BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-175O03
Chromosome4 (Build37)
Map Location 111,094,664 - 111,258,345
singlet/doubletdoublet
Overlap gene2310026E23Rik
Upstream geneLOC100040381
Downstream geneSpata6, LOC621612, Slc5a9, LOC639774, C130057D23Rik, LOC639781, 9530098N22Rik, A430090E18Rik, A030013N09Rik, LOC665949, LOC630887
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-175O03.bB6Ng01-175O03.g
ACCGA003568GA003569
length1,1991,142
definitionB6Ng01-175O03.b B6Ng01-175O03.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(111,257,137 - 111,258,345)(111,094,664 - 111,095,804)
sequence
gaattctgtcctctggcttatggacactcatggttctcggtaactttcaa
tcaagtacaaacacactgaggcagctcccaggctcttgaccactgacaga
actcttgtctacaaccccatcttgcctcctgcccatccttccatgcttcc
tccagtccagcagccgaacttgccattaccccagtatccctacctaatag
ctatgtcttctttctgctatggtgctcctctcaggctgactaaacaattt
ctcattcttcaaaactcttgcacatggttttatacaaatccttattcaca
ctggactatttttttaaagatttatttatttattattatatgtaagtact
ctgtagctgtcttcagacacaccagaagagggagtcagatcttgttacgg
atggttgtgagccaccatgtggttgctgggatttgaactctggaccttcg
gaagagcagtcgggtgctcttacccactgagccatctcaccagccctgga
ctattttttttaagactcagttaccccagggagcttcgtaggtccctaag
tctggttcagccctactttgttgacattggcactcagagcccttgtctat
cataacacatgccaacatgtgtggaatcataggttgacttggtctgttgc
tctgaacctcaagtttgcaaatttcgttgcctaaagactcctttatccat
agctcttacagtcagcacactttttaggaggtgtgcatagcatagtgctt
tgatatagtcacaagaatctgataatttaatgtaacaaccacccccacat
acaaataaagacaccgaaacttaaaacagttaaggggcctgcccagggta
gctaagtcattggtgttgaagtgaggtttagacctagacctaagcttgag
tccttaaccacatgattcagctgctgtgttttaaaggaagggttctgtga
gggtcttcctcacatccctttgcagattttctgtaacaagctcaggactc
tgccctcatctagatcgtgtaaagacagcactgggttcagttagttgcct
ttggtgctgcatgttaaagcgattattgctcaagaaatgtttactgaatg
ggcaaatgaacgacgcctttttgctttcgagtacaagaagcttcccttta
tcgaactcttacattcatgaagcaccagcagaaacctgcagtacctgag

gaattcaagagctcactgtgaacagtaaactagaaatagagagcagaggc
atcctggtaagggcctcaggtgcggggctgaatgcctgtcatggaagtgg
caagcaagtccagggatattttagaaaggaagcttgtcttagggtagagg
aaggttagagaacctggaagtcatatccttaagtactgaggaggaagtgt
gagagctcagagaaagtgtacttcgaagataatgtgggttcaaactgtgc
agagaaattcttgacgcctttgagaatcaggtactgatctgaaacccaga
aactagtgatcacccacttgcccactgtgttactactaaagaaacatgga
caagagtctgttatacagtccagacttgctaagattggcagccgtcaggg
gctgcaatgggctagcagttgaggagcagtcagccgagtcatgcacacta
ccctttgtggaaaggagtgttaagaacaaatgcgaacaaatgcatgttaa
gtttaagacttagctgtgttttaagtcctgctgggacttgacctaagcat
tgagggcttacattttcctatgtcttgttgacctgtggctctcttctggg
gacattcattaccctagcaacattcctggtaaagcacatgagggcagcta
gacaagtgacctggcagagtgcattcctgtttgtgcctatgccccagctc
tggtccagggacagcaagaaggtgggcacacgaataaggagaccctccaa
ctgccagcttcctctacccttagttgcctccctacttggaggcatcttag
aagtgatctgttgtggtcctccacagcccagataagaaaggggacgacct
agacactggaagacctgttgagggtttccaagtcagtgttctactgaaaa
gaagttaggtcacccagccagcctgtgaagaaccaggcctccgttccagc
acccctgcttgcctttgctacttcgcagcagggtaccctttctttttgtt
gtcttagttggataaaatccttgaaaccttgaagaattctatctgtttag
atttataaaaaatagcactatagtcagaaatgttagcggcttgtcttatc
tgtgagtatggattataatgcaaacacagaactgtcacgggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_111257137_111258345
seq2: B6Ng01-175O03.b_35_1233 (reverse)

seq1  CTCAGGTTACTGCCAGTTTCTGCTGTGTTGCTTCATGAATGGTAAAGGGT  50
      |||||| ||||||  ||||||||  || |||||||||||||   ||| ||
seq2  CTCAGG-TACTGCAGGTTTCTGC--TGGTGCTTCATGAATG--TAAGAGT  45

seq1  GTCGATTAAAAGGGAGCTTCCTTGTACTCTTCGAAAGCAAAAAGGCGTTC  100
       |||| |||| || ||||| |||||||   ||||||||||||||||| ||
seq2  -TCGA-TAAAGGGAAGCTT-CTTGTAC---TCGAAAGCAAAAAGGCG-TC  88

seq1  GTTCATTTGCCCATTCAGTAAACATTTCTTGAGC-ATAATCGCTCTACAC  149
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||   
seq2  GTTCATTTGCCCATTCAGTAAACATTTCTTGAGCAATAATCGCTTTAACA  138

seq1  TGCAGCA-CAAAGGCAACTAACTGAACCCAGTGCTGTCTTTACACGATCT  198
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGCACCAAAGGCAACTAACTGAACCCAGTGCTGTCTTTACACGATCT  188

seq1  AGATGAGGGCAGAGTCCTTGAGCTGTTTACAGAAAATCTGC-AAGGGATG  247
      ||||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||| ||||||||
seq2  AGATGAGGGCAGAGTCC-TGAGCTTGTTACAGAAAATCTGCAAAGGGATG  237

seq1  TGAGGAAGACCCTCACAGAACCCTTCCTTTAAAACACAGCAGCTGAATCA  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGAAGACCCTCACAGAACCCTTCCTTTAAAACACAGCAGCTGAATCA  287

seq1  TGTGGTTAAGGACTCAAGCTTAGGTCTAGGTCTAAACCTCACTTCAACAC  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGTTAAGGACTCAAGCTTAGGTCTAGGTCTAAACCTCACTTCAACAC  337

seq1  CAATGACTTAGCTACCCTGGGCAGGCCCCTTAACTGTTTTAAGTTTCGGT  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGACTTAGCTACCCTGGGCAGGCCCCTTAACTGTTTTAAGTTTCGGT  387

seq1  GTCTTTATTTGTATGTGGGGGTGGTTGTTACATTAAATTATCAGATTCTT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTTATTTGTATGTGGGGGTGGTTGTTACATTAAATTATCAGATTCTT  437

seq1  GTGACTATATCAAAGCACTATGCTATGCACACCTCCTAAAAAGTGTGCTG  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACTATATCAAAGCACTATGCTATGCACACCTCCTAAAAAGTGTGCTG  487

seq1  ACTGTAAGAGCTATGGATAAAGGAGTCTTTAGGCAACGAAATTTGCAAAC  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTAAGAGCTATGGATAAAGGAGTCTTTAGGCAACGAAATTTGCAAAC  537

seq1  TTGAGGTTCAGAGCAACAGACCAAGTCAACCTATGATTCCACACATGTTG  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGGTTCAGAGCAACAGACCAAGTCAACCTATGATTCCACACATGTTG  587

seq1  GCATGTGTTATGATAGACAAGGGCTCTGAGTGCCAATGTCAACAAAGTAG  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGTGTTATGATAGACAAGGGCTCTGAGTGCCAATGTCAACAAAGTAG  637

seq1  GGCTGAACCAGACTTAGGGACCTACGAAGCTCCCTGGGGTAACTGAGTCT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGAACCAGACTTAGGGACCTACGAAGCTCCCTGGGGTAACTGAGTCT  687

seq1  TAAAAAAAATAGTCCAGGGCTGGTGAGATGGCTCAGTGGGTAAGAGCACC  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAAAAATAGTCCAGGGCTGGTGAGATGGCTCAGTGGGTAAGAGCACC  737

seq1  CGACTGCTCTTCCGAAGGTCCAGAGTTCAAATCCCAGCAACCACATGGTG  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGACTGCTCTTCCGAAGGTCCAGAGTTCAAATCCCAGCAACCACATGGTG  787

seq1  GCTCACAACCATCCGTAACAAGATCTGACTCCCTCTTCTGGTGTGTCTGA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCACAACCATCCGTAACAAGATCTGACTCCCTCTTCTGGTGTGTCTGA  837

seq1  AGACAGCTACAGAGTACTTACATATAATAATAAATAAATAAATCTTTAAA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAGCTACAGAGTACTTACATATAATAATAAATAAATAAATCTTTAAA  887

seq1  AAAATAGTCCAGTGTGAATAAGGATTTGTATAAAACCATGTGCAAGAGTT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATAGTCCAGTGTGAATAAGGATTTGTATAAAACCATGTGCAAGAGTT  937

seq1  TTGAAGAATGAGAAATTGTTTAGTCAGCCTGAGAGGAGCACCATAGCAGA  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAGAATGAGAAATTGTTTAGTCAGCCTGAGAGGAGCACCATAGCAGA  987

seq1  AAGAAGACATAGCTATTAGGTAGGGATACTGGGGTAATGGCAAGTTCGGC  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAGACATAGCTATTAGGTAGGGATACTGGGGTAATGGCAAGTTCGGC  1037

seq1  TGCTGGACTGGAGGAAGCATGGAAGGATGGGCAGGAGGCAAGATGGGGTT  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGGACTGGAGGAAGCATGGAAGGATGGGCAGGAGGCAAGATGGGGTT  1087

seq1  GTAGACAAGAGTTCTGTCAGTGGTCAAGAGCCTGGGAGCTGCCTCAGTGT  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGACAAGAGTTCTGTCAGTGGTCAAGAGCCTGGGAGCTGCCTCAGTGT  1137

seq1  GTTTGTACTTGATTGAAAGTTACCGAGAACCATGAGTGTCCATAAGCCAG  1197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGTACTTGATTGAAAGTTACCGAGAACCATGAGTGTCCATAAGCCAG  1187

seq1  AGGACAGAATTC  1209
      ||||||||||||
seq2  AGGACAGAATTC  1199


seq1: chr4_111094664_111095804
seq2: B6Ng01-175O03.g_66_1207

seq1  GAATTCAAGAGCTCACTGTGAACAGTAAACTAGAAATAGAGAGCAGAGGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAGAGCTCACTGTGAACAGTAAACTAGAAATAGAGAGCAGAGGC  50

seq1  ATCCTGGTAAGGGCCTCAGGTGCGGGGCTGAATGCCTGTCATGGAAGTGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTGGTAAGGGCCTCAGGTGCGGGGCTGAATGCCTGTCATGGAAGTGG  100

seq1  CAAGCAAGTCCAGGGATATTTTAGAAAGGAAGCTTGTCTTAGGGTAGAGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCAAGTCCAGGGATATTTTAGAAAGGAAGCTTGTCTTAGGGTAGAGG  150

seq1  AAGGTTAGAGAACCTGGAAGTCATATCCTTAAGTACTGAGGAGGAAGTGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTTAGAGAACCTGGAAGTCATATCCTTAAGTACTGAGGAGGAAGTGT  200

seq1  GAGAGCTCAGAGAAAGTGTACTTCGAAGATAATGTGGGTTCAAACTGTGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGCTCAGAGAAAGTGTACTTCGAAGATAATGTGGGTTCAAACTGTGC  250

seq1  AGAGAAATTCTTGACGCCTTTGAGAATCAGGTACTGATCTGAAACCCAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAAATTCTTGACGCCTTTGAGAATCAGGTACTGATCTGAAACCCAGA  300

seq1  AACTAGTGATCACCCACTTGCCCACTGTGTTACTACTAAAGAAACATGGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTAGTGATCACCCACTTGCCCACTGTGTTACTACTAAAGAAACATGGA  350

seq1  CAAGAGTCTGTTATACAGTCCAGACTTGCTAAGATTGGCAGCCGTCAGGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAGTCTGTTATACAGTCCAGACTTGCTAAGATTGGCAGCCGTCAGGG  400

seq1  GCTGCAATGGGCTAGCAGTTGAGGAGCAGTCAGCCGAGTCATGCACACTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCAATGGGCTAGCAGTTGAGGAGCAGTCAGCCGAGTCATGCACACTA  450

seq1  CCCTTTGTGGAAAGGAGTGTTAAGAACAAATGCGAACAAATGCATGTTAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTTGTGGAAAGGAGTGTTAAGAACAAATGCGAACAAATGCATGTTAA  500

seq1  GTTTAAGACTTAGCTGTGTTTTAAGTCCTGCTGGGACTTGACCTAAGCAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTAAGACTTAGCTGTGTTTTAAGTCCTGCTGGGACTTGACCTAAGCAT  550

seq1  TGAGGGCTTACATTTTCCTATGTCTTGTTGACCTGTGGCTCTCTTCTGGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGGCTTACATTTTCCTATGTCTTGTTGACCTGTGGCTCTCTTCTGGG  600

seq1  GACATTCATTACCCTAGCAACATTCCTGGTAAAGCACATGAGGGCAGCTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATTCATTACCCTAGCAACATTCCTGGTAAAGCACATGAGGGCAGCTA  650

seq1  GACAAGTGACCTGGCAGAGTGCATTCCTGTTTGTGCCTATGCCCCAGCTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAAGTGACCTGGCAGAGTGCATTCCTGTTTGTGCCTATGCCCCAGCTC  700

seq1  TGGTCCAGGGACAGCAAGAAGGTGGGCACACGAATAAGGAGACCCTCCAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCCAGGGACAGCAAGAAGGTGGGCACACGAATAAGGAGACCCTCCAA  750

seq1  CTGCCAGCTTCCTCTACCCTTAGTTGCCTCCCTACTTGGAGGCATCTTAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCAGCTTCCTCTACCCTTAGTTGCCTCCCTACTTGGAGGCATCTTAG  800

seq1  AAGTGATCTGTTGTGGTCCTCCACAGCCCAGATAAGAAAGGGGACGACCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGATCTGTTGTGGTCCTCCACAGCCCAGATAAGAAAGGGGACGACCT  850

seq1  AGGACACTGGAAGACCTGTTGAGGGTTTCCAAGTCAGTGTTCTACTGAAA  900
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  A-GACACTGGAAGACCTGTTGAGGGTTTCCAAGTCAGTGTTCTACTGAAA  899

seq1  AGAAGTTAGGTCACCCAGCCAGCCTGTG-AGAACCAGGCCTCCG-TCCAG  948
      |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||
seq2  AGAAGTTAGGTCACCCAGCCAGCCTGTGAAGAACCAGGCCTCCGTTCCAG  949

seq1  CACCCCTGCTTGCCTTTGCTACTTCGCAGCAGGGTACCCTTCTTTTTTGT  998
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||
seq2  CACCCCTGCTTGCCTTTGCTACTTCGCAGCAGGGTACCCTTTCTTTTTGT  999

seq1  TGTCTTAGTTGGATAAAATCCTTGAAA-CTTG-AGAATTCTATCTGTTTA  1046
      ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||
seq2  TGTCTTAGTTGGATAAAATCCTTGAAACCTTGAAGAATTCTATCTGTTTA  1049

seq1  GATTTTATAAAAATAAGCACCATAGGCCAGAGAATG-TAGCGTGCTTGTC  1095
      || ||||||||||  ||||| ||| | |||| |||| ||||| |||||||
seq2  GA-TTTATAAAAAATAGCACTATA-GTCAGA-AATGTTAGCG-GCTTGTC  1095

seq1  TTTTCTGTGGCGTAT-GTTTTTAATGCAAACACAGGACTG-CACGGGG  1141
      || ||||| | |||| | || |||||||||||||| |||| |||||||
seq2  TTATCTGT-GAGTATGGATTATAATGCAAACACAGAACTGTCACGGGG  1142


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |