BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-199F07
Chromosome4 (Build37)
Map Location 68,935,060 - 69,056,403
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneTcp1-ps1, Dbc1
Downstream geneLOC622491, LOC433716, LOC100039888, LOC242497, LOC671064, Cdk5rap2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-199F07.bB6Ng01-199F07.g
ACCGA020690GA020691
length8841,093
definitionB6Ng01-199F07.b B6Ng01-199F07.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(68,935,060 - 68,935,943)(69,055,295 - 69,056,403)
sequence
gaattcaacattagtagaatgagcaaaactaaataatttgtcctttgaat
tatgagtaacttagtccacttcctttaaaaggctcaagacgacaatgaga
taatgtgaatgaacaataaagtatgcaaattgtccactaaatttctccat
tgagtaagctacacatgacataggacttctctcatgaaacataccacctt
attaaggttaaaaaatatttagaaaagagtagagcaaaaagaacctatgc
tacaagagaacatttaaacttgactttaaaatatatgcaaagtagattac
agtaatgcttgcacaactccacaaattcactagatattattgatttgtac
atttaaatgtttaaaaaaaagtgtattgtatgtaaattatacctcagtag
agccattaaaaacaataggatggagacagtaaagaaagacagtgacacat
caattgctaggagtttgaatatcctatacacaagcacatataagcccaag
ctacaagcctgtaagatttgcaaagatcaatgagcctggaggtaggagtt
gtaatattagatttcaacaacacagaaatgaaaactagaaagctgttgtt
gtttaagataaaatctacagtttaaagctagcaaattgctaagaatgcat
aggtgcttgctgccaatcctgatttccggagtttaatacctggtacttat
attatgaggagaatgagcagactccaataaactgtcctctggcctgcaca
tgcacactaggacacaggtgtggccacatactcacatgtgcttgtttgcc
taataatagcagcagactgaaactgatacagtcctacatgcaaacattag
atagaggtcaaggagacttatggaagagtccggg

gaattcttcagcataggtaagttggtgggggttcactcccaacctcctgt
aactttcatcctttctaaagctctatccaaagaaggtacattttgtgaaa
ttctcagcctattcttaaatgcagcatgtgatcctagaggaatctaaggg
ctttccaacctcactttcttaagtgactctggtatgagttgaaggtggta
tgtcaggaaggttaatacatggtgccagagaagagaattttaggagatga
tttaaaaattaaaatctattttccatattttttgtttcttgttgattgca
aaaaccaaatagattatcatatattagaaaatatctccatcttttgattg
tttctatttctacctaggtattgctgaattatagcttaagaaagaaagat
tccaagttcttatactattgttgattaaatgtgttttttgacaattttat
gtatatatctatctctcagttccctttactacaaaccctattccatgttc
ttgttatctgttattaagaatgagaccaggtgctgtattaaaattaactc
agataagaatattctaataaggttgatggattcaagaaaattcttaaacc
aaatttatgacctccttcatcaatttcccagaatctgttcattgcatttg
atctctgcttgaggttctctgagatctctaggtccttttctaatttattt
atgtttcactatctctatttgatgataacatatttttggatacctcctat
atatcatgtgctcaaatataaatcagatgtgaatccactctggtaattga
gtcaaaatatagcaaagggattgattagttttagaggcaagggttgctat
tcaaccccaaatttgcatccctttaggcttcagagaaaatgtctctgtag
gtactataggacaaattgaaacattctcggagaaaggatcatttgtcact
tacttgtggttaaagctttgtaaatagagtagagagtgagagtgtagggt
ccctactctgaaaattatctagtgaagtgtacaggtgaagtggtggctat
agactcatgtcctatctatcaatgggtgtcccttccaactaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_68935060_68935943
seq2: B6Ng01-199F07.b_42_925

seq1  GAATTCAACATTAGTAGAATGAGCAAAACTAAATAATTTGTCCTTTGAAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAACATTAGTAGAATGAGCAAAACTAAATAATTTGTCCTTTGAAT  50

seq1  TATGAGTAACTTAGTCCACTTCCTTTAAAAGGCTCAAGACGACAATGAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAGTAACTTAGTCCACTTCCTTTAAAAGGCTCAAGACGACAATGAGA  100

seq1  TAATGTGAATGAACAATAAAGTATGCAAATTGTCCACTAAATTTCTCCAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGTGAATGAACAATAAAGTATGCAAATTGTCCACTAAATTTCTCCAT  150

seq1  TGAGTAAGCTACACATGACATAGGACTTCTCTCATGAAACATACCACCTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTAAGCTACACATGACATAGGACTTCTCTCATGAAACATACCACCTT  200

seq1  ATTAAGGTTAAAAAATATTTAGAAAAGAGTAGAGCAAAAAGAACCTATGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAGGTTAAAAAATATTTAGAAAAGAGTAGAGCAAAAAGAACCTATGC  250

seq1  TACAAGAGAACATTTAAACTTGACTTTAAAATATATGCAAAGTAGATTAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAAGAGAACATTTAAACTTGACTTTAAAATATATGCAAAGTAGATTAC  300

seq1  AGTAATGCTTGCACAACTCCACAAATTCACTAGATATTATTGATTTGTAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAATGCTTGCACAACTCCACAAATTCACTAGATATTATTGATTTGTAC  350

seq1  ATTTAAATGTTTAAAAAAAAGTGTATTGTATGTAAATTATACCTCAGTAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAAATGTTTAAAAAAAAGTGTATTGTATGTAAATTATACCTCAGTAG  400

seq1  AGCCATTAAAAACAATAGGATGGAGACAGTAAAGAAAGACAGTGACACAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCATTAAAAACAATAGGATGGAGACAGTAAAGAAAGACAGTGACACAT  450

seq1  CAATTGCTAGGAGTTTGAATATCCTATACACAAGCACATATAAGCCCAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTGCTAGGAGTTTGAATATCCTATACACAAGCACATATAAGCCCAAG  500

seq1  CTACAAGCCTGTAAGATTTGCAAAGATCAATGAGCCTGGAGGTAGGAGTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACAAGCCTGTAAGATTTGCAAAGATCAATGAGCCTGGAGGTAGGAGTT  550

seq1  GTAATATTAGATTTCAACAACACAGAAATGAAAACTAGAAAGCTGTTGTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATATTAGATTTCAACAACACAGAAATGAAAACTAGAAAGCTGTTGTT  600

seq1  GTTTAAGATAAAATCTACAGTTTAAAGCTAGCAAATTGCTAAGAATGCAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTAAGATAAAATCTACAGTTTAAAGCTAGCAAATTGCTAAGAATGCAT  650

seq1  AGGTGCTTGCTGCCAATCCTGATTTCCGGAGTTTAATACCTGGTACTTAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGCTTGCTGCCAATCCTGATTTCCGGAGTTTAATACCTGGTACTTAT  700

seq1  ATTATGAGGAGAATGAGCAGACTCCAATAAACTGTCCTCTGGCCTGCACA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATGAGGAGAATGAGCAGACTCCAATAAACTGTCCTCTGGCCTGCACA  750

seq1  TGCACACTAGGACACAGGTGTGGCCACATACTCACATGTGCTTGTTTGCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACACTAGGACACAGGTGTGGCCACATACTCACATGTGCTTGTTTGCC  800

seq1  TAATAATAGCAGCAGACTGAAACTGATACAGTCCTACATGCAAACATTAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAATAGCAGCAGACTGAAACTGATACAGTCCTACATGCAAACATTAG  850

seq1  ATAGAGGTCAAGGAGACTTATGGAAGAGTCCGGG  884
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGAGGTCAAGGAGACTTATGGAAGAGTCCGGG  884


seq1: chr4_69055295_69056403
seq2: B6Ng01-199F07.g_62_1154 (reverse)

seq1  TCTAGTTGGAAGAGAACAACACATGATAGATAGGACCATGAGTCTTATAG  50
      |||||||||||| | ||| |   |||||||||||| |||||||| |||||
seq2  TCTAGTTGGAAG-GGACACCCATTGATAGATAGGA-CATGAGTC-TATAG  47

seq1  -CACCACTCTCACCTGTACACCTCACTTAGAATATTTTTTCCAGAGTAGG  99
       ||||||| |||||||||||| |||| ||||  |||||   |||||||||
seq2  CCACCACT-TCACCTGTACACTTCAC-TAGATAATTTT---CAGAGTAGG  92

seq1  GACCCTACCACTCTCACCTCTCTAACTCTTATTTTCCAAGCTTTTAAACC  149
      ||||||| |||||||| |||||| |||| ||||| | |||||||  ||||
seq2  GACCCTA-CACTCTCA-CTCTCT-ACTC-TATTTACAAAGCTTT--AACC  136

seq1  ACAAGTAAGTGACAAATGATCCTTTTCTCCGAGAATGTTTCAATTTGTCC  199
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGTAAGTGACAAATGATCC-TTTCTCCGAGAATGTTTCAATTTGTCC  185

seq1  TATAGTACCTACAGAGAACATTTTCTCTGAAGCCTAAAGGGATGCAAATT  249
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGTACCTACAGAG-ACATTTTCTCTGAAGCCTAAAGGGATGCAAATT  234

seq1  TGGGGTTGAATAGCAACCCTTGCCTCTAAAACTAATCAATCCCCTTTGCT  299
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  TGGGGTTGAATAGCAACCCTTGCCTCTAAAACTAATCAAT-CCCTTTGCT  283

seq1  ATATTTTGACTCAATTACCAGAGTGGATTCACATCTGATTTATATTTGAG  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTTTGACTCAATTACCAGAGTGGATTCACATCTGATTTATATTTGAG  333

seq1  CACATGATATATAGGAGGTATCCAAAAATATGTTATCATCAAATAGAGAT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATGATATATAGGAGGTATCCAAAAATATGTTATCATCAAATAGAGAT  383

seq1  AGTGAAACATAAATAAATTAGAAAAGGACCTAGAGATCTCAGAGAACCTC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAAACATAAATAAATTAGAAAAGGACCTAGAGATCTCAGAGAACCTC  433

seq1  AAGCAGAGATCAAATGCAATGAACAGATTCTGGGAAATTGATGAAGGAGG  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAGAGATCAAATGCAATGAACAGATTCTGGGAAATTGATGAAGGAGG  483

seq1  TCATAAATTTGGTTTAAGAATTTTCTTGAATCCATCAACCTTATTAGAAT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATAAATTTGGTTTAAGAATTTTCTTGAATCCATCAACCTTATTAGAAT  533

seq1  ATTCTTATCTGAGTTAATTTTAATACAGCACCTGGTCTCATTCTTAATAA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTTATCTGAGTTAATTTTAATACAGCACCTGGTCTCATTCTTAATAA  583

seq1  CAGATAACAAGAACATGGAATAGGGTTTGTAGTAAAGGGAACTGAGAGAT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATAACAAGAACATGGAATAGGGTTTGTAGTAAAGGGAACTGAGAGAT  633

seq1  AGATATATACATAAAATTGTCAAAAAACACATTTAATCAACAATAGTATA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATATATACATAAAATTGTCAAAAAACACATTTAATCAACAATAGTATA  683

seq1  AGAACTTGGAATCTTTCTTTCTTAAGCTATAATTCAGCAATACCTAGGTA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACTTGGAATCTTTCTTTCTTAAGCTATAATTCAGCAATACCTAGGTA  733

seq1  GAAATAGAAACAATCAAAAGATGGAGATATTTTCTAATATATGATAATCT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATAGAAACAATCAAAAGATGGAGATATTTTCTAATATATGATAATCT  783

seq1  ATTTGGTTTTTGCAATCAACAAGAAACAAAAAATATGGAAAATAGATTTT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGGTTTTTGCAATCAACAAGAAACAAAAAATATGGAAAATAGATTTT  833

seq1  AATTTTTAAATCATCTCCTAAAATTCTCTTCTCTGGCACCATGTATTAAC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTTTAAATCATCTCCTAAAATTCTCTTCTCTGGCACCATGTATTAAC  883

seq1  CTTCCTGACATACCACCTTCAACTCATACCAGAGTCACTTAAGAAAGTGA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTGACATACCACCTTCAACTCATACCAGAGTCACTTAAGAAAGTGA  933

seq1  GGTTGGAAAGCCCTTAGATTCCTCTAGGATCACATGCTGCATTTAAGAAT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGGAAAGCCCTTAGATTCCTCTAGGATCACATGCTGCATTTAAGAAT  983

seq1  AGGCTGAGAATTTCACAAAATGTACCTTCTTTGGATAGAGCTTTAGAAAG  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTGAGAATTTCACAAAATGTACCTTCTTTGGATAGAGCTTTAGAAAG  1033

seq1  GATGAAAGTTACAGGAGGTTGGGAGTGAACCCCCACCAACTTACCTATGC  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGAAAGTTACAGGAGGTTGGGAGTGAACCCCCACCAACTTACCTATGC  1083

seq1  TGAAGAATTC  1109
      ||||||||||
seq2  TGAAGAATTC  1093


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |