BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-078D02
Chromosome4 (Build37)
Map Location 47,735,153 - 47,907,656
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneGabbr2, Anks6, LOC435781, Galnt12, Col15a1, Tgfbr1, LOC666236, LOC666473, Alg2, Sec61b
Downstream geneLOC100040788, Nr4a3, Stx17, Txndc4, Invs, Tex10, 5730528L13Rik, Tmeff1, 2310039E09Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-078D02.bB6Ng01-078D02.g
ACCDH893963DH893964
length1,135615
definitionDH893963|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-078D02, 5' end.DH893964|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-078D02, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(47,735,153 - 47,736,310)(47,907,042 - 47,907,656)
sequence
gaattcactatgtagaccaggctggccttgaactcagcaatcttcttgcc
ttagtttcctaagtgtagggatcacagacaagagagatgacacttggctc
atgttctaaaatcctagtgtaaaagttgtctatagggctagggattttcc
tgttcctgtgtatctgcttgtgatgctcatgtttgtgtttctactaacat
gcaacatacattggtattgaatatttgattttgatatattatttttgaag
agtgataaagtaaaaacaagtgctcttgttattaccattgacaatcacat
atcagggaaggatctattctagcagtgggaatagtgacaagaggtcacat
acagatagaatcaatatgaatctaccatactaagatctgatgtttgcata
tacacatgtgagaatccacatacaggagaaagcacatatgtgtgtacctt
ttacataatacacacacagagagacacaatcaatgctgctgccagtattc
agtttgatctccttttttataatagagcaatacatctgtatcctagaatc
tcagaatacttatataaatcttaaaaatgtgtgtgtgtgtgtaacccaat
cctgtagagcacagatccttcatctttttattacttgatgtgtagaattt
aagtaattttggagttaaacatttctcttgattaaaaacacaatagagtt
catatatgagtctaagaaagatctgctaagaagttagcagggttaaaccc
ttgtggagactttttttgtaacatagttaaagtccaaacaaagccaatta
attgagtgagtccttggaagagaaatggaagcaaaggggcacagtgacaa
acggtatctactttctctcctacaagtgcttcttctcatgaaggtatgat
gtgaactgtttcagagctggggataggatgggcacagaacccaagacact
acaaaatgttgctgggacttagcttccctgcttgctgcatgtgcttcacc
ctgtccctttcagtacacacacttctacatggcagtgactccacatgttc
cccatctcagtcctgaggactgggagttcttagccaccacaggaatataa
gatttgctattcataaaagctaccatgaaagcatg
gaattccagacacttaaaatgagtcaggatgccaaatttctaagggaaga
gcagagtatgttcctaccctcattcccggagttaaaagagtcaccttgac
actgataggaattctaaaaactaagttctgctgctgtttggaagtactca
gataactgcggttatttagaactggtgtggttttgctagggctggggaaa
ttcctctttcttttaactttttctaagtcctccgactcacattaatacta
aagagctgcaggtttgacacagcaaaattctcagatgatctttgtgggtg
acatcttagaaaatatggtctagattacttgctttcttctatttgttttt
atctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctat
ctatttattttggtttttcgagacaggatttctctgtgtagccctggatg
tcctggaactcactcagtagaccaggctggcctcgacctcaagaaatcca
cctgcctctgcctcccaagtgctgggattaaggcgtgcgccaccactgcc
tggcttgttttattttttaagtatgtgtttgtgtgtgggtatgtacacat
gttgcatgtgtcatg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_47735153_47736310
seq2: B6Ng01-078D02.b_45_1179

seq1  GAATTCACTATGTAGACCAGGCTGGCCTTGAACTCAGCAATCTTCTTGCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTATGTAGACCAGGCTGGCCTTGAACTCAGCAATCTTCTTGCC  50

seq1  TTAGTTTCCTAAGTGTAGGGATCACAGACAAGAGAGATGACACTTGGCTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTTTCCTAAGTGTAGGGATCACAGACAAGAGAGATGACACTTGGCTC  100

seq1  ATGTTCTAAAATCCTAGTGTAAAAGTTGTCTATAGGGCTAGGGATTTTCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTCTAAAATCCTAGTGTAAAAGTTGTCTATAGGGCTAGGGATTTTCC  150

seq1  TGTTCCTGTGTATCTGCTTGTGATGCTCATGTTTGTGTTTCTACTAACAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCCTGTGTATCTGCTTGTGATGCTCATGTTTGTGTTTCTACTAACAT  200

seq1  GCAACATACATTGGTATTGAATATTTGATTTTGATATATTATTTTTGAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAACATACATTGGTATTGAATATTTGATTTTGATATATTATTTTTGAAG  250

seq1  AGTGATAAAGTAAAAACAAGTGCTCTTGTTATTACCATTGACAATCACAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGATAAAGTAAAAACAAGTGCTCTTGTTATTACCATTGACAATCACAT  300

seq1  ATCAGGGAAGGATCTATTCTAGCAGTGGGAATAGTGACAAGAGGTCACAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGGGAAGGATCTATTCTAGCAGTGGGAATAGTGACAAGAGGTCACAT  350

seq1  ACAGATAGAATCAATATGAATCTACCATACTAAGATCTGATGTTTGCATA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGATAGAATCAATATGAATCTACCATACTAAGATCTGATGTTTGCATA  400

seq1  TACACATGTGAGAATCCACATACAGGAGAAAGCACATATGTGTGTACCTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACATGTGAGAATCCACATACAGGAGAAAGCACATATGTGTGTACCTT  450

seq1  TTACATAATACACACACAGAGAGACACAATCAATGCTGCTGCCAGTATTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACATAATACACACACAGAGAGACACAATCAATGCTGCTGCCAGTATTC  500

seq1  AGTTTGATCTCCTTTTTTATAATAGAGCAATACATCTGTATCCTAGAATC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTGATCTCCTTTTTTATAATAGAGCAATACATCTGTATCCTAGAATC  550

seq1  TCAGAATACTTATATAAATCTTAAAAATGTGTGTGTGTGTGTAACCCAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAATACTTATATAAATCTTAAAAATGTGTGTGTGTGTGTAACCCAAT  600

seq1  CCTGTAGAGCACAGATCCTTCATCTTTTTATTACTTGATGTGTAGAATTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTAGAGCACAGATCCTTCATCTTTTTATTACTTGATGTGTAGAATTT  650

seq1  AAGTAATTTTGGAGTTAAACATTTCTCTTGATTAAAAACACAATAGAGTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTAATTTTGGAGTTAAACATTTCTCTTGATTAAAAACACAATAGAGTT  700

seq1  CATATATGAGTCTAAGAAAGATCTGCTAAGAAGTTAGCAGGGTTAAACCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATATGAGTCTAAGAAAGATCTGCTAAGAAGTTAGCAGGGTTAAACCC  750

seq1  TTGTGGAGACTTTTTTTGTAACATAGTTAAAGTCCAAACAAAGCCAATTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGGAGACTTTTTTTGTAACATAGTTAAAGTCCAAACAAAGCCAATTA  800

seq1  ATTGAGTGAGTCCTTGGAAGAGAAATGGAAGCAAAGGGGCACAGTGACAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGAGTGAGTCCTTGGAAGAGAAATGGAAGCAAAGGGGCACAGTGACAA  850

seq1  ACGGTATCTACTTTCTCTCCTACAAGTGCTTCTTCTCATGAAGGTATGAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGGTATCTACTTTCTCTCCTACAAGTGCTTCTTCTCATGAAGGTATGAT  900

seq1  GTGAACTGTTTCAGAGCTGGGGATAGGATGGCCACAGAACCCAAAGACAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| |
seq2  GTGAACTGTTTCAGAGCTGGGGATAGGATGGGCACAGAACCC-AAGAC-A  948

seq1  CTACAAAATGTTGCTGGGAACTTAGCTTCCCTGCTTTGCTGCCATGTGCC  1000
      |||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||||||| 
seq2  CTACAAAATGTTGCTGGG-ACTTAGCTTCCCTGC-TTGCTG-CATGTGC-  994

seq1  TTTCACCCTGTCCCTTTCCAGTAACACACACTTCTACATGGCAGTGAACT  1050
       |||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||
seq2  -TTCACCCTGTCCCTTT-CAGT-ACACACACTTCTACATGGCAGTG-ACT  1040

seq1  CCCACATG-TCCCCATCTCCAGTCCCTGAAGACTGGGAAGTTCTTAGGCC  1099
       ||||||| ||||||||| |||| ||||| ||||||| |||||||||  |
seq2  -CCACATGTTCCCCATCT-CAGT-CCTGAGGACTGGG-AGTTCTTAG--C  1084

seq1  CACCAACAGATTAT-AGATTTGCCTTCACTTCCCATAAAAGCTACACAAT  1148
      |||||   || ||| |||||||      ||   ||||||||||  || ||
seq2  CACCACAGGAATATAAGATTTG------CTATTCATAAAAGCT--ACCAT  1126

seq1  GAAAAGCATG  1158
      | ||||||||
seq2  G-AAAGCATG  1135

seq1: chr4_47907042_47907656
seq2: B6Ng01-078D02.g_67_681 (reverse)

seq1  CATGACACCTGCAACCTGTGTACATACCCACACACAAACACATACTTAAA  50
      |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGACACATGCAACATGTGTACATACCCACACACAAACACATACTTAAA  50

seq1  AATAAAAACAAGCCAGGCAGTGGTGGCGCACGCCTTAATCCCAGCACTTG  100
      ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAAAACAAGCCAGGCAGTGGTGGCGCACGCCTTAATCCCAGCACTTG  100

seq1  GGAGGCAGAGGCAGGTGGATTTCTTGAGGTCGAGGCCAGCCTGGTCTACT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGCAGAGGCAGGTGGATTTCTTGAGGTCGAGGCCAGCCTGGTCTACT  150

seq1  GAGTGAGTTCCAGGACATCCAGGGCTACACAGAGAAATCCTGTCTCGAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGAGTTCCAGGACATCCAGGGCTACACAGAGAAATCCTGTCTCGAAA  200

seq1  AACCAAAATAAATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCAAAATAAATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATA  250

seq1  GATAGATAGATAGATAAAAACAAATAGAAGAAAGCAAGTAATCTAGACCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGATAGATAGATAAAAACAAATAGAAGAAAGCAAGTAATCTAGACCA  300

seq1  TATTTTCTAAGATGTCACCCACAAAGATCATCTGAGAATTTTGCTGTGTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTCTAAGATGTCACCCACAAAGATCATCTGAGAATTTTGCTGTGTC  350

seq1  AAACCTGCAGCTCTTTAGTATTAATGTGAGTCGGAGGACTTAGAAAAAGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCTGCAGCTCTTTAGTATTAATGTGAGTCGGAGGACTTAGAAAAAGT  400

seq1  TAAAAGAAAGAGGAATTTCCCCAGCCCTAGCAAAACCACACCAGTTCTAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAGAAAGAGGAATTTCCCCAGCCCTAGCAAAACCACACCAGTTCTAA  450

seq1  ATAACCGCAGTTATCTGAGTACTTCCAAACAGCAGCAGAACTTAGTTTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACCGCAGTTATCTGAGTACTTCCAAACAGCAGCAGAACTTAGTTTTT  500

seq1  AGAATTCCTATCAGTGTCAAGGTGACTCTTTTAACTCCGGGAATGAGGGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATTCCTATCAGTGTCAAGGTGACTCTTTTAACTCCGGGAATGAGGGT  550

seq1  AGGAACATACTCTGCTCTTCCCTTAGAAATTTGGCATCCTGACTCATTTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAACATACTCTGCTCTTCCCTTAGAAATTTGGCATCCTGACTCATTTT  600

seq1  AAGTGTCTGGAATTC  615
      |||||||||||||||
seq2  AAGTGTCTGGAATTC  615