BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-117G03
Chromosome4 (Build37)
Map Location 141,832,774 - 142,027,868
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG665983
Upstream geneEpha2, Gm693, Clcnka, Clcnkb, Hspb7, Gm694, Zbtb17, Spen, LOC100042951, B330016D10Rik, Fblim1, BC025833, Slc25a34, Plekhm2, Ddi2, Agmat, Dnajc16, Casp9, Ela2a, Ctrc, Efhd2, Fhad1, Tmem51, 9030409G11Rik
Downstream geneLOC546484, 6330411D24Rik, Prdm2, LOC666018, EG626575, LOC433776, Pdpn, Lrrc38, LOC621961, Pramel1, 4732496O08Rik, Oog4
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-117G03.bB6Ng01-117G03.g
ACCDH922138DH922139
length7201,095
definitionDH922138|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-117G03, 5' end.DH922139|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-117G03, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(141,832,774 - 141,833,490)(142,026,689 - 142,027,868)
sequence
gaattcttacaactaaatttggggtttgtgaatggtgataacactttctc
catctgtttaactggagtttattagcattgctcagactccgccaaaattt
tcagtgctggagacacaccccagtgaatacaacatacagtcctcatgtaa
tgtactaacaaaagcgatctgtactgctcatcatgcacacataagttata
gtctacacagaagcatgcacgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgc
tcgcgagcctgtgagtacatatggtgtttctccaggtatttggcagcatt
tacagacttgctgtctcatttggtgatctggtgtgtgctcttagcatctg
gtagataaaataaaatacattattctataatatccagggcagccccctat
gattgaatttctttcctgtccccagtcatgtcttcagggcttgagacccc
aacaacaacaacaacaaatgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtctttt
tttccaggaagagaggctaggctttgcaaaagcctccttgagcgactttt
aggacatcagactgaaccctgactctggaacatggaagaaaacaatataa
ggccctggtcaacagacagccctttagggaaatactcagggtgggggtgg
gccctcgacctggagcaggggaatcagcagatgcattccttggggaagcc
ggaagcctttgaatgatggc
gaattccatatctttaagaccaaaccattgaaaggttcctagcagtagat
tctcccccaactctgtgtgtgtatgtgtgtgtgcctgtgaatgcatattg
catgcatatgcatatgtatgtaccaccgtattttcaactttaaagctctc
taatcataaaagactcagaattaagctatgcctagtatgatttcagcaat
gaattatacttgttgggaagttctaacaacccacgtggattagaaggaca
catacattggctgtggtcagagttcaaagggcccaaatccatcacctctt
tccattcttgtggttgcaagagcctagtctcatggcaagccttgtgtgct
ccacactggtctacttgaactatggtccttggctccacatgcacacccat
gcttgcatgtacatgcacactccacatagatcagacaagccgggaactca
ttctgtctggtaggtccagggagccgggtgttaagtgatctttcaaatac
gaattagcccatattgtttgggttggatatcagggcagctgacatctggg
atatgacacaggtgccaccaatacatctcagcatgttgatgccccatagt
gcaggttagcaggttcaggtagaatcccctaagaagagacagcatcccta
aagctacagggtggccatccgcagcggcagagtacatccccacagatcca
aactatcatccctgtactccctagctgggaccacctctctaacacagaag
ctgccggaagacccggactcagaatgctgcttctaccctgtgaggctgca
cgagacctaaatgatcttgctcatttgatgaacctcagctctgagcggtg
gcatgcaggctgtgctctgcaggtcttcctgcttccctctcagaatcctc
agccccgcagacatgaaagagctggatggagtctgagttgagttggcaca
gcactgtcaagcagtggcttctgtgtaaaagaatcattggtctaatttat
tctggtgctttgtgaggtggtgctagacactgggtcggctccttgaaagc
ctgacccctattccttctgatcaatgaggacctcaccttggagtt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_141832774_141833490
seq2: B6Ng01-117G03.b_45_764

seq1  GAATTCTTACAACTAAATTTGGGGTTTGTGAATGGTGATAACACTTTCTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTACAACTAAATTTGGGGTTTGTGAATGGTGATAACACTTTCTC  50

seq1  CATCTGTTTAACTGGAGTTTATTAGCATTGCTCAGACTCCGCCAAAATTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTGTTTAACTGGAGTTTATTAGCATTGCTCAGACTCCGCCAAAATTT  100

seq1  TCAGTGCTGGAGACACACCCCAGTGAATACAACATACAGTCCTCATGTAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTGCTGGAGACACACCCCAGTGAATACAACATACAGTCCTCATGTAA  150

seq1  TGTACTAACAAAAGCGATCTGTACTGCTCATCATGCACACATAAGTTATA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACTAACAAAAGCGATCTGTACTGCTCATCATGCACACATAAGTTATA  200

seq1  GTCTACACAGAAGCATGCACGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTACACAGAAGCATGCACGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGC  250

seq1  TCGCGAGCCTGTGAGTACATATGGTGTTTCTCCAGGTATTTGGCAGCATT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGCGAGCCTGTGAGTACATATGGTGTTTCTCCAGGTATTTGGCAGCATT  300

seq1  TACAGACTTGCTGTCTCATTTGGTGATCTGGTGTGTGCTCTTAGCATCTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGACTTGCTGTCTCATTTGGTGATCTGGTGTGTGCTCTTAGCATCTG  350

seq1  GTAGATAAAATAAAATACATTATTCTATAATATCCAGGGCAGCCCCCTAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGATAAAATAAAATACATTATTCTATAATATCCAGGGCAGCCCCCTAT  400

seq1  GATTGAATTTCTTTCCTGTCCCCAGTCATGTCTTCAGGGCTTGAGACCCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTGAATTTCTTTCCTGTCCCCAGTCATGTCTTCAGGGCTTGAGACCCC  450

seq1  AACAACAACAACAACAAATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCTTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAACAACAACAACAAATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCTTTT  500

seq1  TTTCCAGGAAGAGAGGCTAGGCTTTGCAAAAGCCTCCTTGAGCGACTTTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCAGGAAGAGAGGCTAGGCTTTGCAAAAGCCTCCTTGAGCGACTTTT  550

seq1  AGGACATCAGACTGAACCCTGACTCTGGAACATGGAAGAAAACAATATAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACATCAGACTGAACCCTGACTCTGGAACATGGAAGAAAACAATATAA  600

seq1  GGCCCTGGTCAACAGACAGCCC-TTAGGGAAATACTCAGGGTGGGGGTGG  649
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCCTGGTCAACAGACAGCCCTTTAGGGAAATACTCAGGGTGGGGGTGG  650

seq1  GCCCTCGACCTGGAGCAGGGGAATCAGCAGATGCA-TCCTTGGGGAAGCC  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  GCCCTCGACCTGGAGCAGGGGAATCAGCAGATGCATTCCTTGGGGAAGCC  700

seq1  GGAAGCC-TTGAATGATGGC  717
      ||||||| ||||||||||||
seq2  GGAAGCCTTTGAATGATGGC  720

seq1: chr4_142026689_142027868
seq2: B6Ng01-117G03.g_1_1162 (reverse)

seq1  AACTCCAGGGTGAAGGTCCTCATTGATCAGAGGGATAAGGGGTCAAGGGC  50
      ||||||| |||| |||||||||||||||||| |||  ||||||||  |||
seq2  AACTCCAAGGTG-AGGTCCTCATTGATCAGAAGGAATAGGGGTCA--GGC  47

seq1  TTTTCAGGAGCCCGACCCAGTGGTCTAGCACCACCTCAACAAAGCCACCA  100
      |||  ||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||||
seq2  TTTCAAGGAG-CCGACCCAGT-GTCTAGCACCACCTC-ACAAAG-CACCA  93

seq1  GAATAAATTTAGAACCAATGATTTCCTTTTACACAGAAGCCACCTGCTTG  150
      ||||||| |||| ||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||
seq2  GAATAAA-TTAG-ACCAATGATT--CTTTTACACAGAAGCCA-CTGCTTG  138

seq1  AACAGTTGCTGTTGCCAAACTCAACTCAGACTCCATCCAGCTTCTTTCAT  200
       |||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  -ACAG-TGCTG-TGCC-AACTCAACTCAGACTCCATCCAGC-TCTTTCAT  183

seq1  GTCTGCGGGGGCTGAGGATTCTGAGGGGGAAGCAGGAAGACCTGCAGAGC  250
      |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGC-GGGGCTGAGGATTCTGAGAGGGAAGCAGGAAGACCTGCAGAGC  232

seq1  ACAGCCTGCATGCCACCGCTCAGAGCTGAGGTTCATCAAATGAGCAAGAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCCTGCATGCCACCGCTCAGAGCTGAGGTTCATCAAATGAGCAAGAT  282

seq1  CATTTAGGTCTCGTGCAGCCTCACAGGGTAGAAGCAGCATTCTGAGTCCG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTAGGTCTCGTGCAGCCTCACAGGGTAGAAGCAGCATTCTGAGTCCG  332

seq1  GGTCTTCCGGCAGCTTCTGTGTTAGAGAGGTGGTCCCAGCTAGGGAGTAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTTCCGGCAGCTTCTGTGTTAGAGAGGTGGTCCCAGCTAGGGAGTAC  382

seq1  AGGGATGATAGTTTGGATCTGTGGGGATGTACTCTGCCGCTGCGGATGGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGATGATAGTTTGGATCTGTGGGGATGTACTCTGCCGCTGCGGATGGC  432

seq1  CACCCTGTAGCTTTAGGGATGCTGTCTCTTCTTAGGGGATTCTACCTGAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCTGTAGCTTTAGGGATGCTGTCTCTTCTTAGGGGATTCTACCTGAA  482

seq1  CCTGCTAACCTGCACTATGGGGCATCAACATGCTGAGATGTATTGGTGGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCTAACCTGCACTATGGGGCATCAACATGCTGAGATGTATTGGTGGC  532

seq1  ACCTGTGTCATATCCCAGATGTCAGCTGCCCTGATATCCAACCCAAACAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGTGTCATATCCCAGATGTCAGCTGCCCTGATATCCAACCCAAACAA  582

seq1  TATGGGCTAATTCGTATTTGAAAGATCACTTAACACCCGGCTCCCTGGAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGGCTAATTCGTATTTGAAAGATCACTTAACACCCGGCTCCCTGGAC  632

seq1  CTACCAGACAGAATGAGTTCCCGGCTTGTCTGATCTATGTGGAGTGTGCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACCAGACAGAATGAGTTCCCGGCTTGTCTGATCTATGTGGAGTGTGCA  682

seq1  TGTACATGCAAGCATGGGTGTGCATGTGGAGCCAAGGACCATAGTTCAAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACATGCAAGCATGGGTGTGCATGTGGAGCCAAGGACCATAGTTCAAG  732

seq1  TAGACCAGTGTGGAGCACACAAGGCTTGCCATGAGACTAGGCTCTTGCAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGACCAGTGTGGAGCACACAAGGCTTGCCATGAGACTAGGCTCTTGCAA  782

seq1  CCACAAGAATGGAAAGAGGTGATGGATTTGGGCCCTTTGAACTCTGACCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACAAGAATGGAAAGAGGTGATGGATTTGGGCCCTTTGAACTCTGACCA  832

seq1  CAGCCAATGTATGTGTCCTTCTAATCCACGTGGGTTGTTAGAACTTCCCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCAATGTATGTGTCCTTCTAATCCACGTGGGTTGTTAGAACTTCCCA  882

seq1  ACAAGTATAATTCATTGCTGAAATCATACTAGGCATAGCTTAATTCTGAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGTATAATTCATTGCTGAAATCATACTAGGCATAGCTTAATTCTGAG  932

seq1  TCTTTTATGATTAGAGAGCTTTAAAGTTGAAAATACGGTGGTACATACAT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTTATGATTAGAGAGCTTTAAAGTTGAAAATACGGTGGTACATACAT  982

seq1  ATGCATATGCATGCAATATGCATTCACAGGCACACACACATACACACACA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCATATGCATGCAATATGCATTCACAGGCACACACACATACACACACA  1032

seq1  GAGTTGGGGGAGAATCTACTGCTAGGAACCTTTCAATGGTTTGGTCTTAA  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTGGGGGAGAATCTACTGCTAGGAACCTTTCAATGGTTTGGTCTTAA  1082

seq1  AGATATGGAATTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN  1150
      |||||||||||||                                     
seq2  AGATATGGAATTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN  1132

seq1  NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN  1180
                                    
seq2  NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN  1162