BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-115J06
Chromosome4 (Build37)
Map Location 84,490,457 - 84,638,718
singlet/doubletdoublet
Overlap geneD530005L17Rik, LOC622811
Upstream gene4930473A06Rik, LOC668010, Bnc2, LOC100040660, LOC624465, LOC100040284
Downstream geneLOC100040303, Sh3gl2, A930009N24, LOC668052
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-115J06.bB6Ng01-115J06.g
ACCDH920805DH920806
length1,1701,091
definitionDH920805|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-115J06, 5' end.DH920806|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-115J06, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(84,637,526 - 84,638,718)(84,490,457 - 84,491,544)
sequence
gaattcagttgtagaccaatctggcctcaaattcaaagacccacgagcct
ctacctcccaagtgctagcatgaaaggcatgtgccaccatatctggttac
aagggatatcttaacttcttgtcatttgctaaatagattttgaataactt
ttcaaggttaaccaaactttataataaaacaggagaaacataattttagt
ctgtgagtatatgtagtaagaaatcggaggtttttttaaaaatgtgagtt
gttaagacattagattacaataagtgaagattatttaaaatttaatatgc
aattataaataggtcaaatgttcataaaggcattaaaatgttccaaaagt
agacactggcactgaaattatgtcttcttatattcttttcattaacatta
gtgatgtttttaataatacaaagatatttaagcagcatttttaaaaattc
aacacactactgttaaattttgaaaaaaataataaatcaaatttacatag
gatctagcagataatgcaagcaagtaaaacgggttgtacttggttttgaa
gtcactaagcagagacatttgtatccaccatcttatgtaattctattctt
ctttttctcaaattatgtaaatcgtgtgtcctttaaatgactctcatcac
tctgacaagagatatattcataatttttcacttttttccttaaaacaacc
atcttttaatgtaagtgcaggctgggctggtgctgaatactgcaacctca
atccttaggacaggagggttacccagtatgaggtcaccctagtatacaac
gaaaatccctggctatcctgctctgtaaggcaagactgttctgaagttac
aaacaaaacaatacaaccatgaaacaacacgctgtgtgaacacagtctac
actgctgctctcgtgtaaaacttattcatggtattcccacccaattattt
tcaaggaaaacatcactctctaaggctagatgtacttattttctagagaa
acccagttaagtttctccatttatgatttctatgttttaaaacgttgtga
gaggagtttacttctttactttctagagaaatgaaaatgcatcaagtcaa
aaatacacctcagtttcctattatgctagaatcgaaacgtatcatggata
gttgaggaagcctatgcagc
gaattctagtcccttcctggctgcccttggatcaagatataaatttttgg
ctctacaagcatcatgtctgtcacagttttccattgtctggatccatggt
ctggatgctgtcatgcttcctgccacaatgatcatggaccaaacctctga
gactgtaagccagactgagttagatgctgtcctctagaagagttgcattg
gtcatggtgtctcttcacgtcaatggaaactctaactaagacaaggacaa
aaaagaaaatttaaaaatcacctttaactcctccacccagggacaaagtg
cttattcaattccagttctgtcatgaactaacttgtgtcattaacaatca
ttgaagtggcctacataaggtccttagcttcagtctcctcatctgtagag
ggaagaccatatgcagcagcagtggtggctgacagagacagtatggctct
ctttaccagaccttggtatgaagcagagctcatagttactccgtgtttca
gaagaggaagctgtagaaagattcaccaacttactataaggtggtagaag
caaactggaaaacaaaatttaaagtaagggtcatcgtttcacgtttgtgg
ccttctacaattaaggtacatggtttcttttttcaagtagcggctggcac
aagcatggaaatgcatgtcaccatctggtgaccacagttaaggaaggttt
taaggaatgtgcaaggagtaggcttatacaaagtatagtctgcaaataat
attgtagcctttgctaatgatctaaactatcattgataaccacagcatgt
atgcagaaggcagtccacctacacatgtaaaggctgctaactgaaagcaa
ttttagaccattgtgtattagtcaaagaaacaaaactaaagaagactatc
tgtctatctgtctgtctgtctgtctgtctgtctgtctgtcaatatctatc
taccacctacctacctacctatttatggattgatctgtctctcatctgtt
tattttttgtctcataccatttgaagattaaaaaatgttcagtgatcttt
tttttggcagtttggagaacccaagattacatgtatggttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_84637526_84638718
seq2: B6Ng01-115J06.b_46_1215 (reverse)

seq1  GCTGCATAGCCTTCTTCCCTCAACTTATCATGGATACGTTTCTGAATTCT  50
      ||||||||| |||    ||||||| ||||   ||||||||||   |||| 
seq2  GCTGCATAGGCTT----CCTCAAC-TATCCATGATACGTTTC--GATTC-  42

seq1  TAGCATAATAGAATACTGA-GTGTATTTTTATGGACTTTGATGCATATTT  99
      ||||||||||| | ||||| ||||||||||   ||| |||||||  ||||
seq2  TAGCATAATAGGAAACTGAGGTGTATTTTT---GAC-TTGATGC--ATTT  86

seq1  TCCAATTTCTCTAGAAAGTTAAAGAAGGTTAAACTCCTCTCACAACGTTT  149
      ||  |||||||||||||| ||||||||  |||||||||||||||||| ||
seq2  TC--ATTTCTCTAGAAAG-TAAAGAAG--TAAACTCCTCTCACAACG-TT  130

seq1  TTAAAACATAGAAATCATAAATTGGGAGAAACTTTAACTGGGTTTCTCTT  199
      ||||||||||||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||| |
seq2  TTAAAACATAGAAATCATAAAT--GGAGAAAC-TTAACTGGGTTTCTC-T  176

seq1  AGAAAATAAGTACATCTAGCCTTAGAGAGTGATGTTTTCCTTGAAAATAA  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAATAAGTACATCTAGCCTTAGAGAGTGATGTTTTCCTTGAAAATAA  226

seq1  TTGGGTGGGAATACCATGAATAAGTTTTACACGAGAGCAGCAGTGTAGAC  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGTGGGAATACCATGAATAAGTTTTACACGAGAGCAGCAGTGTAGAC  276

seq1  TGTGTTCACACAGCGTGTTGTTTCATGGTTGTATTGTTTTGTTTGTAACT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTTCACACAGCGTGTTGTTTCATGGTTGTATTGTTTTGTTTGTAACT  326

seq1  TCAGAACAGTCTTGCCTTACAGAGCAGGATAGCCAGGGATTTTCGTTGTA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAACAGTCTTGCCTTACAGAGCAGGATAGCCAGGGATTTTCGTTGTA  376

seq1  TACTAGGGTGACCTCATACTGGGTAACCCTCCTGTCCTAAGGATTGAGGT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTAGGGTGACCTCATACTGGGTAACCCTCCTGTCCTAAGGATTGAGGT  426

seq1  TGCAGTATTCAGCACCAGCCCAGCCTGCACTTACATTAAAAGATGGTTGT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGTATTCAGCACCAGCCCAGCCTGCACTTACATTAAAAGATGGTTGT  476

seq1  TTTAAGGAAAAAAGTGAAAAATTATGAATATATCTCTTGTCAGAGTGATG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAGGAAAAAAGTGAAAAATTATGAATATATCTCTTGTCAGAGTGATG  526

seq1  AGAGTCATTTAAAGGACACACGATTTACATAATTTGAGAAAAAGAAGAAT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTCATTTAAAGGACACACGATTTACATAATTTGAGAAAAAGAAGAAT  576

seq1  AGAATTACATAAGATGGTGGATACAAATGTCTCTGCTTAGTGACTTCAAA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATTACATAAGATGGTGGATACAAATGTCTCTGCTTAGTGACTTCAAA  626

seq1  ACCAAGTACAACCCGTTTTACTTGCTTGCATTATCTGCTAGATCCTATGT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAAGTACAACCCGTTTTACTTGCTTGCATTATCTGCTAGATCCTATGT  676

seq1  AAATTTGATTTATTATTTTTTTCAAAATTTAACAGTAGTGTGTTGAATTT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTTGATTTATTATTTTTTTCAAAATTTAACAGTAGTGTGTTGAATTT  726

seq1  TTAAAAATGCTGCTTAAATATCTTTGTATTATTAAAAACATCACTAATGT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAAATGCTGCTTAAATATCTTTGTATTATTAAAAACATCACTAATGT  776

seq1  TAATGAAAAGAATATAAGAAGACATAATTTCAGTGCCAGTGTCTACTTTT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGAAAAGAATATAAGAAGACATAATTTCAGTGCCAGTGTCTACTTTT  826

seq1  GGAACATTTTAATGCCTTTATGAACATTTGACCTATTTATAATTGCATAT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACATTTTAATGCCTTTATGAACATTTGACCTATTTATAATTGCATAT  876

seq1  TAAATTTTAAATAATCTTCACTTATTGTAATCTAATGTCTTAACAACTCA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATTTTAAATAATCTTCACTTATTGTAATCTAATGTCTTAACAACTCA  926

seq1  CATTTTTAAAAAAACCTCCGATTTCTTACTACATATACTCACAGACTAAA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTTTAAAAAAACCTCCGATTTCTTACTACATATACTCACAGACTAAA  976

seq1  ATTATGTTTCTCCTGTTTTATTATAAAGTTTGGTTAACCTTGAAAAGTTA  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATGTTTCTCCTGTTTTATTATAAAGTTTGGTTAACCTTGAAAAGTTA  1026

seq1  TTCAAAATCTATTTAGCAAATGACAAGAAGTTAAGATATCCCTTGTAACC  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAAATCTATTTAGCAAATGACAAGAAGTTAAGATATCCCTTGTAACC  1076

seq1  AGATATGGTGGCACATGCCTTTCATGCTAGCACTTGGGAGGTAGAGGCTC  1149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATATGGTGGCACATGCCTTTCATGCTAGCACTTGGGAGGTAGAGGCTC  1126

seq1  GTGGGTCTTTGAATTTGAGGCCAGATTGGTCTACAACTGAATTC  1193
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGTCTTTGAATTTGAGGCCAGATTGGTCTACAACTGAATTC  1170

seq1: chr4_84490457_84491544
seq2: B6Ng01-115J06.g_70_1160

seq1  GAATTCTAGTCCCTTCCTGGCTGCCCTTGGATCAAGATATAAATTTTTGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAGTCCCTTCCTGGCTGCCCTTGGATCAAGATATAAATTTTTGG  50

seq1  CTCTACAAGCATCATGTCTGTCACAGTTTTCCATTGTCTGGATCCATGGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTACAAGCATCATGTCTGTCACAGTTTTCCATTGTCTGGATCCATGGT  100

seq1  CTGGATGCTGTCATGCTTCCTGCCACAATGATCATGGACCAAACCTCTGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGATGCTGTCATGCTTCCTGCCACAATGATCATGGACCAAACCTCTGA  150

seq1  GACTGTAAGCCAGACTGAGTTAGATGCTGTCCTCTAGAAGAGTTGCATTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGTAAGCCAGACTGAGTTAGATGCTGTCCTCTAGAAGAGTTGCATTG  200

seq1  GTCATGGTGTCTCTTCACGTCAATGGAAACTCTAACTAAGACAAGGACAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATGGTGTCTCTTCACGTCAATGGAAACTCTAACTAAGACAAGGACAA  250

seq1  AAAAGAAAATTTAAAAATCACCTTTAACTCCTCCACCCAGGGACAAAGTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGAAAATTTAAAAATCACCTTTAACTCCTCCACCCAGGGACAAAGTG  300

seq1  CTTATTCAATTCCAGTTCTGTCATGAACTAACTTGTGTCATTAACAATCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATTCAATTCCAGTTCTGTCATGAACTAACTTGTGTCATTAACAATCA  350

seq1  TTGAAGTGGCCTACATAAGGTCCTTAGCTTCAGTCTCCTCATCTGTAGAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAGTGGCCTACATAAGGTCCTTAGCTTCAGTCTCCTCATCTGTAGAG  400

seq1  GGAAGACCATATGCAGCAGCAGTGGTGGCTGACAGAGACAGTATGGCTCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGACCATATGCAGCAGCAGTGGTGGCTGACAGAGACAGTATGGCTCT  450

seq1  CTTTACCAGACCTTGGTATGAAGCAGAGCTCATAGTTACTCCGTGTTTCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTACCAGACCTTGGTATGAAGCAGAGCTCATAGTTACTCCGTGTTTCA  500

seq1  GAAGAGGAAGCTGTAGAAAGATTCACCAACTTACTATAAGGTGGTAGAAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAGGAAGCTGTAGAAAGATTCACCAACTTACTATAAGGTGGTAGAAG  550

seq1  CAAACTGGAAAACAAAATTTAAAGTAAGGGTCATCGTTTCACGTTTGTGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACTGGAAAACAAAATTTAAAGTAAGGGTCATCGTTTCACGTTTGTGG  600

seq1  CCTTCTACAATTAAGGTACATGGTTTCTTTTTTCAAGTAGCGGCTGGCAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCTACAATTAAGGTACATGGTTTCTTTTTTCAAGTAGCGGCTGGCAC  650

seq1  AAGCATGGAAATGCATGTCACCATCTGGTGACCACAGTTAAGGAAGGTTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCATGGAAATGCATGTCACCATCTGGTGACCACAGTTAAGGAAGGTTT  700

seq1  TAAGGAATGTGCAAGGAGTAGGCTTATACAAAGTATAGTCTGCAAATAAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGAATGTGCAAGGAGTAGGCTTATACAAAGTATAGTCTGCAAATAAT  750

seq1  ATTGTAGCCTTTGCTAATGATCTAAACTATCATTGATAACCACAGCATGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTAGCCTTTGCTAATGATCTAAACTATCATTGATAACCACAGCATGT  800

seq1  ATGCAGAAGGCAGTCCACCTACACATGTAAAGGCTGCTAACTGAAAGCAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCAGAAGGCAGTCCACCTACACATGTAAAGGCTGCTAACTGAAAGCAA  850

seq1  TTTTAGACCATTGTGTATTAGTCAAAGAAACAAAACTAAAGAAGACTATC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAGACCATTGTGTATTAGTCAAAGAAACAAAACTAAAGAAGACTATC  900

seq1  TGTCTATCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTATTATCTAT  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||
seq2  TGTCTATCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTC-AATATCTAT  949

seq1  CTACCACCTACCTACCTACCTATTAATGGATTGATCTGTCTCTCATCTGT  1000
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACCACCTACCTACCTACCTATTTATGGATTGATCTGTCTCTCATCTGT  999

seq1  TTA-TTTTTGTCTCATACCATTATGAAGATAAAAAAATGTTCAGTGATCT  1049
      ||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TTATTTTTTGTCTCATACCATT-TGAAGATTAAAAAATGTTCAGTGATCT  1048

seq1  ATTTTTT-GCAGTTTGGAG-ACCCAAGA-TACATG-ATGGTTT  1088
       |||||| ||||||||||| |||||||| |||||| |||||||
seq2  TTTTTTTGGCAGTTTGGAGAACCCAAGATTACATGTATGGTTT  1091