BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-189A24
Chromosome18 (Build37)4 (Build37)
Map Location 76,121,180 - 76,122,04953,517,517 - 53,517,568
singlet/doubletsingletsinglet
Overlap geneZbtb7c
Upstream geneRpl17, BC031181, Dym, LOC628356, EG667777, Smad7, Gm672
Downstream gene4833419G08Rik, LOC668184, Smad2, LOC668188, EG639576, EG664805
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-189A24.bB6Ng01-189A24.g
ACCGA013187GA013188
length87097
definitionB6Ng01-189A24.b B6Ng01-189A24.g
singlet/doubletsingletsinglet
BLAST hituniqueunique
Map location.(76,121,180 - 76,122,049)(53,517,517 - 53,517,568)
sequence
gaattcttaatttaagtggcttttaattcagtgttttactcgctgtcctt
cacgttgcccttgctcatacaaatgtgcccattagagcctggtgtaggac
cacgatcctgccttctagcctgagtgtgtcttcctggggaacaggtttcc
tttgggagaaggagtctcagtgtgggctgaagccagcccaccagggtaga
tcagacctggcagctcccttctgttaggaagtggtgagctacaacagctt
tccagactaggtgtcacagcccaggtaacatttttgagtagtttacactg
tattgggataacttgcagatttcactaccattgtcccacttagacatgag
gcacagatactcaagtggaatacacagaatatctatctgggtccaaggac
aattgaccgctagcttgacctttcatttgtaggatatgcaaaggtaacaa
ggaacagccagttagttgctccctgatgtcaaaacacactgctttaaaca
gccttattctgatgcgggaggaacgcaacacattgtacatggttgaaaca
gtcggtctgctgaccttgacgtacatgcacactgtgatgtcatcaccata
ataaaaatgagcatatccttcaccctcagtttcctcacgctcctcttgta
atcctagcttcccatcccccaccatccccagagggaaggggctattgtgt
gacatcatcccttcatcactacatgttatgttcctctaaattttatgcaa
ataggatcacacagtatgtattccttatgtgattctttacatgtagggta
gcacttcatttcgagagtttaaaagaatattatacacgcacacatcaacg
ttcagtgtgtgtgtgtgtgt

cagggtagcctaagcaacatagtgaattacagagctacagattgtgtctc
taagaagaaaaaggaggagaaagaggaaggggaggaggaggggaagg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_76121180_76122049
seq2: B6Ng01-189A24.b_45_914

seq1  GAATTCTTAATTTAAGTGGCTTTTAATTCAGTGTTTTACTCGCTGTCCTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTAATTTAAGTGGCTTTTAATTCAGTGTTTTACTCGCTGTCCTT  50

seq1  CACGTTGCCCTTGCTCATACAAATGTGCCCATTAGAGCCTGGTGTAGGAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGTTGCCCTTGCTCATACAAATGTGCCCATTAGAGCCTGGTGTAGGAC  100

seq1  CACGATCCTGCCTTCTAGCCTGAGTGTGTCTTCCTGGGGAACAGGTTTCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGATCCTGCCTTCTAGCCTGAGTGTGTCTTCCTGGGGAACAGGTTTCC  150

seq1  TTTGGGAGAAGGAGTCTCAGTGTGGGCTGAAGCCAGCCCACCAGGGTAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGGAGAAGGAGTCTCAGTGTGGGCTGAAGCCAGCCCACCAGGGTAGA  200

seq1  TCAGACCTGGCAGCTCCCTTCTGTTAGGAAGTGGTGAGCTACAACAGCTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGACCTGGCAGCTCCCTTCTGTTAGGAAGTGGTGAGCTACAACAGCTT  250

seq1  TCCAGACTAGGTGTCACAGCCCAGGTAACATTTTTGAGTAGTTTACACTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGACTAGGTGTCACAGCCCAGGTAACATTTTTGAGTAGTTTACACTG  300

seq1  TATTGGGATAACTTGCAGATTTCACTACCATTGTCCCACTTAGACATGAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGGGATAACTTGCAGATTTCACTACCATTGTCCCACTTAGACATGAG  350

seq1  GCACAGATACTCAAGTGGAATACACAGAATATCTATCTGGGTCCAAGGAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACAGATACTCAAGTGGAATACACAGAATATCTATCTGGGTCCAAGGAC  400

seq1  AATTGACCGCTAGCTTGACCTTTCATTTGTAGGATATGCAAAGGTAACAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGACCGCTAGCTTGACCTTTCATTTGTAGGATATGCAAAGGTAACAA  450

seq1  GGAACAGCCAGTTAGTTGCTCCCTGATGTCAAAACACACTGCTTTAAACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACAGCCAGTTAGTTGCTCCCTGATGTCAAAACACACTGCTTTAAACA  500

seq1  GCCTTATTCTGATGCGGGAGGAACGCAACACATTGTACATGGTTGAAACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTATTCTGATGCGGGAGGAACGCAACACATTGTACATGGTTGAAACA  550

seq1  GTCGGTCTGCTGACCTTGACGTACATGCACACTGTGATGTCATCACCATA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCGGTCTGCTGACCTTGACGTACATGCACACTGTGATGTCATCACCATA  600

seq1  ATAAAAATGAGCATATCCTTCACCCTCAGTTTCCTCACGCTCCTCTTGTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAAATGAGCATATCCTTCACCCTCAGTTTCCTCACGCTCCTCTTGTA  650

seq1  ATCCTAGCTTCCCATCCCCCACCATCCCCAGAGGGAAGGGGCTATTGTGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTAGCTTCCCATCCCCCACCATCCCCAGAGGGAAGGGGCTATTGTGT  700

seq1  GACATCATCCCTTCATCACTACATGTTATGTTCCTCTAAATTTTATGCAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATCATCCCTTCATCACTACATGTTATGTTCCTCTAAATTTTATGCAA  750

seq1  ATAGGATCACACAGTATGTATTCCTTATGTGATTCTTTACATGTAGGGTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGATCACACAGTATGTATTCCTTATGTGATTCTTTACATGTAGGGTA  800

seq1  GCACTTCATTTCGAGAGTTTAAAAGAATATTATACACGCACACATCAACG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTTCATTTCGAGAGTTTAAAAGAATATTATACACGCACACATCAACG  850

seq1  TTCAGTGTGTGTGTGTGTGT  870
      ||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGTGTGTGTGTGTGTGT  870


seq1: chr4_53517517_53517568
seq2: B6Ng01-189A24.g_125_167 (reverse)

seq1  CCCTCCCCTCC-CCTCCCCTTTTTCCTTCCTCCTCTTTCTCCTCCTTATT  49
      || |||||||| ||||||||          ||||||||||||||||| ||
seq2  CCTTCCCCTCCTCCTCCCCT----------TCCTCTTTCTCCTCCTTTTT  40

seq1  CTT  52
      |||
seq2  CTT  43


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |