BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-072N04
Chromosome4 (Build37)
Map Location 146,555,241 - 146,659,267
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC384087, LOC666546, LOC666557, LOC545716, LOC666574
Upstream geneLOC666386, LOC666390, LOC100041433, LOC433790, LOC433791, Rex2, LOC100043012, LOC100041461, LOC630093, OTTMUSG00000010105, LOC666445, MGC117846, OTTMUSG00000010694, LOC626480, LOC666474, LOC666482, LOC434514, LOC626288, LOC666498, LOC100043034, LOC666514, LOC100041561, LOC100041570, OTTMUSG00000010657
Downstream geneLOC666581, EG666588, LOC627701, OTTMUSG00000010671, LOC545718, OTTMUSG00000010673, 2610305D13Rik, LOC666618, LOC100043100, LOC666640, LOC194189, LOC666652, LOC100041677, LOC277692, MGC67181, D4Wsu114e, Fv1, Mfn2, Plod1, 2510039O18Rik, Nppb, Nppa, Clcn6, Mthfr, LOC433806, Agtrap, 2610109H07Rik, Mad2l2, Fbxo6, Fbxo44, Fbxo2, Ptchd2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-072N04.bB6Ng01-072N04.g
ACCDH890127DH890128
length1,2451,149
definitionDH890127|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-072N04, 5' end.DH890128|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-072N04, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(146,555,241 - 146,556,502)(146,658,106 - 146,659,267)
sequence
gaattcctaggcctttatcatcataccaatccttagttaaattaactggt
aaataaacataatcaggttgcttaacaatcaaaaaattacttaaggtata
attaacacagttagttatttgacaattagtacagttaacagtattattat
ctatcaataaattcccactcaaagaagactatggctctggaacacacgaa
catacaaaaacttcagtcttattgtgtttgtcctgaaatgccatgatatt
ccacataggaatccaggtaattgtggacgcccactcgccagcaagtaaga
tgccacaacaggatccttctgcaacatgtttattgggagagcatggactg
cgtaggcgaaagaccccgagccccagaaatggtgctacttatataggcct
agggagtgacatgtccataactgattggttatgctaccagtacctcatta
atatgcctcgagccaggcagtgactcggcaaaaaactctggcacatgcgc
acattggttgtttacccatattcatgggcattggcttactgaaaccagtg
ccatcttgtaatggcgtttgcggcttcccacatctccccctttttattgt
aataaaatgatgctggattaggcctatgcaattatgtccatccgctacgg
ctcctgttttaggtcgttcctctgtgtcacagccttacccgtcatagggt
aaccctatcgccaccaggccccgtgtcttaggttgctctgtgcatgagga
aagttgcccatctttggataatgcaatgctgtgtgacagtaattgctaaa
tgacttattttgttcgtcctgaaatgtcatgatattcccgataggaagcc
aggtgatgttaattcttttaactgttatcatcccaagggctgcaatggct
tttcttaatgaagaaaaataagtttcattattttttgtcccattccatga
cccaattaataggaggatgattagtataatccaaaatattccaatcacac
aggtggtattagagcaaaggcatgaaattgtatttattgtcatcagatac
ctcttcctaaatatttgttgattgacataaacagtatatctacagctcca
tcccagtgacagatgaattataggtggattggaacaaatgccataacttt
atgccgagctgcctgatgttacctctcgataatgctaatatcaagcattc
acggaatcgaatcctgtcggtctagaagctatcattcgaggttcc
gaattccaatgcccttcctaaggcttgggcatatttgtttgtctatatga
gttgaagagcttaaattcactcttgaagactggggatgttgctcagtggt
agagcacctgtctaccatgcataaggctgtgggttgcaagctacacccca
agccccaccctcagtatgataattaaaataaaaacaaaataaaaacatca
tccaaaggattaaagcagtgcttgactcagagtcttgtatggaatgtctg
ctgtttccatgtaaactgtggaatcatatgtagcatgtttaaaaatatgt
tttcctgacccagcaagatggttcgctgggtaaaggcacctactccccag
ctggatccctgatcccaggaggaaggaaagaatggcctcctgtaagctgt
gttccccctccacaaatagatttttaaaaattcagttatttttgttttgt
tttgttttgattattttttttcaagacaggatcttattacttagctctgg
ctgtcctagaactctatggaccaggctggcctggaactcagaaatccacc
tgcctctgcctcttgcatgctggcattaaaaacatgagccactataccca
acaataaatgtaatttttaaaaatgttaatgtatgttcttaagtttaata
ttctgtgggaaatatgtgtctacttacataagttgttattcaattccctc
acacttcagattattttgggattgagcaaggcttattctggagacttatg
ctgaggttgtttttgcaatggtactgagtctgctgtgatgacaagattgg
agatgtcttgtgaggtggcagtagctcactctcagtgaactgacagtgcc
ccaacttctcctgggctcctaatggccacctgtccttggcttctggtctc
accataccatccctggtggggaaaatatttcagagagcatgtcagctgca
tgtcatcaggaatggtgatcttgtccatttcttctccaagtgccctggct
agtcagtgcttgggacacaccagtactccatacaatgtatgttgaagaca
gatggagtttgtctagacaagctttactagtatgttccctttgaaccagc
tccccgctgcagcttccagaatgaaatttcaaagtgaaaacagtctgct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_146555241_146556502
seq2: B6Ng01-072N04.b_47_1291

seq1  GAATTCCTAGGCCTTTATCATCATACCAATCCTTAGTTAAATTAACTGGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTAGGCCTTTATCATCATACCAATCCTTAGTTAAATTAACTGGT  50

seq1  AAATAAACATAATCAGGTTGCTTAACAATCAAAAAATTACTTAAGGTATA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAAACATAATCAGGTTGCTTAACAATCAAAAAATTACTTAAGGTATA  100

seq1  ATTAACACAGTTAGTTATTTGACAATTAGTACAGTTAACAGTATTATTAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAACACAGTTAGTTATTTGACAATTAGTACAGTTAACAGTATTATTAT  150

seq1  CTATCAATAAATTCCCACTCAAAGAAGCCTATGGCTCTGGAACACACGAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCAATAAATTCCCACTCAAAGAAGACTATGGCTCTGGAACACACGAA  200

seq1  CATACAAAAACTTCAGTCTTATTGTGTTTGTCCTGAAATGCCATGATATT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACAAAAACTTCAGTCTTATTGTGTTTGTCCTGAAATGCCATGATATT  250

seq1  CCACATAGGAATCCAGGTAATTGTGGACGCCCACTCGCCAGCAAGTAAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACATAGGAATCCAGGTAATTGTGGACGCCCACTCGCCAGCAAGTAAGA  300

seq1  TGCCACAACAGGATCCTTCTGCAACATGTTTATTGGGAGAGCATGGACTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCACAACAGGATCCTTCTGCAACATGTTTATTGGGAGAGCATGGACTG  350

seq1  CGTAGGCGAAAGACCCCGAGCCCCAGAAATGGTGCTACTTATATAGGCCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTAGGCGAAAGACCCCGAGCCCCAGAAATGGTGCTACTTATATAGGCCT  400

seq1  AGGGAGTGACATGTCCATAACTGATTGGTTATGCTACCAGTACCTCATTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAGTGACATGTCCATAACTGATTGGTTATGCTACCAGTACCTCATTA  450

seq1  ATATGCCTCGAGCCAGGCAGTGACTCTGCAAAAAACTCTGGCACATGCGC  500
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGCCTCGAGCCAGGCAGTGACTCGGCAAAAAACTCTGGCACATGCGC  500

seq1  ACATTGGTTGTTTACCCATATTCATGGGCATTGGCTTACTGAAACCAGTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTGGTTGTTTACCCATATTCATGGGCATTGGCTTACTGAAACCAGTG  550

seq1  CCATCTTGTAATGGCGTTTGCGGCTTCCCACATCTCCCCCTTTTTATTGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCTTGTAATGGCGTTTGCGGCTTCCCACATCTCCCCCTTTTTATTGT  600

seq1  AATAAAATGATGCTGGATTAGGCCTATGCAATTATGTCCATCCGCTACGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAAATGATGCTGGATTAGGCCTATGCAATTATGTCCATCCGCTACGG  650

seq1  CTCCTGTTTTAGGTCGTTCCTCTGTGTCACAGCCTTACCCGTCATAGGGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTGTTTTAGGTCGTTCCTCTGTGTCACAGCCTTACCCGTCATAGGGT  700

seq1  AACCCTATCGCCACCAGGCCCCGTGTCTTAGGTTGCTCTGTGCATGAGGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCTATCGCCACCAGGCCCCGTGTCTTAGGTTGCTCTGTGCATGAGGA  750

seq1  AAGTTGCCCATCTTTGGATAATGCAATGCTGTGTGACAGTAATTGCTAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTGCCCATCTTTGGATAATGCAATGCTGTGTGACAGTAATTGCTAAA  800

seq1  TGACTTATTTTGTTCGTCCTGAAATGTCATGATATTCCCTATAGGAAGCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TGACTTATTTTGTTCGTCCTGAAATGTCATGATATTCCCGATAGGAAGCC  850

seq1  AGGTGATGTTAATTCTTTTAACTGTTATCATCCCAAGGGCTGCAATGGCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGATGTTAATTCTTTTAACTGTTATCATCCCAAGGGCTGCAATGGCT  900

seq1  TTTCTTAATGAAGAAAAATAAGTTTCATTATTTTTTGTCCCAATTCCATG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  TTTCTTAATGAAGAAAAATAAGTTTCATTATTTTTTGTCCC-ATTCCATG  949

seq1  AACCAAATTAATAGGAGGATGATTAGTATAATCCAAAATATTCCAATCAC  1000
       ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -ACCCAATTAATAGGAGGATGATTAGTATAATCCAAAATATTCCAATCAC  998

seq1  ACAGGGTGGTATTAGAGCAAAGGCATGAAATTGTAATATATGTCCATCAG  1050
      ||| |||||||||||||||||||||||||||||| || |||   ||||||
seq2  ACA-GGTGGTATTAGAGCAAAGGCATGAAATTGT-ATTTATTGTCATCAG  1046

seq1  AATACTC-TCCTAAATATTTGGTTTGATTGACATAAACAGTAATATCTAC  1099
      |   ||| |||||||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||
seq2  ATACCTCTTCCTAAATATTTG--TTGATTGACATAAACAGT-ATATCTAC  1093

seq1  AGTCTCATCCCAAGTGACAGGATGAATTATAGGTGGATTTGGAACATATG  1149
      ||   |||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||
seq2  AGCTCCATCCC-AGTGACA-GATGAATTATAGGTGGA-TTGGAACAAATG  1140

seq1  CCCAATAAACTTATGCAGAGCTGCCTCGATGTAACATCCAGATAATGCTA  1199
      ||  ||||  |||||| ||||||||| ||||| || ||  ||||||||||
seq2  CC--ATAACTTTATGCCGAGCTGCCT-GATGTTACCTCTCGATAATGCTA  1187

seq1  ATCAATAGGGCAATCAGCTGTATTCGATCCTGTGCTGTCATAGACGTTAT  1249
      ||  ||   ||| ||| | | ||   ||||||| | ||| |||| | |||
seq2  AT--ATCAAGCATTCA-CGGAATCGAATCCTGT-CGGTC-TAGAAGCTAT  1232

seq1  CATTCGAGGTTCC  1262
      |||||||||||||
seq2  CATTCGAGGTTCC  1245

seq1: chr4_146658106_146659267
seq2: B6Ng01-072N04.g_68_1216 (reverse)

seq1  AGCAGACTGTTCTCAACTTTGAAATGTCATGTCTTGGAGAGCTGCAGCCG  50
      ||||||||||| || |||||||||| |||| || |||| |||||||| ||
seq2  AGCAGACTGTTTTC-ACTTTGAAATTTCAT-TC-TGGA-AGCTGCAG-CG  45

seq1  GAGAGCCTGGTTCAAAGGGAACATACTTAGTAAAGCTTGTGGTCTTAGAC  100
      | ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||     |||||
seq2  GGGAG-CTGGTTCAAAGGGAACATAC-TAGTAAAGCTTGT----CTAGAC  89

seq1  AAACT-CATCTGTCCTTCCACATACA-TGTATGGAGTACTGGTGTGTCCC  148
      ||||| ||||||| |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTCCATCTGT-CTTCAACATACATTGTATGGAGTACTGGTGTGTCCC  138

seq1  AAGCACTGAACTAGCCAGGGCACTTGGGAGAGAAATGGACAAGATCACCA  198
      |||||||| ||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||
seq2  AAGCACTG-ACTAGCCAGGGCACTTGGAGAAGAAATGGACAAGATCACCA  187

seq1  TTCCTGATGACATGCAGCTGACATGCTCTCTGAAATATTTTCCCCACCAG  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTGATGACATGCAGCTGACATGCTCTCTGAAATATTTTCCCCACCAG  237

seq1  GGATGGTATGGTGAGACCAGAAGCCAAGGACAGGTGGCCATTAGGAGCCC  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGGTATGGTGAGACCAGAAGCCAAGGACAGGTGGCCATTAGGAGCCC  287

seq1  AGGAGAAGTTGGGGCACTGTCAGTTCACTGAGAGTGAGCTACTGCCACCT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGAAGTTGGGGCACTGTCAGTTCACTGAGAGTGAGCTACTGCCACCT  337

seq1  CACAAGACATGTCCAATCTTGTCATCACAGCAGACTCAGTACCATTGCAA  398
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAGACATCTCCAATCTTGTCATCACAGCAGACTCAGTACCATTGCAA  387

seq1  AAACAACCTCAGCATAAGTCTCCAGAATAAGCCTTGCTCAATCCCAAAAT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAACCTCAGCATAAGTCTCCAGAATAAGCCTTGCTCAATCCCAAAAT  437

seq1  AATCTGAAGTGTGAGGGAATTGAATAACAACTTATGTAAGTAGACACATA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTGAAGTGTGAGGGAATTGAATAACAACTTATGTAAGTAGACACATA  487

seq1  TTTCCCACAGAATATTAAACTTAAGAACATACATTAACATTTTTAAAAAT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCCACAGAATATTAAACTTAAGAACATACATTAACATTTTTAAAAAT  537

seq1  TACATTTATTGTTGGGTATAGTGGCTCATGTTTTTAATGCCAGCACGCAA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  TACATTTATTGTTGGGTATAGTGGCTCATGTTTTTAATGCCAGCATGCAA  587

seq1  GAGGCAGAGGCAGGTGGATTTCTGAGTTCCAGGCCAGCCTGGTCCATAGA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCAGAGGCAGGTGGATTTCTGAGTTCCAGGCCAGCCTGGTCCATAGA  637

seq1  GTTCTAGGACAGCCAGAGCTAAGTAATAAGATCCTGTCTTGAAAAAAAAT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTAGGACAGCCAGAGCTAAGTAATAAGATCCTGTCTTGAAAAAAAAT  687

seq1  AATCAAAACAAAACAAAACAAAAATAACTGAATTTTTAAAAATCTATTTG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCAAAACAAAACAAAACAAAAATAACTGAATTTTTAAAAATCTATTTG  737

seq1  TGGAGGGGGAACACAGCTTACAGGAGGCCATTCTTTCCTTCCTCCTGGGA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGGGGGAACACAGCTTACAGGAGGCCATTCTTTCCTTCCTCCTGGGA  787

seq1  TCAGGGATCCAGCTGGGGAGTAGGTGCCTTTACCCAGCGAACCATCTTGC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGGATCCAGCTGGGGAGTAGGTGCCTTTACCCAGCGAACCATCTTGC  837

seq1  TGGGTCAGGAAAACATATTTTTAAACATGCTACATATGATTCCACAGTTT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTCAGGAAAACATATTTTTAAACATGCTACATATGATTCCACAGTTT  887

seq1  ACATGGAAACAGCAGACATTCCATACAAGACTCTGAGTCAAGCACTGCTT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGGAAACAGCAGACATTCCATACAAGACTCTGAGTCAAGCACTGCTT  937

seq1  TAATCCTTTGGATGATGTTTTTATTTTGTTTTTATTTTAATTATCATTAC  998
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TAATCCTTTGGATGATGTTTTTATTTTGTTTTTATTTTAATTATCA-TAC  986

seq1  TGAGGGTGGGGCTTGGGGTGGAGCTTGCAACCCACAGCCTTATGCATGGG  1048
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  TGAGGGTGGGGCTTGGGGTGTAGCTTGCAACCCACAGCCTTATGCATGGT  1036

seq1  ATACAGGTGCTCTACTACTGAGCAAACATCCCCAGTCTTCAAGAGTGAAT  1098
      | ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAGGTGCTCTACCACTGAGC-AACATCCCCAGTCTTCAAGAGTGAAT  1085

seq1  TTAAGCTCTTCAACTCATATAGACAAACAAATATGCCCAAGCCTTAGGAA  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGCTCTTCAACTCATATAGACAAACAAATATGCCCAAGCCTTAGGAA  1135

seq1  GGGCATTGGAATTC  1162
      ||||||||||||||
seq2  GGGCATTGGAATTC  1149