BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-232G01
Chromosome4 (Build37)
Map Location 20,506,830 - 20,694,533
singlet/doubletdoublet
Overlap geneE130310K16Rik
Upstream gene2410005O16Rik, Wwp1, Slc7a13, Atp6v0d2, LOC667282, Ttpa, LOC667301, EG664800
Downstream genePrdm13, Ccnc, 2610029I01Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-232G01.bB6Ng01-232G01.g
ACCGA044731GA044732
length688851
definitionB6Ng01-232G01.b B6Ng01-232G01.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(20,506,830 - 20,507,516)(20,693,685 - 20,694,533)
sequence
ggaattcactgtgcccagcagaaaaggaaactcagcaataaagacctatg
gtaactccaggagccagatgacaatgtgaatttatgtgctagagttttca
ttaaaaaggttccagagtcaccatgtgaaaaccagaatatctactggatt
gtccaagttcatctgttaccaaactttttctgaatgtaccataaacatac
gtccaccaccccagtatgtggatgcaacagctcgacagggtgtgcccttg
gtgagacttaagttaccaaggaccctactgcctccttcttagagaaagct
ttagacttggcattggcagaataaagctttatgtgaaactcattgagtga
tgcttttcaaatatgtctcctattgcttgactacctttctttatggagac
ataaaaagtagatattaaaacagtctttagcaaacaaaatttaagaggta
atgaaaaagaagacaaagacaatgatgagataattatccttgattagagc
aaagctttgtgtaggaacagaaattgtacatcaggaagcattcacggaga
gatgcaaactcctaacaagaactctagaccctgtagtgtatttgataaag
agaaacagcaaagatattttctctagggagagaagctgagctacattaga
cagtataaaggatttagttggagggtagggtagtgtgt
gaattcaacactgaaccacccactcagcaagcagagaacagatttgaata
cgatatcactgtgcatgtgtagtcatacggtaatagaagtaggtcaacgg
tggatggttgggatgaatatgagtggagagcgtgcagtaaagcaggacaa
atttaatatgcttcattttgcatccctatggagcacagcccctgaacatt
catagaagaccttgatagttagggtttctggtttctgtgcctctcatata
tctgggaatggtgtttggggctgcatcccattatatactcacatataaac
tcctatatggttagtggtagtattttatatgagcagcctagatatgatga
tctgaacagtaatgaaccacaaacaagagatgagtcagcaatattgtatt
ttaagtagcaaatataggattgcaaatttgccagcgacctatatagcaat
tagcaatgcactctcaacaaaggaggggtgattttctatttctgacattg
aagtattatgaaatatccagtcaaacttaattagaaaagttattttggaa
acacctgtagttgagaaggaaaatgaaggaactcagacatgaaggctaat
ggtgaattattagaattgaaagcaaataggtcagaatactaataaaaata
tctccctccagcctttgcttcaatctgtttcctttatccctggaatcact
gtcccatgttttgagttttggctgaaccaaattgctaaaccaatttttgc
cagagtcaagagcatatatctggttcttttttggctcttcaactggtttt
tagtgagatataaataacagacttatgatccttcccctagaagcagggag
a
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_20506830_20507516
seq2: B6Ng01-232G01.b_48_734

seq1  GAATTCACTGTGCCCAGCAGAAAAGGAAACTCAGCAATAAAGACCTATGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTGTGCCCAGCAGAAAAGGAAACTCAGCAATAAAGACCTATGG  50

seq1  TAACTCCAGGAGCCAGATGACAATGTGAATTTATGTGCTAGAGTTTTCAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTCCAGGAGCCAGATGACAATGTGAATTTATGTGCTAGAGTTTTCAT  100

seq1  TAAAAAGGTTCCAGAGTCACCATGTGAAAACCAGAATATCTACTGGATTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAAGGTTCCAGAGTCACCATGTGAAAACCAGAATATCTACTGGATTG  150

seq1  TCCAAGTTCATCTGTTACCAAACTTTTTCTGAATGTACCATAAACATACG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAAGTTCATCTGTTACCAAACTTTTTCTGAATGTACCATAAACATACG  200

seq1  TCCACCACCCCAGTATGTGGATGCAACAGCTCGACAGGGTGTGCCCTTGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACCACCCCAGTATGTGGATGCAACAGCTCGACAGGGTGTGCCCTTGG  250

seq1  TGAGACTTAAGTTACCAAGGACCCTACTGCCTCCTTCTTAGAGAAAGCTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGACTTAAGTTACCAAGGACCCTACTGCCTCCTTCTTAGAGAAAGCTT  300

seq1  TAGACTTGGCATTGGCAGAATAAAGCTTTATGTGAAACTCATTGAGTGAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGACTTGGCATTGGCAGAATAAAGCTTTATGTGAAACTCATTGAGTGAT  350

seq1  GCTTTTCAAATATGTCTCCTATTGCTTGACTACCTTTCTTTATGGAGACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTTCAAATATGTCTCCTATTGCTTGACTACCTTTCTTTATGGAGACA  400

seq1  TAAAAAGTAGATATTAAAACAGTCTTTAGCAAACAAAATTTAAGAGGTAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAAGTAGATATTAAAACAGTCTTTAGCAAACAAAATTTAAGAGGTAA  450

seq1  TGAAAAAGAAGACAAAGACAATGATGAGATAATTATCCTTGATTAGAGCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAAAGAAGACAAAGACAATGATGAGATAATTATCCTTGATTAGAGCA  500

seq1  AAGCTTTGTGTAGGAACAGAAATTGTACATCAGGAAGCATTCACGGAGAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTTTGTGTAGGAACAGAAATTGTACATCAGGAAGCATTCACGGAGAG  550

seq1  ATGCAAACTCCTAACAAGAACTCTAGACCCTGTAGTGTATTTGATAAAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCAAACTCCTAACAAGAACTCTAGACCCTGTAGTGTATTTGATAAAGA  600

seq1  GAAACAGCAAAGATATTTTCTCTAGGGAGAGAAGCTGAGCTACATTAGAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACAGCAAAGATATTTTCTCTAGGGAGAGAAGCTGAGCTACATTAGAC  650

seq1  AGTATAAAGGATTTAGTTGGAGGGTAGGGTAGTGTGT  687
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATAAAGGATTTAGTTGGAGGGTAGGGTAGTGTGT  687

seq1: chr4_20693685_20694533
seq2: B6Ng01-232G01.g_66_916 (reverse)

seq1  TCTCCCTGCTTCTAGGGGAAGGATC-TAAGTCTGTTATTTAATATCTCAC  49
      ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||
seq2  TCTCCCTGCTTCTAGGGGAAGGATCATAAGTCTGTTATTT-ATATCTCAC  49

seq1  TAAAAACCAGTTGAAGAGCCAAAAAAGAA-CAGATATATGCTCTTGACTC  98
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAACCAGTTGAAGAGCCAAAAAAGAACCAGATATATGCTCTTGACTC  99

seq1  TGGC-AAAATTGGTTTAGCAATTTGGTTCAGCCAAAACTCAAAACATGGG  147
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCAAAAATTGGTTTAGCAATTTGGTTCAGCCAAAACTCAAAACATGGG  149

seq1  ACAGTGATTCCAGGGATAAAGGAAACAGATTGAAGCAAAGGCTGGAGGGA  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTGATTCCAGGGATAAAGGAAACAGATTGAAGCAAAGGCTGGAGGGA  199

seq1  GATATTTTTATTAGTATTCTGACCTATTTGCTTTCAATTCTAATAATTCA  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATATTTTTATTAGTATTCTGACCTATTTGCTTTCAATTCTAATAATTCA  249

seq1  CCATTAGCCTTCATGTCTGAGTTCCTTCATTTTCCTTCTCAACTACAGGT  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTAGCCTTCATGTCTGAGTTCCTTCATTTTCCTTCTCAACTACAGGT  299

seq1  GTTTCCAAAATAACTTTTCTAATTAAGTTTGACTGGATATTTCATAATAC  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCCAAAATAACTTTTCTAATTAAGTTTGACTGGATATTTCATAATAC  349

seq1  TTCAATGTCAGAAATAGAAAATCACCCCTCCTTTGTTGAGAGTGCATTGC  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAATGTCAGAAATAGAAAATCACCCCTCCTTTGTTGAGAGTGCATTGC  399

seq1  TAATTGCTATATAGGTCGCTGGCAAATTTGCAATCCTATATTTGCTACTT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTGCTATATAGGTCGCTGGCAAATTTGCAATCCTATATTTGCTACTT  449

seq1  AAAATACAATATTGCTGACTCATCTCTTGTTTGTGGTTCATTACTGTTCA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATACAATATTGCTGACTCATCTCTTGTTTGTGGTTCATTACTGTTCA  499

seq1  GATCATCATATCTAGGCTGCTCATATAAAATACTACCACTAACCATATAG  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCATCATATCTAGGCTGCTCATATAAAATACTACCACTAACCATATAG  549

seq1  GAGTTTATATGTGAGTATATAATGGGATGCAGCCCCAAACACCATTCCCA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTTATATGTGAGTATATAATGGGATGCAGCCCCAAACACCATTCCCA  599

seq1  GATATATGAGAGGCACAGAAACCAGAAACCCTAACTATCAAGGTCTTCTA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATATATGAGAGGCACAGAAACCAGAAACCCTAACTATCAAGGTCTTCTA  649

seq1  TGAATGTTCAGGGGCTGTGCTCCATAGGGATGCAAAATGAAGCATATTAA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATGTTCAGGGGCTGTGCTCCATAGGGATGCAAAATGAAGCATATTAA  699

seq1  ATTTGTCCTGCTTTACTGCACGCTCTCCACTCATATTCATCCCAACCATC  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGTCCTGCTTTACTGCACGCTCTCCACTCATATTCATCCCAACCATC  749

seq1  CACCGTTGACCTACTTCTATTACCGTATGACTACACATGCACAGTGATAT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCGTTGACCTACTTCTATTACCGTATGACTACACATGCACAGTGATAT  799

seq1  CGTATTCAAATCTGTTCTCTGCTTGCTGAGTGGGTGGTTCAGTGTTGAAT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTATTCAAATCTGTTCTCTGCTTGCTGAGTGGGTGGTTCAGTGTTGAAT  849

seq1  TC  849
      ||
seq2  TC  851