BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-048D16
Chromosome4 (Build37)
Map Location 69,291,683 - 69,415,057
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC622491
Upstream geneDbc1
Downstream geneLOC433716, LOC100039888, LOC242497, LOC671064, Cdk5rap2, Megf9
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-048D16.bB6Ng01-048D16.g
ACCDH872849DH872850
length9951,073
definitionDH872849|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-048D16, 5' end.DH872850|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-048D16, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(69,291,683 - 69,292,698)(69,413,954 - 69,415,057)
sequence
gaattcacttgtccttgattctctagtgctggaaatacaaatggacacca
tcatacttggttttgtttaattgattgctttttgtttgatttattgtttg
ttttcatgaaggttctggaggtatccctcacatcctcatgcttgcaaggc
aatttacagaatcttcttttagaaaaagacaccctcaggagtttcactat
agcaatgaaaaacaattcaaaaataacaaattcttcacataaagtcataa
aggctttggactctaaaacgaatttcattataactttgcatgtaccctgg
acaagtttcaaactcaacaagatactcagggccagaagacatgattttct
ttccttatgggagtcaaaaatatatagcagagtcattgtaacaattaggg
taggttgctatcataggtgatcacatccccagacagattaaatcagtatt
tatttattttaaaacatagttcagcatctctgcaactagaaagtagaata
gatagaaaaatgaatagtaaaataaataagcatagaaataaacagaatga
atgagaaatgtaagaatagaaaactaaagttatacattatatatgctgca
tgtggggagaaccttgtcaccacaccaaggaaatcttgtcagatctggtt
tcttgacactgaaatctgcaaactcttactgctacaacaaaaactcacta
atgaaactgtatgtgttctcgctggagtaatttgtaaaggaaccaacaaa
cccccgcatcagcagaaggttatacgtggttaaggcatacgaacgccaaa
atactgaccacaggacacaggagagtgtctcatctaatctgcccctctct
gtggggatttatgaactgactaaaatgaaaccatagcagtttgatgacta
tccagagtctctacatctggatgaaacagacacatgagttgctgtgtctt
tcttctacctgagaaacgagctcagagtaatctacagtcagtaaa
gaattcaaacacagttgttaccacccagttttgcactgcacgggatgcct
tgggaaagatgtcagcaaaggaatgagacagtgcatatagccctaagctg
ccacagttctgatgcagatgttccataggtcaccagagctcatgtgttca
ctagctggtggactctttgtgatggaaaactgatcacttctctcctttag
tgacccttctgtggttctccactgcccatggattttgaattcttaagact
attaccagagactatttatgtgcttacagcttttatattttgactgtata
cttctcagtcatgatgggatttcatctttgacttctctggctgtgtaaca
tatagcattttaaaatttatcacacactttgtaccttatcgttttagagg
tcagagatcttaaatgggtttcatggaactgcaatagtcttgtcggtaat
tctgcatttggaagatctgttgcttggctttttttaagctcatagaggcc
actcatatccattggctcataatccttgtcactatcaccatagctgacaa
ggcatatgggatcatttttacatttattcatcctatctccactaccccta
tcttttctcttctaaagagccacaaaaaaatccccccaaaaccccaaacc
ataacataacaaaaacacccacgttagcatgagagatgactcatgagaga
gttgcatccctggagccacctgcctaaccaataaattgttcctccagaga
gcctccaacagctgttttttcttacattgcctaaagcaattgtgaatctt
gtagctatcttgagtttcctaagccatgcatgcttcctagcttcttatga
gccttctcgttctgtctcgtctccagaggaaagctctcaccctgagaaaa
cagacagagaacacctagcatgagcactgcatatggagtagtatatgaga
gagaggagacaggagcagaaagcaggacagtgctaatgcttgacttcagt
atataaatctagaatgtgagctggatatcaagcttaattagttgtattag
ttcagaatgatctgtgaaccaca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_69291683_69292698
seq2: B6Ng01-048D16.b_46_1040

seq1  GAATTCACTTGTCCTTGATTCTCTAGTGCTGGAAATACAAATGGACACCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTTGTCCTTGATTCTCTAGTGCTGGAAATACAAATGGACACCA  50

seq1  TCATACTTGGTTTTGTTTAATTGATTGCTTTTTGTTTGATTTATTGTTTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATACTTGGTTTTGTTTAATTGATTGCTTTTTGTTTGATTTATTGTTTG  100

seq1  TTTTCATGAAGGTTCTGGAGGTATCCCTCACATCCTCATGCTTGCAAGGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCATGAAGGTTCTGGAGGTATCCCTCACATCCTCATGCTTGCAAGGC  150

seq1  AATTTACAGAATCTTCTTTTAGAAAAAGACACCCTCAGGAGTTTCACTAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTACAGAATCTTCTTTTAGAAAAAGACACCCTCAGGAGTTTCACTAT  200

seq1  AGCAATGAAAAACAATTCAAAAATAACAAATTCTTCACATAAAGTCATAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAATGAAAAACAATTCAAAAATAACAAATTCTTCACATAAAGTCATAA  250

seq1  AGGCTTTGGACTCTAAAACGAATTTCATTATAACTTTGCATGTACCCTGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTTTGGACTCTAAAACGAATTTCATTATAACTTTGCATGTACCCTGG  300

seq1  ACAAGTTTCAAACTCAACAAGATACTCAGGGCCAGAAGACATGATTTTCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGTTTCAAACTCAACAAGATACTCAGGGCCAGAAGACATGATTTTCT  350

seq1  TTCCTTATGGGAGTCAAAAATATATAGCAGAGTCATTGTAACAATTAGGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTTATGGGAGTCAAAAATATATAGCAGAGTCATTGTAACAATTAGGG  400

seq1  TAGGTTGCTATCATAGGTGATCACATCCCCAGACAGATTAAATCAGTATT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTTGCTATCATAGGTGATCACATCCCCAGACAGATTAAATCAGTATT  450

seq1  TATTTATTTTAAAACATAGTTCAGCATCTCTGCAACTAGAAAGTAGAATA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTATTTTAAAACATAGTTCAGCATCTCTGCAACTAGAAAGTAGAATA  500

seq1  GATAGAAAAATGAATAGTAAAATAAATAAGCATAGAAATAAACAGAATGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGAAAAATGAATAGTAAAATAAATAAGCATAGAAATAAACAGAATGA  550

seq1  ATGAGAAATGTAAGAATAGAAAACTAAAGTTATACATTATATATGCTGCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGAAATGTAAGAATAGAAAACTAAAGTTATACATTATATATGCTGCA  600

seq1  TGTGGGGAGAACCTTGTCACCACACCAAGGAAATCTTGTCAGATCTGGTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGGGAGAACCTTGTCACCACACCAAGGAAATCTTGTCAGATCTGGTT  650

seq1  TCTTGACACTGAAATCTGCAAACTCTTACTGCTACAACAAAAACTCACTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGACACTGAAATCTGCAAACTCTTACTGCTACAACAAAAACTCACTA  700

seq1  ATGAAACTGTATGTGTTCTCGCTGGAGTAATTTGTAAAGGAACCAACAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAACTGTATGTGTTCTCGCTGGAGTAATTTGTAAAGGAACCAACAAA  750

seq1  CCCCCGCATCAGCAGAAGGTTATACGTGGTTAAGGCATACGAACGCCAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCGCATCAGCAGAAGGTTATACGTGGTTAAGGCATACGAACGCCAAA  800

seq1  ATACTGACCACAGGACACAGGAGAGTGTCTCATCTAATCTGCCCCTCTCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTGACCACAGGACACAGGAGAGTGTCTCATCTAATCTGCCCCTCTCT  850

seq1  GTGGGGATTTATGAACTGACTAAAATGAAACCATAGCAGTTTGATGACTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGGATTTATGAACTGACTAAAATGAAACCATAGCAGTTTGATGACTA  900

seq1  TCCAAGAATTCTCTACATTCTGGATGGAAACAGACACATTGGAGTTTGCT  950
      ||||   | |||||||| ||||||| |||||||||||||  ||| |||||
seq2  TCCA--GAGTCTCTACA-TCTGGAT-GAAACAGACACAT--GAG-TTGCT  943

seq1  GTTGGTCTTTCCTTTCTACCCTGGAGGAAACAGAAGCTCCAAGAAGTAAA  1000
      ||  |||||||  ||||| ||||   |||||   |||||  || ||||| 
seq2  GT--GTCTTTC--TTCTA-CCTG--AGAAAC--GAGCTC--AG-AGTAA-  980

seq1  TCCTACAGTCAGTAAA  1016
        ||||||||||||||
seq2  -TCTACAGTCAGTAAA  995

seq1: chr4_69413954_69415057
seq2: B6Ng01-048D16.g_67_1139 (reverse)

seq1  TGTGG-TCACAGATCATTTCTGAACTACTACAAACTAAATATAAACTTTG  49
      ||||| |||||||||| |||||||||| ||| ||||||   ||| |||  
seq2  TGTGGTTCACAGATCA-TTCTGAACTAATAC-AACTAA--TTAAGCTT--  44

seq1  GATTATCAGCTTCCACATTCTAGATTTTATATTACTGAAAGTCAAAGCAA  99
      |||   |||||  ||||||||||| |||||| ||||| ||||| |||| |
seq2  GATATCCAGCT--CACATTCTAGA-TTTATA-TACTG-AAGTC-AAGC-A  87

seq1  TTAGGCACTGTTCCCTTGCCTTTTCTTGCCTTCCCTTGTCTTCCCTTCTC  149
      ||| |||||||   | |||  |||| |||  |||  |||||   | ||||
seq2  TTA-GCACTGT---CCTGC--TTTC-TGC--TCC--TGTCT---CCTCTC  123

seq1  TTCTCATATACTACTTCCATATGCAGTGCTCATTGCTAGGTGTTCTCTGT  199
       ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  -TCTCATATACTAC-TCCATATGCAGTGCTCA-TGCTAGGTGTTCTCTGT  170

seq1  CTGTTTTCTCAGGGTTGAGAGCTTTCCTCTTGGAGACGAGACAGAACGAG  249
      |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTTTCTCAGGG-TGAGAGCTTTCCTC-TGGAGACGAGACAGAACGAG  218

seq1  -AGGCTCATAAGAAGCTAGGAAGCATGCATGGCTTAGGAAACTCAAGATA  298
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCTCATAAGAAGCTAGGAAGCATGCATGGCTTAGGAAACTCAAGATA  268

seq1  GCTACAAGATTCACAATTGCCTTAGGCAATGTAAGAAATAAACAGCTGTT  348
      |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  GCTACAAGATTCACAATTGCTTTAGGCAATGTAAGAAA-AAACAGCTGTT  317

seq1  GGAGGCTCTCTGGAGGAACAATTTATTGGTTAGGCAGGTGGCTCCAGGGA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGCTCTCTGGAGGAACAATTTATTGGTTAGGCAGGTGGCTCCAGGGA  367

seq1  TGCAACTCTCTCATGAGTCATCTCTCATGCTAACGTGGGTGTTTTTGTTA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAACTCTCTCATGAGTCATCTCTCATGCTAACGTGGGTGTTTTTGTTA  417

seq1  TGTTATGGTTTGGGGTTTTGGGGGGATTTTTTTGTGGCTCTTTAGAAGAG  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTATGGTTTGGGGTTTTGGGGGGATTTTTTTGTGGCTCTTTAGAAGAG  467

seq1  AAAAGATAGGGGTAGTGGAGATAGGATGAATAAATGTAAAAATGATCCCA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGATAGGGGTAGTGGAGATAGGATGAATAAATGTAAAAATGATCCCA  517

seq1  TATGCCTTGTCAGCTATGGTGATAGTGACAAGGATTATGAGCCAATGGAT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCCTTGTCAGCTATGGTGATAGTGACAAGGATTATGAGCCAATGGAT  567

seq1  ATGAGTGGCCTCTATGAGCTTAAAAAAAGCCAAGCAACAGATCTTCCAAA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGTGGCCTCTATGAGCTTAAAAAAAGCCAAGCAACAGATCTTCCAAA  617

seq1  TGCAGAATTACCGACAAGACTATTGCAGTTCCATGAAACCCATTTAAGAT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGAATTACCGACAAGACTATTGCAGTTCCATGAAACCCATTTAAGAT  667

seq1  CTCTGACCTCTAAAACGATAAGGTACAAAGTGTGTGATAAATTTTAAAAT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGACCTCTAAAACGATAAGGTACAAAGTGTGTGATAAATTTTAAAAT  717

seq1  GCTATATGTTACACAGCCAGAGAAGTCAAAGATGAAATCCCATCATGACT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATATGTTACACAGCCAGAGAAGTCAAAGATGAAATCCCATCATGACT  767

seq1  GAGAAGTATACAGTCAAAATATAAAAGCTGTAAGCACATAAATAGTCTCT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAGTATACAGTCAAAATATAAAAGCTGTAAGCACATAAATAGTCTCT  817

seq1  GGTAATAGTCTTAAGAATTCAAAATCCATGGGCAGTGGAGAACCACAGAA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAATAGTCTTAAGAATTCAAAATCCATGGGCAGTGGAGAACCACAGAA  867

seq1  GGGTCACTAAAGGAGAGAAGTGATCAGTTTTCCATCACAAAGAGTCCACC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTCACTAAAGGAGAGAAGTGATCAGTTTTCCATCACAAAGAGTCCACC  917

seq1  AGCTAGTGAACACATGAGCTCTGGTGACCTATGGAACATCTGCATCAGAA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTAGTGAACACATGAGCTCTGGTGACCTATGGAACATCTGCATCAGAA  967

seq1  CTGTGGCAGCTTAGGGCTATATGCACTGTCTCATTCCTTTGCTGACATCT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGGCAGCTTAGGGCTATATGCACTGTCTCATTCCTTTGCTGACATCT  1017

seq1  TTCCCAAGGCATCCCGTGCAGTGCAAAACTGGGTGGTAACAACTGTGTTT  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCAAGGCATCCCGTGCAGTGCAAAACTGGGTGGTAACAACTGTGTTT  1067

seq1  GAATTC  1104
      ||||||
seq2  GAATTC  1073