BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-118E12
Chromosome4 (Build37)
Map Location 34,638,135 - 34,762,643
singlet/doubletdoublet
Overlap gene1700003M02Rik, Gm136, 1810030N24Rik, Zfp292
Upstream geneLOC100041919, LOC100041924, Cnr1, Spaca1, LOC100039220, LOC665361, LOC665367, 2700059D21Rik, Orc3l, Rars2, Slc35a1
Downstream geneCga, Mobkl2b, Ifnk, 3110043O21Rik, LOC620559, LOC621227, Lingo2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-118E12.bB6Ng01-118E12.g
ACCDH922802DH922803
length1,1541,145
definitionDH922802|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-118E12, 5' end.DH922803|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-118E12, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(34,638,135 - 34,639,289)(34,761,478 - 34,762,643)
sequence
gaattcgggtaggcatggggtatataattgtaacaccaacactcgggggc
tgaggttaaggcagctgaattgcaggccagcctgggctacatagtaaaaa
cctatcctaaagggggctgggatactacaatttctgtgatttatttgagc
aggttaaaaatagtagagggaggaatagactgtgttgttgctattgtttt
tgttttgttttctggtacattgatttaactcggggctgctagggaagtgc
tctatcactaagctatgtttgtagcttttaatacacaacactcagacaca
cagtactcagacacacagcactcagacacacacactacacacacccaaaa
cacattcacatacatatcacacacacacacacacatacaaaacacataca
cacacaaatacacaacacatatatttacacactaccacaaatcacacata
cacatacaacacacaccacatcctcgcatacatacacacaacacacacat
cacacacatacagcacacatgtacaacacacacatatacacatgccatac
accacacacacacacaacatacacaaatacacacacaacacatacacaca
caatacacacacaacatatatacacacaacacacacatacaccatacatg
tacaacatatataagctacacatataacacacatatacagacaccacaca
cacaacacacaaatacacacaacacacatacatacatacataaacacata
tacataaacaccataatacacacaccacacacatataggcacacaaaaca
tccacatacacacatacacacacaatacacacacaacacatatacacata
cacacatgcacacacacatgcacaatatctttgatataggttcttgtggg
ctgcccataaacccgcccttttaacctaggcaggtctcagatttccaagt
agctgaaaagagcatgcttgcaccaccagagctggagaaaaaggtgttct
tttatatttaagacttattctgggttttacttatgtgtgtgcatctgtgc
acatgtgtttgagggcttgcagagacagatgacatgtcagattccctgga
gcctgcactgagcctgctagtgtgttgcttggactgaacctaggaatctg
caaa
gaattcttcccttacactcagctaatttctgggtcaaaacaggttaatct
ttccctaagaaactataaccataactctttacacagattagggggctgtt
tatatatccccatgacaagtaaataatcagcatttacttacttacttatt
tatttattatttagttattatttatttatttatttatttagaggtaagaa
acctggactagacagttgcagaagcaggaacagaactgctttgaaggggc
atgctttctgtacaagattttgttttgttttcttttgttttttcgagaca
gggtttctctgtgtagtcctggctgtcctggaactcactctgtagaccag
gctggcctcgaactcagaaatctgcctgcctctgcctcccgagtgctggg
aacaagatccatttttaaagccttgcttaagctgagttcatcatcaaggc
ttacaaaagcacatagaaggatagaattaagcatgcaggtataaatgtca
taaactgcatataaagccatgaacgaaaaactgaaataatttccccagag
agcagaaggattggggccggaggcaaggctttgatgttaacagcacatac
tgttcttgtggatgacctgagtagagttccctgctctcatagaaggcagg
tcacgatcataactccaccttcaaagaaccctgccctctagtttcttctt
gtacctgcaactcatgtgcacaaacacataattaaaaataacaaaaataa
ttgtgtgctggagagatggacttagtggtagccagctgctatttggtttg
atcgggtacccacctggcagcttactacctgcagtacctgtcatctggtt
ctcgggtgctctcaagagtaccaggcacacatgggaaagagctcattcac
gtaaaaataggtagaaaacgctatcacaagaataacaggatcaattgtct
atagtatggataatgtaaagagaataattatctttaaaagacatgacaca
gattttagagtcggacttttgcactgcagaacgtagtatgaaatttaaag
gagcatagatagaacacgtagatttattgggctgaaaactggcaaggtgc
tgcacactatcacgatgagaattccagcatgaacttaccctgccc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_34638135_34639289
seq2: B6Ng01-118E12.b_42_1195

seq1  GAATTCGGGTAGGCATGGGGTATATAATTGTAACACCAACACTCGGGGGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCGGGTAGGCATGGGGTATATAATTGTAACACCAACACTCGGGGGC  50

seq1  TGAGGTTAAGGCAGCTGAATTGCAGGCCAGCCTGGGCTACATAGTAAAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGTTAAGGCAGCTGAATTGCAGGCCAGCCTGGGCTACATAGTAAAAA  100

seq1  CCTATCCTAAAGGGGGCTGGGATACTACAATTTCTGTGATTTATTTGAGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATCCTAAAGGGGGCTGGGATACTACAATTTCTGTGATTTATTTGAGC  150

seq1  AGGTTAAAAATAGTAGAGGGAGGAATAGACTGTGTTGTTGCTATTGTTTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTAAAAATAGTAGAGGGAGGAATAGACTGTGTTGTTGCTATTGTTTT  200

seq1  TGTTTTGTTTTCTGGTACATTGATTTAACTCGGGGCTGCTAGGGAAGTGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTGTTTTCTGGTACATTGATTTAACTCGGGGCTGCTAGGGAAGTGC  250

seq1  TCTATCACTAAGCTATGTTTGTAGCTTTTAATACACAACACTCAGACACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATCACTAAGCTATGTTTGTAGCTTTTAATACACAACACTCAGACACA  300

seq1  CAGTACTCAGACACACAGCACTCAGACACACACACTACACACACCCAAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTACTCAGACACACAGCACTCAGACACACACACTACACACACCCAAAA  350

seq1  CACATTCACATACATATCACACACACACACACACATACAAAACACATACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATTCACATACATATCACACACACACACACACATACAAAACACATACA  400

seq1  CACACAAATACACAACACATATATTTACACACTACCACAAATCACACATA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACAAATACACAACACATATATTTACACACTACCACAAATCACACATA  450

seq1  CACATACAACACACACCACATCCTCGCATACATACACACAACACACACAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATACAACACACACCACATCCTCGCATACATACACACAACACACACAT  500

seq1  CACACACATACAGCACACATGTACAACACACACATATACACATGCCATAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACATACAGCACACATGTACAACACACACATATACACATGCCATAC  550

seq1  ACCACACACACACACAACATACACAAATACACACACAACACATACACACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACACACACACACAACATACACAAATACACACACAACACATACACACA  600

seq1  CAATACACACACAACATATATACACACAACACACACATACACCATACATG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATACACACACAACATATATACACACAACACACACATACACCATACATG  650

seq1  TACAACATATATAAGCTACACATATAACACACATATACAGACACCACACA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAACATATATAAGCTACACATATAACACACATATACAGACACCACACA  700

seq1  CACAACACACAAATACACACAACACACATACATACATACAT-AACACATA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  CACAACACACAAATACACACAACACACATACATACATACATAAACACATA  750

seq1  TACATAAACACCATAATACACACACCACACACATATAGGCACAC-AAACA  798
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  TACATAAACACCATAATACACACACCACACACATATAGGCACACAAAACA  800

seq1  TCCACATACACACATACACACACAATACACACACAACACATATACACATA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACATACACACATACACACACAATACACACACAACACATATACACATA  850

seq1  CACACATGCACACACACATGCACAATATCTTTGATATAGGTTCTTGTGGG  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACATGCACACACACATGCACAATATCTTTGATATAGGTTCTTGTGGG  900

seq1  CTGCCCATAAACCCGCCC-TTTAACCTAGGCAGGTCTCAGATTTCCAAGT  947
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCCATAAACCCGCCCTTTTAACCTAGGCAGGTCTCAGATTTCCAAGT  950

seq1  AGCTG-AAAGAGCATGCTTGCACCACCAGAGCTGGAG-AAAAGGTGTTCT  995
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  AGCTGAAAAGAGCATGCTTGCACCACCAGAGCTGGAGAAAAAGGTGTTCT  1000

seq1  TTTATATTTAAGACTTATTCTGGTTTTTACTTATGTGTGTGCATCTGTGC  1045
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATATTTAAGACTTATTCTGGGTTTTACTTATGTGTGTGCATCTGTGC  1050

seq1  ACTTGTGTTTGAGGGCTTGCAGAGACCAGATGACAATGTCAGATTCCCTG  1095
      || |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||
seq2  ACATGTGTTTGAGGGCTTGCAGAGA-CAGATGAC-ATGTCAGATTCCCTG  1098

seq1  GAGCTGGCAACTTGAG-CTGCCCAAGTGTGTGCCTGGAACTGAACCTAGG  1144
      ||||  |||   |||| |||  | |||||||  || | ||||||||||||
seq2  GAGCCTGCA--CTGAGCCTG--CTAGTGTGTTGCTTGGACTGAACCTAGG  1144

seq1  AAATCTGCAAA  1155
       ||||||||||
seq2  -AATCTGCAAA  1154

seq1: chr4_34761478_34762643
seq2: B6Ng01-118E12.g_69_1213 (reverse)

seq1  GGGCAGGGGTAAGCTCAGTGCTGG-ATTCTCATCGTGGTAAGTGTGCAGC  49
      ||||| ||||||| ||| |||||| |||||||||||| | ||||||||||
seq2  GGGCA-GGGTAAGTTCA-TGCTGGAATTCTCATCGTGAT-AGTGTGCAGC  47

seq1  ACC-TGCCAGTCTTTTCAGGCGCATATAATCTACGTGTTCTATCTATGCT  98
      ||| ||||||  ||||||| |  ||| |||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTGCCAG--TTTTCAGCCCAATA-AATCTACGTGTTCTATCTATGCT  94

seq1  GCTTTTAAATTTTCAATTACTACGTTTCTGCAGTTGCAAAAGTTCTGACT  148
       ||||  || |||||  ||||||| |||||||| |||||||| || ||||
seq2  CCTTT--AAATTTCA--TACTACG-TTCTGCAG-TGCAAAAG-TCCGACT  137

seq1  CTTAAAATCTGTTGTCATTGTCTTTTTAAAGATAATTTATTCTCTTTACA  198
      | ||||||||| ||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||
seq2  C-TAAAATCTG-TGTCA-TGTC-TTTTAAAGATAA-TTATTCTCTTTACA  182

seq1  TTATCCATACTATTAGACAAATTGATCCTGTTATTCTTGTTGATAGCGTT  248
      |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TTATCCATACTA-TAGAC-AATTGATCCTGTTATTCTTG-TGATAGCGTT  229

seq1  TTCTACCTATTTTTACGTGAATGAGCTCTTTCCCATGTGTGCCTGGTACT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTACCTATTTTTACGTGAATGAGCTCTTTCCCATGTGTGCCTGGTACT  279

seq1  CTTGAGAGCACCCGAGAACCAGATTGACAGGTACTGCAGGTAGTAAGCTG  348
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAGAGCACCCGAGAACCAGA-TGACAGGTACTGCAGGTAGTAAGCTG  328

seq1  CCAGGTGGGTACCCGAATCAAACCAAATAGCAGCTGGCTACCACTAAGTC  398
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGTGGGTACCCG-ATCAAACCAAATAGCAGCTGGCTACCACTAAGTC  377

seq1  CATCTCTCCAGCACACAATTATTTTTGTTATTTTTAATTATGTGTTTGTG  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTCTCCAGCACACAATTATTTTTGTTATTTTTAATTATGTGTTTGTG  427

seq1  CACATGAGTTGCAGGTACAAGAAGAAACTAGAGGGCAGGGTTCTTTGAAG  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATGAGTTGCAGGTACAAGAAGAAACTAGAGGGCAGGGTTCTTTGAAG  477

seq1  GTGGAGTTATGATCGTGACCTGCCTTCTATGAGAGCAGGGAACTCTACTC  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGAGTTATGATCGTGACCTGCCTTCTATGAGAGCAGGGAACTCTACTC  527

seq1  AGGTCATCCACAAGAACAGTATGTGCTGTTAACATCAAAGCCTTGCCTCC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCATCCACAAGAACAGTATGTGCTGTTAACATCAAAGCCTTGCCTCC  577

seq1  GGCCCCAATCCTTCTGCTCTCTGGGGAAATTATTTCAGTTTTTCGTTCAT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCCCAATCCTTCTGCTCTCTGGGGAAATTATTTCAGTTTTTCGTTCAT  627

seq1  GGCTTTATATGCAGTTTATGACATTTATACCTGCATGCTTAATTCTATCC  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTTATATGCAGTTTATGACATTTATACCTGCATGCTTAATTCTATCC  677

seq1  TTCTATGTGCTTTTGTAAGCCTTGATGATGAACTCAGCTTAAGCAAGGCT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTATGTGCTTTTGTAAGCCTTGATGATGAACTCAGCTTAAGCAAGGCT  727

seq1  TTAAAAATGGATCTTGTTCCCAGCACTCGGGAGGCAGAGGCAGGCAGATT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAAATGGATCTTGTTCCCAGCACTCGGGAGGCAGAGGCAGGCAGATT  777

seq1  TCTGAGTTCGAGGCCAGCCTGGTCTACAGAGTGAGTTCCAGGACAGCCAG  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAGTTCGAGGCCAGCCTGGTCTACAGAGTGAGTTCCAGGACAGCCAG  827

seq1  GACTACACAGAGAAACCCTGTCTCGAAAAAACAAAAGAAAACAAAACAAA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTACACAGAGAAACCCTGTCTCGAAAAAACAAAAGAAAACAAAACAAA  877

seq1  ATCTTGTACAGAAAGCATGCCCCTTCAAAGCAGTTCTGTTCCTGCTTCTG  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTGTACAGAAAGCATGCCCCTTCAAAGCAGTTCTGTTCCTGCTTCTG  927

seq1  CAACTGTCTAGTCCAGGTTTCTTACCTCTAAATAAATAAATAAATAAATA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTGTCTAGTCCAGGTTTCTTACCTCTAAATAAATAAATAAATAAATA  977

seq1  ATAACTAAATAATAAATAAATAAGTAAGTAAGTAAATGCTGATTATTTAC  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACTAAATAATAAATAAATAAGTAAGTAAGTAAATGCTGATTATTTAC  1027

seq1  TTGTCATGGGGATATATAAACAGCCCCCTAATCTGTGTAAAGAGTTATGG  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCATGGGGATATATAAACAGCCCCCTAATCTGTGTAAAGAGTTATGG  1077

seq1  TTATAGTTTCTTAGGGAAAGATTAACCTGTTTTGACCCAGAAATTAGCTG  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAGTTTCTTAGGGAAAGATTAACCTGTTTTGACCCAGAAATTAGCTG  1127

seq1  AGTGTAAGGGAAGAATTC  1166
      ||||||||||||||||||
seq2  AGTGTAAGGGAAGAATTC  1145