BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-206I20
Chromosome4 (Build37)
Map Location 111,103,819 - 111,225,167
singlet/doubletdoublet
Overlap gene2310026E23Rik
Upstream geneLOC100040381
Downstream geneSpata6, LOC621612, Slc5a9, LOC639774, C130057D23Rik, LOC639781, 9530098N22Rik, A430090E18Rik, A030013N09Rik, LOC665949
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-206I20.bB6Ng01-206I20.g
ACCGA025939GA025940
length1,1821,141
definitionB6Ng01-206I20.b B6Ng01-206I20.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(111,223,992 - 111,225,167)(111,103,819 - 111,104,941)
sequence
gaattctttgaaaatatccatattgcaaaatcaatagtcatgctgtttgt
ttttaatgtgatcaaatgtaatataatgtaaagttccccatgttaaccac
agtaagcatgtaattcaatggcattaaacacccatgatgtgttgctatca
gccctatcatccatcattgctgaaactctagacctgttaacctgtacacg
gtgacttcttcttctcccctcctcaaagccccagacaactatcatggtgc
tttctgtctctgtaatttgagtgactacatgaactacctcatataagtag
gtttatacagtatttgtcatcttgtgactggtttgttcattggtatcact
attctccaggttcatccatggggtagccatgcttctcccaatagcacctt
tccccagagcatctactggatagtgaatgctgccttttactacatttagt
tcctctgagaaggctgggggaaattgaaacttggggtgaaatctgtgttg
tccaaggacagcaagccctggagactaaagagaaaactgcttgcgttctt
ggcttccacctaagactggtaaaagggttagagcccagagaccccggatg
caagcctggagccttgccagtggccctccaccttcttaggctcagtctcc
cattttctgtagtggatataataaaaactgacttttatttctcaaactat
tgtactgatcaaatgtggtgtttaaatgcctttaaaagtactggcctcta
tgagataacaaagtggttccaagaatccaggatctgttaggtcctaacag
cagctcgtcctgtgaaaccagaagagcatttcatgtcataacactatgcg
attaaacagttgcgattggaggctgacagcttctggccatagttcctctc
ttctggggattttagctttgtgttgcagcacaatcattacatgccactgc
ttagtttatttgttcattcaagaaaatggagaataaagggcccattctgt
gtcagctactggtggcaggcttgtcagagaacaaggcaaagtcccgacaa
taggtttacaggttgtgagtgaagacattagaaaaagtcacgtattatac
atgatttacaatcaggtgagggacattctaggtactatgaagcatgccgg
tggggagtccactatctattgccaggttccgg

gaattccaggctggcctccttccccatataaatgtctcctgatgtcatca
gccctgagctttgttttgtgttttggtggggtggaagatgcttaacagca
aggacattttccctgtagcctactttccagagactcctcatttagattgt
acaaccaggcccagtcccattggctgagtgtgctgtgtcatgactgctgg
agatttagaacaacacgcttttccctggcacacagctctggagaggtcac
aactgaattacatggacattaagcagctgttggtcttgggtagcagttta
gagctagtcactatcacattgtcccaaattgctgagggcggacccactgg
gaaaagatgttggtagaattcaccaagagcatctgtgggatgctgggttg
gatgaaaatctcttcatgaggttgcatttccttgttatgtgctccagctg
ggctctcactatatgaaaacaaacaaacaaacaaaaaactgctggaaata
ttgatcagcggtctagctctctacacgcacttatctcactctctgagtat
cccagggaaagggagaaggaagagaagaaaggcaccttctgctttgcact
ctcattgggacacaggtcaaggacatccaccaaggtgtagtccaaatgac
ggggtcaatccactgcatggcatccatcccctggtgtggctctggcccag
tgctggcccctggagtcatggagcatagccacacctatcccctattccca
gggttctcacagtgtagtaatgtgaacagatggtgaagatgatcattacg
tttttagcagataccagggacttcagtgttactcaatctgaagttcatga
gtttacctcatttttgttacctttcaattttctgaacctggaaggttgag
tcaagaccctggctggttaaatgtacagaaatttgtgtactacggttatc
ctgtatggtgcctctgggagaagctcgtgacccttcaacctaaggtcaag
aattcagcacttcagcagcttctgccaatcctcattggggagcttttgta
ccctcgaagctgaaattggctctcagaacgcctgaagccccagccatggg
ttagcacgtggcatgctgtctcttgggtgagaaccttcctt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_111223992_111225167
seq2: B6Ng01-206I20.b_46_1227 (reverse)

seq1  CCGGCACCT-GCAATAGATAGTGGGCTCCCCACC-GCATGCTTTCATAGT  48
      |||| |||| |||||||||||||| ||||||||| |||||| ||||||||
seq2  CCGGAACCTGGCAATAGATAGTGGACTCCCCACCGGCATGC-TTCATAGT  49

seq1  ACCTTGGATTGTCCTCACCTGATTTGTAATCATGTAT-ATACGTGACTTT  97
      |||| | ||   ||||||||||||   |||||||||| ||||||||||||
seq2  ACCTAGAATGTCCCTCACCTGATTGTAAATCATGTATAATACGTGACTTT  99

seq1  TTCTAATGTCTCCACTTCCACACTGTAAACCTATTGTCGGGACTTTGCCT  147
      ||||||||||| ||||  ||  ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAATGTCTTCACTCACAACCTGTAAACCTATTGTCGGGACTTTGCCT  149

seq1  TGTTCTCTGACAAGCCTGCCA-CAGTAGCTGACACAGAATGGGCCCTTTA  196
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCTCTGACAAGCCTGCCACCAGTAGCTGACACAGAATGGGCCCTTTA  199

seq1  -TCTCCATTTTC-TGAATGAACAAATAAACTAAGCAGTGGCATGTAATGA  244
       ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCCATTTTCTTGAATGAACAAATAAACTAAGCAGTGGCATGTAATGA  249

seq1  TTGTGCTGCAACACAAAGCTAAAATCCCCAGAAGAGAGGAACTATGGCCA  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGCTGCAACACAAAGCTAAAATCCCCAGAAGAGAGGAACTATGGCCA  299

seq1  GAAGCTGTCAGCCTCCAATCGCAACTGTTTAATCGCATAGTGTTATGACA  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCTGTCAGCCTCCAATCGCAACTGTTTAATCGCATAGTGTTATGACA  349

seq1  TG-AATGCTCTTCTGGTTTCACAGGACGAGCTGCTGTTAGGACCTAACAG  393
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAATGCTCTTCTGGTTTCACAGGACGAGCTGCTGTTAGGACCTAACAG  399

seq1  ATCCTGGATTCTTGGAACCACTTTGTTATCTCATAGAGGCCAGTACTTTT  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTGGATTCTTGGAACCACTTTGTTATCTCATAGAGGCCAGTACTTTT  449

seq1  AAAGGCATTTAAACACCACATTTGATCAGTACAATAGTTTGAGAAATAAA  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGCATTTAAACACCACATTTGATCAGTACAATAGTTTGAGAAATAAA  499

seq1  AGTCAGTTTTTATTATATCCACTACAGAAAATGGGAGACTGAGCCTAAGA  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCAGTTTTTATTATATCCACTACAGAAAATGGGAGACTGAGCCTAAGA  549

seq1  AGGTGGAGGGCCACTGGCAAGGCTCCAGGCTTGCATCCGGGGTCTCTGGG  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGGAGGGCCACTGGCAAGGCTCCAGGCTTGCATCCGGGGTCTCTGGG  599

seq1  CTCTAACCCTTTTACCAGTCTTAGGTGGAAGCCAAGAACGCAAGCAGTTT  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTAACCCTTTTACCAGTCTTAGGTGGAAGCCAAGAACGCAAGCAGTTT  649

seq1  TCTCTTTAGTCTCCAGGGCTTGCTGTCCTTGGACAACACAGATTTCACCC  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTTTAGTCTCCAGGGCTTGCTGTCCTTGGACAACACAGATTTCACCC  699

seq1  CAAGTTTCAATTTCCCCCAGCCTTCTCAGAGGAACTAAATGTAGTAAAAG  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTTTCAATTTCCCCCAGCCTTCTCAGAGGAACTAAATGTAGTAAAAG  749

seq1  GCAGCATTCACTATCCAGTAGATGCTCTGGGGAAAGGTGCTATTGGGAGA  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCATTCACTATCCAGTAGATGCTCTGGGGAAAGGTGCTATTGGGAGA  799

seq1  AGCATGGCTACCCCATGGATGAACCTGGAGAATAGTGATACCAATGAACA  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATGGCTACCCCATGGATGAACCTGGAGAATAGTGATACCAATGAACA  849

seq1  AACCAGTCACAAGATGACAAATACTGTATAAACCTACTTATATGAGGTAG  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCAGTCACAAGATGACAAATACTGTATAAACCTACTTATATGAGGTAG  899

seq1  TTCATGTAGTCACTCAAATTACAGAGACAGAAAGCACCATGATAGTTGTC  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATGTAGTCACTCAAATTACAGAGACAGAAAGCACCATGATAGTTGTC  949

seq1  TGGGGCTTTGAGGAGGGGAGAAGAAGAAGTCACCGTGTACAGGTTAACAG  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGCTTTGAGGAGGGGAGAAGAAGAAGTCACCGTGTACAGGTTAACAG  999

seq1  GTCTAGAGTTTCAGCAATGATGGATGATAGGGCTGATAGCAACACATCAT  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTAGAGTTTCAGCAATGATGGATGATAGGGCTGATAGCAACACATCAT  1049

seq1  GGGTGTTTAATGCCATTGAATTACATGCTTACTGTGGTTAACATGGGGAA  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGTTTAATGCCATTGAATTACATGCTTACTGTGGTTAACATGGGGAA  1099

seq1  CTTTACATTATATTACATTTGATCACATTAAAAACAAACAGCATGACTAT  1143
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTACATTATATTACATTTGATCACATTAAAAACAAACAGCATGACTAT  1149

seq1  TGATTTTGCAATATGGATATTTTCAAAGAATTC  1176
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTTTGCAATATGGATATTTTCAAAGAATTC  1182


seq1: chr4_111103819_111104941
seq2: B6Ng01-206I20.g_67_1207

seq1  GAATTCCAGGCTGGCCTCCTTCCCCATATAAATGTCTCCTGATGTCATCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGGCTGGCCTCCTTCCCCATATAAATGTCTCCTGATGTCATCA  50

seq1  GCCCTGAGCTTTGTTTTGTGTTTTGGTGGGGTGGAAGATGCTTAACAGCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTGAGCTTTGTTTTGTGTTTTGGTGGGGTGGAAGATGCTTAACAGCA  100

seq1  AGGACATTTTCCCTGTAGCCTACTTTCCAGAGACTCCTCATTTAGATTGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACATTTTCCCTGTAGCCTACTTTCCAGAGACTCCTCATTTAGATTGT  150

seq1  ACAACCAGGCCCAGTCCCATTGGCTGAGTGTGCTGTGTCATGACTGCTGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACCAGGCCCAGTCCCATTGGCTGAGTGTGCTGTGTCATGACTGCTGG  200

seq1  AGATTTAGAACAACACGCTTTTCCCTGGCACACAGCTCTGGAGAGGTCAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTTAGAACAACACGCTTTTCCCTGGCACACAGCTCTGGAGAGGTCAC  250

seq1  AACTGAATTACATGGACATTAAGCAGCTGTTGGTCTTGGGTAGCAGTTTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGAATTACATGGACATTAAGCAGCTGTTGGTCTTGGGTAGCAGTTTA  300

seq1  GAGCTAGTCACTATCACATTGTCCCAAATTGCTGAGGGCGGACCCACTGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTAGTCACTATCACATTGTCCCAAATTGCTGAGGGCGGACCCACTGG  350

seq1  GAAAAGATGTTGGTAGAATTCACCAAGAGCATCTGTGGGATGCTGGGTTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAGATGTTGGTAGAATTCACCAAGAGCATCTGTGGGATGCTGGGTTG  400

seq1  GATGAAAATCTCTTCATGAGGTTGCATTTCCTTGTTATGTGCTCCAGCTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGAAAATCTCTTCATGAGGTTGCATTTCCTTGTTATGTGCTCCAGCTG  450

seq1  GGCTCTCACTATATGAAAACAAACAAACAAACAAAAAACTGCTGGAAATA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCTCACTATATGAAAACAAACAAACAAACAAAAAACTGCTGGAAATA  500

seq1  TTGATCAGCGGTCTAGCTCTCTACACGCACTTATCTCACTCTCTGAGTAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATCAGCGGTCTAGCTCTCTACACGCACTTATCTCACTCTCTGAGTAT  550

seq1  CCCAGGGAAAGGGAGAAGGAAGAGAAGAAAGGCACCTTCTGCTTTGCACT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGGGAAAGGGAGAAGGAAGAGAAGAAAGGCACCTTCTGCTTTGCACT  600

seq1  CTCATTGGGACACAGGTCAAGGACATCCACCAAGGTGTAGTCCAAATGAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATTGGGACACAGGTCAAGGACATCCACCAAGGTGTAGTCCAAATGAC  650

seq1  GGGGTCAATCCACTGCATGGCATCCATCCCCTGGTGTGGCTCTGGCCCAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGTCAATCCACTGCATGGCATCCATCCCCTGGTGTGGCTCTGGCCCAG  700

seq1  TGCTGGCCCCTGGAGTCATGGAGCATAGCCACACCTATCCCCTATTCCCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGGCCCCTGGAGTCATGGAGCATAGCCACACCTATCCCCTATTCCCA  750

seq1  GGGTTCTCACAGTGTAGTAATGTGAACAGATGGTGAAGATGATCATTACG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTCTCACAGTGTAGTAATGTGAACAGATGGTGAAGATGATCATTACG  800

seq1  -TTTTAGCAGATACCA-GGACTTCAGTGTTACTCAATCTGAAG-TCATGA  847
       ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  TTTTTAGCAGATACCAGGGACTTCAGTGTTACTCAATCTGAAGTTCATGA  850

seq1  GTTTACCTCATTTTTGTTACC-TTCAATTTTCTGAACCTGGAAGGTTGAG  896
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTACCTCATTTTTGTTACCTTTCAATTTTCTGAACCTGGAAGGTTGAG  900

seq1  TC-AGA-CCTGGCTGGTTAAATTGTACAGAATTTTGTGTACTACGGTTAT  944
      || ||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TCAAGACCCTGGCTGGTTAAA-TGTACAGAAATTTGTGTACTACGGTTAT  949

seq1  -CTGTATGGTGCCTCTGGGAG-AGCTCGTGACCCTTCAACCCTAGGTCAA  992
       |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  |||||||
seq2  CCTGTATGGTGCCTCTGGGAGAAGCTCGTGACCCTTCAACCTAAGGTCAA  999

seq1  G-ATTCAGCCACTTCAGCAGC-TCTGCC-ATCCTCATT-GGGAGC-TTTG  1037
      | |||||| |||||||||||| |||||| ||||||||| |||||| ||||
seq2  GAATTCAG-CACTTCAGCAGCTTCTGCCAATCCTCATTGGGGAGCTTTTG  1048

seq1  TACACTCG-AGCTGAAATTG--CCTCAG-ACAGCTGAGCCCCCAGCCCTT  1083
      ||| |||| |||||||||||   ||||| ||  ||||  |||||||| | 
seq2  TACCCTCGAAGCTGAAATTGGCTCTCAGAACGCCTGAAGCCCCAGCCATG  1098

seq1  GGGTAG-TCGTGGATGGTTGTCTCCTGGGT--GAACCTTCCTT  1123
      || |||  |||||   | |||||| |||||  |||||||||||
seq2  GGTTAGCACGTGGCATGCTGTCTCTTGGGTGAGAACCTTCCTT  1141


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |