BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-083D04
Chromosome4 (Build37)
Map Location 135,272,806 - 135,448,685
singlet/doubletdoublet
Overlap geneIl22ra1, LOC665334, Myom3, Fusip1, Pnrc2
Upstream geneLdlrap1, Tmem57, Rhd, Tmem50a, D4Wsu53e, Syf2, Runx3, Clic4, LOC676072, Srrm1, A330049M08Rik, LOC665287, Dscr1l2, Npal3, 4930555I21Rik, Grhl3, 1700029M20Rik, Il28ra
Downstream geneCnr2, Fuca1, Hmgcl, Gale, Lypla2, 1110049F12Rik, LOC669445, Tceb3, Rpl11, Id3, E2f2, Ddefl1, Tcea3, Zfp46, Hnrpr, Htr1d, LOC100042540, Luzp1, Aof2, LOC667080, LOC433770, 4930549C01Rik, BC029684, Ephb2, C1qb, C1qc
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-083D04.bB6Ng01-083D04.g
ACCDH897528DH897529
length1,155976
definitionDH897528|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-083D04, 5' end.DH897529|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-083D04, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(135,447,527 - 135,448,685)(135,272,806 - 135,273,721)
sequence
gaattctcactcccagacatctggctctgaggaagccgccatgggaaaga
gaaatggcatgtcccccaacacctggctctgtctgcggctcagggtgtgt
gatggtggctagaggcatgcacacatgagggagggagggaaggaaacatt
acaagaaccagggaaaagaagtatgcagaattgagttctctcttttaaaa
gttatgtactttattattgaagtgtgtttattgtctttaataacttatta
tttgtatttttatatacactggtgttttgcctgcatgtatgtctgtgtga
gggtgttggattccctggaacagatgttagacaatcgtgagctgccatgt
gggtgttgggaattgaagccaggtcctctggaagaccagccagtgctctt
aactgctgagccatctcttcagccatgtgtgtgtgtccatgtgcagtact
tgaggaagccagaaggtgcagcctcagttgcaattgaaggcccaggactg
aaggggtcatgcagtgttttggagatgcaagtaccatgagatgaccacca
agagcagcagcagcagtggagtacagacatctggagcctagaggatgacg
cgtgtgctacaaagggcctggctggagaagtgacccaagcccttggagga
gcccagaagatcgtgagttggatcccagacattggacagttggagattga
cttttgcttttgattgtgactgtgccctgatattttccctcttgaaggaa
gaaactgttttagtggagcccacagttaagagactattaattgtaaaaag
actttgaattttaaaagagatggatattttaaagagattgaaattttaag
aatatgtaaagaatctctgaatctctgaaactggagttagaggtggttgt
aggctgtcatgtgggtgctgggaacccaacttagtcctctgaaagcgcag
caagctctctaactgctgaggcatctctccgccctctgctactccatcac
cacctcctgggctctctctggtgtgatagtcacttcctcatctggtctca
atttcccaattcctggaatgaggaagttggagagagaaaggtacctttaa
cctctcacacccatcctgaatcacccaggaacctgaaaacaaattgcttg
gccct
gaattccacactggacagagcttaagcatcggagacctcaaatcccacct
acacagtggcacacttccttcaacaaggccacacacactccaatacggcc
actccctatggccaagctttcaaacacatgaacctatgtgggccaaacct
attcaaaccaccacactatgacagaagtgtagatgtcagaggacaacgtg
agggagtggcttctctccttccaccgtatgggtcccaggactcaaactta
ggttgtcaagcttagcttagtggcaagtttccttacctgttaagacatct
cgctggccacataatccagggattttgtttgtttgttttaactatatact
agaagtgttctactcttagagaagcatagtggcctaattatgaggaaaag
acttgcaaggacacccagaggcccatgtgctgcaggagctactacaggtg
taagtatgtaatagagagatggacgagaaagagaagtggcgcaatattag
gagaggcaaaactggaactaagagggtggaaaggaacagcctgatgtgag
tggtctgccccgccacctgaggccatggggaagtccctgcctgtgctgcc
cctgagggcaatgtctggatctgtggccatgcagccccaagggtctgtgt
cagtgtctgtggctcatatttccactaaagaccatgtgaatgtcctactc
taggctgcctcctgggaccacgttgatgccctaggatgtgaagagctggc
cccacctctcactgctgtggcactcagagagtgggctctgtacttcacct
gggcaggacattagggctggccctgatcgtgaaggcacaggtgagccagc
cccaagggtgtgatcacaggagagctggccttgccccttaccaggtgcag
cattgagtgaggtaccctgggtagtgttggtgagtcggccctcgtagtgt
gggctcagggaatctggcagctcaac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_135447527_135448685
seq2: B6Ng01-083D04.b_47_1201 (reverse)

seq1  AGGGCC-AGCAATCTGTTTGTCAGGTCCCTGGGTGATTCA-GATGTGTGT  48
      |||||| |||||| ||||| |||||| ||||||||||||| |||| ||||
seq2  AGGGCCAAGCAATTTGTTT-TCAGGTTCCTGGGTGATTCAGGATGGGTGT  49

seq1  G-GAGGTTTTAAAGGTACCTTT-TCTCTCCAACTTCCTCATTCCAGGAAT  96
      | ||||  |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGG--TTAAAGGTACCTTTCTCTCTCCAACTTCCTCATTCCAGGAAT  97

seq1  GGGGAAATTGAGACCAGATGAAGGAAGTGACTTATCACACCAGAGAGAGC  146
       ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TGGGAAATTGAGACCAGATG-AGGAAGTGAC-TATCACACCAGAGAGAGC  145

seq1  CCAGGAGGTGGTGATGGAGTAGCAGAGGGGCGGAGAGATGCCTCAGCAGT  196
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGAGGTGGTGATGGAGTAGCAGA-GGGCGGAGAGATGCCTCAGCAGT  194

seq1  TAAGAGAGCTTGCTGCGCTTTCAGAGGACCTAAGTTGGGTTCCCAGCACC  246
      | |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  T-AGAGAGCTTGCTGCGCTTTCAGAGGA-CTAAGTTGGGTTCCCAGCACC  242

seq1  CACATGACAGCCTACAACCACCTCTAACTCCAGTTTCAGAGATTCAGAGA  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATGACAGCCTACAACCACCTCTAACTCCAGTTTCAGAGATTCAGAGA  292

seq1  TTCTTTACATATTCTTAAAATTTCAATCTCTTTAAAATATCCATCTCTTT  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTACATATTCTTAAAATTTCAATCTCTTTAAAATATCCATCTCTTT  342

seq1  TAAAATTCAAAGTCTTTTTACAATTAATAGTCTCTTAACTGTGGGCTCCA  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATTCAAAGTCTTTTTACAATTAATAGTCTCTTAACTGTGGGCTCCA  392

seq1  CTAAAACAGTTTCTTCCTTCAAGAGGGAAAATATCAGGGCACAGTCACAA  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAAACAGTTTCTTCCTTCAAGAGGGAAAATATCAGGGCACAGTCACAA  442

seq1  TCAAAAGCAAAAGTCAATCTCCAACTGTCCAATGTCTGGGATCCAACTCA  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAAGCAAAAGTCAATCTCCAACTGTCCAATGTCTGGGATCCAACTCA  492

seq1  CGATCTTCTGGGCTCCTCCAAGGGCTTGGGTCACTTCTCCAGCCAGGCCC  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGATCTTCTGGGCTCCTCCAAGGGCTTGGGTCACTTCTCCAGCCAGGCCC  542

seq1  TTTGTAGCACACGCGTCATCCTCTAGGCTCCAGATGTCTGTACTCCACTG  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTAGCACACGCGTCATCCTCTAGGCTCCAGATGTCTGTACTCCACTG  592

seq1  CTGCTGCTGCTCTTGGTGGTCATCTCATGGTACTTGCATCTCCAAAACAC  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTGCTGCTCTTGGTGGTCATCTCATGGTACTTGCATCTCCAAAACAC  642

seq1  TGCATGACCCCTTCAGTCCTGGGCCTTCAATTGCAACTGAGGCTGCACCT  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATGACCCCTTCAGTCCTGGGCCTTCAATTGCAACTGAGGCTGCACCT  692

seq1  TCTGGCTTCCTCAAGTACTGCACATGGACACACACACATGGCTGAAGAGA  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGCTTCCTCAAGTACTGCACATGGACACACACACATGGCTGAAGAGA  742

seq1  TGGCTCAGCAGTTAAGAGCACTGGCTGGTCTTCCAGAGGACCTGGCTTCA  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTCAGCAGTTAAGAGCACTGGCTGGTCTTCCAGAGGACCTGGCTTCA  792

seq1  ATTCCCAACACCCACATGGCAGCTCACGATTGTCTAACATCTGTTCCAGG  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCCAACACCCACATGGCAGCTCACGATTGTCTAACATCTGTTCCAGG  842

seq1  GAATCCAACACCCTCACACAGACATACATGCAGGCAAAACACCAGTGTAT  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATCCAACACCCTCACACAGACATACATGCAGGCAAAACACCAGTGTAT  892

seq1  ATAAAAATACAAATAATAAGTTATTAAAGACAATAAACACACTTCAATAA  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAAATACAAATAATAAGTTATTAAAGACAATAAACACACTTCAATAA  942

seq1  TAAAGTACATAACTTTTAAAAGAGAGAACTCAATTCTGCATACTTCTTTT  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGTACATAACTTTTAAAAGAGAGAACTCAATTCTGCATACTTCTTTT  992

seq1  CCCTGGTTCTTGTAATGTTTCCTTCCCTCCCTCCCTCATGTGTGCATGCC  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGGTTCTTGTAATGTTTCCTTCCCTCCCTCCCTCATGTGTGCATGCC  1042

seq1  TCTAGCCACCATCACACACCCTGAGCCGCAGACAGAGCCAGGTGTTGGGG  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGCCACCATCACACACCCTGAGCCGCAGACAGAGCCAGGTGTTGGGG  1092

seq1  GACATGCCATTTCTCTTTCCCATGGCGGCTTCCTCAGAGCCAGATGTCTG  1146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATGCCATTTCTCTTTCCCATGGCGGCTTCCTCAGAGCCAGATGTCTG  1142

seq1  GGAGTGAGAATTC  1159
      |||||||||||||
seq2  GGAGTGAGAATTC  1155

seq1: chr4_135272806_135273721
seq2: B6Ng01-083D04.g_67_981

seq1  GAATTCCACACTGGACAGAGCTTAAGCATCGGAGACCTCAAATCCCACCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCACACTGGACAGAGCTTAAGCATCGGAGACCTCAAATCCCACCT  50

seq1  ACACAGTGGCACACTTCCTTCAACAAGGCCACACACACTCCAATACGGCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAGTGGCACACTTCCTTCAACAAGGCCACACACACTCCAATACGGCC  100

seq1  ACTCCCTATGGCCAAGCTTTCAAACACATGAACCTATGTGGGCCAAACCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCCTATGGCCAAGCTTTCAAACACATGAACCTATGTGGGCCAAACCT  150

seq1  ATTCAAACCACCACACTATGACAGAAGTGTAGATGTCAGAGGACAACGTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCAAACCACCACACTATGACAGAAGTGTAGATGTCAGAGGACAACGTG  200

seq1  AGGGAGTGGCTTCTCTCCTTCCACCGTATGGGTCCCAGGACTCAAACTTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAGTGGCTTCTCTCCTTCCACCGTATGGGTCCCAGGACTCAAACTTA  250

seq1  GGTTGTCAAGCTTAGCTTAGTGGCAAGTTTCCTTACCTGTTAAGACATCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGTCAAGCTTAGCTTAGTGGCAAGTTTCCTTACCTGTTAAGACATCT  300

seq1  CGCTGGCCACATAATCCAGGGATTTTGTTTGTTTGTTTTAACTATATACT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCTGGCCACATAATCCAGGGATTTTGTTTGTTTGTTTTAACTATATACT  350

seq1  AGAAGTGTTCTACTCTTAGAGAAGCATAGTGGCCTAATTATGAGGAAAAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGTGTTCTACTCTTAGAGAAGCATAGTGGCCTAATTATGAGGAAAAG  400

seq1  ACTTGCAAGGACACCCAGAGGCCCATGTGCTGCAGGAGCTACTACAGGTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGCAAGGACACCCAGAGGCCCATGTGCTGCAGGAGCTACTACAGGTG  450

seq1  TAAGTATGTAATAGAGAGATGGACGAGAAAGAGAAGTGGCGCAATATTAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTATGTAATAGAGAGATGGACGAGAAAGAGAAGTGGCGCAATATTAG  500

seq1  GAGAGGCAAAACTGGAACTAAGAGGGTGGAAAGGAACAGCCTGATGTGAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGGCAAAACTGGAACTAAGAGGGTGGAAAGGAACAGCCTGATGTGAG  550

seq1  TGGTCTGCCCCGCCACCTGAGGCCATGGGGAAGTCCCTGCCTGTGCTGCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCTGCCCCGCCACCTGAGGCCATGGGGAAGTCCCTGCCTGTGCTGCC  600

seq1  CCTGAGGGCAATGTCTGGATCTGTGGCCATGCAGCCCCAAGGGTCTGTGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGAGGGCAATGTCTGGATCTGTGGCCATGCAGCCCCAAGGGTCTGTGT  650

seq1  CAGTGTCTGTGGCTCATATTTCCACTAAAGACCATGTGAATGTCCTACTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGTCTGTGGCTCATATTTCCACTAAAGACCATGTGAATGTCCTACTC  700

seq1  TAGGCTGCCTCCTGGGACCACGTTGATGCCCTAGGATGTGAAGAGCTGGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGCTGCCTCCTGGGACCACGTTGATGCCCTAGGATGTGAAGAGCTGGC  750

seq1  CCCACCTCTCACTGCTGTGGCACTCAGGAGAGTGGGCTCTGTACTTCACC  800
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACCTCTCACTGCTGTGGCACTCA-GAGAGTGGGCTCTGTACTTCACC  799

seq1  TGGGCAGGACATTAGGGCTGGCCCTGATCGTGAAGGCACAGGTGAGCCAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCAGGACATTAGGGCTGGCCCTGATCGTGAAGGCACAGGTGAGCCAG  849

seq1  CCCCAAGGGTGTGATCACAGGAGAGCTGGCCTTGCCCCTTACCAGGTGCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAAGGGTGTGATCACAGGAGAGCTGGCCTTGCCCCTTACCAGGTGCA  899

seq1  GCATTGAGTGAGGTAC  916
      ||||||||||||||||
seq2  GCATTGAGTGAGGTAC  915