BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-185L16
Chromosome4 (Build37)
Map Location 71,222,941 - 71,336,787
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100039565, LOC100039979
Downstream geneLOC667638, EG667649, Tle1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-185L16.bB6Ng01-185L16.g
ACCGA010762GA010763
length1,0981,149
definitionB6Ng01-185L16.b B6Ng01-185L16.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(71,335,691 - 71,336,787)(71,222,941 - 71,224,105)
sequence
gaattcactgaacttatatgcagttagagcaaccatttaatctttcctta
taggcttgattttctaatagggaaatattaacccgatcaaagacagaata
tagttttatgcttacatttttagttaataaaaaaaggcagtggtttgttt
tagagtcctccaaactctttacagaactttccattctttcactaacgttg
tcttgataatttcttaccaagggaagaaaagtagtcaatctctgcttgtt
ctggttcctgcagttctccaggccacactttcaccttgtctaacctctga
caggaaaagtttgggcacctgatccagacttaagtatattcatccccagc
tctacatctagggctgtctctaatggttacactccctcgcttctcttaga
aattgtctgtccactctcccagagaatcatgggatctgcatttttccaga
tgaacaatgcaaatcttggccttcctatcttgttcttggaaaagcctgaa
gctagctactcctcgggtttatccgaagcccctcttgctgactatgcttc
tcacacttttctggaaagtgttcctgagaagtactttctcaatcattact
cgcctttggatccccctcctgtttccagggaactgcaccactctgtgatt
agttgtttctttgagagtattatcctgaagttagactttggatacatcaa
tgcaaactcattgttatccaagaccttttccattctgtgcaaagcacctt
aagaacagttatcacctttggttggtgtaattttatttcggatgataata
gacaacatttttaggtgaagggttgtgaacaatttttaagggaacaatga
gaggcttctttgtactacctgtgcaacatgccagtgggttttgttaatac
tacaatagcatatatgtgtacccttatacacaaagatcacaaaaacttaa
aatgaatagagctactaaagacatacagtgctctagttacattttgttta
tgtaacttgtagtagaggtgagaatcagtttgattcccatgttcctctga
tctgccttatgtaagtccaccagggaggtcctggcgtccttacctatt

gaattcctgaccatttatcgggaagcatctgaaacagtgaataatgtgga
tactgaagcagacttgggagaaaaaggttagtcctaatggatgataacat
aaatccaggaaggactaggaatgccattctgtatttgcaattacatgaac
agtgacaggtaaaattcaactaacaagcagttccttaaagtacaaatacc
aaaaaagagctaaaaggccatttatcaataagttaatggtgagaagttaa
taaatatttttgaagatagcaacatgtgagttcaagagaaaagactttta
acagtgagagacacccaactaagtttttttttaaagtacagcttgtaaat
gttaaaatgcataaatattctaaatgttatccaatggaatatgataaatt
atgatattatttctgagagaatatctcacagcacttaacagcacttaaca
ttaatgattggcacaacatttatcttaaaaatacacagctgagaggaatg
gctacctttgctgcttagtgtctatgtagacttgccaatactattgaagg
ttttcttgcttgacttataacctctgtaaaatgaggacaataataacata
tatttctaaagttctatcaagaattaagaaaggaatgcatgttaataaca
gaactgccaggagtgactgtaggcagctgtgagccctgcaataacagact
cttgaccacagctggttaatggggaaccaacggccatttaaaccttgggg
gggggtgtgaataggcacttttcattgggtggtgccaggaagtagaaaca
ataaagaaattacaaaggtagacaactctggagatagaaaacctaggaaa
taagtcaggaaccatagatgcatgcatctccaacagaatacaagagataa
aagagagaatcttagtgcagaagataccttagaaaaaaatttgacacaac
aatcaagaaaattatgaaatgcaaaaacatctaacccaaaaacatccagg
aattcgggcacaatgagaagaccaacctaaggtttataagataatagacc
aagaagaagattttcaacttaagggcagttaaatcttcaacaaacttata
gaggaattccaacctagaaagagatgcatgactacaaatccatattttg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_71335691_71336787
seq2: B6Ng01-185L16.b_41_1138 (reverse)

seq1  AATA-GTAA-GACGCCA-GACCTCCCTG--TGACTTACATAAGGCAGATT  45
      |||| |||| ||||||| ||||||||||   |||||||||||||||||| 
seq2  AATAGGTAAGGACGCCAGGACCTCCCTGGTGGACTTACATAAGGCAGAT-  49

seq1  CAAGAGGACAATGGGAATCAAACTTGATTCTCACCTCTACTACAAGTTAA  95
        ||||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |
seq2  -CAGAGGAACATGGGAATCAAAC-TGATTCTCACCTCTACTACAAGTT-A  96

seq1  CATAAACAAAATGTAACTAGAGCACTGTATGTCTTTAGTAGCTCTATTCA  145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAAACAAAATGTAACTAGAGCACTGTATGTCTTTAGTAGCTCTATTCA  146

seq1  TTTTAAGTTTTTGTGATCTTTGTGTATAA-GGTACACATATATGCTATTT  194
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||
seq2  TTTTAAGTTTTTGTGATCTTTGTGTATAAGGGTACACATATATGCTA-TT  195

seq1  GTAGTATTAACAAAACCCACTGGCATGTTGCACAGGTAGTACAAAGAAGC  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGTATTAACAAAACCCACTGGCATGTTGCACAGGTAGTACAAAGAAGC  245

seq1  CTCTCATTGTTCCCTTAAAAATTGTTCACAACCCTTCACCTAAAAATGTT  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCATTGTTCCCTTAAAAATTGTTCACAACCCTTCACCTAAAAATGTT  295

seq1  GTCTATTATCATCCGAAATAAAATTACACCAACCAAAGGTGATAACTGTT  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTATTATCATCCGAAATAAAATTACACCAACCAAAGGTGATAACTGTT  345

seq1  CTTAAGGTGCTTTGCACAGAATGGAAAAGGTCTTGGATAACAATGAGTTT  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAAGGTGCTTTGCACAGAATGGAAAAGGTCTTGGATAACAATGAGTTT  395

seq1  GCATTGATGTATCCAAAGTCTAACTTCAGGATAATACTCTCAAAGAAACA  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTGATGTATCCAAAGTCTAACTTCAGGATAATACTCTCAAAGAAACA  445

seq1  ACTAATCACAGAGTGGTGCAGTTCCCTGGAAACAGGAGGGGGATCCAAAG  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAATCACAGAGTGGTGCAGTTCCCTGGAAACAGGAGGGGGATCCAAAG  495

seq1  GCGAGTAATGATTGAGAAAGTACTTCTCAGGAACACTTTCCAGAAAAGTG  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGAGTAATGATTGAGAAAGTACTTCTCAGGAACACTTTCCAGAAAAGTG  545

seq1  TGAGAAGCATAGTCAGCAAGAGGGGCTTCGGATAAACCCGAGGAGTAGCT  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAAGCATAGTCAGCAAGAGGGGCTTCGGATAAACCCGAGGAGTAGCT  595

seq1  AGCTTCAGGCTTTTCCAAGAACAAGATAGGAAGGCCAAGATTTGCATTGT  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTCAGGCTTTTCCAAGAACAAGATAGGAAGGCCAAGATTTGCATTGT  645

seq1  TCATCTGGAAAAATGCAGATCCCATGATTCTCTGGGAGAGTGGACAGACA  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCTGGAAAAATGCAGATCCCATGATTCTCTGGGAGAGTGGACAGACA  695

seq1  ATTTCTAAGAGAAGCGAGGGAGTGTAACCATTAGAGACAGCCCTAGATGT  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCTAAGAGAAGCGAGGGAGTGTAACCATTAGAGACAGCCCTAGATGT  745

seq1  AGAGCTGGGGATGAATATACTTAAGTCTGGATCAGGTGCCCAAACTTTTC  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCTGGGGATGAATATACTTAAGTCTGGATCAGGTGCCCAAACTTTTC  795

seq1  CTGTCAGAGGTTAGACAAGGTGAAAGTGTGGCCTGGAGAACTGCAGGAAC  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCAGAGGTTAGACAAGGTGAAAGTGTGGCCTGGAGAACTGCAGGAAC  845

seq1  CAGAACAAGCAGAGATTGACTACTTTTCTTCCCTTGGTAAGAAATTATCA  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAACAAGCAGAGATTGACTACTTTTCTTCCCTTGGTAAGAAATTATCA  895

seq1  AGACAACGTTAGTGAAAGAATGGAAAGTTCTGTAAAGAGTTTGGAGGACT  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAACGTTAGTGAAAGAATGGAAAGTTCTGTAAAGAGTTTGGAGGACT  945

seq1  CTAAAACAAACCACTGCCTTTTTTTATTAACTAAAAATGTAAGCATAAAA  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAAACAAACCACTGCCTTTTTTTATTAACTAAAAATGTAAGCATAAAA  995

seq1  CTATATTCTGTCTTTGATCGGGTTAATATTTCCCTATTAGAAAATCAAGC  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATATTCTGTCTTTGATCGGGTTAATATTTCCCTATTAGAAAATCAAGC  1045

seq1  CTATAAGGAAAGATTAAATGGTTGCTCTAACTGCATATAAGTTCAGTGAA  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATAAGGAAAGATTAAATGGTTGCTCTAACTGCATATAAGTTCAGTGAA  1095

seq1  TTC  1097
      |||
seq2  TTC  1098


seq1: chr4_71222941_71224105
seq2: B6Ng01-185L16.g_67_1215

seq1  GAATTCCTGACCATTTATCGGGAAGCATCTGAAACAGTGAATAATGTGGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTGACCATTTATCGGGAAGCATCTGAAACAGTGAATAATGTGGA  50

seq1  TACTGAAGCAGACTTGGGAGAAAAAGGTTAGTCCTAATGGATGATAACAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGAAGCAGACTTGGGAGAAAAAGGTTAGTCCTAATGGATGATAACAT  100

seq1  AAATCCAGGAAGGACTAGGAATGCCATTCTGTATTTGCAATTACATGAAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCCAGGAAGGACTAGGAATGCCATTCTGTATTTGCAATTACATGAAC  150

seq1  AGTGACAGGTAAAATTCAACTAACAAGCAGTTCCTTAAAGTACAAATACC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGACAGGTAAAATTCAACTAACAAGCAGTTCCTTAAAGTACAAATACC  200

seq1  AAAAAAGAGCTAAAAGGCCATTTATCAATAAGTTAATGGTGAGAAGTTAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAGAGCTAAAAGGCCATTTATCAATAAGTTAATGGTGAGAAGTTAA  250

seq1  TAAATATTTTTGAAGATAGCAACATGTGAGTTCAAGAGAAAAGACTTTTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATATTTTTGAAGATAGCAACATGTGAGTTCAAGAGAAAAGACTTTTA  300

seq1  ACAGTGAGAGACACCCAACTAAGTTTTTTTTTAAAGTACAGCTTGTAAAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTGAGAGACACCCAACTAAGTTTTTTTTTAAAGTACAGCTTGTAAAT  350

seq1  GTTAAAATGCATAAATATTCTAAATGTTATCCAATGGAATATGATAAATT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAAAATGCATAAATATTCTAAATGTTATCCAATGGAATATGATAAATT  400

seq1  ATGATATTATTTCTGAGAGAATATCTCACAGCACTTAACAGCACTTAACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATATTATTTCTGAGAGAATATCTCACAGCACTTAACAGCACTTAACA  450

seq1  TTAATGATTGGCACAACATTTATCTTAAAAATACACAGCTGAGAGGAATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATGATTGGCACAACATTTATCTTAAAAATACACAGCTGAGAGGAATG  500

seq1  GCTACCTTTGCTGCTTAGTGTCTATGTAGACTTGCCAATACTATTGAAGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTACCTTTGCTGCTTAGTGTCTATGTAGACTTGCCAATACTATTGAAGG  550

seq1  TTTTCTTGCTTGACTTATAACCTCTGTAAAATGAGGACAATAATAACATA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTTGCTTGACTTATAACCTCTGTAAAATGAGGACAATAATAACATA  600

seq1  TATTTCTAAAGTTCTATCAAGAATTAAGAAAGGAATGCATGTTAATAACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTCTAAAGTTCTATCAAGAATTAAGAAAGGAATGCATGTTAATAACA  650

seq1  GAACTGCCAGGAGTGACTGTAGGCAGCTGTGAGCCCTGCAATAACAGACT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTGCCAGGAGTGACTGTAGGCAGCTGTGAGCCCTGCAATAACAGACT  700

seq1  CTTGACCACAGCTGGTTAATGGGGAACCAACGGCCATTTAAACCTT-GGG  749
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  CTTGACCACAGCTGGTTAATGGGGAACCAACGGCCATTTAAACCTTGGGG  750

seq1  GGGGGTGTGAATAGGCACTTTTCATTGGGTGGTGCCAGGAAGTAGAAACA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGGTGTGAATAGGCACTTTTCATTGGGTGGTGCCAGGAAGTAGAAACA  800

seq1  ATAAAGAAATTACAAAGGTAGACAACTCTGGAGATAGAAAACCTAGGAAA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAGAAATTACAAAGGTAGACAACTCTGGAGATAGAAAACCTAGGAAA  850

seq1  TAAGTCAGGAACCATAGATGCATGCATCTCCAACAGAATACAAGAGATAA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTCAGGAACCATAGATGCATGCATCTCCAACAGAATACAAGAGATAA  900

seq1  AAGAGAGAATCTTAGGTGCAGAAGATACCTTAGAAAAAA--TTGACACAA  947
      |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||
seq2  AAGAGAGAATCTTA-GTGCAGAAGATACCTTAGAAAAAAATTTGACACAA  949

seq1  CAATCAAAGAAAATATGAAATGCAAAAACATCTAACCCAAAAACATCCAG  997
      |||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCAAGAAAATTATGAAATGCAAAAACATCTAACCCAAAAACATCCAG  999

seq1  GAAATTCGGGGCACAATGAGAAGACCAAACCTAAGGTTAAT-AGAT-ATA  1045
      | ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| || |||| |||
seq2  G-AATTC-GGGCACAATGAGAAGACC-AACCTAAGGTTTATAAGATAATA  1046

seq1  GA-CAAGAAGGAAGATTTTCAACTTAAAGGGCCAGTAAATATCTTCAACA  1094
      || |||||| |||||||||||||||||  || |||| || ||||||||||
seq2  GACCAAGAA-GAAGATTTTCAACTTAA--GGGCAGTTAA-ATCTTCAACA  1092

seq1  AAATTATAGAAGGAAATTTCCCAAACCTAAAGAAAGAGATGCCATGAGCC  1144
      || |||||| |||||  ||||  |||||  ||||||||||| |||||  |
seq2  AACTTATAG-AGGAA--TTCC--AACCT--AGAAAGAGATG-CATGA--C  1132

seq1  TACAAAATTCCAAATATTTTG  1165
      ||||||  |||  ||||||||
seq2  TACAAA--TCC--ATATTTTG  1149


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |