCGATGTAT  442

seq1  ACATTTTTATCCATCTCTATAACAGGAAAGAACAGATTTATCCCAATTCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTTTTATCCATCTCTATAACAGGAAAGAACAGATTTATCCCAATTCA  492

seq1  GATGAGCGTTCATTATTCCCAGCTCAGTCACAGAGAGACTAAAAGCTTCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGAGCGTTCATTATTCCCAGCTCAGTCACAGAGAGACTAAAAGCTTCA  542

seq1  CCTAGTCGTGTGAAATTTTATATGTTCATTTCTAGGAGAGATAGATTCAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGTCGTGTGAAATTTTATATGTTCATTTCTAGGAGAGATAGATTCAT  592

seq1  TTCCCCACAGTTCCATTGAGCTTTTCCTTGCTTGGGAAAACATGCCTTCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCCACAGTTCCATTGAGCTTTTCCTTGCTTGGGAAAACATGCCTTCA  642

seq1  GTGAAGAGATAGCTATGAAAGAGGGCTTGAAATGAAAGCACTGTTGTTAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAAGAGATAGCTATGAAAGAGGGCTTGAAATGAAAGCACTGTTGTTAA  692

seq1  CAATTGGAAGAAAATGTTTGTAATGAGAAGAATTTATCCTTTGTTTCCAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTGGAAGAAAATGTTTGTAATGAGAAGAATTTATCCTTTGTTTCCAG  742

seq1  TCTCTGATCTTTACCCACTCTTCTCTGTGGGAGTAACATTTTTGGCCCAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGATCTTTACCCACTCTTCTCTGTGGGAGTAACATTTTTGGCCCAT  792

seq1  TTCTTATTGTCCAAAAGCAAAAAAAAAAAAAAAAAGCTACATTGAAAGGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTATTGTCCAAAAGCAAAAAAAAAAAAAAAAAGCTACATTGAAAGGC  842

seq1  TGCCTGTTCAGTCTATATTCTGTGTCATTTTAAAATATCTAATATAGCAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTGTTCAGTCTATATTCTGTGTCATTTTAAAATATCTAATATAGCAC  892

seq1  AGGCATACATGTTGGGGACAGGTGGCTATCAAAAAAGAAGAAAGAAAAGG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCATACATGTTGGGGACAGGTGGCTATCAAAAAAGAAGAAAGAAAAGG  942

seq1  GAAAAAGAAGATGGAAGCTCATATCAGAAGCTACTTCTTATTGAAGACAG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAAGAAGATGGAAGCTCATATCAGAAGCTACTTCTTATTGAAGACAG  992

seq1  AATGAGACAAAGCTGTAAACATTAGGACTTAGCAATAGGAGATACTTAAG  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAGACAAAGCTGTAAACATTAGGACTTAGCAATAGGAGATACTTAAG  1042

seq1  GAAAGTGGCTTATGGGGTGTGGGTCTACAGCCCAGCTTTAAGTGCTCCTG  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGTGGCTTATGGGGTGTGGGTCTACAGCCCAGCTTTAAGTGCTCCTG  1092

seq1  TGGAGTTCGTGGAGCTATTTTGTGTGCAGCTCTTCTGAATTC  1142
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGTTCGTGGAGCTATTTTGTGTGCAGCTCTTCTGAATTC  1134