BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-236I05
Chromosome4 (Build37)
Map Location 120,750,073 - 120,853,779
singlet/doubletdoublet
Overlap geneZmpste24, Tmco2, LOC100042174, Rlf
Upstream geneHivep3, Edn2, Foxo6, Scmh1, Slfnl1, Ctps, EG667063, Cited4, Kcnq4, Nfyc, Rims3, LOC626489, 3110037I16Rik, Zfp69, Smap1l, Col9a2
Downstream geneOTTMUSG00000008911, EG666914, LOC666921, LOC666927, LOC666931, LOC666937
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-236I05.bB6Ng01-236I05.g
ACCGA047713GA047714
length1,178962
definitionB6Ng01-236I05.b B6Ng01-236I05.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(120,852,621 - 120,853,779)(120,750,073 - 120,751,021)
sequence
gaattcacctggagctatagttacagctgtgaaccatctcgtgtgagttc
tgggaataggattttggtcctcttaaagagcaatatgtactcttaaccac
tgaaccatctccatccctacgaactccttttaaattaatccttaaatgtg
attgttttcagatgataaaggacagatactgtcaataattatttagtctt
cctaacacctatggctggggatggccttataattggcaagtgttgtactg
ctaagctgtttgtttatatgtatgccacagcagaggacagctttgttaag
tattgaaacacatggattacacaactgttgttttattttgcagcggtagt
catgaaccagtaccctggacgtgcaggataaatgctttgtcgagctgcct
ttccagctcctagatttcctttcaacatataaatatatcgataagtaaat
aagaaataagtatctgagaaatatagatactttttaagaaagggaaagaa
gctaggcatggtggcacacactttaatctcagctctcaaaagcggaggca
ggtagattaaccttatttgagctagacactcatctgtgctagctggccag
cagagagctgccagtctccaagcttcagtagtggagttaatacatccttt
tgtgagtcctggtatcaaactcaagtccgcagagcaaatgcttttatcca
gtgagcatcaccccagctcttgaaataacctttcagttattatttacatt
tgttatttaatggtttagttatttttattgaatttttttccggtgcattg
gtgttttgcctgactttaaaagtatttgactaagggttgattacccttac
atcactaagtccatggttccatagagaatacagaagtctaaacattgtag
ttgaccacagattggtagcagaagagcacagaagatatcagaaataaata
acaacaagtaatagtgaacatttattccatgcttgcttttgtcctgtttc
ttatgtgtatcacctcctgtttcacaccatgatcctgggaatccctttaa
aggggaatgacttgttattacaatcttaatacatgaggaagcctccaatc
gtccaggtaggaatggattcctctcagattggccaaatttaggaaatcta
cagtcttacatataaacccttattctgc
gaattctgtgaaactagatgttccctgatgcaatgattcttaaacaatta
aaaatcaaggcataagggcacagcacagtacagtcctcatggcccaggta
catgctgtgcactctcagcttggaaacaatgcaataattgcacaatggta
gtttcagattaatgtttgacttgctaaaagggtttgaagaaattattaaa
aaatgaaatagagccaacactgggaccctgagaaaggaaaaaactatttt
tttgtttgtttttgtttttttgagacagggtttctctgtgtagtcctggc
tgtcctggaactcactctgtagaccaggctggcctcaaactcagaaatcc
gcctacctctgccccccaagtgctgggattaaagtcatgcaccaccactg
cccggctaggaaaaaactattaaagttataagttttgtacaacatttgag
agtggctcctagataaagtatagaatgcataaaattatacattagtaaag
ctaagtcaaaacactgggactcaggagagtcattgtgtgcaatgaacaga
agcagaaagctaatgagcaaaactactgagttaagggttaacttaattat
ttctggccactgcctggcagctttgcccatgtcatttatcattagaactt
cacaggaaaatgcaagtagctgacctcagcgtctctgaattcggaagtat
agtaagtcaaaagttaaagtttaaataattggtaagttcgggcctgggaa
tagggaaagtttgaagctttggagaacaattgtaattcttgattcttttg
tgggatgaggttattcttttgaatttaatttgggcaataattatataatc
ttttttttttctaccttgctacttccagtagtatcaataaaatgactggg
ggccaaggaaaaggtgagagagcatgctgaagagcactggaagagttgtg
tgaagatcatgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_120852621_120853779
seq2: B6Ng01-236I05.b_43_1220 (reverse)

seq1  GCAGAATAAGGGGTTATA-GTAAGACTGTAGATTT-CTAAATT--GCC-A  45
      |||||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||  ||| |
seq2  GCAGAATAAGGGTTTATATGTAAGACTGTAGATTTCCTAAATTTGGCCAA  50

seq1  TCTGA---GGATTCATTCTTAC--TGACGAT--GAAGCTT-CTCATGTA-  86
      |||||   | || ||||| |||   ||||||  || |||| |||||||| 
seq2  TCTGAGAGGAATCCATTCCTACCTGGACGATTGGAGGCTTCCTCATGTAT  100

seq1  TAAGATGTTAAT-ACAAGTCATTCCCC-TTAAGGGGATT-CCAGGATCAT  133
      ||||||  |||| |||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||
seq2  TAAGATTGTAATAACAAGTCATTCCCCTTTAAAGGGATTCCCAGGATCAT  150

seq1  -GTGTGAAACAGGA-GTGATACACATAAGAAACAGGACAAAAGCAAGCAT  181
       ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTGAAACAGGAGGTGATACACATAAGAAACAGGACAAAAGCAAGCAT  200

seq1  GGAATAAATGTTCACTATTACTTGTTGTTATTTATTTCTGATATCTTCTG  231
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATAAATGTTCACTATTACTTGTTGTTATTTATTTCTGATATCTTCTG  250

seq1  TGCTCTTCTGCTACCAATCTGTGGTCAACTACAATGTTTAGACTTCTGTA  281
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCTTCTGCTACCAATCTGTGGTCAACTACAATGTTTAGACTTCTGTA  300

seq1  TTCTCTATGGAACCATGGACTTAGTGATGTAAGGGTAATCAACCCTTAGT  331
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCTATGGAACCATGGACTTAGTGATGTAAGGGTAATCAACCCTTAGT  350

seq1  CAAATACTTTTAAAGTCAGGCAAAACACCAATGCACCGGAAAAAAATTCA  381
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATACTTTTAAAGTCAGGCAAAACACCAATGCACCGGAAAAAAATTCA  400

seq1  ATAAAAATAACTAAACCATTAAATAACAAATGTAAATAATAACTGAAAGG  431
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAAATAACTAAACCATTAAATAACAAATGTAAATAATAACTGAAAGG  450

seq1  TTATTTCAAGAGCTGGGGTGATGCTCACTGGATAAAAGCATTTGCTCTGC  481
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTCAAGAGCTGGGGTGATGCTCACTGGATAAAAGCATTTGCTCTGC  500

seq1  GGACTTGAGTTTGATACCAGGACTCACAAAAGGATGTATTAACTCCACTA  531
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACTTGAGTTTGATACCAGGACTCACAAAAGGATGTATTAACTCCACTA  550

seq1  CTGAAGCTTGGAGACTGGCAGCTCTCTGCTGGCCAGCTAGCACAGATGAG  581
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAGCTTGGAGACTGGCAGCTCTCTGCTGGCCAGCTAGCACAGATGAG  600

seq1  TGTCTAGCTCAAATAAGGTTAATCTACCTGCCTCCGCTTTTGAGAGCTGA  631
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTAGCTCAAATAAGGTTAATCTACCTGCCTCCGCTTTTGAGAGCTGA  650

seq1  GATTAAAGTGTGTGCCACCATGCCTAGCTTCTTTCCCTTTCTTAAAAAGT  681
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTAAAGTGTGTGCCACCATGCCTAGCTTCTTTCCCTTTCTTAAAAAGT  700

seq1  ATCTATATTTCTCAGATACTTATTTCTTATTTACTTATCGATATATTTAT  731
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTATATTTCTCAGATACTTATTTCTTATTTACTTATCGATATATTTAT  750

seq1  ATGTTGAAAGGAAATCTAGGAGCTGGAAAGGCAGCTCGACAAAGCATTTA  781
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTGAAAGGAAATCTAGGAGCTGGAAAGGCAGCTCGACAAAGCATTTA  800

seq1  TCCTGCACGTCCAGGGTACTGGTTCATGACTACCGCTGCAAAATAAAACA  831
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGCACGTCCAGGGTACTGGTTCATGACTACCGCTGCAAAATAAAACA  850

seq1  ACAGTTGTGTAATCCATGTGTTTCAATACTTAACAAAGCTGTCCTCTGCT  881
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTTGTGTAATCCATGTGTTTCAATACTTAACAAAGCTGTCCTCTGCT  900

seq1  GTGGCATACATATAAACAAACAGCTTAGCAGTACAACACTTGCCAATTAT  931
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCATACATATAAACAAACAGCTTAGCAGTACAACACTTGCCAATTAT  950

seq1  AAGGCCATCCCCAGCCATAGGTGTTAGGAAGACTAAATAATTATTGACAG  981
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCCATCCCCAGCCATAGGTGTTAGGAAGACTAAATAATTATTGACAG  1000

seq1  TATCTGTCCTTTATCATCTGAAAACAATCACATTTAAGGATTAATTTAAA  1031
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTGTCCTTTATCATCTGAAAACAATCACATTTAAGGATTAATTTAAA  1050

seq1  AGGAGTTCGTAGGGATGGAGATGGTTCAGTGGTTAAGAGTACATATTGCT  1081
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGTTCGTAGGGATGGAGATGGTTCAGTGGTTAAGAGTACATATTGCT  1100

seq1  CTTTAAGAGGACCAAAATCCTATTCCCAGAACTCACACGAGATGGTTCAC  1131
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAAGAGGACCAAAATCCTATTCCCAGAACTCACACGAGATGGTTCAC  1150

seq1  AGCTGTAACTATAGCTCCAGGTGAATTC  1159
      ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGTAACTATAGCTCCAGGTGAATTC  1178

seq1: chr4_120750073_120751021
seq2: B6Ng01-236I05.g_64_1025

seq1  GAATTCTGTGAAACTAGATGTTCCCTGATGCAATGATTCTTAAACAATTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGTGAAACTAGATGTTCCCTGATGCAATGATTCTTAAACAATTA  50

seq1  AAAATCAAGGCATAAGGGCACAGCACAGTACAGTCCTCATGGCCCAGGTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATCAAGGCATAAGGGCACAGCACAGTACAGTCCTCATGGCCCAGGTA  100

seq1  CATGCTGTGCACTCTCAGCTTGGAAACAATGCAATAATTGCACAATGGTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCTGTGCACTCTCAGCTTGGAAACAATGCAATAATTGCACAATGGTA  150

seq1  GTTTCAGATTAATGTTTGACTTGCTAAAAGGGTTTGAAGAAATTATTAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCAGATTAATGTTTGACTTGCTAAAAGGGTTTGAAGAAATTATTAAA  200

seq1  AAATGAAATAGAGCCAACACTGGGACCCTGAGAAAGGAAAAAACTATTTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGAAATAGAGCCAACACTGGGACCCTGAGAAAGGAAAAAACTATTTT  250

seq1  TTTGTTTGTTTTTGTTTTTTTGAGACAGGGTTTCTCTGTGTAGTCCTGGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTTGTTTTTGTTTTTTTGAGACAGGGTTTCTCTGTGTAGTCCTGGC  300

seq1  TGTCCTGGAACTCACTCTGTAGACCAGGCTGGCCTCAAACTCAGAAATCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCTGGAACTCACTCTGTAGACCAGGCTGGCCTCAAACTCAGAAATCC  350

seq1  GCCTACCTCTGCCCCCCAAGTGCTGGGATTAAAGTCATGCACCACCACTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTACCTCTGCCCCCCAAGTGCTGGGATTAAAGTCATGCACCACCACTG  400

seq1  CCCGGCTAGGAAAAAACTATTAAAGTTATAAGTTTTGTACAACATTTGAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCGGCTAGGAAAAAACTATTAAAGTTATAAGTTTTGTACAACATTTGAG  450

seq1  AGTGGCTCCTAGATAAAGTATAGAATGCATAAAATTATACATTAGTAAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGCTCCTAGATAAAGTATAGAATGCATAAAATTATACATTAGTAAAG  500

seq1  CTAAGTCAAAACACTGGGACTCAGGAGAGTCATTGTGTGCAATGAACAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGTCAAAACACTGGGACTCAGGAGAGTCATTGTGTGCAATGAACAGA  550

seq1  AGCAGAAAGCTAATGAGCAAAACTACTGAGTTAAGGGTTAACTTAATTAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGAAAGCTAATGAGCAAAACTACTGAGTTAAGGGTTAACTTAATTAT  600

seq1  TTCTGGCCACTGCCTGGCAGCTTTGCCCATGTCATTTATCATTAGAACTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGGCCACTGCCTGGCAGCTTTGCCCATGTCATTTATCATTAGAACTT  650

seq1  CACAGGAAAATGCAAGTAGCTGACCTCAGCG-CTCTGAATTCGGAAGTAT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  CACAGGAAAATGCAAGTAGCTGACCTCAGCGTCTCTGAATTCGGAAGTAT  700

seq1  AGTAAGTCAAAAGTTAAAGTTTAAATAA-TGGTAAGTTCGGGCCTGGGAA  748
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  AGTAAGTCAAAAGTTAAAGTTTAAATAATTGGTAAGTTCGGGCCTGGGAA  750

seq1  TAGGGAAAGTTTGAAGCTTTGGAGAACAATTGTAATTCTTGATTC-TTTG  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  TAGGGAAAGTTTGAAGCTTTGGAGAACAATTGTAATTCTTGATTCTTTTG  800

seq1  TGGGATGAGGTTATTCTTTTGAATTTAATTT-GGCAATAATTATATAATC  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TGGGATGAGGTTATTCTTTTGAATTTAATTTGGGCAATAATTATATAATC  850

seq1  -TTTTTTTTTCTACC-TGCTAC-TCCAAGAGTATCAATAAAA-GACTGGG  892
       |||||||||||||| |||||| ||||  ||||||||||||| |||||||
seq2  TTTTTTTTTTCTACCTTGCTACTTCCAGTAGTATCAATAAAATGACTGGG  900

seq1  G--CAAGGAAAAGGTGAGAGAGCATG-TGAAGAGCACT-GAAGAG-TGTG  937
      |  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||
seq2  GGCCAAGGAAAAGGTGAGAGAGCATGCTGAAGAGCACTGGAAGAGTTGTG  950

seq1  TGAAGAACATGT  949
      |||||| |||||
seq2  TGAAGATCATGT  962