BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-062E05
Chromosome4 (Build37)
Map Location 124,581,464 - 124,708,987
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCdca8, 9930104L06Rik, Rspo1, Gnl2
Upstream geneMycbp, Rragc, 1700057H15Rik, LOC100039332, Pou3f1, Utp11l, Fhl3, Sf3a3, LOC664991, Inpp5b, LOC100039433, Mtf1, Yrdc, Gm50, Epha10
Downstream geneDnali1, Snip1, 2310005N01Rik, Zc3h12a, LOC100039298, Grik3, Ftl2, Csf3r
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-062E05.bB6Ng01-062E05.g
ACCDH882716DH882717
length1,0781,117
definitionDH882716|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-062E05, 5' end.DH882717|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-062E05, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(124,707,894 - 124,708,987)(124,581,464 - 124,582,603)
sequence
gaattcataactaattctcttgtcctaaatttttaataattttatttatt
tatacttcatatgtaagtataatatgtaataccatatcctgcccacatgt
ctctgcactaaacacacacagcgtgtcagtgaaggccagaagtgggtggc
agatctcttggaactggagttacagatagatggtcgtctgtatcatgggt
gctgggaatcactgcaggtcccctgcaagaacagccagcgttcttaaccc
ctgagccatctctccagcccctcccactctaaattttaagagagaaccca
aaatcaaactaaacccctggagggctctcctgagaagtcggcccacacac
atctggctacctatccttttcctgagtccctcttcctaccaaccctcaag
gtttccgtctacatttttcagctgttgataaacttaacccctgcttagaa
acatcatcacactaatcaccaaccaatcccaagtgaatcttccaaatgca
tggtattatgtgacttaatacagttataaaagatcacaaagtaacgcagc
aactttcctgcatgttctcctttagtactgctacatacacagtactaaac
attatacggatatatgtgggtagatgccttgaaggccagaggtatcagat
tccccttggagttgaacttccaggtaggtgagagctgattgaactggaat
tgaactctggtcctcctgcaacagcagtacgagtgagctcttattctccc
catgttctctccagtctctgagtgttttcatcatttttttaaaaaaatct
aatcaaaaccctaattatgcaaattacaaggagatacagaagtcagctat
ccttgcagccttacggagacagagtatacctaatttttccccccaccagt
ttgagacagtctcactatgcagaccagctggcctcgaattcacaagagat
ctgtctgtcctgccttcccagtattggactacagggatgcgtcaccagcc
cctctatgactacccatatttaacacagtttagtagctaatcaagtggga
gactcctcgagcctgtttgttgccctgt
gaattctttccaacctgctccacaactgtaatccaagataggaaacgctg
ggagcccgaagagaggtgaagatgaaatatggagacagccctggatcggg
gaagatggacaggcaggaatgccccgtccgtgtctggccgcggacaggtg
ctgtcaagagcagatgagagccgtgtcttgagactggggaatatttggac
aagtggaagcgagtaaggaaggcgtttggtagtggaagccacctgagccc
acctcaccatgccctgttcaacattgcctggcccccaggcttgagccttc
ctcaccccaagcctgctacagaaagccatctttctactcagcgtcctgtg
cctctccacacccctccttcccatcctggctcccaactccagaagctatc
tctgtcattccttctccagccaagcaggaacaggcagtgcactcctcctg
gatggttcgttctccttagcctgcatccaaggtcctctagctgtgcctcc
ccaatatccctccattcccagattcagcttccaccctgctcccctctgcc
tctgtagggtgtatcctccagttctgtgggctgcttatcatttcccaggc
cccatttgtgcatatgggcctgggatgcagactctgtgtctttcggtctc
ccagccctccaccctgctctggatatggttttttttctatagttaagtat
tgtttatattgtttactaacttatttactcttgtctctcagtctgggctt
gtgcacttctttaagcagactggggtcctgtgagtgtctgtccagtttcg
aagctgctttgacagtaggcagaggattgagggggcaggttccagtcttg
ggttcacctgggtgtggtgcacatgatgtaatctcagcacttgggaggca
gaggcagaagggtcagagttcaagtcacccttggctacataagttggagt
cagcccaggtacatgatatgccattttgaaatgaaatcaaaactctgtgt
tcaactacttaagagctgtgtgatttggacgattaaatacttgcacaact
ggtcccctctgcttactgggaactgtgacctccaggacttcgaagtgatg
agcgatgttagttcagg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_124707894_124708987
seq2: B6Ng01-062E05.b_44_1121 (reverse)

seq1  ACAGGGCAAACAAAACAGGCTTTCGAGGAGTCCCTCCCACTTTGATTTAG  50
      |||||||||   ||||||||  |||||||||  ||||||| |||| ||||
seq2  ACAGGGCAA--CAAACAGGC--TCGAGGAGT--CTCCCAC-TTGA-TTAG  42

seq1  CTACTAAAACTGTGTTTAAATATGGGTTAGTCATAGAGGGGCTTGGTGAC  100
      ||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||
seq2  CTACT-AAACTGTG-TTAAATATGGG-TAGTCATAGAGGGGC-TGGTGAC  88

seq1  GCATCCCTGTAGTTCCCAATACTGGGAAGGCAGGACAGACAGATCTCTTG  150
      |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATCCCTGTAGT--CCAATACTGGGAAGGCAGGACAGACAGATCTCTTG  136

seq1  TGAATTCGAGGCCAGCCTGGTCTGCATAGTGAGACTGTCTCAAACTGGTG  200
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATTCGAGGCCAG-CTGGTCTGCATAGTGAGACTGTCTCAAACTGGTG  185

seq1  GGGGGAAAAATTAGGTATACTCTTGTCTCCGTAAGGCTGCAAGGATAGCT  250
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGGAAAAATTAGGTATACTC-TGTCTCCGTAAGGCTGCAAGGATAGCT  234

seq1  GACTTCTGTATCTCCTTGTAATTTGCATAATTAGGGTTTTGATTAGATTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTCTGTATCTCCTTGTAATTTGCATAATTAGGGTTTTGATTAGATTT  284

seq1  TTTTAAAAAAATGATGAAAACACTCAGAGACTGGAGAGAACATGGGGAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAAAAAAATGATGAAAACACTCAGAGACTGGAGAGAACATGGGGAGA  334

seq1  ATAAGAGCTCACTCGTACTGCTGTTGCAGGAGGACCAGAGTTCAATTCCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGAGCTCACTCGTACTGCTGTTGCAGGAGGACCAGAGTTCAATTCCA  384

seq1  GTTCAATCAGCTCTCACCTACCTGGAAGTTCAACTCCAAGGGGAATCTGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCAATCAGCTCTCACCTACCTGGAAGTTCAACTCCAAGGGGAATCTGA  434

seq1  TACCTCTGGCCTTCAAGGCATCTACCCACATATATCCGTATAATGTTTAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTCTGGCCTTCAAGGCATCTACCCACATATATCCGTATAATGTTTAG  484

seq1  TACTGTGTATGTAGCAGTACTAAAGGAGAACATGCAGGAAAGTTGCTGCG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGTGTATGTAGCAGTACTAAAGGAGAACATGCAGGAAAGTTGCTGCG  534

seq1  TTACTTTGTGATCTTTTATAACTGTATTAAGTCACATAATACCATGCATT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTTTGTGATCTTTTATAACTGTATTAAGTCACATAATACCATGCATT  584

seq1  TGGAAGATTCACTTGGGATTGGTTGGTGATTAGTGTGATGATGTTTCTAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAGATTCACTTGGGATTGGTTGGTGATTAGTGTGATGATGTTTCTAA  634

seq1  GCAGGGGTTAAGTTTATCAACAGCTGAAAAATGTAGACGGAAACCTTGAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGGGTTAAGTTTATCAACAGCTGAAAAATGTAGACGGAAACCTTGAG  684

seq1  GGTTGGTAGGAAGAGGGACTCAGGAAAAGGATAGGTAGCCAGATGTGTGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGGTAGGAAGAGGGACTCAGGAAAAGGATAGGTAGCCAGATGTGTGT  734

seq1  GGGCCGACTTCTCAGGAGAGCCCTCCAGGGGTTTAGTTTGATTTTGGGTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCCGACTTCTCAGGAGAGCCCTCCAGGGGTTTAGTTTGATTTTGGGTT  784

seq1  CTCTCTTAAAATTTAGAGTGGGAGGGGCTGGAGAGATGGCTCAGGGGTTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTTAAAATTTAGAGTGGGAGGGGCTGGAGAGATGGCTCAGGGGTTA  834

seq1  AGAACGCTGGCTGTTCTTGCAGGGGACCTGCAGTGATTCCCAGCACCCAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACGCTGGCTGTTCTTGCAGGGGACCTGCAGTGATTCCCAGCACCCAT  884

seq1  GATACAGACGACCATCTATCTGTAACTCCAGTTCCAAGAGATCTGCCACC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATACAGACGACCATCTATCTGTAACTCCAGTTCCAAGAGATCTGCCACC  934

seq1  CACTTCTGGCCTTCACTGACACGCTGTGTGTGTTTAGTGCAGAGACATGT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTCTGGCCTTCACTGACACGCTGTGTGTGTTTAGTGCAGAGACATGT  984

seq1  GGGCAGGATATGGTATTACATATTATACTTACATATGAAGTATAAATAAA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCAGGATATGGTATTACATATTATACTTACATATGAAGTATAAATAAA  1034

seq1  TAAAATTATTAAAAATTTAGGACAAGAGAATTAGTTATGAATTC  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATTATTAAAAATTTAGGACAAGAGAATTAGTTATGAATTC  1078

seq1: chr4_124581464_124582603
seq2: B6Ng01-062E05.g_68_1184

seq1  GAATTCTTTCCAACCTGCTCCACAACTGTAATCCAAGATAGGAAACGCTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTCCAACCTGCTCCACAACTGTAATCCAAGATAGGAAACGCTG  50

seq1  GGAGCCCGAAGAGAGGTGAAGATGAAATATGGAGACAGCCCTGGATCGGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCCCGAAGAGAGGTGAAGATGAAATATGGAGACAGCCCTGGATCGGG  100

seq1  GAAGATGGACAGGCAGGAATGCCCCGTCCGTGTCTGGCCGCGGACAGGTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGATGGACAGGCAGGAATGCCCCGTCCGTGTCTGGCCGCGGACAGGTG  150

seq1  CTGTCAAGAGCAGATGAGAGCCGTGTCTTGAGACTGGGGAATATTTGGAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCAAGAGCAGATGAGAGCCGTGTCTTGAGACTGGGGAATATTTGGAC  200

seq1  AAGTGGAAGCGAGTAAGGAAGGCGTTTGGTAGTGGAAGCCACCTGAGCCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGGAAGCGAGTAAGGAAGGCGTTTGGTAGTGGAAGCCACCTGAGCCC  250

seq1  ACCTCACCATGCCCTGTTCAACATTGCCTGGCCCCCAGGCTTGAGCCTTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCACCATGCCCTGTTCAACATTGCCTGGCCCCCAGGCTTGAGCCTTC  300

seq1  CTCACCCCAAGCCTGCTACAGAAAGCCATCTTTCTACTCAGCGTCCTGTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACCCCAAGCCTGCTACAGAAAGCCATCTTTCTACTCAGCGTCCTGTG  350

seq1  CCTCTCCACACCCCTCCTTCCCATCCTGGCTCCCAACTCCAGAAGCTATC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTCCACACCCCTCCTTCCCATCCTGGCTCCCAACTCCAGAAGCTATC  400

seq1  TCTGTCATTCCTTCTCCAGCCAAGCAGGAACAGGCAGTGCACTCCTCCTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTCATTCCTTCTCCAGCCAAGCAGGAACAGGCAGTGCACTCCTCCTG  450

seq1  GATGGTTCGTTCTCCTTAGCCTGCATCCAAGGTCCTCTAGCTGTGCCTCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGTTCGTTCTCCTTAGCCTGCATCCAAGGTCCTCTAGCTGTGCCTCC  500

seq1  CCAATATCCCTCCATTCCCAGATTCAGCTTCCACCCTGCTCCCCTCTGCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATATCCCTCCATTCCCAGATTCAGCTTCCACCCTGCTCCCCTCTGCC  550

seq1  TCTGTAGGGTGTATCCTCCAGTTCTGTGGGCTGCTTATCATTTCCCAGGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTAGGGTGTATCCTCCAGTTCTGTGGGCTGCTTATCATTTCCCAGGC  600

seq1  CCCATTTGTGCATATGGGCCTGGGATGCAGACTCTGTGTCTTTCGGTCTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATTTGTGCATATGGGCCTGGGATGCAGACTCTGTGTCTTTCGGTCTC  650

seq1  CCAGCCCTCCACCCTGCTCTGGATATGGTTTTTTTTCTATAGTTAAGTAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCCCTCCACCCTGCTCTGGATATGGTTTTTTTTCTATAGTTAAGTAT  700

seq1  TGTTTATATTGTTTACTAACTTATTTACTCTTGTCTCTCAGTCTGGGCTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTATATTGTTTACTAACTTATTTACTCTTGTCTCTCAGTCTGGGCTT  750

seq1  GTGCACTTCTTTAAGCAGACTGGGGTCCTGTGAGTGTCTGTCCAGTTTCG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCACTTCTTTAAGCAGACTGGGGTCCTGTGAGTGTCTGTCCAGTTTCG  800

seq1  AAGCTGCTTTGACAGTAGGCAGAGGATTTGAGGGGGCAGGTTCCAGTCTT  850
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTGCTTTGACAGTAGGCAGAGGA-TTGAGGGGGCAGGTTCCAGTCTT  849

seq1  GGGTTCACCTGGGTGTGGTGGCACATGATGTAATCTCAGCACTTGGGAGG  900
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTCACCTGGGTGTGGT-GCACATGATGTAATCTCAGCACTTGGGAGG  898

seq1  CAGAGGCAGAAGGGTCAGGAGTTCAAAGTCACCCTTGGCTACATAAGTTG  950
      ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGGCAGAAGGGTCA-GAGTTC-AAGTCACCCTTGGCTACATAAGTTG  946

seq1  GAGGTCAGCCCAGGTTACATGATATGCCATTTTGAAAATGAAATCAAAAC  1000
      || ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  GA-GTCAGCCCAGG-TACATGATATGCCATTTTG-AAATGAAATCAAAAC  993

seq1  CCTGTTGTTCCCACCACTTAGAAGCTGTGTGATTTTGGACGAATTAGATA  1050
       ||| |||| | || |||||  |||||||||| |||||||| |||| |||
seq2  TCTG-TGTT-CAACTACTTAAGAGCTGTGTGA-TTTGGACG-ATTAAATA  1039

seq1  ACTTTCCACAACTTGTCCCCTCTGCTTTAACTGGAGACTGTGACCCTCCC  1100
         || ||||||| |||||||||||||  |||||  |||||||||   ||
seq2  --CTTGCACAACTGGTCCCCTCTGCTT--ACTGGGAACTGTGACC--TCC  1083

seq1  AGGACTTCTGGAGTGATGAGGCCAGATGGTATAGTTCAGG  1140
      |||||||| | |||||||||    ||||   |||||||||
seq2  AGGACTTC-GAAGTGATGAG---CGATG--TTAGTTCAGG  1117