BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-189H10
Chromosome4 (Build37)
Map Location 5,627,830 - 5,703,920
singlet/doubletdoublet
Overlap gene1700012H17Rik
Upstream geneImpad1, LOC100039338
Downstream geneLOC669309, 3110003A22Rik, Cyp7a1, Sdcbp, Nsmaf, LOC100039397, LOC100039414, Tox
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-189H10.bB6Ng01-189H10.g
ACCGA013479GA013480
length1,1861,159
definitionB6Ng01-189H10.b B6Ng01-189H10.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(5,702,744 - 5,703,920)(5,627,830 - 5,628,997)
sequence
gaattcatggtgttctttcatacatacatacatgtacagtgtagtatgga
attcgtgatgttctttcatacatacatacatgcatacatgtacagtgtag
tatggaattcatggtgttctttcatacatacatacatgtacagtgtagta
tggaattcatgatgttctttcatacatacatacatacatgtacagtgtag
tatggaattcgtggtgttctttcatacatacatacatacatacatgtaca
gtgtaggaattcgtggtgttctttcatacatacatacatacatacataca
tgtacagtgtagtatggaattcgtggtgttcttacatacatacatacata
catacatacatgtacagtgtagtatggaattcgtggtgttctttcaatgt
tcctaaccatttctgattgttagaaatcttactttcatgtacagggtcct
gtgttaccacagctgttcccagttgcagctaggtcttgttgcagacagca
atgctttaagaatatgttgattaagaggttaaacaaatcaaaaaaggaga
atattcctaaaatggatatttgtctctgaaacatagaagaacagaccact
ctcctgatgaagcttccctgtgtttttctaatccatgtagagtaagagtc
attgacagcatacctaacgtttcttaactttctttatgtcaccttattta
tgtatgtgcttgtttgcttgtttatacatttattcctttggctttttggg
ataaggcctcactgtatatcctaggcttgccatacaactagctctgcagc
ccatactagtttcaaacacgcaattcgcatgcctctgtacctgatgggac
aatacttaccagcctctgcagttttattaaattattattttattagaaat
aggtattaaaaaaacccccaaaccctgaaagttcatgctgcgtgttagat
gttgaaggtctgtcctaattactacgacagacatttttttctttttaaaa
cttaacaaaaagaattctattatttctcctgcctcccatctaagtgctcc
atgtggaattttgatacatatcattagttcatcccttcatcaatgaaatc
ccctaagaatgttagcttaaagaactatacacaggagatagttaaaattg
ctccactgaaatatggtacactgtaaggaagagtca

gaattcactaaggagcatccatgtaggttcctgggtgttgctttactcat
atgtacatcttgaaatcacttcatagaagttgtcagccagagaagtatgc
atccatagacgcctagtgtgtattaaacaaggttatggtgtctggcctta
ctttgttccctacctattccagaaaagtggcactgctttaaatgaggtgg
cccgtggttccctggtaccgtttactatagtgacaagctgtgcattgttt
ctgacacccatgcctctctgttgcaaacacacacacacatgatcagagtt
ctgtgattctccccaaatttatattcaaagaagtttgaattttacttcct
gctctttgtcctgtttaaatatttttttaaatttaaaacatacagcataa
aaaattatctggagcctgggaacctgagagtggagacatctgtttttatg
taagagtaaacgctggcttccaaattctcaccacagagtcggctaaaatg
ttccatgttcacaggggagctcggagtgaaaataaaactcttgctctgtt
gccatgggaaggccaacatttaatgtcatctttttatactaagcaaaagt
tccacagcactagaaagtggatgcagccatgcccccatcctgcagagaga
aatggtaggtcccaatgctgtgtggaaaagatgcctcgcgtatgacacac
attaattccaacagtatttattgagagctggctctgccagagcattgccc
tgaaagccaggtctgcaacaggaagaaagagacaaggttctgtcctcctg
agcagttcgtgttagtgagatgaaagtgagacttatggaagaaaaacatg
tagtttgggattcctaataaggatggtaaaacaagactgggacagatgtg
tgctgcagtgtatggtgtgatatccttaaagagagtggtagtgacattct
cagggcccttgctttgcgcaagttgagccttgtcagtgtgcttgtttgtg
ttgtattggcgggttgctgttctgtgtaagccctgggttttaacctactc
ggttctttgctttggtgagtatagtcttacagcctgtgtgcattgggaag
atggtccccattttttcctgtctcctatacctatgttttcagacagtatt
tcagttccc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_5702744_5703920
seq2: B6Ng01-189H10.b_41_1226 (reverse)

seq1  TGACTCTCCTCTACAGTGTACATATATTTTCCAGT-GAGCATTTTTTACT  49
      ||||||| |  ||||||||||  ||||||  |||| ||||| |||| |||
seq2  TGACTCTTCCTTACAGTGTAC-CATATTT--CAGTGGAGCAATTTTAACT  47

seq1  ATCT-CTGTGTATAGTCCTTAAAGCTAACATTCT--AGGGATATCAATGA  96
      |||| ||||||||||| ||| |||||||||||||   ||||| ||| |||
seq2  ATCTCCTGTGTATAGTTCTTTAAGCTAACATTCTTAGGGGATTTCATTGA  97

seq1  TG-AGAGATGAACT-ATAATATGTATTCAAAATCCACATGGAGCACTTAG  144
      || || |||||||| || ||||||||  ||| ||||||||||||||||||
seq2  TGAAGGGATGAACTAATGATATGTATCAAAATTCCACATGGAGCACTTAG  147

seq1  ATGGGAGGCAGGAGAAATAATAGAATTC-TTTTGTT-AGTTTTAAAA--G  190
      |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||   
seq2  ATGGGAGGCAGGAGAAATAATAGAATTCTTTTTGTTAAGTTTTAAAAAGA  197

seq1  AAAAAATGTCTGTCGTAGTTATTAGGACAGACCTTC-ACATCT-ACACGC  238
      ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||
seq2  AAAAAATGTCTGTCGTAGTAATTAGGACAGACCTTCAACATCTAACACGC  247

seq1  AGCATGAACTTTCAGGGTTTTGGGGGGTTTTTTATACCTATTTCTAATAA  288
      |||||||||||||||||||| ||||  ||||| |||||||||||||||||
seq2  AGCATGAACTTTCAGGGTTTGGGGGTTTTTTTAATACCTATTTCTAATAA  297

seq1  AATAATAATTTAATAAAACTGCAGAGGCTGGTAAGTATTGTCCCATCAGG  338
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAATAATTTAATAAAACTGCAGAGGCTGGTAAGTATTGTCCCATCAGG  347

seq1  TACAGAGGCATGCGAATTGCGTGTTTGAAACTAGTATGGGCTGCAGAGCT  388
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGAGGCATGCGAATTGCGTGTTTGAAACTAGTATGGGCTGCAGAGCT  397

seq1  AGTTGTATGGCAAGCCTAGGATATACAGTGAGGCCTTATCCCAAAAAGCC  438
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGTATGGCAAGCCTAGGATATACAGTGAGGCCTTATCCCAAAAAGCC  447

seq1  AAAGGAATAAATGTATAAACAAGCAAACAAGCACATACATAAATAAGGTG  488
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGAATAAATGTATAAACAAGCAAACAAGCACATACATAAATAAGGTG  497

seq1  ACATAAAGAAAGTTAAGAAACGTTAGGTATGCTGTCAATGACTCTTACTC  538
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATAAAGAAAGTTAAGAAACGTTAGGTATGCTGTCAATGACTCTTACTC  547

seq1  TACATGGATTAGAAAAACACAGGGAAGCTTCATCAGGAGAGTGGTCTGTT  588
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATGGATTAGAAAAACACAGGGAAGCTTCATCAGGAGAGTGGTCTGTT  597

seq1  CTTCTATGTTTCAGAGACAAATATCCATTTTAGGAATATTCTCCTTTTTT  638
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTATGTTTCAGAGACAAATATCCATTTTAGGAATATTCTCCTTTTTT  647

seq1  GATTTGTTTAACCTCTTAATCAACATATTCTTAAAGCATTGCTGTCTGCA  688
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTGTTTAACCTCTTAATCAACATATTCTTAAAGCATTGCTGTCTGCA  697

seq1  ACAAGACCTAGCTGCAACTGGGAACAGCTGTGGTAACACAGGACCCTGTA  738
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGACCTAGCTGCAACTGGGAACAGCTGTGGTAACACAGGACCCTGTA  747

seq1  CATGAAAGTAAGATTTCTAACAATCAGAAATGGTTAGGAACATTGAAAGA  788
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAAAGTAAGATTTCTAACAATCAGAAATGGTTAGGAACATTGAAAGA  797

seq1  ACACCACGAATTCCATACTACACTGTACATGTATGTATGTATGTATGTAT  838
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCACGAATTCCATACTACACTGTACATGTATGTATGTATGTATGTAT  847

seq1  GTATGTAAGAACACCACGAATTCCATACTACACTGTACATGTATGTATGT  888
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGTAAGAACACCACGAATTCCATACTACACTGTACATGTATGTATGT  897

seq1  ATGTATGTATGTATGAAAGAACACCACGAATTCCTACACTGTACATGTAT  938
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATGTATGTATGAAAGAACACCACGAATTCCTACACTGTACATGTAT  947

seq1  GTATGTATGTATGTATGAAAGAACACCACGAATTCCATACTACACTGTAC  988
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGTATGTATGTATGAAAGAACACCACGAATTCCATACTACACTGTAC  997

seq1  ATGTATGTATGTATGTATGAAAGAACATCATGAATTCCATACTACACTGT  1038
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATGTATGTATGTATGAAAGAACATCATGAATTCCATACTACACTGT  1047

seq1  ACATGTATGTATGTATGAAAGAACACCATGAATTCCATACTACACTGTAC  1088
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGTATGTATGTATGAAAGAACACCATGAATTCCATACTACACTGTAC  1097

seq1  ATGTATGCATGTATGTATGTATGAAAGAACATCACGAATTCCATACTACA  1138
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATGCATGTATGTATGTATGAAAGAACATCACGAATTCCATACTACA  1147

seq1  CTGTACATGTATGTATGTATGAAAGAACACCATGAATTC  1177
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTACATGTATGTATGTATGAAAGAACACCATGAATTC  1186


seq1: chr4_5627830_5628997
seq2: B6Ng01-189H10.g_66_1224

seq1  GAATTCACTAAGGAGCATCCATGTAGGTTCCTGGGTGTTGCTTTACTCAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTAAGGAGCATCCATGTAGGTTCCTGGGTGTTGCTTTACTCAT  50

seq1  ATGTACATCTTGAAATCACTTCATAGAAGTTGTCAGCCAGAGAAGTATGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTACATCTTGAAATCACTTCATAGAAGTTGTCAGCCAGAGAAGTATGC  100

seq1  ATCCATAGACGCCTAGTGTGTATTAAACAAGGTTATGGTGTCTGGCCTTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCATAGACGCCTAGTGTGTATTAAACAAGGTTATGGTGTCTGGCCTTA  150

seq1  CTTTGTTCCCTACCTATTCCAGAAAAGTGGCACTGCTTTAAATGAGGTGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGTTCCCTACCTATTCCAGAAAAGTGGCACTGCTTTAAATGAGGTGG  200

seq1  CCCGTGGTTCCCTGGTACCGTTTACTATAGTGACAAGCTGTGCATTGTTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCGTGGTTCCCTGGTACCGTTTACTATAGTGACAAGCTGTGCATTGTTT  250

seq1  CTGACACCCATGCCTCTCTGTTGCAAACACACACACACATGATCAGAGTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACACCCATGCCTCTCTGTTGCAAACACACACACACATGATCAGAGTT  300

seq1  CTGTGATTCTCCCCAAATTTATATTCAAAGAAGTTTGAATTTTACTTCCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGATTCTCCCCAAATTTATATTCAAAGAAGTTTGAATTTTACTTCCT  350

seq1  GCTCTTTGTCCTGTTTAAATATTTTTTTAAATTTAAAACATACAGCATAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTTTGTCCTGTTTAAATATTTTTTTAAATTTAAAACATACAGCATAA  400

seq1  AAAATTATCTGGAGCCTGGGAACCTGAGAGTGGAGACATCTGTTTTTATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTATCTGGAGCCTGGGAACCTGAGAGTGGAGACATCTGTTTTTATG  450

seq1  TAAGAGTAAACGCTGGCTTCCAAATTCTCACCACAGAGTCGGCTAAAATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAGTAAACGCTGGCTTCCAAATTCTCACCACAGAGTCGGCTAAAATG  500

seq1  TTCCATGTTCACAGGGGAGCTCGGAGTGAAAATAAAACTCTTGCTCTGTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCATGTTCACAGGGGAGCTCGGAGTGAAAATAAAACTCTTGCTCTGTT  550

seq1  GCCATGGGAAGGCCAACATTTAATGTCATCTTTTTATACTAAGCAAAAGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATGGGAAGGCCAACATTTAATGTCATCTTTTTATACTAAGCAAAAGT  600

seq1  TCCACAGCACTAGAAAGTGGATGCAGCCATGCCCCCATCCTGCAGAGAGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACAGCACTAGAAAGTGGATGCAGCCATGCCCCCATCCTGCAGAGAGA  650

seq1  AATGGTAGGTCCCAATGCTGTGTGGAAAAGATGCCTCGCGTATGACACAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGTAGGTCCCAATGCTGTGTGGAAAAGATGCCTCGCGTATGACACAC  700

seq1  ATTAATTCCAACAGTATTTATTGAGAGCTGGCTCTGCCAGAGCATTGCCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAATTCCAACAGTATTTATTGAGAGCTGGCTCTGCCAGAGCATTGCCC  750

seq1  TGAAAGCCAGGTCTGCAACAGGAAGAAAGAGACAAGGTTCTGTCCTCCTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAGCCAGGTCTGCAACAGGAAGAAAGAGACAAGGTTCTGTCCTCCTG  800

seq1  AGCAGTTCGTGTTAGTGAGATGAAAGTGAGAC-TATGGAAGAAAAACATG  849
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  AGCAGTTCGTGTTAGTGAGATGAAAGTGAGACTTATGGAAGAAAAACATG  850

seq1  TAGTTTGGGATTCCTAATAAGGATGGTAAAACAAGACTGGGACAGATGTG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTTGGGATTCCTAATAAGGATGGTAAAACAAGACTGGGACAGATGTG  900

seq1  TGCTGCAGTGTATGGTGTGATATCC-TAAAGAGAGTGGTAGGTGACATTC  948
      ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||
seq2  TGCTGCAGTGTATGGTGTGATATCCTTAAAGAGAGTGGTA-GTGACATTC  949

seq1  TCAGGGGCCCTTGCTTTGCGC-AGGTGAGCC-TGTCAGTGTGC-TGGTTG  995
      ||| ||||||||||||||||| || |||||| ||||||||||| || |||
seq2  TCA-GGGCCCTTGCTTTGCGCAAGTTGAGCCTTGTCAGTGTGCTTGTTTG  998

seq1  TG-TGTA-TGGCGGG-TGCTGTTTCTTGTGTAAAGCCTGGGTTTTAA-CT  1041
      || |||| ||||||| |||||||   |||||||  |||||||||||| ||
seq2  TGTTGTATTGGCGGGTTGCTGTT--CTGTGTAAGCCCTGGGTTTTAACCT  1046

seq1  ACTCGTTTCTTTTGCTT--GTGAGTATAGTC-TACAGCCCTGTGTGCCAT  1088
      ||||| ||| |||||||  |||||||||||| ||||| |||||||||   
seq2  ACTCGGTTC-TTTGCTTTGGTGAGTATAGTCTTACAG-CCTGTGTGC--A  1092

seq1  TTGGGAAGGATGGGCCCCATTTTTTCTCTGGTCTCCTTATTACTTTATGT  1138
      ||||||| ||||| |||||||||||| || |||||||   |||  |||||
seq2  TTGGGAA-GATGGTCCCCATTTTTTC-CT-GTCTCCT--ATAC-CTATGT  1136

seq1  GTTTTTCACAGCATGATATTTTCAGTTCCC  1168
       |||   |||| |      |||||||||||
seq2  -TTTCAGACAGTA------TTTCAGTTCCC  1159


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |