BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-138D23
Chromosome4 (Build37)
Map Location 151,609,013 - 151,730,807
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAcot7, Gpr153, Hes3, Icmt, Rnf207, Rpl22, Chd5
Upstream geneCamta1, LOC100041960, Dnajc11, Thap3, Phf13, Klhl21, Zbtb48, Tas1r1, Nol9, EG666980, Plekhg5, Tnfrsf25, Espn, LOC100043284, Hes2
Downstream geneKcnab2, LOC100042028, Nphp4, LOC667039, Gm833, LOC100042089
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-138D23.bB6Ng01-138D23.g
ACCDH937561DH937562
length1,2221,135
definitionDH937561|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-138D23, 5' end.DH937562|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-138D23, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(151,609,013 - 151,610,251)(151,729,646 - 151,730,807)
sequence
gaattccagcctggccagtgcacatagtgagacctaggcataaaatacag
ttaaaatgcagtcagtgtgagaacatttctgtaaaagaatttagagtgtg
tattttgcatgcgtgtgcacactcgtgcatgtgggtaggcacaggcatgc
tattgcatgcctatagaagtcagactacaacctgtgagagtcaggtctct
ttcgactgtgtggatcgttagaactttggtctcctgtttttccttcccat
cacatgctcccagaaataagacttagactcaaaatatatttacaaatact
ttgaccatatagctaggttcttctctgactagatcataacttaatccatt
tactttaatctccattctgctacctgacaggatgcctgtgctcaggtact
atgcatctgcctgtccctcacctggcactatcccaggagcctttctggtt
tcccggatgttccacctccttttcctgcctaagccataggccatcaagtt
tattattgacagatgccatagccatacagacccaggatatcctttctaca
tgatctaggaactgaactcaggtcgttggagttgaatgcaaggaccttta
cattgagctgattgtgtaggaaagattttggcatgcagtttacagttgtt
tgtttttgagtgtgttaaggaatcaaacctgagccttgagcagaccgggc
aagcatgagcaggctgggcaagcgtgagcaggccgggcaagtgtgagcag
gccgggcaagcatgctgccaccaaggtatcccgcagcaccaggtccgatg
tttgcaaaccactcttctgatggtcaccacacgcaggtctcttagctggc
aaggcaggcctgagagtggccagatgggaagtcgtgaccaattggaagaa
gccagatccagtcgtgctccagagagagcactcatatccatgccattcta
aggcagccaggtgacatgtttggtatccgtggcctgctcagtgacaggcc
agagggatgctcagtactcaggctgtgagggacttcggggctttgctgtc
acccagctcccagcacatggtgaaagatgcacatcctctcagcagagggg
tcagtatgtgggctcgctgcctatcttcactccagagcttggaggtcaga
agacttggacagcagtctgtatcttccaaggtcagttaaggttcaatgta
accttccagagttaagaaggtg
gaattctcgccacttggcccccaggacagtcatcattttggacatgggga
tcttcggattcttcttggcaataaggggcctgcgggagagagacgggaaa
gtgagggaggacacccctttctctcacgcctgcgaggtgtggctagccca
gtagcccctggctagcccagtaggggctggggaaggacaaagtgaggcca
tagcacaccccaacatactcctgacttctggagtgttttcatttaggctg
cagaccagagacaggcctaagcaggccattccccacagaaggacccagga
cggggggcctgtgcgggaggtagacccaaccatctgctatgttaaaatga
aggagtcctgaccccaagcccttcccaggtcaggggttcctctgataatc
ctccccgtctcaggagtccccgctgcctctccctcctccccactcagata
agcacaaccctcatggtcacccagacacagcagtcagcccctggcccacc
tgaggaactggctgaaggctttgtagttggtcagtgtgtggtagtcatcc
tcagaaaacaggtagtccacgtcgtccagcccccactccgccatgagttg
tcccgaggacttgggctcctgcagagacatggccagaggtggggtcagac
gcacgggcccttctgacccacctccttgctctgagagagtaagaaagggg
cagtctgcaagctaacaacagctctcaccctcccctgggacagtgaaagt
cacacccatcctgtcccaacaaccccaccgacacccccaccagtggcatg
tctcggactccagctcacaggacgacactgtgagttttaaagctgagact
ggggaaagatcatgcaggaatgcagatgggtgtgggacaggccgctcagc
taagagagagacgctctggagacagacagacagacaggactgaagtggtg
gcccagcaaggagcagagctgagagagtccctcagccacttccagatgtg
ctgctaaggaaactgtgacaaaaagctcaacgagcatcaagggatcagag
agccagtggccatggactggtgcccctgatggccaggatccagaggctgt
tgtggggaaggtcttgtgatgttgaatgtggttgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_151609013_151610251
seq2: B6Ng01-138D23.b_30_1251

seq1  GAATTCCAGCCTGGCCAGTGCACATAGTGAGACCTAGGCATAAAATACAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGCCTGGCCAGTGCACATAGTGAGACCTAGGCATAAAATACAG  50

seq1  TTAAAATGCAGTCAGTGTGAGAACATTTCTGTAAAAGAATTTAGAGTGTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAATGCAGTCAGTGTGAGAACATTTCTGTAAAAGAATTTAGAGTGTG  100

seq1  TATTTTGCATGCGTGTGCACACTCGTGCATGTGGGTAGGCACAGGCATGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTGCATGCGTGTGCACACTCGTGCATGTGGGTAGGCACAGGCATGC  150

seq1  TATTGCATGCCTATAGAAGTCAGACTACAACCTGTGAGAGTCAGGTCTCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGCATGCCTATAGAAGTCAGACTACAACCTGTGAGAGTCAGGTCTCT  200

seq1  TTCGACTGTGTGGATCGTTAGAACTTTGGTCTCCTGTTTTTCCTTCCCAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCGACTGTGTGGATCGTTAGAACTTTGGTCTCCTGTTTTTCCTTCCCAT  250

seq1  CACATGCTCCCAGAAATAAGACTTAGACTCAAAATATATTTACAAATACT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATGCTCCCAGAAATAAGACTTAGACTCAAAATATATTTACAAATACT  300

seq1  TTGACCATATAGCTAGGTTCTTCTCTGACTAGATCATAACTTAATCCATT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACCATATAGCTAGGTTCTTCTCTGACTAGATCATAACTTAATCCATT  350

seq1  TACTTTAATCTCCATTCTGCTACCTGACAGGATGCCTGTGCTCAGGTACT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTTAATCTCCATTCTGCTACCTGACAGGATGCCTGTGCTCAGGTACT  400

seq1  ATGCATCTGCCTGTCCCTCACCTGGCACTATCCCAGGAGCCTTTCTGGTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCATCTGCCTGTCCCTCACCTGGCACTATCCCAGGAGCCTTTCTGGTT  450

seq1  TCCCGGATGTTCCACCTCCTTTTCCTGCCTAAGCCATAGGCCATCAAGTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCGGATGTTCCACCTCCTTTTCCTGCCTAAGCCATAGGCCATCAAGTT  500

seq1  TATTATTGACAGATGCCATAGCCATACAGACCCAGGATATCCTTTCTACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTATTGACAGATGCCATAGCCATACAGACCCAGGATATCCTTTCTACA  550

seq1  TGATCTAGGAACTGAACTCAGGTCGTTGGAGTTGAATGCAAGGACCTTTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATCTAGGAACTGAACTCAGGTCGTTGGAGTTGAATGCAAGGACCTTTA  600

seq1  CATTGAGCTGATTGTGTAGGAAAGATTTTGGCATGCAGTTTACAGTTGTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGAGCTGATTGTGTAGGAAAGATTTTGGCATGCAGTTTACAGTTGTT  650

seq1  TGTTTTTGAGTGTGTTAAGGAATCAAACCTGAGCCTTGAGCAGACCGGGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTTGAGTGTGTTAAGGAATCAAACCTGAGCCTTGAGCAGACCGGGC  700

seq1  AAGCATGAGCAGGCTGGGCAAGCGTGAGCAGGCCGGGCAAGTGTGAGCAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCATGAGCAGGCTGGGCAAGCGTGAGCAGGCCGGGCAAGTGTGAGCAG  750

seq1  GCCGGGCAAGCATGCTGCCACCAAGGTATCCCGCAGCACCAGGTCCGATG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCGGGCAAGCATGCTGCCACCAAGGTATCCCGCAGCACCAGGTCCGATG  800

seq1  TTTGCAAACCACTCTTCTGATGGTCACCACACGCAGGTCTCTTAGCTGGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCAAACCACTCTTCTGATGGTCACCACACGCAGGTCTCTTAGCTGGC  850

seq1  AAGGCAGGCCTGAGAGTGGCCAGATGGGAAGTCGTGACCAATTGGAAGAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCAGGCCTGAGAGTGGCCAGATGGGAAGTCGTGACCAATTGGAAGAA  900

seq1  GCCAGATCCAGTCGTGCTCCAGAGAGAGCACTCATATCCATGCCATTCTA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGATCCAGTCGTGCTCCAGAGAGAGCACTCATATCCATGCCATTCTA  950

seq1  AGGCAGCCAGGTGACATGTTTGGTATCCGTGGCCTGCTCAGTGACAGGCC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAGCCAGGTGACATGTTTGGTATCCGTGGCCTGCTCAGTGACAGGCC  1000

seq1  AGAGGGATGCTCAGTACTCAGGGCTGTGAGGGACTTCGGGGCCTTGCTGT  1050
      |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  AGAGGGATGCTCAGTACTCA-GGCTGTGAGGGACTTCGGGGCTTTGCTGT  1049

seq1  CCACCCAGCCTCCCAGGCACATGGTGAGAGATGCACATCCCTCTCAGCAG  1100
       ||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||
seq2  -CACCCAG-CTCCCA-GCACATGGTGAAAGATGCACAT-CCTCTCAGCAG  1095

seq1  AGGGGTCCAGTATGTGGGCTTCGCTGCTCATCTTCCACTTCAGAGCTGTG  1150
      |||||| |||||||||||| |||||||  ||||| |||| |||||||  |
seq2  AGGGGT-CAGTATGTGGGC-TCGCTGCCTATCTT-CACTCCAGAGCTTGG  1142

seq1  AGGTCAGAGGAACCCTGGACAGCCAGGGTCCTGATCTTCACAGGGTTCAG  1200
      |||||||| ||  | ||||||||    |||   ||||||  |||  ||||
seq2  AGGTCAGAAGA--CTTGGACAGC---AGTCTGTATCTTCCAAGG--TCAG  1185

seq1  TTTAGTGTCCCATGTACCTTTCCAGATGTAAAGAAGGTG  1239
      || || || | ||||| | ||||||| || |||||||||
seq2  TTAAG-GTTCAATGTAACCTTCCAGA-GTTAAGAAGGTG  1222

seq1: chr4_151729646_151730807
seq2: B6Ng01-138D23.g_65_1199 (reverse)

seq1  ACAACCACAACAATACAAACAAAACAACAAAAAGAGACCTTTCCCCACAA  50
      ||||||||    || |      |||| || |   ||||| ||||||||||
seq2  ACAACCAC----ATTC------AACATCACA---AGACC-TTCCCCACAA  36

seq1  CCAGCACTTCCTGTGATCCTGGCTCATCAGGGGCCACCAGTCCCATGGGC  100
       |||| ||  ||| ||||||||| ||||||||| ||||||| |||| |||
seq2  -CAGC-CT--CTG-GATCCTGGC-CATCAGGGG-CACCAGT-CCAT-GGC  77

seq1  CACTGGCTCTCTGATCCCTGTGATGGCTCCGTTGAGCTTTTTGTCACAGT  150
      ||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||
seq2  CACTGGCTCTCTGATCCCT-TGAT-GCT-CGTTGAGCTTTTTGTCACAGT  124

seq1  TTCCTTAGCAGCACATCTGGGAAGTGGCTGAGGGACTCTCTCAGCTCTGC  200
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTTAGCAGCACATCT-GGAAGTGGCTGAGGGACTCTCTCAGCTCTGC  173

seq1  TCCTTGCTGGGCCACCACTTCAGTCCTGTCTGTCTGTCTGTCTCCAGAGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTGCTGGGCCACCACTTCAGTCCTGTCTGTCTGTCTGTCTCCAGAGC  223

seq1  GTCTCTCTCTTAGCTGAGCGGCCTGTCCCACACCCATCTGCATTCCTGCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCTCTCTTAGCTGAGCGGCCTGTCCCACACCCATCTGCATTCCTGCA  273

seq1  TGATCTTTCCCCAGTCTCAGCTTTAAAACTCACAGTGTCGTCCTGTGAGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATCTTTCCCCAGTCTCAGCTTTAAAACTCACAGTGTCGTCCTGTGAGC  323

seq1  TGGAGTCCGAGACATGCCACTGGTGGGGGTGTCGGTGGGGTTGTTGGGAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGTCCGAGACATGCCACTGGTGGGGGTGTCGGTGGGGTTGTTGGGAC  373

seq1  AGGATGGGTGTGACTTTCACTGTCCCAGGGGAGGGTGAGAGCTGTTGTTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATGGGTGTGACTTTCACTGTCCCAGGGGAGGGTGAGAGCTGTTGTTA  423

seq1  GCTTGCAGACTGCCCCTTTCTTACTCTCTCAGAGCAAGGAGGTGGGTCAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGCAGACTGCCCCTTTCTTACTCTCTCAGAGCAAGGAGGTGGGTCAG  473

seq1  AAGGGCCCGTGCGTCTGACCCCACCTCTGGCCATGTCTCTGCAGGAGCCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGCCCGTGCGTCTGACCCCACCTCTGGCCATGTCTCTGCAGGAGCCC  523

seq1  AAGTCCTCGGGACAACTCATGGCGGAGTGGGGGCTGGACGACGTGGACTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCCTCGGGACAACTCATGGCGGAGTGGGGGCTGGACGACGTGGACTA  573

seq1  CCTGTTTTCTGAGGATGACTACCACACACTGACCAACTACAAAGCCTTCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTTTTCTGAGGATGACTACCACACACTGACCAACTACAAAGCCTTCA  623

seq1  GCCAGTTCCTCAGGTGGGCCAGGGGCTGACTGCTGTGTCTGGGTGACCAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGTTCCTCAGGTGGGCCAGGGGCTGACTGCTGTGTCTGGGTGACCAT  673

seq1  GAGGGTTGTGCTTATCTGAGTGGGGAGGAGGGAGAGGCAGCGGGGACTCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGTTGTGCTTATCTGAGTGGGGAGGAGGGAGAGGCAGCGGGGACTCC  723

seq1  TGAGACGGGGAGGATTATCAGAGGAACCCCTGACCTGGGAAGGGCTTGGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGACGGGGAGGATTATCAGAGGAACCCCTGACCTGGGAAGGGCTTGGG  773

seq1  GTCAGGACTCCTTCATTTTAACATAGCAGATGGTTGGGTCTACCTCCCGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGGACTCCTTCATTTTAACATAGCAGATGGTTGGGTCTACCTCCCGC  823

seq1  ACAGGCCCCCCGTCCTGGGTCCTTCTGTGGGGAATGGCCTGCTTAGGCCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGCCCCCCGTCCTGGGTCCTTCTGTGGGGAATGGCCTGCTTAGGCCT  873

seq1  GTCTCTGGTCTGCAGCCTAAATGAAAACACTCCAGAAGTCAGGAGTATGT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCTGGTCTGCAGCCTAAATGAAAACACTCCAGAAGTCAGGAGTATGT  923

seq1  TGGGGTGTGCTATGGCCTCACTTTGTCCTTCCCCAGCCCCTACTGGGCTA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGTGTGCTATGGCCTCACTTTGTCCTTCCCCAGCCCCTACTGGGCTA  973

seq1  GCCAGGGGCTACTGGGCTAGCCACACCTCGCAGGCGTGAGAGAAAGGGGT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGGGGCTACTGGGCTAGCCACACCTCGCAGGCGTGAGAGAAAGGGGT  1023

seq1  GTCCTCCCTCACTTTCCCGTCTCTCTCCCGCAGGCCCCTTATTGCCAAGA  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTCCCTCACTTTCCCGTCTCTCTCCCGCAGGCCCCTTATTGCCAAGA  1073

seq1  AGAATCCGAAGATCCCCATGTCCAAAATGATGACTGTCCTGGGGGCCAAG  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATCCGAAGATCCCCATGTCCAAAATGATGACTGTCCTGGGGGCCAAG  1123

seq1  TGGCGAGAATTC  1162
      ||||||||||||
seq2  TGGCGAGAATTC  1135