BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-175C19
Chromosome4 (Build37)
Map Location 138,256,499 - 138,443,106
singlet/doubletdoublet
Overlap geneUbxd3, Pla2g2c, Pla2g2f, Pla2g2d, Pla2g5, Pla2g2a, Pla2g2e
Upstream geneRap1gap, Akp2, Ece1, LOC100040558, Eif4g3, Hp1bp3, Kif17, Ddost, Pink1, Cda, LOC625638, LOC625646, 0610009K11Rik, Camk2n1, LOC100040618, 4931403E03Rik
Downstream geneOtud3, Rnf186, Tmco4, Htr6, LOC665683, Nbl1, 2310028O11Rik, Hspe1-ps4, 9530077C14Rik, Capzb, Pqlc2, LOC100042808, Akr7a5, LOC625977, LOC626000, Mrto4, C230096C10Rik, Zubr1, C79267, Aldh4a1, Tas1r2, Pax7
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-175C19.bB6Ng01-175C19.g
ACCGA003054GA003055
length1,1391,043
definitionB6Ng01-175C19.b B6Ng01-175C19.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(138,256,499 - 138,257,623)(138,442,077 - 138,443,106)
sequence
gaattccacagagccagccagtgcctgcaactgacttacagaacctcttg
gcccagtcttggttcagggtttttgggaccatgccacagagagcaggtga
aaatacttctggctttggttgagtagcagctctggcctcagctggtgggt
gtgtgctggggttggtcgctggaggacctctgctgctctatgcaatacct
tggctcggctctgggcgataggtgcagactctgggcaagttcagttgtct
aggtactgccgtctctttcttgctctgaaactcagccgtgtgagggacta
tgcagaactggggtgggggatggaactaaatgccacagagggctctttgt
gcctgaagacagagaaggaacatgtacagcattcctcgccccctctcctg
cctacaggtcacctccagtctctggtctctctcctgctcccttttcctat
ttaaaatctcctgcagctgtggggtcctggtctccaaggacatggctgtt
taggtccccaacaaggggtgaaaacagcatgctttctttttgctttctgg
gatggactaggagagactgcacagcactagggctcttcagccaatctgtg
tctaaaaggtgcacactgagcggacactgagaagagtgccacccctcccc
ctgcccagagggagagactacctgatgttgaactttcaaaattccaaagt
gttggattgaaacatacgtcgtgctttggcatgaccctccgtccagattc
tttgcctaccgagggaagcaaaatgctttcttgtcttctctttcagtggc
tgggctttcccgttactttttggaccatcattcccagcaagaaggatgga
tggatccgttcttgcctgagctttgacgcctcacagagtctacaggttca
gaatatgagtacaaagagggctgtgtgtgaaagtataccacataaaaaca
gaattctaggcttttaggcccagggctgtaaatgttgtcttttgtaatgg
tatgctatcataaacagatagcaacatttccttccacccctacctgcttc
ctggttcaagaagtgcctccattcaaagaaagttcactcagaacctgcca
tgcaatagtgtgcttattgttaggggactcttctaaagc
gaattccatcgtgatttgtaatcacttactcagcgagttatttaatagag
cactttgtgtgtggcgtctgtgatgggcataataggaacagaagcaaaat
caatcctgatcaatcagcgtcccctccccagcctctgtgagccccttgct
tcctctgctcgcttagccatccatcccttcatctatccattaatctgtca
tcagtggtaaagccacccatccatccatccatccatccatccatccatcc
atccatccaccctccaccatgcacccccaccccccacccaagagacgggg
catggaggcgtcttcaggaaagcagcttttaattatgttggtggtctcag
tcgaaaacatgagggaggagctggtaacagtcaaacagggcctgacctta
agctgagactagaaagatggcccagatgtggaggaaggaaagctgattgg
ggatggggacggaacaagctctcccgtaagcatttggcagagactaaacc
acgtggcagtgtctctgtccttccttcaaggtctctgggaaggcttcgta
agcaaggagggggtgtgggagaaatgtcacgtttatgtctactcaaggac
actttccatttcccttttccctgcctctcagagaccccacttcattcaca
cacatggatccgccatgccccatgcatccatctatcgacccaccacccac
tcatcacgcacacgtctgtatgtccatctgtccatatgtctattaactca
tctccttgccattcacatatatatatacatctctccacgaacccacccat
tcattcccccatatacacacacctacccatccatccacctgctcacccat
gcagtccactcatcatacatacctctatcctcccgtacccttcaaccaca
cagggcacacaatgccatatgttctattccatccatccacttcgttcact
taccccattccattccatggtattccaccccaccctcaacccccacattc
acccattctatgccctccctcccttccaacgagttcacataaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_138256499_138257623
seq2: B6Ng01-175C19.b_39_1177

seq1  GAATTCCACAGAGCCAGCCAGTGCCTGCAACTGACTTACAGAACCTCTTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCACAGAGCCAGCCAGTGCCTGCAACTGACTTACAGAACCTCTTG  50

seq1  GCCCAGTCTTGGTTCAGGGTTTTTGGGACCATGCCACAGAGAGCAGGTGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCAGTCTTGGTTCAGGGTTTTTGGGACCATGCCACAGAGAGCAGGTGA  100

seq1  AAATACTTCTGGCTTTGGTTGAGTAGCAGCTCTGGCCTCAGCTGGTGGGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATACTTCTGGCTTTGGTTGAGTAGCAGCTCTGGCCTCAGCTGGTGGGT  150

seq1  GTGTGCTGGGGTTGGTCGCTGGAGGACCTCTGCTGCTCTATGCAATACCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGCTGGGGTTGGTCGCTGGAGGACCTCTGCTGCTCTATGCAATACCT  200

seq1  TGGCTCGGCTCTGGGCGATAGGTGCAGACTCTGGGCAAGTTCAGTTGTCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTCGGCTCTGGGCGATAGGTGCAGACTCTGGGCAAGTTCAGTTGTCT  250

seq1  AGGTACTGCCGTCTCTTTCTTGCTCTGAAACTCAGCCGTGTGAGGGACTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTACTGCCGTCTCTTTCTTGCTCTGAAACTCAGCCGTGTGAGGGACTA  300

seq1  TGCAGAACTGGGGTGGGGGATGGAACTAAATGCCACAGAGGGCTCTTTGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGAACTGGGGTGGGGGATGGAACTAAATGCCACAGAGGGCTCTTTGT  350

seq1  GCCTGAAGACAGAGAAGGAACATGTACAGCATTCCTCGCCCCCTCTCCTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGAAGACAGAGAAGGAACATGTACAGCATTCCTCGCCCCCTCTCCTG  400

seq1  CCTACAGGTCACCTCCAGTCTCTGGTCTCTCTCCTGCTCCCTTTTCCTAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTACAGGTCACCTCCAGTCTCTGGTCTCTCTCCTGCTCCCTTTTCCTAT  450

seq1  TTAAAATCTCCTGCAGCTGTGGGGTCCTGGTCTCCAAGGACATGGCTGTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAATCTCCTGCAGCTGTGGGGTCCTGGTCTCCAAGGACATGGCTGTT  500

seq1  TAGGTCCCCAACAAGGGGTGAAAACAGCATGCTTTCTTTTTGCTTTCTGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTCCCCAACAAGGGGTGAAAACAGCATGCTTTCTTTTTGCTTTCTGG  550

seq1  GATGGACTAGGAGAGACTGCACAGCACTAGGGCTCTTCAGCCAATCTGTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGACTAGGAGAGACTGCACAGCACTAGGGCTCTTCAGCCAATCTGTG  600

seq1  TCTAAAAGGTGCACACTGAGCGGACACTGAGAAGAGTGCCACCCCTCCCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAAAGGTGCACACTGAGCGGACACTGAGAAGAGTGCCACCCCTCCCC  650

seq1  CTGCCCAGAGGGAGAGACTACCTGATGTTGAACTTTCAAAATTCCAAAGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCCAGAGGGAGAGACTACCTGATGTTGAACTTTCAAAATTCCAAAGT  700

seq1  GTTGGATTGAAACATACGTCGTGCTTTGGCATGACCCTCCGTCCAGATTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGATTGAAACATACGTCGTGCTTTGGCATGACCCTCCGTCCAGATTC  750

seq1  TTTGCCTACCGAGGGAAGCAAAATGCTTTCTTGTCTTCTCTTTCAGTGGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCCTACCGAGGGAAGCAAAATGCTTTCTTGTCTTCTCTTTCAGTGGC  800

seq1  TGGGCTTTCCCGTTAC-TTTTGGACCATCA-TCCCAGCAAGAAGGATGGA  848
      |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TGGGCTTTCCCGTTACTTTTTGGACCATCATTCCCAGCAAGAAGGATGGA  850

seq1  TGGATCCG-TCTTGCCTGAAGCTTGACGCCTCACAGAGTCTACAGG-TCA  896
      |||||||| ||||||||||   |||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TGGATCCGTTCTTGCCTGAGCTTTGACGCCTCACAGAGTCTACAGGTTCA  900

seq1  GAATATGAGTACAAAGA-GGCTGTGTGTGAAAGTATAACAACATAAAAAC  945
      ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || ||||||||||
seq2  GAATATGAGTACAAAGAGGGCTGTGTGTGAAAGTAT-ACCACATAAAAAC  949

seq1  AGAATTCTAGGCCTTTAGGCCCAGGCTTGGAAATG-TGGCCTTTGTAAAG  994
      |||||||||||| ||||||||||||  || ||||| || | ||||||| |
seq2  AGAATTCTAGGCTTTTAGGCCCAGGGCTGTAAATGTTGTCTTTTGTAATG  999

seq1  GTATGCTAATCATAAAACAGATAGCAACATT--CCTCCACCC--ACCCGC  1040
      ||||||| ||||| |||||||||||||||||  | |||||||  ||| ||
seq2  GTATGCT-ATCAT-AAACAGATAGCAACATTTCCTTCCACCCCTACCTGC  1047

seq1  TTCCTGGGTTCAAAGAGTGC--TCATTCAAAGAAAG-TCACCCAGAACCT  1087
      ||||| |||||||  |||||   ||||||||||||| |||| ||||||||
seq2  TTCCT-GGTTCAAGAAGTGCCTCCATTCAAAGAAAGTTCACTCAGAACCT  1096

seq1  GCAATGCA--AATGTGC-TATTGTTA-GGGACTCTT-AAAAGC  1125
      || |||||  | ||||| |||||||| |||||||||  |||||
seq2  GCCATGCAATAGTGTGCTTATTGTTAGGGGACTCTTCTAAAGC  1139

seq1: chr4_138442077_138443106
seq2: B6Ng01-175C19.g_61_1103 (reverse)

seq1  TTTATGTGAACTCGTTGG-AGGGAGGGA-GGCAT-GGATGGGTG-ATGTG  46
      |||||||||||||||||| ||||||||| ||||| | ||||||| |||||
seq2  TTTATGTGAACTCGTTGGAAGGGAGGGAGGGCATAGAATGGGTGAATGTG  50

seq1  GGGGTGGAGGGT-GGGTGG-ATA-CATGG-ATGGA--TGGGTAGGTGAAC  90
      ||||| |||||| |||||| ||| ||||| |||||   ||||| ||||||
seq2  GGGGTTGAGGGTGGGGTGGAATACCATGGAATGGAATGGGGTAAGTGAAC  100

seq1  G-AGTGGATGGATGG-ATAG-ACATAT-GCA-TGTGTG-CCTGTGTGGGT  134
      | ||||||||||||| |||| |||||| ||| |||||| ||||||||| |
seq2  GAAGTGGATGGATGGAATAGAACATATGGCATTGTGTGCCCTGTGTGGTT  150

seq1  G-AGGGTACGGGAGGATAGAGGTATGTATGATGAGTGGACTGCATGGGTG  183
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGGTACGGGAGGATAGAGGTATGTATGATGAGTGGACTGCATGGGTG  200

seq1  AGCAGGTGGATGGATGGGTAGGTGTGTGTATATGGGGGAATGAATGGGTG  233
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGGTGGATGGATGGGTAGGTGTGTGTATATGGGGGAATGAATGGGTG  250

seq1  GGTTCGTGGAGAGATGTATATATATATGTGAATGGCAAGGAGATGAGTTA  283
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTCGTGGAGAGATGTATATATATATGTGAATGGCAAGGAGATGAGTTA  300

seq1  ATAGACATATGGACAGATGGACATACAGACGTGTGCGTGATGAGTGGGTG  333
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGACATATGGACAGATGGACATACAGACGTGTGCGTGATGAGTGGGTG  350

seq1  GTGGGTCGATAGATGGATGCATGGGGCATGGCGGATCCATGTGTGTGAAT  383
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGTCGATAGATGGATGCATGGGGCATGGCGGATCCATGTGTGTGAAT  400

seq1  GAAGTGGGGTCTCTGAGAGGCAGGGAAAAGGGAAATGGAAAGTGTCCTTG  433
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTGGGGTCTCTGAGAGGCAGGGAAAAGGGAAATGGAAAGTGTCCTTG  450

seq1  AGTAGACATAAACGTGACATTTCTCCCACACCCCCTCCTTGCTTACGAAG  483
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGACATAAACGTGACATTTCTCCCACACCCCCTCCTTGCTTACGAAG  500

seq1  CCTTCCCAGAGACCTTGAAGGAAGGACAGAGACACTGCCACGTGGTTTAG  533
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCCCAGAGACCTTGAAGGAAGGACAGAGACACTGCCACGTGGTTTAG  550

seq1  TCTCTGCCAAATGCTTACGGGAGAGCTTGTTCCGTCCCCATCCCCAATCA  583
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGCCAAATGCTTACGGGAGAGCTTGTTCCGTCCCCATCCCCAATCA  600

seq1  GCTTTCCTTCCTCCACATCTGGGCCATCTTTCTAGTCTCAGCTTAAGGTC  633
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTCCTTCCTCCACATCTGGGCCATCTTTCTAGTCTCAGCTTAAGGTC  650

seq1  AGGCCCTGTTTGACTGTTACCAGCTCCTCCCTCATGTTTTCGACTGAGAC  683
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCCTGTTTGACTGTTACCAGCTCCTCCCTCATGTTTTCGACTGAGAC  700

seq1  CACCAACATAATTAAAAGCTGCTTTCCTGAAGACGCCTCCATGCCCCGTC  733
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCAACATAATTAAAAGCTGCTTTCCTGAAGACGCCTCCATGCCCCGTC  750

seq1  TCTTGGGTGGGGGGTGGGGGTGCATGGTGGAGGGTGGATGGATGGATGGA  783
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||
seq2  TCTTGGGTGGGGGGTGGGGGTGCATGGTGGAGGG----TGGATGGATGGA  796

seq1  TGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGGTGGCTTTACCACTGATGA  833
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGGTGGCTTTACCACTGATGA  846

seq1  CAGATTAATGGATAGATGAAGGGATGGATGGCTAAGCGAGCAGAGGAAGC  883
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATTAATGGATAGATGAAGGGATGGATGGCTAAGCGAGCAGAGGAAGC  896

seq1  AAGGGGCTCACAGAGGCTGGGGAGGGGACGCTGATTGATCAGGATTGATT  933
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGGCTCACAGAGGCTGGGGAGGGGACGCTGATTGATCAGGATTGATT  946

seq1  TTGCTTCTGTTCCTATTATGCCCATCACAGACGCCACACACAAAGTGCTC  983
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTTCTGTTCCTATTATGCCCATCACAGACGCCACACACAAAGTGCTC  996

seq1  TATTAAATAACTCGCTGAGTAAGTGATTACAAATCACGATGGAATTC  1030
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAAATAACTCGCTGAGTAAGTGATTACAAATCACGATGGAATTC  1043