BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-080I06
Chromosome4 (Build37)
Map Location 55,098,896 - 55,231,370
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC670211
Upstream geneLOC666901, LOC100041303, LOC384018, EG666920, Zfp462
Downstream geneRad23b, LOC666953, LOC100041348, Klf4
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-080I06.bB6Ng01-080I06.g
ACCDH895633DH895634
length1,122577
definitionDH895633|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-080I06, 5' end.DH895634|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-080I06, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(55,230,244 - 55,231,370)(55,098,896 - 55,099,471)
sequence
gaattcatcttgttacatttaaagactgagttaataaattatcaaatttg
tcagaccaaccatgctgcaagttttcctgggtaataggatttaattatat
tcagctcggggccctgcacaatggggacattgacaagctggagcacattc
atcaacaaagcggagggggctgttttgaagactatttataaacactgcct
tttcttagcatttatttggaacatattaaaataacctgtgaatgtgttag
aaggtctttctgttcctcactttataaatgattgtttcaattttaaacaa
agctgttttcctttttctgcatgcagcagggcgtctgtcctgataatcgt
ataggatctgtaatgagaaagcacagtacagcgcttaaaggggggggggc
actaagaaataaaagtttccaaagtcaagagaacagtgggcacagagagc
aaggacacattctcccatgcactgtgggtctgcttgtagttatcgtgcat
tgagagattgctgtgtacgaacgtggtgctaggttagcgcttggcacata
cactttacaggtaagagactcacagccactgagtggctcagctgcaggtc
tttggagacatttttttcacatcctatggtttctctgcctgatttcccca
tgaactggctctccttgaaggcaaagctcaaggctggctgtagctctcta
cctgggaggacacagaaaaagatcctcagtgctcaggtggtgtggtgttt
tcccttttccattggggacaaataggccttgctctctaaggaaggctata
ggggcaagcactggggagattctaaattaagggaatattttctccatgga
ataaaacaagcttaagttaagattgttgagaccagagccaagatgtggag
ttagattgttagaatatgcaattgccttgctctaagatggcctccaaagg
gatgctctttatcatggggccagaactctttaggcctgggaactgtttcc
taaagggtacagcctctactcttctctttgctattgattatctcctattc
agtcaaattctgtcggtatcattaggtctgtctgtctgtctgtctatttg
acagcggttcttactatctagc
gaattcttgtccattctagaaggtcaaggatctgactgaagacctgccaa
agcctacaaagtactgcataaaagagtaatttaaaaatgtgaaggaagag
agccagggagacggcactgcaggtaacacatgtgacatacaagcctcatg
acctgagcttgatcctggaacccacttaaagacaggagagaactcagttc
acaagctgtcctctgatgcccaaagtgtgccaccacaacaaaaacaaaca
aacatatttaaaaggagtcaggcaacagtggcatatacctttaatctcag
cattcaagaggcagagttaagtggatctctgttaagttccagagatccaa
ggccagcctgattgaagagttctagaacatctagggctacacagagaaac
cctgtttcaaaaaaaaaaaaaaactagataggtaagagatagatagatag
atagatagatagatagatagatagatagatagatagataggtagataaaa
taatatatataaatgatttttaaagataaatacagaggaaggcctcagag
atcgagtttttttagcttagttaagag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_55230244_55231370
seq2: B6Ng01-080I06.b_48_1169 (reverse)

seq1  GCTAGATAGTAAGA--CGCTGTCAAAATAGACAGACAGACAGACAGACCT  48
      ||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAGATAGTAAGAACCGCTGTC-AAATAGACAGACAGACAGACAGACCT  49

seq1  AATGATACCGAACAGAATTTTGGACTGAATAGGAGATAAATCCATAGCAA  98
      |||||||||| |||||||||  ||||||||||||||| |||| |||||||
seq2  AATGATACCG-ACAGAATTT--GACTGAATAGGAGAT-AATCAATAGCAA  95

seq1  AGAGAAGGAGTAGAGGCTGTACCCCTCTAGGAAACAGTTCCCAGGCCTAA  148
      |||||| |||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAA-GAGTAGAGGCTGTA-CCCTTTAGGAAACAGTTCCCAGGCCTAA  143

seq1  AGAGTTCTGGCCCCATGATTAAGAGCATCCCTTTGGAGGCCATCTTAGAG  198
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTTCTGGCCCCATGATAAAGAGCATCCCTTTGGAGGCCATCTTAGAG  193

seq1  CAAGGCAATTGCATATTCTAACAATCTAACTCCACATCTTGGCTCTGGTC  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGCAATTGCATATTCTAACAATCTAACTCCACATCTTGGCTCTGGTC  243

seq1  TCAACAATCTTAACTTAAGCTTGTTTTATTCCATGGAGAAAATATTCCCT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACAATCTTAACTTAAGCTTGTTTTATTCCATGGAGAAAATATTCCCT  293

seq1  TAATTTAGAATCTCCCCAGTGCTTGCCCCTATAGCCTTCCTTAGAGAGCA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTTAGAATCTCCCCAGTGCTTGCCCCTATAGCCTTCCTTAGAGAGCA  343

seq1  AGGCCTATTTGTCCCCAATGGAAAAGGGAAAACACCACACCACCTGAGCA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCTATTTGTCCCCAATGGAAAAGGGAAAACACCACACCACCTGAGCA  393

seq1  CTGAGGATCTTTTTCTGTGTCCTCCCAGGTAGAGAGCTACAGCCAGCCTT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGGATCTTTTTCTGTGTCCTCCCAGGTAGAGAGCTACAGCCAGCCTT  443

seq1  GAGCTTTGCCTTCAAGGAGAGCCAGTTCATGGGGAAATCAGGCAGAGAAA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTTTGCCTTCAAGGAGAGCCAGTTCATGGGGAAATCAGGCAGAGAAA  493

seq1  CCATAGGATGTGAAAAAAATGTCTCCAAAGACCTGCAGCTGAGCCACTCA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATAGGATGTGAAAAAAATGTCTCCAAAGACCTGCAGCTGAGCCACTCA  543

seq1  GTGGCTGTGAGTCTCTTACCTGTAAAGTGTATGTGCCAAGCGCTAACCTA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCTGTGAGTCTCTTACCTGTAAAGTGTATGTGCCAAGCGCTAACCTA  593

seq1  GCACCACGTTCGTACACAGCAATCTCTCAATGCACGATAACTACAAGCAG  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACCACGTTCGTACACAGCAATCTCTCAATGCACGATAACTACAAGCAG  643

seq1  ACCCACAGTGCATGGGAGAATGTGTCCTTGCTCTCTGTGCCCACTGTTCT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCACAGTGCATGGGAGAATGTGTCCTTGCTCTCTGTGCCCACTGTTCT  693

seq1  CTTGACTTTGGAAACTTTTATTTCTTAGTGCCCCCCCCCCTTTAAGCGCT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGACTTTGGAAACTTTTATTTCTTAGTGCCCCCCCCCCTTTAAGCGCT  743

seq1  GTACTGTGCTTTCTCATTACAGATCCTATACGATTATCAGGACAGACGCC  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACTGTGCTTTCTCATTACAGATCCTATACGATTATCAGGACAGACGCC  793

seq1  CTGCTGCATGCAGAAAAAGGAAAACAGCTTTGTTTAAAATTGAAACAATC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTGCATGCAGAAAAAGGAAAACAGCTTTGTTTAAAATTGAAACAATC  843

seq1  ATTTATAAAGTGAGGAACAGAAAGACCTTCTAACACATTCACAGGTTATT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTATAAAGTGAGGAACAGAAAGACCTTCTAACACATTCACAGGTTATT  893

seq1  TTAATATGTTCCAAATAAATGCTAAGAAAAGGCAGTGTTTATAAATAGTC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATATGTTCCAAATAAATGCTAAGAAAAGGCAGTGTTTATAAATAGTC  943

seq1  TTCAAAACAGCCCCCTCCGCTTTGTTGATGAATGTGCTCCAGCTTGTCAA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAAACAGCCCCCTCCGCTTTGTTGATGAATGTGCTCCAGCTTGTCAA  993

seq1  TGTCCCCATTGTGCAGGGCCCCGAGCTGAATATAATTAAATCCTATTACC  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCCCATTGTGCAGGGCCCCGAGCTGAATATAATTAAATCCTATTACC  1043

seq1  CAGGAAAACTTGCAGCATGGTTGGTCTGACAAATTTGATAATTTATTAAC  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAAAACTTGCAGCATGGTTGGTCTGACAAATTTGATAATTTATTAAC  1093

seq1  TCAGTCTTTAAATGTAACAAGATGAATTC  1127
      |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTCTTTAAATGTAACAAGATGAATTC  1122

seq1: chr4_55098896_55099471
seq2: B6Ng01-080I06.g_71_647

seq1  GAATTCTTGTCCATTCTAGAAGGTCAAGGATCTGACTGAAGACCTGCCAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTGTCCATTCTAGAAGGTCAAGGATCTGACTGAAGACCTGCCAA  50

seq1  AGCCTACAAAGTACTGCATAAAAGAGTAATTTAAAAATGTGAAGGAAGAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTACAAAGTACTGCATAAAAGAGTAATTTAAAAATGTGAAGGAAGAG  100

seq1  AGCCAGGGAGACGGCACTGCAGGTAACACATGTGACATACAAGCCTCATG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAGGGAGACGGCACTGCAGGTAACACATGTGACATACAAGCCTCATG  150

seq1  ACCTGAGCTTGATCCTGGAACCCACTTAAAGACAGGAGAGAACTCAGTTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGAGCTTGATCCTGGAACCCACTTAAAGACAGGAGAGAACTCAGTTC  200

seq1  ACAAGCTGTCCTCTGATGCCCAAAGTGTGCCACCACAACAAAAACAAACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGCTGTCCTCTGATGCCCAAAGTGTGCCACCACAACAAAAACAAACA  250

seq1  AACATATTTAAAAGGAGTCAGGCAACAGTGGCATATACCTTTAATCTCAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATATTTAAAAGGAGTCAGGCAACAGTGGCATATACCTTTAATCTCAG  300

seq1  CATTCAAGAGGCAGAGTTAAGTGGATCTCTGTTAAGTTCCAGAGATCCAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCAAGAGGCAGAGTTAAGTGGATCTCTGTTAAGTTCCAGAGATCCAA  350

seq1  GGCCAGCCTGATTGAAGAGTTCTAGAACATCTAGGGCTACACAGAGAAAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCAGCCTGATTGAAGAGTTCTAGAACATCTAGGGCTACACAGAGAAAC  400

seq1  CCTGTTTCAAAAAAAAAAAAAAACTAGATAGGTAAGAGATAGATAGATAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTTTCAAAAAAAAAAAAAAACTAGATAGGTAAGAGATAGATAGATAG  450

seq1  ATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGGTAGATAAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGGTAGATAAAA  500

seq1  TAATATATATAAATGATTTTTAAAGATAAATACAGAGGAAGGCCTCAGGG  550
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  TAATATATATAAATGATTTTTAAAGATAAATACAGAGGAAGGCCTCAGAG  550

seq1  ATCGAG-TTTTATAGCTTAGTTAAGAG  576
      |||||| |||| |||||||||||||||
seq2  ATCGAGTTTTTTTAGCTTAGTTAAGAG  577