BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-197C11
Chromosome4 (Build37)
Map Location 14,815,725 - 14,956,023
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTmem55a, OTTMUSG00000004551, Efcbp1
Upstream geneRunx1t1, LOC625831, LOC433687, LOC100040030, LOC433688, Slc26a7, 1700034K16Rik, Otud6b, LOC100040047
Downstream geneTmem64, LOC100040095, LOC633695, Calb1, Decr1, Nbn, Osgin2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-197C11.bB6Ng01-197C11.g
ACCGA019095GA019096
length1,1321,074
definitionB6Ng01-197C11.b B6Ng01-197C11.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(14,954,895 - 14,956,023)(14,815,725 - 14,816,807)
sequence
gaattctcctgtgctcattttagacaaagcactgaatcgtttatagagct
tgggagatactttgtagataaatcttacatatttgacaggtagaaagcag
caaggaccgtgccctgctgcagtttcatgctacatttttaggtttgtcat
tcctctcatcatctttgtagggcctcctccagtgggtctttaggaaagca
ttcactacactcccacaactgcttgtccagaaattctaaatatagaaggg
tttgatttgttgctgcttgataaacacaggcttcaagaccatctccaagg
aagcaaaacctatattaatgtagagagttttagtggggaaaatatcaatt
ttgttgtcacagtttaagcctacatattttgtattgtagaacacccgcta
tgcttttggtgttacctctgtagtattctgaactttggcatacattagcc
ccagcaggttcttttttaatgctaaattgtaacagatacctcattataca
tgatacagtaatagatcttctaattagttgtttaactatcagattatgtt
actcaacagtgcataaattcatgctatctgaagttcaaaaagtgaaacaa
acaaaactgctaattccttgagaatttgattttatttcaaagcacatcag
agttacactatgcacagtcaagcaaaaattaactcctgggatgtggatgg
attcactaaccttccaaaaatggcactcttgagagataactaattatgtt
tctactaagtgtactgacatgctgaccagggtgaattaagaatgcttcca
tttgctggtttaggacactcagagaaattagtagccactttctataagct
atgggtgaaagttcagatggctttggaactaaccttaaagaataatttta
ttttatattggctgttgctttaggatatgattagttatcctctggttaca
aaattttggattggtttctcttaattttttaagacagggtttctctatat
agtcctggctggtcctggaactaactctgaagaacagactgatattcaaa
ctcagaagatctggccacttctacctccttaggtactgaatttaaggatg
tgggtccaactcccagttggttttattgtttt
gaattcagcttctcaggcttgcacagttagcagttttatccatggagctg
tctccccagtccctgcaggctcctcatcttcttacatagcccaggttagc
ctcatgctcatgatcctcctgcctcagtccctaggggcactggggttaca
agagtgtgtcactgtgcctggcatttgttaatgaataagaacaagcagac
aagcaaaagtattaaagctttgccttttttttttttttaaaacaggatag
agtcggtcattcacaataaaaccttaagtttctgaagatttggctcagtc
agttagtgatttgaccagggcagtttgctgctttggtgcctaaaggaaac
tatgtctttcttttcatgattatcacctctgaccaagtaaagaaatataa
acaattgtgaagatggcatcgtgcagtcagattgccttgtttcttagctc
taaccttacagagggggaaaggtgaacagaaagctctgaggagccgagcc
atgtgactggataatgtctcacatgtgatgtgatttatgctttcaagtga
agagctgtgaggcaccaggaatggcttcggagaatcctaggttgaaaatg
tcagagctaaagagtgaactaggttcaggcccagcactgagattccctcc
acccactgtctcaggctactaccgtgatcctttctgaaatctggcctgag
tctcggttctctgacaggaagctgctctgtctgtcaggttaaatggcccg
gagcttcttgtcagcctgagattcagaggctgacagacgggagagtgagt
gccagtctctgcgcagtggctgtatcgccgaggcgtcatgtcttaaactg
tgactttgttagatgaaagtgataccaatttcacaggattgctgtggaaa
caggaataaagcacctaggagagttattggcaaagcacttcattgtgtta
tttgagacaggatctcactgtgtagtctggttgcctgagctccactctgt
agacagcctgcccaggctcatagaaaatcaacctgctcttctttctgatg
ctgggaataagcatgcctccacca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_14954895_14956023
seq2: B6Ng01-197C11.b_48_1179 (reverse)

seq1  AAAACAAAAAAACCAACTGGGAGTTGGGACCCACATCTTTAATTTCAGTA  50
      ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||
seq2  AAAACAATAAAACCAACTGGGAGTT-GGACCCACATCCTTAAATTCAGTA  49

seq1  -CTTAGGAGGTAGAAGTGGGCAGATC-TCTGAGTTTG-ATATCAGTCTGT  97
       || ||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||
seq2  CCTAAGGAGGTAGAAGTGGCCAGATCTTCTGAGTTTGAATATCAGTCTGT  99

seq1  TCTTCAGAGTTAGTTCCAGGA-CAGCCAGGACTATATAGAGAAACCCTGT  146
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCAGAGTTAGTTCCAGGACCAGCCAGGACTATATAGAGAAACCCTGT  149

seq1  CTTAAAAAATTAAGAGAAACCAATCCAAAATTTTGTAACCAGAGGATAAC  196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAAAAAATTAAGAGAAACCAATCCAAAATTTTGTAACCAGAGGATAAC  199

seq1  TAATCATATCCTAAAGCAACAGCCAATATAAAATAAAATTATTCTTTAAG  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATCATATCCTAAAGCAACAGCCAATATAAAATAAAATTATTCTTTAAG  249

seq1  GTTAGTTCCAAAGCCATCTGAACTTTCACCCATAGCTTATAGAAAGTGGC  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAGTTCCAAAGCCATCTGAACTTTCACCCATAGCTTATAGAAAGTGGC  299

seq1  TACTAATTTCTCTGAGTGTCCTAAACCAGCAAATGGAAGCATTCTTAATT  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTAATTTCTCTGAGTGTCCTAAACCAGCAAATGGAAGCATTCTTAATT  349

seq1  CACCCTGGTCAGCATGTCAGTACACTTAGTAGAAACATAATTAGTTATCT  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCTGGTCAGCATGTCAGTACACTTAGTAGAAACATAATTAGTTATCT  399

seq1  CTCAAGAGTGCCATTTTTGGAAGGTTAGTGAATCCATCCACATCCCAGGA  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAGAGTGCCATTTTTGGAAGGTTAGTGAATCCATCCACATCCCAGGA  449

seq1  GTTAATTTTTGCTTGACTGTGCATAGTGTAACTCTGATGTGCTTTGAAAT  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAATTTTTGCTTGACTGTGCATAGTGTAACTCTGATGTGCTTTGAAAT  499

seq1  AAAATCAAATTCTCAAGGAATTAGCAGTTTTGTTTGTTTCACTTTTTGAA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATCAAATTCTCAAGGAATTAGCAGTTTTGTTTGTTTCACTTTTTGAA  549

seq1  CTTCAGATAGCATGAATTTATGCACTGTTGAGTAACATAATCTGATAGTT  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAGATAGCATGAATTTATGCACTGTTGAGTAACATAATCTGATAGTT  599

seq1  AAACAACTAATTAGAAGATCTATTACTGTATCATGTATAATGAGGTATCT  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAACTAATTAGAAGATCTATTACTGTATCATGTATAATGAGGTATCT  649

seq1  GTTACAATTTAGCATTAAAAAAGAACCTGCTGGGGCTAATGTATGCCAAA  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTACAATTTAGCATTAAAAAAGAACCTGCTGGGGCTAATGTATGCCAAA  699

seq1  GTTCAGAATACTACAGAGGTAACACCAAAAGCATAGCGGGTGTTCTACAA  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCAGAATACTACAGAGGTAACACCAAAAGCATAGCGGGTGTTCTACAA  749

seq1  TACAAAATATGTAGGCTTAAACTGTGACAACAAAATTGATATTTTCCCCA  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAAAATATGTAGGCTTAAACTGTGACAACAAAATTGATATTTTCCCCA  799

seq1  CTAAAACTCTCTACATTAATATAGGTTTTGCTTCCTTGGAGATGGTCTTG  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAAACTCTCTACATTAATATAGGTTTTGCTTCCTTGGAGATGGTCTTG  849

seq1  AAGCCTGTGTTTATCAAGCAGCAACAAATCAAACCCTTCTATATTTAGAA  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCTGTGTTTATCAAGCAGCAACAAATCAAACCCTTCTATATTTAGAA  899

seq1  TTTCTGGACAAGCAGTTGTGGGAGTGTAGTGAATGCTTTCCTAAAGACCC  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGGACAAGCAGTTGTGGGAGTGTAGTGAATGCTTTCCTAAAGACCC  949

seq1  ACTGGAGGAGGCCCTACAAAGATGATGAGAGGAATGACAAACCTAAAAAT  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGAGGAGGCCCTACAAAGATGATGAGAGGAATGACAAACCTAAAAAT  999

seq1  GTAGCATGAAACTGCAGCAGGGCACGGTCCTTGCTGCTTTCTACCTGTCA  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGCATGAAACTGCAGCAGGGCACGGTCCTTGCTGCTTTCTACCTGTCA  1049

seq1  AATATGTAAGATTTATCTACAAAGTATCTCCCAAGCTCTATAAACGATTC  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATGTAAGATTTATCTACAAAGTATCTCCCAAGCTCTATAAACGATTC  1099

seq1  AGTGCTTTGTCTAAAATGAGCACAGGAGAATTC  1129
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCTTTGTCTAAAATGAGCACAGGAGAATTC  1132

seq1: chr4_14815725_14816807
seq2: B6Ng01-197C11.g_62_1135

seq1  GAATTCAGCTTCTCAGGCTTGCACAGTTAGCAGTTTTATCCATGGAGCTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGCTTCTCAGGCTTGCACAGTTAGCAGTTTTATCCATGGAGCTG  50

seq1  TCTCCCCAGTCCCTGCAGGCTCCTCATCTTCTTACATAGCCCAGGTTAGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCCCAGTCCCTGCAGGCTCCTCATCTTCTTACATAGCCCAGGTTAGC  100

seq1  CTCATGCTCATGATCCTCCTGCCTCAGTCCCTAGGGGCACTGGGGTTACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATGCTCATGATCCTCCTGCCTCAGTCCCTAGGGGCACTGGGGTTACA  150

seq1  AGAGTGTGTCACTGTGCCTGGCATTTGTTAATGAATAAGAACAAGCAGAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTGTGTCACTGTGCCTGGCATTTGTTAATGAATAAGAACAAGCAGAC  200

seq1  AAGCAAAAGTATTAAAGCTTTGCCTTTTTTTTTTTTTTAAAACAGGATAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAAAAGTATTAAAGCTTTGCCTTTTTTTTTTTTTTAAAACAGGATAG  250

seq1  AGTCGGTCATTCACAATAAAACCTTAAGTTTCTGAAGATTTGGCTCAGTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCGGTCATTCACAATAAAACCTTAAGTTTCTGAAGATTTGGCTCAGTC  300

seq1  AGTTAGTGATTTGACCAGGGCAGTTTGCTGCTTTGGTGCCTAAAGGAAAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTAGTGATTTGACCAGGGCAGTTTGCTGCTTTGGTGCCTAAAGGAAAC  350

seq1  TATGTCTTTCTTTTCATGATTATCACCTCTGACCAAGTAAAGAAATATAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTCTTTCTTTTCATGATTATCACCTCTGACCAAGTAAAGAAATATAA  400

seq1  ACAATTGTGAAGATGGCATCGTGCAGTCAGATTGCCTTGTTTCTTAGCTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATTGTGAAGATGGCATCGTGCAGTCAGATTGCCTTGTTTCTTAGCTC  450

seq1  TAACCTTACAGAGGGGGAAAGGTGAACAGAAAGCTCTGAGGAGCCGAGCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACCTTACAGAGGGGGAAAGGTGAACAGAAAGCTCTGAGGAGCCGAGCC  500

seq1  ATGTGACTGGATAATGTCTCACATGTGATGTGATTTATGCTTTCAAGTGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGACTGGATAATGTCTCACATGTGATGTGATTTATGCTTTCAAGTGA  550

seq1  AGAGCTGTGAGGCACCAGGAATGGCTTCGGAGAATCCTAGGTTGAAAATG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCTGTGAGGCACCAGGAATGGCTTCGGAGAATCCTAGGTTGAAAATG  600

seq1  TCAGAGCTAAAGAGTGAACTAGGTTCAGGCCCAGCACTGAGATTCCCTCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAGCTAAAGAGTGAACTAGGTTCAGGCCCAGCACTGAGATTCCCTCC  650

seq1  ACCCACTGTCTCAGGCTACTACCGTGATCCTTTCTGAAATCTGGCCTGAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCACTGTCTCAGGCTACTACCGTGATCCTTTCTGAAATCTGGCCTGAG  700

seq1  TCTCGGTTCTCTGACAGGAAGCTGCTCTGTCTGTCAGGTTAAATGGCCCG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCGGTTCTCTGACAGGAAGCTGCTCTGTCTGTCAGGTTAAATGGCCCG  750

seq1  GAGCTTCTTGTCAGCCTGAGATTCAGAGGCTGACAGACGGGAGAGTGAGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTTCTTGTCAGCCTGAGATTCAGAGGCTGACAGACGGGAGAGTGAGT  800

seq1  GCCAGTCTCTGCGCAGTGGCTGTATCGCCGAGGCGTCATGTCTTAAACTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGTCTCTGCGCAGTGGCTGTATCGCCGAGGCGTCATGTCTTAAACTG  850

seq1  TGACTTTGTTAGATGAAAGTGATACCAATTTCACAGGATTGCTGTGGAAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTTTGTTAGATGAAAGTGATACCAATTTCACAGGATTGCTGTGGAAA  900

seq1  CAGGAATAAAGCACCTAGGAGAGTTATTGGCAAAGCAACTTTCATTGTTG  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||| ||
seq2  CAGGAATAAAGCACCTAGGAGAGTTATTGGCAAAGCA--CTTCATTG-TG  947

seq1  TTATTTGAGACAGGATCTCACTGTGTAGTTCTGGTTGGCCTGGAGCT-CA  999
      |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||| ||
seq2  TTATTTGAGACAGGATCTCACTGTGTAG-TCTGGTT-GCCT-GAGCTCCA  994

seq1  CTCTGTAGACCAGGCTGGCCCAGGGCTCATAG-AGATCCACCTGCCTCTT  1048
      ||||||||| ||| || ||||| ||||||||| | ||| ||||| |||||
seq2  CTCTGTAGA-CAGCCT-GCCCA-GGCTCATAGAAAATCAACCTG-CTCTT  1040

seq1  CTTTCTGAGTGCTGGGATAAAGGCATG-CTCCACCA  1083
      |||||||| |||||||| | | ||||| ||||||||
seq2  CTTTCTGA-TGCTGGGA-ATAAGCATGCCTCCACCA  1074