BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-183C16
Chromosome4 (Build37)
Map Location 135,272,806 - 135,431,123
singlet/doubletdoublet
Overlap geneIl22ra1, LOC665334, Myom3, Fusip1, Pnrc2
Upstream geneLdlrap1, Tmem57, Rhd, Tmem50a, D4Wsu53e, Syf2, Runx3, Clic4, LOC676072, Srrm1, A330049M08Rik, LOC665287, Dscr1l2, Npal3, 4930555I21Rik, Grhl3, 1700029M20Rik, Il28ra
Downstream geneCnr2, Fuca1, Hmgcl, Gale, Lypla2, 1110049F12Rik, LOC669445, Tceb3, Rpl11, Id3, E2f2, Ddefl1, Tcea3, Zfp46, Hnrpr, Htr1d, LOC100042540, Luzp1, Aof2, LOC667080, LOC433770, 4930549C01Rik, BC029684, Ephb2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-183C16.bB6Ng01-183C16.g
ACCGA008866GA008867
length1,0081,153
definitionB6Ng01-183C16.b B6Ng01-183C16.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(135,272,806 - 135,273,717)(135,429,976 - 135,431,123)
sequence
gaattccacactggacagagcttaagcatcggagacctcaaatcccacct
acacagtggcacacttccttcaacaaggccacacacactccaatacggcc
actccctatggccaagctttcaaacacatgaacctatgtgggccaaacct
attcaaaccaccacactatgacagaagtgtagatgtcagaggacaacgtg
agggagtggcttctctccttccaccgtatgggtcccaggactcaaactta
ggttgtcaagcttagcttagtggcaagtttccttacctgttaagacatct
cgctggccacataatccagggattttgtttgtttgttttaactatatact
agaagtgttctactcttagagaagcatagtggcctaattatgaggaaaag
acttgcaaggacacccagaggcccatgtgctgcaggagctactacaggtg
taagtatgtaatagagagatggacgagaaagagaagtggcgcaatattag
gagaggcaaaactggaactaagagggtggaaaggaacagcctgatgtgag
tggtctgccccgccacctgaggccatggggaagtccctgcctgtgctgcc
cctgagggcaatgtctggatctgtggccatgcagccccaagggtctgtgt
cagtgtctgtggctcatatttccactaaagaccatgtgaatgtcctactc
taggctgcctcctgggaccacgttgatgccctaggatgtgaagagctggc
cccacctctcactgctgtggcactcaggagagtgggctctgtacttcacc
tgggcaggacattagggctggcccttgatcgtgaaggcacaggtgagcca
gccccaagggtgttgatcacaggagagctgggcttgccccttaccaggtg
tcagcattgaagtgaggtaccctgggtagtgttggtgagtcggcccctcg
tagtgtgggcttcagggaaatctggcaggctcaaactaccacccagatgt
gatctagg
gaattcttttttacacatggtccagagtttggagctcttgtggactggta
gctattaatgagctagagacagtgctaagacatggtgaatgccggaacca
tgctctcccaaagggcagcctgacgctgaccttgtaggagagagcaggct
cagccaggtggcaggacacaggcaggcttcatggcacccaagctttccga
caatgtgggtaatggtgtcctctatgtcaagcaccttttaggcacagaga
agaagggcacatgagcccaggctcttgaaactcactgtagcattatgctt
tgaagtgtggcaccactgagatgtcctgaatccaagaacactggaaatca
gaatagcaccttgcccttaaaattgctgagactggaatgagatgacataa
gcaaaagtctagcatgaggtagggagcagataaaacaccctagatgcatt
tggacaggcttgcagaattctggaccaacttaattctggacagcaatggc
tatatagatagatgtgtgagtgtgtgtgtcttatttgcatcacaatttgg
agccaatgaaacgtttttgttttgctgagatgggggttttgctatgtact
ccaaactgacctcaaaactgagaagctgtgattacaggcctgaatgaggc
aagacacctggcacatttacccccagaattattcactgaaattggtgttc
acccttgaaatgttgactctaggatacacgtttttctttttctcttaaac
aaaagatatctctcctttctttcccgaaccttgctgtcattcttgagcgg
gtatatttcttttctctagttttcccactttcgaaacaagaccaaaaaat
gtgtagggatccagcaagtgctgtgtatagaaaaagcaggccctgatagt
agtgacagtctcaggtaccgagaaaaaaagtgaagctagatcagaggaga
cataaaaaaggaggtggtcatgtgcagaaatagttgccgggcctcctggg
tgggggtgatatgacccactggcagcttcctggggctggacccagtgact
gcaggacagaaagggctcaggacaaggacgggccgcctcgcagagtcctg
gtcacgtggtaaggtacgacccccgctgctaaggcagctaaagagcagct
gcc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_135272806_135273717
seq2: B6Ng01-183C16.b_44_959

seq1  GAATTCCACACTGGACAGAGCTTAAGCATCGGAGACCTCAAATCCCACCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCACACTGGACAGAGCTTAAGCATCGGAGACCTCAAATCCCACCT  50

seq1  ACACAGTGGCACACTTCCTTCAACAAGGCCACACACACTCCAATACGGCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAGTGGCACACTTCCTTCAACAAGGCCACACACACTCCAATACGGCC  100

seq1  ACTCCCTATGGCCAAGCTTTCAAACACATGAACCTATGTGGGCCAAACCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCCTATGGCCAAGCTTTCAAACACATGAACCTATGTGGGCCAAACCT  150

seq1  ATTCAAACCACCACACTATGACAGAAGTGTAGATGTCAGAGGACAACGTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCAAACCACCACACTATGACAGAAGTGTAGATGTCAGAGGACAACGTG  200

seq1  AGGGAGTGGCTTCTCTCCTTCCACCGTATGGGTCCCAGGACTCAAACTTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAGTGGCTTCTCTCCTTCCACCGTATGGGTCCCAGGACTCAAACTTA  250

seq1  GGTTGTCAAGCTTAGCTTAGTGGCAAGTTTCCTTACCTGTTAAGACATCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGTCAAGCTTAGCTTAGTGGCAAGTTTCCTTACCTGTTAAGACATCT  300

seq1  CGCTGGCCACATAATCCAGGGATTTTGTTTGTTTGTTTTAACTATATACT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCTGGCCACATAATCCAGGGATTTTGTTTGTTTGTTTTAACTATATACT  350

seq1  AGAAGTGTTCTACTCTTAGAGAAGCATAGTGGCCTAATTATGAGGAAAAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGTGTTCTACTCTTAGAGAAGCATAGTGGCCTAATTATGAGGAAAAG  400

seq1  ACTTGCAAGGACACCCAGAGGCCCATGTGCTGCAGGAGCTACTACAGGTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGCAAGGACACCCAGAGGCCCATGTGCTGCAGGAGCTACTACAGGTG  450

seq1  TAAGTATGTAATAGAGAGATGGACGAGAAAGAGAAGTGGCGCAATATTAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTATGTAATAGAGAGATGGACGAGAAAGAGAAGTGGCGCAATATTAG  500

seq1  GAGAGGCAAAACTGGAACTAAGAGGGTGGAAAGGAACAGCCTGATGTGAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGGCAAAACTGGAACTAAGAGGGTGGAAAGGAACAGCCTGATGTGAG  550

seq1  TGGTCTGCCCCGCCACCTGAGGCCATGGGGAAGTCCCTGCCTGTGCTGCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCTGCCCCGCCACCTGAGGCCATGGGGAAGTCCCTGCCTGTGCTGCC  600

seq1  CCTGAGGGCAATGTCTGGATCTGTGGCCATGCAGCCCCAAGGGTCTGTGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGAGGGCAATGTCTGGATCTGTGGCCATGCAGCCCCAAGGGTCTGTGT  650

seq1  CAGTGTCTGTGGCTCATATTTCCACTAAAGACCATGTGAATGTCCTACTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGTCTGTGGCTCATATTTCCACTAAAGACCATGTGAATGTCCTACTC  700

seq1  TAGGCTGCCTCCTGGGACCACGTTGATGCCCTAGGATGTGAAGAGCTGGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGCTGCCTCCTGGGACCACGTTGATGCCCTAGGATGTGAAGAGCTGGC  750

seq1  CCCACCTCTCACTGCTGTGGCACTCAGGAGAGTGGGCTCTGTACTTCACC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACCTCTCACTGCTGTGGCACTCAGGAGAGTGGGCTCTGTACTTCACC  800

seq1  TGGGCAGGACATTAGGGCTGGCCC-TGATCGTGAAGGCACAGGTGAGCCA  849
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCAGGACATTAGGGCTGGCCCTTGATCGTGAAGGCACAGGTGAGCCA  850

seq1  GCCCCAAGGGTG-TGATCACAGGAGAGCTGGCCTTGCCCCTTACCAGGTG  898
      |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  GCCCCAAGGGTGTTGATCACAGGAGAGCTGGGCTTGCCCCTTACCAGGTG  900

seq1  -CAGCATTG-AGTGAG  912
       |||||||| ||||||
seq2  TCAGCATTGAAGTGAG  916

seq1: chr4_135429976_135431123
seq2: B6Ng01-183C16.g_63_1215 (reverse)

seq1  GGCAGCTGCTCTTCTGCTGGCCTCTGGCAGCGGGGCCCGTACTTTACTTC  50
      |||||||||||||  ||| |||| | |||||||||  ||||| ||||   
seq2  GGCAGCTGCTCTTTAGCT-GCCT-TAGCAGCGGGGGTCGTACCTTAC-CA  47

seq1  CGTGACCAGACCTCTGCGCGGC-GCCCGTCTTTGTTCCTG-GCCCTTTCT  98
      |||||||||  ||||||| ||| ||||||| ||| ||||| |||||||||
seq2  CGTGACCAGGACTCTGCGAGGCGGCCCGTCCTTG-TCCTGAGCCCTTTCT  96

seq1  GTCCTGCGGTCACTGGG-CCAGCCCCAG--AGCTGCC-GTGGGTCATATT  144
      ||||||| ||||||||| ||||||||||  ||||||| ||||||||||| 
seq2  GTCCTGCAGTCACTGGGTCCAGCCCCAGGAAGCTGCCAGTGGGTCATATC  146

seq1  CACCCCACCCAG--AGCCCGGCAACTATTTCTGCACATGACCACCTTCCT  192
        ||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  ACCCCCACCCAGGAGGCCCGGCAACTATTTCTGCACATGACCACC-TCCT  195

seq1  TTTTTATGTCTCCTCTGATCTAGCTTCAC-TTTTTTCTCGGTACCTGAGA  241
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTATGTCTCCTCTGATCTAGCTTCACTTTTTTTCTCGGTACCTGAGA  245

seq1  CTGTCACTACTATCAGGGCCTGCTTTTTCTATACACAGCACTTGCTGGAT  291
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCACTACTATCAGGGCCTGCTTTTTCTATACACAGCACTTGCTGGAT  295

seq1  CCCTACACATTTTTTGGTCTTGTTTCGAAAGTGGGAAAACTAGAGAAAAG  341
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTACACATTTTTTGGTCTTGTTTCGAAAGTGGGAAAACTAGAGAAAAG  345

seq1  AAATATA-CCGCTCAAGAATGACAGCAAGGTTCGGGAAAGAAAGGAGAGA  390
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATACCCGCTCAAGAATGACAGCAAGGTTCGGGAAAGAAAGGAGAGA  395

seq1  TATCTTTTGTTTAAGAGAAAAAGAAAAACGTGTATCCTAGAGTCAACATT  440
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTTTTGTTTAAGAGAAAAAGAAAAACGTGTATCCTAGAGTCAACATT  445

seq1  TCAAGGGTGAACACCAATTTCAGTGAATAATTCTGGGGGTAAATGTGCCA  490
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGGGTGAACACCAATTTCAGTGAATAATTCTGGGGGTAAATGTGCCA  495

seq1  GGTGTCTTGCCTCATTCAGGCCTGTAATCACAGCTTCTCAGTTTTGAGGT  540
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTCTTGCCTCATTCAGGCCTGTAATCACAGCTTCTCAGTTTTGAGGT  545

seq1  CAGTTTGGAGTACATAGCAAAACCCCCATCTCAGCAAAACAAAAACGTTT  590
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTTGGAGTACATAGCAAAACCCCCATCTCAGCAAAACAAAAACGTTT  595

seq1  CATTGGCTCCAAATTGTGATGCAAATAAGACACACACACTCACACATCTA  640
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGGCTCCAAATTGTGATGCAAATAAGACACACACACTCACACATCTA  645

seq1  TCTATATAGCCATTGCTGTCCAGAATTAAGTTGGTCCAGAATTCTGCAAG  690
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATATAGCCATTGCTGTCCAGAATTAAGTTGGTCCAGAATTCTGCAAG  695

seq1  CCTGTCCAAATGCATCTAGGGTGTTTTATCTGCTCCCTACCTCATGCTAG  740
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTCCAAATGCATCTAGGGTGTTTTATCTGCTCCCTACCTCATGCTAG  745

seq1  ACTTTTGCTTATGTCATCTCATTCCAGTCTCAGCAATTTTAAGGGCAAGG  790
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTTGCTTATGTCATCTCATTCCAGTCTCAGCAATTTTAAGGGCAAGG  795

seq1  TGCTATTCTGATTTCCAGTGTTCTTGGATTCAGGACATCTCAGTGGTGCC  840
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTATTCTGATTTCCAGTGTTCTTGGATTCAGGACATCTCAGTGGTGCC  845

seq1  ACACTTCAAAGCATAATGCTACAGTGAGTTTCAAGAGCCTGGGCTCATGT  890
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTTCAAAGCATAATGCTACAGTGAGTTTCAAGAGCCTGGGCTCATGT  895

seq1  GCCCTTCTTCTCTGTGCCTAAAAGGTGCTTGACATAGAGGACACCATTAC  940
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTTCTTCTCTGTGCCTAAAAGGTGCTTGACATAGAGGACACCATTAC  945

seq1  CCACATTGTCGGAAAGCTTGGGTGCCATGAAGCCTGCCTGTGTCCTGCCA  990
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACATTGTCGGAAAGCTTGGGTGCCATGAAGCCTGCCTGTGTCCTGCCA  995

seq1  CCTGGCTGAGCCTGCTCTCTCCTACAAGGTCAGCGTCAGGCTGCCCTTTG  1040
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGCTGAGCCTGCTCTCTCCTACAAGGTCAGCGTCAGGCTGCCCTTTG  1045

seq1  GGAGAGCATGGTTCCGGCATTCACCATGTCTTAGCACTGTCTCTAGCTCA  1090
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAGCATGGTTCCGGCATTCACCATGTCTTAGCACTGTCTCTAGCTCA  1095

seq1  TTAATAGCTACCAGTCCACAAGAGCTCCAAACTCTGGACCATGTGTAAAA  1140
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATAGCTACCAGTCCACAAGAGCTCCAAACTCTGGACCATGTGTAAAA  1145

seq1  AAGAATTC  1148
      ||||||||
seq2  AAGAATTC  1153