BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-195A14
Chromosome4 (Build37)
Map Location 43,263,885 - 43,452,242
singlet/doubletdoublet
Overlap geneUnc13b, 4930417M19Rik, Rusc2, 4833436C18Rik
Upstream geneLOC100039193, LOC100039374, LOC100039930, LOC100038993, LOC100039939, Ccl19-ps3, Ccl21c, LOC100039323, LOC665845, LOC100039973, LOC100039986, 4933409K07Rik, LOC100039344, LOC100039995, EG623054, Ccl19-ps2, LOC100039331, LOC100039131, LOC100040035, LOC100040048, Il11ra2, LOC665962, LOC545614, 1700008B15Rik, Ccl19, Ccl21b, LOC100039205, LOC433698, BC049635, N28178, Dnajb5, 1700022I11Rik, Vcp, Fancg, Pigo, Stoml2, B230312A22Rik
Downstream geneTesk1, Cd72, Sit1, Rmrp, LOC622404, E130306D19Rik, Car9, Tpm2, Tln1, Creb3, Gba2, 1110029E03Rik, LOC100039672, LOC100040179, Npr2, Spag8, Hint2, Serf2-ps, 4930412F15Rik, Olfr70, Olfr71, LOC100039781, 5430416O09Rik, A630077J23Rik, GA_x5J8B7W5BNN-892919-892147, Olfr159, Olfr29-ps1, Olfr156, LOC100040268, Olfr155, Reck, Glipr2, Ccin, Clta, Gne, LOC100040313, OTTMUSG00000007209, Rnf38, Melk
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-195A14.bB6Ng01-195A14.g
ACCGA017568GA017569
length9801,047
definitionB6Ng01-195A14.b B6Ng01-195A14.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(43,263,885 - 43,264,865)(43,451,214 - 43,452,242)
sequence
gaattcttgaggttcaaagacactttgaaggtctgtgctaagttgttata
gccagaccacatgtggatttacattatgtaagtcagcctccgagcagtgg
ctgagtcttgcttactttgggcaatgtaatacacacatttatacaggttt
tgcctgacatccctgccttggtgagacagcactcaccaaacctgatggga
agtttggtgtcagttctcaatgaacaattgtggtgggcttaacagaaaaa
gtaaacacctctgaaaaataaaccaactcacaagatgggtagtgtaaggc
ggagttattcacccacttgttaggcttcaggccttttacctcgtacgagc
aaagtcagcttgctctttccagccatttaatgttgtgagttcccgttttc
tcgtctatgcactaggagtagctgtgtcatccatttcctgagctgataag
gtaactggacgatagaaagcacagctagcaaatgtcctcagctctgagga
aagctcaactactaggaacaagaaggaaccattaatctgctgtgccacac
atgtggagatttaaatttttttacctctttaaaagataggggtagcaaag
ggaagggagtgcacacaatgaaaagctatgctaatgtaagaatgaaggag
aagctgtactatagcagggagatggaagaatgggctgtgatagatgcttg
gtgagagactagaacaagaactgctgattctagaatatgaaggaaaaaga
ggacagtattgatcctgatggtagaagaaatgttgacaatactgccctta
actagggatggtagagaggaggttggagcacgagggtggtgaattcaagg
ccagcctaggatacttattgagttccaggtcattctctgggcatttagtg
attgaccaatgctgctatgtaattatcctcccacttaaaatatgaaggag
aaagtccctcctgctcctttgcagtaaaac
gaattcttagggaaagacacatgtaggatgtgagtggcaccatccgagtc
tggggcctcagggatcaagggaaagcctactgcatggggatctctctctc
tctctctctctctctctctctctctctctctcatttccatcaggtacaat
gctgtggtgggaactgcacagttgcacctcctcaccagacagacagaaaa
cactgaaacccggagccagaattaatcctagagatgggatttcctcgggg
cttggtttttgacaaaaactaacccagtttccatgtaaactatttgtcat
ccagagatacaattcataggaaaagctggataaatgatatcagtttcaga
taccgttggtttcctagcctggaaatgctgccatgctcaggagttggccg
ctcaagtggcacctgttttaccttggtcactgggaacctccccaagttga
ccaggctcttttgacatgggcttcgctatggtgtgcatgttaccttggac
atacatgccaaattttaattgccatttaaactgctattgagggggaggga
cagacacttgagagaagataggaacgattagctctcagtggtactgccct
cactaatgtcctgatgctgtcatctgaggacgggttctccatgaaaggac
agatccattctgagtgtccccatctcgtttcctgtgttctcactgtccag
catgttagagagcagtggcgtgtccctgccagatgacgacaccatgttct
ttggaattcccaatgtcttaggtagggttttactgctgtgagcagatacc
atgaccaaggcaaactctttataagaacaacatttaattggagcttcgct
tacaggtttagaaggttcatttctatttatcatcaaggcgggaacatggg
cagcattccaggcaggcatggtgcaaggaggagctgagagttctatatcc
ttcatctgaaaggctgctagtggaagactgacctcccaggcagcttagga
ccagggttattattaccctactggtgacactccccccaccaacaggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_43263885_43264865
seq2: B6Ng01-195A14.b_47_1026

seq1  GAATTCTTGAGGTTCAAAGACACTTTGAAGGTCTGTGCTAAGTTGTTATA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTGAGGTTCAAAGACACTTTGAAGGTCTGTGCTAAGTTGTTATA  50

seq1  GCCAGACCACATGTGGATTTACATTATGTAAGTCAGCCTCCGAGCAGTGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGACCACATGTGGATTTACATTATGTAAGTCAGCCTCCGAGCAGTGG  100

seq1  CTGAGTCTTGCTTACTTTGGGCAATGTAATACACACATTTATACAGGTTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGTCTTGCTTACTTTGGGCAATGTAATACACACATTTATACAGGTTT  150

seq1  TGCCTGACATCCCTGCCTTGGTGAGACAGCACTCACCAAACCTGATGGGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTGACATCCCTGCCTTGGTGAGACAGCACTCACCAAACCTGATGGGA  200

seq1  AGTTTGGTGTCAGTTCTCAATGAACAATTGTGGTGGGCTTAACAGAAAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTGGTGTCAGTTCTCAATGAACAATTGTGGTGGGCTTAACAGAAAAA  250

seq1  GTAAACACCTCTGAAAAATAAACCAACTCACAAGATGGGTAGTGTAAGGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAACACCTCTGAAAAATAAACCAACTCACAAGATGGGTAGTGTAAGGC  300

seq1  GGAGTTATTCACCCACTTGTTAGGCTTCAGGCCTTTTACCTCGTACGAGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTTATTCACCCACTTGTTAGGCTTCAGGCCTTTTACCTCGTACGAGC  350

seq1  AAAGTCAGCTTGCTCTTTCCAGCCATTTAATGTTGTGAGTTCCCGTTTTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTCAGCTTGCTCTTTCCAGCCATTTAATGTTGTGAGTTCCCGTTTTC  400

seq1  TCGTCTATGCACTAGGAGTAGCTGTGTCATCCATTTCCTGAGCTGATAAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGTCTATGCACTAGGAGTAGCTGTGTCATCCATTTCCTGAGCTGATAAG  450

seq1  GTAACTGGACGATAGAAAGCACAGCTAGCAAATGTCCTCAGCTCTGAGGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAACTGGACGATAGAAAGCACAGCTAGCAAATGTCCTCAGCTCTGAGGA  500

seq1  AAGCTCAACTACTAGGAACAAGAAGGAACCATTAATCTGCTGTGCCACAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTCAACTACTAGGAACAAGAAGGAACCATTAATCTGCTGTGCCACAC  550

seq1  ATGTGGAGATTTAAATTTTTTTACCTCTTTAAAAGATAGGGGTAGCAAAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGGAGATTTAAATTTTTTTACCTCTTTAAAAGATAGGGGTAGCAAAG  600

seq1  GGAAGGGAGTGCACACAATGAAAAGCTATGCTAATGTAAGAATGAAGGAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGGGAGTGCACACAATGAAAAGCTATGCTAATGTAAGAATGAAGGAG  650

seq1  AAGCTGTACTATAGCAGGGAGATGGAAGAATGGGCTGTGATAGATGCTTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTGTACTATAGCAGGGAGATGGAAGAATGGGCTGTGATAGATGCTTG  700

seq1  GTGAGAGACTAGAACAAGAACTGCTGATTCTAGAATATGAAGGAAAAAGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGAGACTAGAACAAGAACTGCTGATTCTAGAATATGAAGGAAAAAGA  750

seq1  GGACAGTATTGATCCTGATGGTAGAAGAAATGTTGACAATACTGCCCTTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACAGTATTGATCCTGATGGTAGAAGAAATGTTGACAATACTGCCCTTA  800

seq1  ACTAGGGATGGTAGAGAGGAGGTTGGAGCACGAGGGTGGTGAATTCAAGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAGGGATGGTAGAGAGGAGGTTGGAGCACGAGGGTGGTGAATTCAAGG  850

seq1  CCAGCCTAGGATACTTATTGAGTTCCAGGTCATTC-CTGGGCAATTTAGT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||
seq2  CCAGCCTAGGATACTTATTGAGTTCCAGGTCATTCTCTGGGC-ATTTAGT  899

seq1  GATTGACAAATGCTGCTATGTAATTATCCTCCCACTTAAAATATGAAGGA  949
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTGACCAATGCTGCTATGTAATTATCCTCCCACTTAAAATATGAAGGA  949

seq1  GAAAGTTCCCTCCTGCTTCTTTGCAGTAAACC  981
      ||||| ||||||||||| |||||||||||| |
seq2  GAAAG-TCCCTCCTGCTCCTTTGCAGTAAAAC  980

seq1: chr4_43451214_43452242
seq2: B6Ng01-195A14.g_65_1111 (reverse)

seq1  CCCTGTTGGT-GTGGGTGTGTCACC-GT-GGGTTATAAT-ACCCTGGTCC  46
      |||||||||| | ||| |||||||| || |||| ||||| ||||||||||
seq2  CCCTGTTGGTGGGGGGAGTGTCACCAGTAGGGTAATAATAACCCTGGTCC  50

seq1  T-AGCTGCCT-GGAAGTCAGTCTTCCACTAGCAGCC-TTCAGATGAA-GA  92
      | |||||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||
seq2  TAAGCTGCCTGGGAGGTCAGTCTTCCACTAGCAGCCTTTCAGATGAAGGA  100

seq1  TATAGAACTCTCAGCTCCTCC-TGCACCATGCCTGCCTGG-ATGCTG-CC  139
      ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| ||
seq2  TATAGAACTCTCAGCTCCTCCTTGCACCATGCCTGCCTGGAATGCTGCCC  150

seq1  ATGTTCCCGCCTTGATGAT-AATAG-AATGAACC-TCTAAACCTGTAAGC  186
      ||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||
seq2  ATGTTCCCGCCTTGATGATAAATAGAAATGAACCTTCTAAACCTGTAAGC  200

seq1  G-AGCTCCAATTAAATGTTGTTCTTAT-AAGAG-TTGCCTTGGTCATGGT  233
      | ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||
seq2  GAAGCTCCAATTAAATGTTGTTCTTATAAAGAGTTTGCCTTGGTCATGGT  250

seq1  ATCTGCTCACAGCAGTAAAACCCTAACTAAGACATTGGGAATTCC-AAGA  282
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||
seq2  ATCTGCTCACAGCAGTAAAACCCTACCTAAGACATTGGGAATTCCAAAGA  300

seq1  ACATGGTGTCGTCATCTGGCAGGGACACGCCACTGCTCTCTAACATGCTG  332
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGGTGTCGTCATCTGGCAGGGACACGCCACTGCTCTCTAACATGCTG  350

seq1  GACAGTGAGAACACAGGAAACGAGATGGGGACACTCAGAATGGATCTGTC  382
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGTGAGAACACAGGAAACGAGATGGGGACACTCAGAATGGATCTGTC  400

seq1  CTTTCATGGAGAACCCGTCCTCAGATGACAGCATCAGGACATTAGTGAGG  432
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCATGGAGAACCCGTCCTCAGATGACAGCATCAGGACATTAGTGAGG  450

seq1  GCAGTACCACTGAGAGCTAATCGTTCCTATCTTCTCTCAAGTGTCTGTCC  482
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTACCACTGAGAGCTAATCGTTCCTATCTTCTCTCAAGTGTCTGTCC  500

seq1  CTCCCCCTCAATAGCAGTTTAAATGGCAATTAAAATTTGGCATGTATGTC  532
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCCCTCAATAGCAGTTTAAATGGCAATTAAAATTTGGCATGTATGTC  550

seq1  CAAGGTAACATGCACACCATAGCGAAGCCCATGTCAAAAGAGCCTGGTCA  582
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGTAACATGCACACCATAGCGAAGCCCATGTCAAAAGAGCCTGGTCA  600

seq1  ACTTGGGGAGGTTCCCAGTGACCAAGGTAAAACAGGTGCCACTTGAGCGG  632
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGGGGAGGTTCCCAGTGACCAAGGTAAAACAGGTGCCACTTGAGCGG  650

seq1  CCAACTCCTGAGCATGGCAGCATTTCCAGGCTAGGAAACCAACGGTATCT  682
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACTCCTGAGCATGGCAGCATTTCCAGGCTAGGAAACCAACGGTATCT  700

seq1  GAAACTGATATCATTTATCCAGCTTTTCCTATGAATTGTATCTCTGGATG  732
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACTGATATCATTTATCCAGCTTTTCCTATGAATTGTATCTCTGGATG  750

seq1  ACAAATAGTTTACATGGAAACTGGGTTAGTTTTTGTCAAAAACCAAGCCC  782
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAATAGTTTACATGGAAACTGGGTTAGTTTTTGTCAAAAACCAAGCCC  800

seq1  CGAGGAAATCCCATCTCTAGGATTAATTCTGGCTCCGGGTTTCAGTGTTT  832
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAGGAAATCCCATCTCTAGGATTAATTCTGGCTCCGGGTTTCAGTGTTT  850

seq1  TCTGTCTGTCTGGTGAGGAGGTGCAACTGTGCAGTTCCCACCACAGCATT  882
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTCTGTCTGGTGAGGAGGTGCAACTGTGCAGTTCCCACCACAGCATT  900

seq1  GTACCTGATGGAAATGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAG  932
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACCTGATGGAAATGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAG  950

seq1  AGAGAGATCCCCATGCAGTAGGCTTTCCCTTGATCCCTGAGGCCCCAGAC  982
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGATCCCCATGCAGTAGGCTTTCCCTTGATCCCTGAGGCCCCAGAC  1000

seq1  TCGGATGGTGCCACTCACATCCTACATGTGTCTTTCCCTAAGAATTC  1029
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGGATGGTGCCACTCACATCCTACATGTGTCTTTCCCTAAGAATTC  1047