BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-220P11
Chromosome4 (Build37)
Map Location 110,119,797 - 110,256,273
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneRnf11, 4930522H14Rik, Cdkn2c, LOC100040307, Faf1, Dmrta2, Elavl4
Downstream geneLOC100040381, 2310026E23Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-220P11.bB6Ng01-220P11.g
ACCGA036390GA036391
length1,151849
definitionB6Ng01-220P11.b B6Ng01-220P11.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(110,119,797 - 110,120,962)(110,255,423 - 110,256,273)
sequence
gaattcattgactcttgtgataaatacttaaatgaattgtatatttataa
tttgatgtaagtatataatgacataaatattcctctgaaagaaggatgca
tttgtttcaatatatgaatatcttttatataattcaagcattgaccatta
aatacctgtttatttggtcctggagagataacttagtagttttactaagc
aagcataagggtcagaattttggatcatattacccatgtaaaagatgctt
atggtaatgtgtatgacacatctccaccatagagtgcagtggggatagaa
gaatcactaagtcttatttactgctgctatagccaaataaagaataaaca
agtaaaacaacaataacagaagagtcaatgggagagagaccctgtctcaa
aggaacaagatggtgagtgatagaggatttcctcatgtggtttctgtgtg
tactcacaggtatacccaccttcttgcacatatatcacacacatataaac
catctgctccacaagtaacaaaaaactctattatctttagctgtgtgtag
gtacagttttgtctcaatcattgatcaggaaaataccccatggatttgcc
tacaggccagacttatggagctatctctccattgaggttccttcctccca
gatgatcatagcctgtgtcaaactgacaaaaaaattagccattacaactg
gtgaggatatagttcagggtataaagacagacttggtaacgtaagatctg
ttcctgtaacacacatgatggaagtaaagaccccacttctgcaagttgtt
cttcggatatatgaaaaggaaaatgcttcttcactgttggtgagagtgcc
agctgttacagctgctatagaaatcagtgtggaggctgctcctaattcta
tatagtttgtctaattttaacatatgaaatacagttaatatgcatattaa
tatccttcaatattactttttatcatgggtagcttcactgactctttgca
tgatagataattttatgatgtcatgtttgctgtatatgtttgtagagctt
ttattctagatattctgtatttttctacaagtgttttgagatttttttct
ggagacagttacttagaatagcatatcggatattcgtcatgcttgaatgt
t

gaattcctagaaaagaatgccacactatggttctgacatttcatttcaaa
gaataaaatggacactctctaagcaaattagaagagcaaacaaaatattc
aaaatgcacgagaaactttcccaacagtctgtgttaggtagcaaaactga
aggaattgattttctccaaatttcaaataatcatatccctgctcctttac
tagttaatataagctacatacagactgttcatggagtctgaagtgaatag
gaaacatgggttagtcctaatttggcccaacatttaagaaatagtgtaag
tgcaggatctaggtctctatttaacaataaaataaaaaataaccagcccc
tcttctagcagttaatggcttcttagatgcaaaaggaaagctgaagaata
taagcaataaacacgagaccccaatggaagagtcaaggaaaggatttaag
gagctgtaggggtttgcaaccccatagacagaacaacatcaaccaaccag
actccccagagctcccagggactaaaccaccaaccaaagagtacacatgg
agggacccatggttccagccgcatatgtagcagagaatggccttgtccag
catcaatggaaggagaggcccttggtccttggaaagcttaattacccatt
gtaggggaatgccagggcagggaagtgggactgggtgagtgggtggggtg
ctccctcatagtagcacggggagggaaatgggataggagatttccagaag
gggaaactgggaaagggaataacatttgaaatgtatagataaaatatccc
ataaaacaataagtgaggggaaaaagcatacacactgaagtacagctcg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_110119797_110120962
seq2: B6Ng01-220P11.b_51_1201

seq1  GAATTCATTGACTCTTGTGATAAATACTTAAATGAATTGTATATTTATAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTGACTCTTGTGATAAATACTTAAATGAATTGTATATTTATAA  50

seq1  TTTGATGTAAGTATATAATGACATAAATATTCCTCTGAAAGAAGGATGCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGATGTAAGTATATAATGACATAAATATTCCTCTGAAAGAAGGATGCA  100

seq1  TTTGTTTCAATATATGAATATCTTTTATATAATTCAAGCATTGACCATTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTTCAATATATGAATATCTTTTATATAATTCAAGCATTGACCATTA  150

seq1  AATACCTGTTTATTTGGTCCTGGAGAGATAACTTAGTAGTTTTACTAAGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACCTGTTTATTTGGTCCTGGAGAGATAACTTAGTAGTTTTACTAAGC  200

seq1  AAGCATAAGGGTCAGAATTTTGGATCATATTACCCATGTAAAAGATGCTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCATAAGGGTCAGAATTTTGGATCATATTACCCATGTAAAAGATGCTT  250

seq1  ATGGTAATGTGTATGACACATCTCCACCATAGAGTGCAGTGGGGATAGAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTAATGTGTATGACACATCTCCACCATAGAGTGCAGTGGGGATAGAA  300

seq1  GAATCACTAAGTCTTATTTACTGCTGCTATAGCCAAATAAAGAATAAACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATCACTAAGTCTTATTTACTGCTGCTATAGCCAAATAAAGAATAAACA  350

seq1  AGTAAAACAACAATAACAGAAGAGTCAATGGGAGAGAGACCCTGTCTCAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAAAACAACAATAACAGAAGAGTCAATGGGAGAGAGACCCTGTCTCAA  400

seq1  AGGAACAAGATGGTGAGTGATAGAGGATTTCCTCATGTGGTTTCTGTGTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAACAAGATGGTGAGTGATAGAGGATTTCCTCATGTGGTTTCTGTGTG  450

seq1  TACTCACAGGTATACCCACCTTCTTGCACATATATCACACACATATAAAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTCACAGGTATACCCACCTTCTTGCACATATATCACACACATATAAAC  500

seq1  CATCTGCTCCACAAGTAACAAAAAACTCTATTATCTTTAGCTGTGTGTAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTGCTCCACAAGTAACAAAAAACTCTATTATCTTTAGCTGTGTGTAG  550

seq1  GTACAGTTTTGTCTCAATCATTGATCAGGAAAATACCCCATGGATTTGCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACAGTTTTGTCTCAATCATTGATCAGGAAAATACCCCATGGATTTGCC  600

seq1  TACAGGCCAGACTTATGGAGCTATCTCTCCATTGAGGTTCCTTCCTCCCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGGCCAGACTTATGGAGCTATCTCTCCATTGAGGTTCCTTCCTCCCA  650

seq1  GATGATCATAGCCTGTGTCAAACTGACAAAAAAATTAGCCATTACAACTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGATCATAGCCTGTGTCAAACTGACAAAAAAATTAGCCATTACAACTG  700

seq1  GTGAGGATATAGTTCAGGGTATAAAGACAGACTTGGTAACGTAAGATCTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGGATATAGTTCAGGGTATAAAGACAGACTTGGTAACGTAAGATCTG  750

seq1  TTCCTGTAACACACATGATGGAAGTAAAGACCCCACTTCTGCAAGTTGTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTGTAACACACATGATGGAAGTAAAGACCCCACTTCTGCAAGTTGTT  800

seq1  CTTCGGATATATGAAAAGGAAAATGCTTCTTCACTGTTGGTGAGAGTGCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCGGATATATGAAAAGGAAAATGCTTCTTCACTGTTGGTGAGAGTGCC  850

seq1  AGCTGTTACAGCTGCTATAGAAATCAGTGTGGAGGCTGCTCCTAATTCTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGTTACAGCTGCTATAGAAATCAGTGTGGAGGCTGCTCCTAATTCTA  900

seq1  TATAGTTTGTCTAATTTTTAACATATGAAATACAGTTAATATGCAATATT  950
      |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  TATAGTTTGTCTAA-TTTTAACATATGAAATACAGTTAATATGC-ATATT  948

seq1  AATATCCTTCAATATTACTTTTTATCATGGGTAGCTTCAACTGACTCTTT  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  AATATCCTTCAATATTACTTTTTATCATGGGTAGCTTC-ACTGACTCTTT  997

seq1  GCATGATAGATATTTTTATGATTGTCATGTTTTGCTGGTATTAATGTTTG  1050
      |||||||||||| |||||||| ||||||| |||||| ||||  |||||||
seq2  GCATGATAGATAATTTTATGA-TGTCATG-TTTGCT-GTAT--ATGTTTG  1042

seq1  TAGAGCTTTTATTCTAGATATTCTGTA-TTTTCTACAAGTGTTTTTGAGA  1099
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||
seq2  TAGAGCTTTTATTCTAGATATTCTGTATTTTTCTACAAGTG-TTTTGAGA  1091

seq1  TTTTTTTCT-GAGACAGTTAAATTAGATAAGCATATTCTGATAATTTTGG  1148
      ||||||||| ||||||||| | |||||  |||||| || ||||    |  
seq2  TTTTTTTCTGGAGACAGTT-ACTTAGAATAGCATA-TCGGATA----TTC  1135

seq1  GTCATGCTTTAAAATGTT  1166
      |||||||||   ||||||
seq2  GTCATGCTT--GAATGTT  1151


seq1: chr4_110255423_110256273
seq2: B6Ng01-220P11.g_65_913 (reverse)

seq1  CAAGCTGTACTTCAGTGTGTCTGCTTTTTTCCCCTCACTTATTGTTTTAT  50
      | |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAGCTGTACTTCAGTGTGTATGC-TTTTTCCCCTCACTTATTGTTTTAT  49

seq1  TGGATATTTTATCTATTACATTTCAAATGTTATTCCCTTTCCCAGTTTCC  100
       |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATATTTTATCTA-TACATTTCAAATGTTATTCCCTTTCCCAGTTTCC  98

seq1  CCTTCTGGAAATCTCCTATCCCATTTCCCTCCCCGTGCTACTATGAGGGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCTGGAAATCTCCTATCCCATTTCCCTCCCCGTGCTACTATGAGGGA  148

seq1  GCACCCCACCCACTCACCCAGTCCCACTTCCCTGCCCTGGCATTCCCCTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACCCCACCCACTCACCCAGTCCCACTTCCCTGCCCTGGCATTCCCCTA  198

seq1  CAATGGGTAATTAAGCTTTCCAAGGACCAAGGGCCTCTCCTTCCATTGAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGGGTAATTAAGCTTTCCAAGGACCAAGGGCCTCTCCTTCCATTGAT  248

seq1  GCTGGACAAGGCCATTCTCTGCTACATATGCGGCTGGAACCATGGGTCCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGACAAGGCCATTCTCTGCTACATATGCGGCTGGAACCATGGGTCCC  298

seq1  TCCATGTGTACTCTTTGGTTGGTGGTTTAGTCCCTGGGAGCTCTGGGGAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATGTGTACTCTTTGGTTGGTGGTTTAGTCCCTGGGAGCTCTGGGGAG  348

seq1  TCTGGTTGGTTGATGTTGTTCTGTCTATGGGGTTGCAAACCCCTACAGCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGTTGGTTGATGTTGTTCTGTCTATGGGGTTGCAAACCCCTACAGCT  398

seq1  CCTTAAATCCTTTCCTTGACTCTTCCATTGGGGTCTCGTGTTTATTGCTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTAAATCCTTTCCTTGACTCTTCCATTGGGGTCTCGTGTTTATTGCTT  448

seq1  ATATTCTTCAGCTTTCCTTTTGCATCTAAGAAGCCATTAACTGCTAGAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTCTTCAGCTTTCCTTTTGCATCTAAGAAGCCATTAACTGCTAGAAG  498

seq1  AGGGGCTGGTTATTTTTTATTTTATTGTTAAATAGAGACCTAGATCCTGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGCTGGTTATTTTTTATTTTATTGTTAAATAGAGACCTAGATCCTGC  548

seq1  ACTTACACTATTTCTTAAATGTTGGGCCAAATTAGGACTAACCCATGTTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTACACTATTTCTTAAATGTTGGGCCAAATTAGGACTAACCCATGTTT  598

seq1  CCTATTCACTTCAGACTCCATGAACAGTCTGTATGTAGCTTATATTAACT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATTCACTTCAGACTCCATGAACAGTCTGTATGTAGCTTATATTAACT  648

seq1  AGTAAAGGAGCAGGGATATGATTATTTGAAATTTGGAGAAAATCAATTCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAAAGGAGCAGGGATATGATTATTTGAAATTTGGAGAAAATCAATTCC  698

seq1  TTCAGTTTTGCTACCTAACACAGACTGTTGGGAAAGTTTCTCGTGCATTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGTTTTGCTACCTAACACAGACTGTTGGGAAAGTTTCTCGTGCATTT  748

seq1  TGAATATTTTGTTTGCTCTTCTAATTTGCTTAGAGAGTGTCCATTTTATT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATATTTTGTTTGCTCTTCTAATTTGCTTAGAGAGTGTCCATTTTATT  798

seq1  CTTTGAAATGAAATGTCAGAACCATAGTGTGGCATTCTTTTCTAGGAATT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGAAATGAAATGTCAGAACCATAGTGTGGCATTCTTTTCTAGGAATT  848

seq1  C  851
      |
seq2  C  849


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |