BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-071A24
Chromosome4 (Build37)
Map Location 88,496,657 - 88,547,534
singlet/doubletdoublet
Overlap geneIfne1
Upstream geneMllt3, BC057079, Ptplad2, Ifnb1, OTTMUSG00000007655, Ifna14, Ifna9, Mrpl48-ps, Ifna12, C87499, Ifna13, LOC546834, OTTMUSG00000011275, Ifna2, Ifnab, LOC546835, Klhl9, LOC100040477, Ifnz, LOC100041062, EG545645, LOC668147, OTTMUSG00000011291, OTTMUSG00000011290, OTTMUSG00000011265, Ifnz, OTTMUSG00000011269, OTTMUSG00000011270, OTTMUSG00000011272, OTTMUSG00000011268, OTTMUSG00000011273, OTTMUSG00000011282, OTTMUSG00000011285, OTTMUSG00000011289, Ifna7, Ifna11, Ifna6, Ifna5, Ifna4, Ifna1
Downstream geneLOC100040617, Mtap, LOC625574, Cdkn2a, Cdkn2b, LOC664785, Dmrta1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-071A24.bB6Ng01-071A24.g
ACCDH888870DH888871
length1,1141,004
definitionDH888870|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-071A24, 5' end.DH888871|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-071A24, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(88,546,414 - 88,547,534)(88,496,657 - 88,497,651)
sequence
gaattctttttatttaattataatttaataagctcacaaagcactaagtt
ttttttattaattaggtattttcttcattaacatttccaatgctacccca
aaagtcccccaaactctccccctccccccccccacttcttggccctggca
ttcccctactgaggcatataaagttttcaagaccaatgggcctcaccttt
cactgatggccaactacgtcatgtggacactttgcattaagtttttataa
ggcactttttcataatctttggttttgattacacctacacactcaaaatt
cttctccttttcctcctataccatccctgcttaaacttttagttccagtc
ttctcccttactaatatttcatataacacatcttctactattccccccac
catttaaggcctcttctcctccttgcctttcattcataccatgttcctgc
ttcccaccctctgtacttgcataaaagagaatctaccttgaactacatat
ttttcttgtctttctcttctacttgttctctttcactgtggacttggata
agagcattgatagactggactccatgggttataaaataaaaaacaggata
ccaggtgggttgatacaggttagtggtggatctgtagttacgggaaagaa
cggggctaagtacaatcaaaatgcactgtgtgaaattctcaaagaattaa
tcgatactgtgtttcaaactttggaagaagtataaaaacaaacaagtatc
agaaaccaggatacaggctacatgttatcctgtctcaaaatgttctaagc
cataataattagtccattacttttgaattcaaccctactttgagttctca
ggatacagacaggaagcagatttcatgcagaatatagcacaaatggcctc
tagtccagttcccaaacgagttattgttcttcctacctcatgagctgtcc
cttcaccgtttgtgtttgtctcagcatcctactcttccaaaatcccacag
aatagcccactaagatctacttactagggttccttcagccttataagctc
aatcttcactaaatctgtaattcattcaaagactacagacccagtcagtc
tttccacggcaaca
gaattcaaacaatttgcctaaatatttctgtaaaggcacttgttctcttt
caattcagttctatgtatacatgtatgtatgcatgtatgtatgtatgctt
gtatgtatttatttatttatttatttgtgtttatttattcacttatttaa
ctatctgtgtgatgtaacatatattgcagcataatttggtaaagttatgt
tttttataaattattactaaatgtaacttgttttatttgttcattcttta
attattttaaaattttatgttgtgtatactggtatttttcagtaaagaaa
ttatatacataatcaagcttccaagtattgtagttacatatgacattgca
tagtgttcaggcgattagatttatttctcatccattcatggttaattcct
acgtcttttcttttctcctgtgtattgtattcttctgaatgcccagacaa
cacactgttcagggatcaggcataagatcttgctcctgtcaaactgtgta
aagggatcggtatttctacaagacactccacaaccatgttcttagcacaa
aggtcatttacctgacctggaaagacaaaggaccaagaataagacaagga
caggcgatagaggactagggagaaggggaagggaagaaggaagaagggga
agagatactgtcctgggggtgggagcacaaaggactccctctggatagag
aggaagcaaacatggcccataggcagatggcaattaataaaagtaaaagg
agggaaacctctgttaggatgaggtgtttgatattgtacagcttaattgg
gggaaccacaaggaggcctttgtttgctggttttcagtactttaatagct
agaccttggtagtcatgcttaggtgaattaattggcaaatatgtaaatag
ccccttgacagctagcttaacaactctcatctaatgcttaatagcaaggc
agagggattagggagaggcaggtctgtcagaccctggtcatgccagtttt
catg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_88546414_88547534
seq2: B6Ng01-071A24.b_44_1157 (reverse)

seq1  TGTTGCCGTGGAAGACCTGACTGGGGTCTGTAGGTCTTTGGAATGAATTT  50
      |||||||||||||   |||||| ||||||||| |||||| ||||||| ||
seq2  TGTTGCCGTGGAAAGACTGACT-GGGTCTGTA-GTCTTT-GAATGAA-TT  46

seq1  ACAGATTTAAGTTGAAGAATTTGGAGC-TAT-AGGCTGAAGGAACCCTAG  98
      |||||||||   ||||||   | |||| ||| ||||||||||||||||||
seq2  ACAGATTTA--GTGAAGA---TTGAGCTTATAAGGCTGAAGGAACCCTAG  91

seq1  TAAGTAGATCTTAGTGGGCTATTCTTGTGGGATTTTGGAAGAGTAGGATG  148
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTAGATCTTAGTGGGCTATTC-TGTGGGATTTTGGAAGAGTAGGATG  140

seq1  CTGAGACAAACACAAACGGTGAAGGGACAGCTCATGAGGTAGGGAGAACA  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  CTGAGACAAACACAAACGGTGAAGGGACAGCTCATGAGGTAGGAAGAACA  190

seq1  ATAACTCGTTTGGGAACTGGACTAGAGGCCATTTGTGCTATATTCTGCAT  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACTCGTTTGGGAACTGGACTAGAGGCCATTTGTGCTATATTCTGCAT  240

seq1  GAAATCTGCTTCCTGTCTGTATCCTGAGAACTC-AAGTAGGGTTGAATTC  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  GAAATCTGCTTCCTGTCTGTATCCTGAGAACTCAAAGTAGGGTTGAATTC  290

seq1  AAAAGTAATGGACTAATTATTATGGCTTAGAACATTTTGAGACAGGATAA  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGTAATGGACTAATTATTATGGCTTAGAACATTTTGAGACAGGATAA  340

seq1  CATGTAGCCTGTATCCTGGTTTCTGATACTTGTTTGTTTTTATACTTCTT  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTAGCCTGTATCCTGGTTTCTGATACTTGTTTGTTTTTATACTTCTT  390

seq1  CCAAAGTTTGAAACACAGTATCGATTAATTCTTTGAGAATTTCACACAGT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAAGTTTGAAACACAGTATCGATTAATTCTTTGAGAATTTCACACAGT  440

seq1  GCATTTTGATTGTACTTAGCCCCGTTCTTTCCCGTAACTACAGATCCACC  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTTTGATTGTACTTAGCCCCGTTCTTTCCCGTAACTACAGATCCACC  490

seq1  ACTAACCTGTATCAACCCACCTGGTATCCTGTTTTTTATTTTATAACCCA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAACCTGTATCAACCCACCTGGTATCCTGTTTTTTATTTTATAACCCA  540

seq1  TGGAGTCCAGTCTATCAATGCTCTTATCCAAGTCCACAGTGAAAGAGAAC  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGTCCAGTCTATCAATGCTCTTATCCAAGTCCACAGTGAAAGAGAAC  590

seq1  AAGTAGAAGAGAAAGACAAGAAAAATATGTAGTTCAAGGTAGATTCTCTT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTAGAAGAGAAAGACAAGAAAAATATGTAGTTCAAGGTAGATTCTCTT  640

seq1  TTATGCAAGTACAGAGGGTGGGAAGCAGGAACATGGTATGAATGAAAGGC  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGCAAGTACAGAGGGTGGGAAGCAGGAACATGGTATGAATGAAAGGC  690

seq1  AAGGAGGAGAAGAGGCCTTAAATGGTGGGGGGAATAGTAGAAGATGTGTT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAGGAGAAGAGGCCTTAAATGGTGGGGGGAATAGTAGAAGATGTGTT  740

seq1  ATATGAAATATTAGTAAGGGAGAAGACTGGAACTAAAAGTTTAAGCAGGG  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGAAATATTAGTAAGGGAGAAGACTGGAACTAAAAGTTTAAGCAGGG  790

seq1  ATGGTATAGGAGGAAAAGGAGAAGAATTTTGAGTGTGTAGGTGTAATCAA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTATAGGAGGAAAAGGAGAAGAATTTTGAGTGTGTAGGTGTAATCAA  840

seq1  AACCAAAGATTATGAAAAAGTGCCTTATAAAAACTTAATGCAAAGTGTCC  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCAAAGATTATGAAAAAGTGCCTTATAAAAACTTAATGCAAAGTGTCC  890

seq1  ACATGACGTAGTTGGCCATCAGTGAAAGGTGAGGCCCATTGGTCTTGAAA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGACGTAGTTGGCCATCAGTGAAAGGTGAGGCCCATTGGTCTTGAAA  940

seq1  ACTTTATATGCCTCAGTAGGGGAATGCCAGGGCCAAGAAGTGGGGGGGGG  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTATATGCCTCAGTAGGGGAATGCCAGGGCCAAGAAGTGGGGGGGGG  990

seq1  GAGGGGGAGAGTTTGGGGGACTTTTGGGGTAGCATTGGAAATGTTAATGA  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGGGAGAGTTTGGGGGACTTTTGGGGTAGCATTGGAAATGTTAATGA  1040

seq1  AGAAAATACCTAATTAATAAAAAAAACTTAGTGCTTTGTGAGCTTATTAA  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAATACCTAATTAATAAAAAAAACTTAGTGCTTTGTGAGCTTATTAA  1090

seq1  ATTATAATTAAATAAAAAGAATTC  1121
      ||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATAATTAAATAAAAAGAATTC  1114

seq1: chr4_88496657_88497651
seq2: B6Ng01-071A24.g_65_1053

seq1  GAATTCAAACAATTTGCCTAAATATTTCTGTAAAGGCACTTGTTCTCTTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAACAATTTGCCTAAATATTTCTGTAAAGGCACTTGTTCTCTTT  50

seq1  CAATTCAGTTCTATGTATACATGTATGTATGCATGTATGTATGTATGCTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTCAGTTCTATGTATACATGTATGTATGCATGTATGTATGTATGCTT  100

seq1  GTATGTATTTATTTATTTATTTATTTGTGTTTATTTATTCACTTATTTAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGTATTTATTTATTTATTTATTTGTGTTTATTTATTCACTTATTTAA  150

seq1  CTATCTGTGTGATGTAACATATATTGCAGCATAATTTGGTAAAGTTATGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCTGTGTGATGTAACATATATTGCAGCATAATTTGGTAAAGTTATGT  200

seq1  TTTTTATAAATTATTACTAAATGTAACTTGTTTTATTTGTTCATTCTTTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTATAAATTATTACTAAATGTAACTTGTTTTATTTGTTCATTCTTTA  250

seq1  ATTATTTTAAAATTTTATGTTGTGTATACTGGTATTTTTCAGTAAAGAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATTTTAAAATTTTATGTTGTGTATACTGGTATTTTTCAGTAAAGAAA  300

seq1  TTATATACATAATCAAGCTTCCAAGTATTGTAGTTACATATGACATTGCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATATACATAATCAAGCTTCCAAGTATTGTAGTTACATATGACATTGCA  350

seq1  TAGTGTTCAGGCGATTAGATTTATTTCTCATCCATTCATGGTTAATTCCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGTTCAGGCGATTAGATTTATTTCTCATCCATTCATGGTTAATTCCT  400

seq1  ACGTCTTTTCTTTTCTCCTGTGTATTGTATTCTTCTGAATGCCCAGACAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGTCTTTTCTTTTCTCCTGTGTATTGTATTCTTCTGAATGCCCAGACAA  450

seq1  CACACTGTTCAGGGATCAGGCATAAGATCTTGCTCCTGTCAAACTGTGTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACTGTTCAGGGATCAGGCATAAGATCTTGCTCCTGTCAAACTGTGTA  500

seq1  AAGGGATCGGTATTTCTACAAGACACTCCACAACCATGTTCTTAGCACAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGATCGGTATTTCTACAAGACACTCCACAACCATGTTCTTAGCACAA  550

seq1  AGGTCATTTACCTGACCTGGAAAGACAAAGGACCAAGAATAAGACAAGGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCATTTACCTGACCTGGAAAGACAAAGGACCAAGAATAAGACAAGGA  600

seq1  CAGGCGATAGAGGACTAGGGAGAAGGGGAAGGGAAGAAGGAAGAAGGGGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCGATAGAGGACTAGGGAGAAGGGGAAGGGAAGAAGGAAGAAGGGGA  650

seq1  AGAGATACTGTCCTGGGGGTGGGAGCACAAAGGACTCCCTCTGGATAGAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGATACTGTCCTGGGGGTGGGAGCACAAAGGACTCCCTCTGGATAGAG  700

seq1  AGGAAGCAAACATGGCCCATAGGCAGATGGCAATTAATAAAAGTAAAAGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAGCAAACATGGCCCATAGGCAGATGGCAATTAATAAAAGTAAAAGG  750

seq1  AGGGAAACCTCTGTTAGGATGAGGTGTTTGATATTGTACAGCTTAATTGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAAACCTCTGTTAGGATGAGGTGTTTGATATTGTACAGCTTAATTGG  800

seq1  GGGAACCACAAGGAGGCCTTTGTTTGCTGGTTTTCAGTACTTTAATAGCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAACCACAAGGAGGCCTTTGTTTGCTGGTTTTCAGTACTTTAATAGCT  850

seq1  AGACCTTGGTAGTCATGCTTAGGTGAATTAATTGGGCAAATATGTAAATA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  AGACCTTGGTAGTCATGCTTAGGTGAATTAATT-GGCAAATATGTAAATA  899

seq1  GCCCCTTGACAGCTAGCTTAACAACTCCCATCTAATGCTTAATAGCAAGG  950
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCCTTGACAGCTAGCTTAACAACTCTCATCTAATGCTTAATAGCAAGG  949

seq1  CAGAGGGATTAGGGGAGAAGGGCAAGGTCTGTCAGAACCCTGGTC  995
      ||||||||||| ||||||  ||| ||||||||||| |||||||||
seq2  CAGAGGGATTA-GGGAGA--GGC-AGGTCTGTCAG-ACCCTGGTC  989