BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-234A24
Chromosome4 (Build37)
Map Location 63,396,033 - 63,529,137
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTnfsf15, Tnfsf8
Upstream geneZfp618, Ambp, Kif12, Col27a1, Orm1, Orm-ps, Orm3, Orm2, Akna, Whrn, Atp6v1g1, 6330416G13Rik, LOC670833, 1700018C11Rik, LOC667451
Downstream geneRpl17-ps, Tnc
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-234A24.bB6Ng01-234A24.g
ACCGA045932GA045933
length1,126799
definitionB6Ng01-234A24.b B6Ng01-234A24.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(63,396,033 - 63,397,156)(63,528,340 - 63,529,137)
sequence
gaattcttccaccatcacaaccctctgttcctgagtcacttcagatttca
catgatagaagaaaagcaactgccttggtatcagatagacatgaatttgg
attgtggttctgtcctttgtcaatggtaagatcttgagaaagacaccctt
ttctctgagtttagtgtacctactggagatgctaacacccccaaacctaa
gtgacttgcagagttgaggtaaagatcaattaagaaaatggcccagttag
ttggaaggacatgtgaaaatacaagaactaccattcacaggcttgagcac
gagacgcaggagcaaggcaggcttccaacttacaatcatacaatcttttc
acacacttgcatgccttggcaagagaattctctgacttggatcttgtaat
tacacagcctcactaacagattatttcttactaccatggacatctcatct
ctgtctacaacttaaaatctacatgggcacagcacacacacgtgtgtgta
tgtgtgtgtgtgtctgtgtgtgcttgtgactgaggggttgtaactgagtg
caaaagagaaggcttcaacccaggagagtgtgcaccaagatgtccaggcc
ctgcctcctgctctctgggtcttcctacagctgcttagcagacctttatg
cctttggtttcttccttttgtctattttacagcttttctctagagggcta
actagagaggattctatgatgatcaagattctattgtggtcataatgctt
tggtggcactgcaggcctttcacactatagtttcatatattttttttaaa
aatttattttatttattatatatgtatatgcacagtgcatgtgtggaggt
ctaaggacaacgtgtgctaggtctgctttttactttcaccacaagggtcc
taaggcaagcacctttacccactgagcccgcccactgacccacagatcta
tcttatcctgacatcctattgggtcacctcttttgttaccaactgtttgc
tctttttctatgtcctctgtgttccagctgtgagaggaaccacagtgctc
tcatcatagatttagagtacaaaggagtgcagttgtttgcttattttgtt
gcctggccagcacatccttaaggctc
gaattcagtagcatcagaggctgaaagtgagacttaaagggaggtaagag
aaacctttcagatgatacagccaggatactgcaagcaacatcagacgctg
acagatttcaatccagaaggggaagggagttgagaggcttactaagagtt
ggtaatggattccttcttattgaactagtacagaagccaaaagggataac
aacttttcccacaaaggatggtgcgtccgcatgagttccccatgtgtgca
cacagcattctgaatcaacagttaggagtaccatcttgtgacagccactt
ctttaaatgagctttataccagcctgtccataaatgcaatgcaataaagg
ataatgtttgcctctcgcattgttaccttgatgatgagatgatgcttgcc
tcgctcgttgttaccttgatagtgtcctgcacatagactctccatgctca
gtgatgattcctctccatgtaccatgacttatcatcatgggagacccttt
cctcagctcagcacatgagtgcagtgtcaacagctttctgaaggacagtt
tcaaccatttgagttttccaaccctaccctggaagaggttggggcatgaa
tacatatttagtctcttccttctatacttggctttcccacttttatcgtt
aattctgtgtcactgaaaattaaagtatatttctttcttttttatggttt
tagcgctttattatagaaaaggagagagagagagagagagagagagagaa
gcaaagggcagccatgaccatgtggagagagggggggaagggaaaggaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_63396033_63397156
seq2: B6Ng01-234A24.b_47_1172

seq1  GAATTCTTCCACCATCACAACCCTCTGTTCCTGAGTCACTTCAGATTTCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTCCACCATCACAACCCTCTGTTCCTGAGTCACTTCAGATTTCA  50

seq1  CATGATAGAAGAAAAGCAACTGCCTTGGTATCAGATAGACATGAATTTGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGATAGAAGAAAAGCAACTGCCTTGGTATCAGATAGACATGAATTTGG  100

seq1  ATTGTGGTTCTGTCCTTTGTCAATGGTAAGATCTTGAGAAAGACACCCTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTGGTTCTGTCCTTTGTCAATGGTAAGATCTTGAGAAAGACACCCTT  150

seq1  TTCTCTGAGTTTAGTGTACCTACTGGAGATGCTAACACCCCCAAACCTAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCTGAGTTTAGTGTACCTACTGGAGATGCTAACACCCCCAAACCTAA  200

seq1  GTGACTTGCAGAGTTGAGGTAAAGATCAATTAAGAAAATGGCCCAGTTAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACTTGCAGAGTTGAGGTAAAGATCAATTAAGAAAATGGCCCAGTTAG  250

seq1  TTGGAAGGACATGTGAAAATACAAGAACTACCATTCACAGGCTTGAGCAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAAGGACATGTGAAAATACAAGAACTACCATTCACAGGCTTGAGCAC  300

seq1  GAGACGCAGGAGCAAGGCAGGCTTCCAACTTACAATCATACAATCTTTTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACGCAGGAGCAAGGCAGGCTTCCAACTTACAATCATACAATCTTTTC  350

seq1  ACACACTTGCATGCCTTGGCAAGAGAATTCTCTGACTTGGATCTTGTAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACTTGCATGCCTTGGCAAGAGAATTCTCTGACTTGGATCTTGTAAT  400

seq1  TACACAGCCTCACTAACAGATTATTTCTTACTACCATGGACATCTCATCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACAGCCTCACTAACAGATTATTTCTTACTACCATGGACATCTCATCT  450

seq1  CTGTCTACAACTTAAAATCTACATGGGCACAGCACACACACGTGTGTGTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCTACAACTTAAAATCTACATGGGCACAGCACACACACGTGTGTGTA  500

seq1  TGTGTGTGTGTGTCTGTGTGTGCTTGTGACTGAGGGGTTGTAACTGAGTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTGTCTGTGTGTGCTTGTGACTGAGGGGTTGTAACTGAGTG  550

seq1  CAAAAGAGAAGGCTTCAACCCAGGAGAGTGTGCACCAAGATGTCCAGGCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAGAGAAGGCTTCAACCCAGGAGAGTGTGCACCAAGATGTCCAGGCC  600

seq1  CTGCCTCCTGCTCTCTGGGTCTTCCTACAGCTGCTTAGCAGACCTTTATG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCTCCTGCTCTCTGGGTCTTCCTACAGCTGCTTAGCAGACCTTTATG  650

seq1  CCTTTGGTTTCTTCCTTTTGTCTATTTTACAGCTTTTCTCTAGAGGGCTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTGGTTTCTTCCTTTTGTCTATTTTACAGCTTTTCTCTAGAGGGCTA  700

seq1  ACTAGAGAGGATTCTATGATGATCAAGATTCTATTGTGGTCATAATGCTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAGAGAGGATTCTATGATGATCAAGATTCTATTGTGGTCATAATGCTT  750

seq1  TGGTGGCACTGCAGGCCTTTCACACTATAGTTTCATATA-TTTTTTTAAA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TGGTGGCACTGCAGGCCTTTCACACTATAGTTTCATATATTTTTTTTAAA  800

seq1  AATTTATTTTATTTATTATATATGTATATGCACAGTGCATGTGTGGAGGT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTATTTTATTTATTATATATGTATATGCACAGTGCATGTGTGGAGGT  850

seq1  CTAAGGACAACGTGTGCTAGGTCTGCTTTTTACTTTCACCACAAGGGTCC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGGACAACGTGTGCTAGGTCTGCTTTTTACTTTCACCACAAGGGTCC  900

seq1  TAAGGCAAGCACCTTTACCCACTGAGCCCGCCCACTGACCCACAGATCTA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGCAAGCACCTTTACCCACTGAGCCCGCCCACTGACCCACAGATCTA  950

seq1  TCTTATCCTGACATCCTATT-GGTCACCTCTTTTGTTACCAACTGTTTGC  998
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTATCCTGACATCCTATTGGGTCACCTCTTTTGTTACCAACTGTTTGC  1000

seq1  TC-TTTTCTATGTCCTCTTGTGTTTCCAGCTGTGAGAGGAAACCACAGTG  1047
      || |||||||||||||| |||| |||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TCTTTTTCTATGTCCTC-TGTG-TTCCAGCTGTGAGAGG-AACCACAGTG  1047

seq1  CTCCTCAATCAATAGATTTAAGAGTACAAA-GAGTGCAGTTG-TTGCTTA  1095
      || ||| ||| |||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||
seq2  CT-CTC-ATC-ATAGATTT-AGAGTACAAAGGAGTGCAGTTGTTTGCTTA  1093

seq1  -TTTGT--GCTGG-CAGCACATCCCTTAGGCTC  1124
       |||||   |||| |||||||||| | ||||||
seq2  TTTTGTTGCCTGGCCAGCACATCCTTAAGGCTC  1126

seq1: chr4_63528340_63529137
seq2: B6Ng01-234A24.g_65_863 (reverse)

seq1  TTCCTTTCCCTT-CCCCCCTCTCTCCACATGGTCATGGCTGCCCTTTGCT  49
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTTTCCCTTCCCCCCCTCTCTCCACATGGTCATGGCTGCCCTTTGCT  50

seq1  TCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCCTTTTCTATAATAAAGCGCTAA  99
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCCTTTTCTATAATAAAGCGCTAA  100

seq1  AACCATAAAAAAGAAAGAAATATACTTTAATTTTCAGTGACACAGAATTA  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCATAAAAAAGAAAGAAATATACTTTAATTTTCAGTGACACAGAATTA  150

seq1  ACGATAAAAGTGGGAAAGCCAAGTATAGAAGGAAGAGACTAAATATGTAT  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGATAAAAGTGGGAAAGCCAAGTATAGAAGGAAGAGACTAAATATGTAT  200

seq1  TCATGCCCCAACCTCTTCCAGGGTAGGGTTGGAAAACTCAAATGGTTGAA  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGCCCCAACCTCTTCCAGGGTAGGGTTGGAAAACTCAAATGGTTGAA  250

seq1  ACTGTCCTTCAGAAAGCTGTTGACACTGCACTCATGTGCTGAGCTGAGGA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTCCTTCAGAAAGCTGTTGACACTGCACTCATGTGCTGAGCTGAGGA  300

seq1  AAGGGTCTCCCATGATGATAAGTCATGGTACATGGAGAGGAATCATCACT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGTCTCCCATGATGATAAGTCATGGTACATGGAGAGGAATCATCACT  350

seq1  GAGCATGGAGAGTCTATGTGCAGGACACTATCAAGGTAACAACGAGCGAG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCATGGAGAGTCTATGTGCAGGACACTATCAAGGTAACAACGAGCGAG  400

seq1  GCAAGCATCATCTCATCATCAAGGTAACAATGCGAGAGGCAAACATTATC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGCATCATCTCATCATCAAGGTAACAATGCGAGAGGCAAACATTATC  450

seq1  CTTTATTGCATTGCATTTATGGACAGGCTGGTATAAAGCTCATTTAAAGA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTATTGCATTGCATTTATGGACAGGCTGGTATAAAGCTCATTTAAAGA  500

seq1  AGTGGCTGTCACAAGATGGTACTCCTAACTGTTGATTCAGAATGCTGTGT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGCTGTCACAAGATGGTACTCCTAACTGTTGATTCAGAATGCTGTGT  550

seq1  GCACACATGGGGAACTCATGCGGACGCACCATCCTTTGTGGGAAAAGTTG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACACATGGGGAACTCATGCGGACGCACCATCCTTTGTGGGAAAAGTTG  600

seq1  TTATCCCTTTTGGCTTCTGTACTAGTTCAATAAGAAGGAATCCATTACCA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCCCTTTTGGCTTCTGTACTAGTTCAATAAGAAGGAATCCATTACCA  650

seq1  ACTCTTAGTAAGCCTCTCAACTCCCTTCCCCTTCTGGATTGAAATCTGTC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTTAGTAAGCCTCTCAACTCCCTTCCCCTTCTGGATTGAAATCTGTC  700

seq1  AGCGTCTGATGTTGCTTGCAGTATCCTGGCTGTATCATCTGAAAGGTTTC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCGTCTGATGTTGCTTGCAGTATCCTGGCTGTATCATCTGAAAGGTTTC  750

seq1  TCTTACCTCCCTTTAAGTCTCACTTTCAGCCTCTGATGCTACTGAATTC  798
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTACCTCCCTTTAAGTCTCACTTTCAGCCTCTGATGCTACTGAATTC  799