BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-105N01
Chromosome4 (Build37)
Map Location 85,223,999 - 85,309,105
singlet/doubletdoublet
Overlap geneA930009N24
Upstream geneLOC100040660, LOC624465, LOC100040284, D530005L17Rik, LOC622811, LOC100040303, Sh3gl2
Downstream geneLOC668052, Adamtsl1, 4930500O09Rik, Rraga, 6230416J20Rik, LOC100040388, Adfp
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-105N01.bB6Ng01-105N01.g
ACCDH913732DH913733
length1,0791,196
definitionDH913732|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-105N01, 5' end.DH913733|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-105N01, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(85,223,999 - 85,225,084)(85,307,889 - 85,309,105)
sequence
gaattcacttggtgagtgccactggcttcaaacttatcctcctttctcca
tctggaacgctcagattataagcatgttctactaacataattgtatacag
gaatgtgtgggcatcctttttcataccatttatatataaagaaacatggg
tggtttgacatattaacttttgtatgtgcccccccccctgcatttctgtc
agtttctatgacagtagattggtcctttgtaaacatccatatgatcatga
catttgcaaacaccattttactcttattttatggtatagatgcctttaat
ttattttatttaaatggttatcttgtgtataaatttcaggtctatgttga
acaaaagtagcaagagaagccaagctcagtgcttcacccttggctgtgga
agctgtgggctcgccactagaaatccttattgtattgaagcatatccctt
ctacatcaaatttgttgcaagctcttaatcactgcaggatattccacact
gtcatgtgctttttgtttctcttaagatgattatatgattttaaacatat
ttctattattgtttctcttattatttgaaaccataatataattacatcat
ttccctttccctttctagccctgaaaacatgattactatcttttgttctt
caaatgtggtatatcgcatctattaattggcacatataaaaacatccttg
tatcccttggataaatatcacttgtcatggttacggtccctgtaatgcac
tattgagtttggttttaagtattttatggggctctttgtgtctgtgctta
tcaggaatatttagatctacaatttttcttagagtatcttcatctggctt
tagtattagaggaatgccatctctgtgcaatgagctgtggtgttctgccc
actacactttgataattgtgggagtatgtcccccacaatttcatgtgctt
caagtgtggtcagcagtgtggtagagcaggtagtagagtaaggcacactg
taagtagataggtctaggagggacattctagaaagtatgaacttctccta
ggttggcggtagtctcaatcaagaatggg
gaattcccagaagttggggatagggaatatgagaagattataaagtaaac
ctgactaaaatcagcaggatagacatgtcaaaagagaaataagattgttg
ttgagtctgagtataataagaaataagtgacaggcaatcctgttactctg
ccagatgtctataggcagtttacctaagtagctgtgtgttcggtcttgcc
cagcatgtcagaagctgacacagctaataaagataatcgtaaagactgtg
accctcgctggacagaagccagactcttatgcatttctgaaatgaagaaa
acaaaatacttcaggtggcttagctcagagggtcattttatggattagct
aaattacatctaacagccactgaacagacatgaaacaaccattcacgtga
actcatgggtaaaaagttattgcaaacataaacacttatctcagttaagg
cactgaacagcctcagtgtctaaagtggaaggcacacttagggtgttatt
aatctttctatgcaaaagagagagatggatagagagaatccaaaggatga
tggactgaagatcaagttatgctttgtttttaataatatattatgacttc
aaatctaatgaggtcaagaaaaaatatatattttataatttcaaaagaaa
ataatgaaactgtggtctgcatgatactcttaggcaatatttaacaagaa
caaggaaaatcagctcaagagcagatcttggacttgctttcccacataga
cttgaaacaaatggcatgttattacatgtatgtgcatgtacaggttgtgt
gggtatgaaaccacctaattctttgtgattattttgtatgaaaaatgtca
tttttctttctttttttctttttccccctacccttcctcaaatgtcattt
ttctacagtgtcttttgatatggtgtcataagttttactccaatacagat
cagtatgtcaaaacgttactgttgtaagtgtaatttttcccacaaccatt
gatgctatcccaccataatgtcaatttgtaaccattccatcatttaatta
tacatgatcgataaggacacgatgtttattaattaattgaatcctaattt
cttttaaatgggttcacaagagatcctgaagctttggatcgaggactggc
cttttcaattcccaccaggtccaaatgaataagttgggtggacctc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_85223999_85225084
seq2: B6Ng01-105N01.b_44_1122

seq1  GAATTCACTTGGTGAGTGCCACTGGCTTCAAACTTATCCTCCTTTCTCCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTTGGTGAGTGCCACTGGCTTCAAACTTATCCTCCTTTCTCCA  50

seq1  TCTGGAACGCTCAGATTATAAGCATGTTCTACTAACATAATTGTATACAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGAACGCTCAGATTATAAGCATGTTCTACTAACATAATTGTATACAG  100

seq1  GAATGTGTGGGCATCCTTTTTCATACCATTTATATATAAAGAAACATGGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGTGTGGGCATCCTTTTTCATACCATTTATATATAAAGAAACATGGG  150

seq1  TGGTTTGACATATTAACTTTTGTATGTGCCCCCCCCCCTGCATTTCTGTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTTGACATATTAACTTTTGTATGTGCCCCCCCCCCTGCATTTCTGTC  200

seq1  AGTTTCTATGACAGTAGATTGGTCCTTTGTAAACATCCATATGATCATGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTCTATGACAGTAGATTGGTCCTTTGTAAACATCCATATGATCATGA  250

seq1  CATTTGCAAACACCATTTTACTCTTATTTTATGGTATAGATGCCTTTAAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTGCAAACACCATTTTACTCTTATTTTATGGTATAGATGCCTTTAAT  300

seq1  TTATTTTATTTAAATGGTTATCTTGTGTATAAATTTCAGGTCTATGTTGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTTATTTAAATGGTTATCTTGTGTATAAATTTCAGGTCTATGTTGA  350

seq1  ACAAAAGTAGCAAGAGAAGCCAAGCTCAGTGCTTCACCCTTGGCTGTGGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAAGTAGCAAGAGAAGCCAAGCTCAGTGCTTCACCCTTGGCTGTGGA  400

seq1  AGCTGTGGGCTCGCCACTAGAAATCCTTATTGTATTGAAGCATATCCCTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGTGGGCTCGCCACTAGAAATCCTTATTGTATTGAAGCATATCCCTT  450

seq1  CTACATCAAATTTGTTGCAAGCTCTTAATCACTGCAGGATATTCCACACT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACATCAAATTTGTTGCAAGCTCTTAATCACTGCAGGATATTCCACACT  500

seq1  GTCATGTGCTTTTTGTTTCTCTTAAGATGATTATATGATTTTAAACATAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATGTGCTTTTTGTTTCTCTTAAGATGATTATATGATTTTAAACATAT  550

seq1  TTCTATTATTGTTTCTCTTATTATTTGAAACCATAATATAATTACATCAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTATTATTGTTTCTCTTATTATTTGAAACCATAATATAATTACATCAT  600

seq1  TTCCCTTTCCCTTTCTAGCCCTGAAAACATGATTACTATCTTTTGTTCTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCTTTCCCTTTCTAGCCCTGAAAACATGATTACTATCTTTTGTTCTT  650

seq1  CAAATGTGGTATATCGCATCTATTAATTGGCACATATAAAAACATCCTTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATGTGGTATATCGCATCTATTAATTGGCACATATAAAAACATCCTTG  700

seq1  TATCCCTTGGATAAATATCACTTGTCATGGTTACGGTCCCTGTAATGCAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCCCTTGGATAAATATCACTTGTCATGGTTACGGTCCCTGTAATGCAC  750

seq1  TATTGAGTTTGGTTTTAAGTATTTTATGGGGCTCTTTGTGTCTGTGCTTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGAGTTTGGTTTTAAGTATTTTATGGGGCTCTTTGTGTCTGTGCTTA  800

seq1  TCAGGAATATTTAGATCTACAATTTTTCTTAGAGTATCTTCATCTGGCTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGAATATTTAGATCTACAATTTTTCTTAGAGTATCTTCATCTGGCTT  850

seq1  TAGTATTAGAGGAATGCCATCTCTGTGCAATGAGCTGTGGTGTTCTGCCC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTATTAGAGGAATGCCATCTCTGTGCAATGAGCTGTGGTGTTCTGCCC  900

seq1  ACTACACTTTGATAATTGTGGGAGTATGTCCCCCACAATTTCATGTGCTT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTACACTTTGATAATTGTGGGAGTATGTCCCCCACAATTTCATGTGCTT  950

seq1  CAAGTGTGGTCAGCAGTGTGGTAGAGCAGGGTAGTAGAAGTAAGGCACAC  1000
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||
seq2  CAAGTGTGGTCAGCAGTGTGGTAGAGCA-GGTAGTAG-AGTAAGGCACAC  998

seq1  TGTAAGTAGATAGGTCTAGGAGGGACAATTCTTAGAAAGGTATGAACTTC  1050
      |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| |||||||||||
seq2  TGTAAGTAGATAGGTCTAGGAGGGAC-ATTC-TAGAAA-GTATGAACTTC  1045

seq1  TCCTAGGTTGGCGGTAAGTCTCATACAAAGAATGGG  1086
      ||||||||||||||| ||||||| |  |||||||||
seq2  TCCTAGGTTGGCGGT-AGTCTCA-ATCAAGAATGGG  1079

seq1: chr4_85307889_85309105
seq2: B6Ng01-105N01.g_67_1262 (reverse)

seq1  GAGGTCCACCCCAACATCTGCCCCATCTGTGACCTGCTGGAGAATGTGAA  50
      |||||||| |||||| | |    ||| || |||||| ||| |||| ||||
seq2  GAGGTCCA-CCCAACTTAT---TCATTTG-GACCTGGTGG-GAAT-TGAA  43

seq1  AGGGCCAGTCCTGCAGATCCAAAGCTTTCAGGATCTC-TGTGAACACCAT  99
      | ||||||||||   |||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||
seq2  AAGGCCAGTCCT--CGATCCAAAGC-TTCAGGATCTCTTGTGAAC-CCAT  89

seq1  TTTAAAAAGTAATTTTAGTA-TCATATATTTAATAACATTTGTTGTCTTT  148
      ||  ||||| ||  |||| | |||  || ||||||| |  |  ||||   
seq2  TT--AAAAGAAA--TTAGGATTCAATTAATTAATAA-ACATCGTGTC---  131

seq1  TATTTTGTATCATGTATATTTAAATGATGGAATGTGTACAAAATTGACAT  198
        || |  |||||||||| |||||||||||||||  ||| ||||||||| 
seq2  -CTTATCGATCATGTATAATTAAATGATGGAATGGTTAC-AAATTGACA-  178

seq1  TTATGGTGGGATAGCATCAATGGTTGTGGG-AAAATTACACTTAACAACA  247
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||
seq2  TTATGGTGGGATAGCATCAATGGTTGTGGGAAAAATTACACTT-ACAACA  227

seq1  GTAACGTTTTGACATACCTGATCTGTATTGGAGTAAAACTTATGACACCA  297
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAACGTTTTGACATA-CTGATCTGTATTGGAGTAAAACTTATGACACCA  276

seq1  TATCAAAAGACACTGTAGAAAAATGACATTTGAGGAAGGGTAGGGGGAAA  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCAAAAGACACTGTAGAAAAATGACATTTGAGGAAGGGTAGGGGGAAA  326

seq1  AAGAAAAAAAGAAAGAAAAATGACATTTTTCATACAAAATAATCACAAAG  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAAAAAAGAAAGAAAAATGACATTTTTCATACAAAATAATCACAAAG  376

seq1  AATTAGGTGGTTTCATACCCACACAACCTGTACATGCACATACATGTAAT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTAGGTGGTTTCATACCCACACAACCTGTACATGCACATACATGTAAT  426

seq1  AACATGCCATTTGTTTCAAGTCTATGTGGGAAAGCAAGTCCAAGATCTGC  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATGCCATTTGTTTCAAGTCTATGTGGGAAAGCAAGTCCAAGATCTGC  476

seq1  TCTTGAGCTGATTTTCCTTGTTCTTGTTAAATATTGCCTAAGAGTATCAT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGAGCTGATTTTCCTTGTTCTTGTTAAATATTGCCTAAGAGTATCAT  526

seq1  GCAGACCACAGTTTCATTATTTTCTTTTGAAATTATAAAATATATATTTT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGACCACAGTTTCATTATTTTCTTTTGAAATTATAAAATATATATTTT  576

seq1  TTCTTGACCTCATTAGATTTGAAGTCATAATATATTATTAAAAACAAAGC  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTGACCTCATTAGATTTGAAGTCATAATATATTATTAAAAACAAAGC  626

seq1  ATAACTTGATCTTCAGTCCATCATCCTTTGGATTCTCTCTATCCATCTCT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACTTGATCTTCAGTCCATCATCCTTTGGATTCTCTCTATCCATCTCT  676

seq1  CTCTTTTGCATAGAAAGATTAATAACACCCTAAGTGTGCCTTCCACTTTA  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTTTGCATAGAAAGATTAATAACACCCTAAGTGTGCCTTCCACTTTA  726

seq1  GACACTGAGGCTGTTCAGTGCCTTAACTGAGATAAGTGTTTATGTTTGCA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACTGAGGCTGTTCAGTGCCTTAACTGAGATAAGTGTTTATGTTTGCA  776

seq1  ATAACTTTTTACCCATGAGTTCACGTGAATGGTTGTTTCATGTCTGTTCA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACTTTTTACCCATGAGTTCACGTGAATGGTTGTTTCATGTCTGTTCA  826

seq1  GTGGCTGTTAGATGTAATTTAGCTAATCCATAAAATGACCCTCTGAGCTA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCTGTTAGATGTAATTTAGCTAATCCATAAAATGACCCTCTGAGCTA  876

seq1  AGCCACCTGAAGTATTTTGTTTTCTTCATTTCAGAAATGCATAAGAGTCT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCACCTGAAGTATTTTGTTTTCTTCATTTCAGAAATGCATAAGAGTCT  926

seq1  GGCTTCTGTCCAGCGAGGGTCACAGTCTTTACGATTATCTTTATTAGCTG  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTCTGTCCAGCGAGGGTCACAGTCTTTACGATTATCTTTATTAGCTG  976

seq1  TGTCAGCTTCTGACATGCTGGGCAAGACCGAACACACAGCTACTTAGGTA  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCAGCTTCTGACATGCTGGGCAAGACCGAACACACAGCTACTTAGGTA  1026

seq1  AACTGCCTATAGACATCTGGCAGAGTAACAGGATTGCCTGTCACTTATTT  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGCCTATAGACATCTGGCAGAGTAACAGGATTGCCTGTCACTTATTT  1076

seq1  CTTATTATACTCAGACTCAACAACAATCTTATTTCTCTTTTGACATGTCT  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATTATACTCAGACTCAACAACAATCTTATTTCTCTTTTGACATGTCT  1126

seq1  ATCCTGCTGATTTTAGTCAGGTTTACTTTATAATCTTCTCATATTCCCTA  1197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTGCTGATTTTAGTCAGGTTTACTTTATAATCTTCTCATATTCCCTA  1176

seq1  TCCCCAACTTCTGGGAATTC  1217
      ||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCAACTTCTGGGAATTC  1196